畜禽随机保种理论可行性的探讨

畜禽遗传资源保存(以下简称保种)是一项具有十分重要意义的工作。近年来,虽然生物冷冻保种技术有了很大的发展,但在相当一段时期内还不能完全代替活畜保种(Liv-ing conservation)。随机保种理论是活体保种理论的一种形式,它为具体畜禽品种的活     

RNA干扰用siRNA的体外转录合成

RNA干扰(RNA interference，RNAi)作为一种特异性沉默基因表达的方法，正在成为研究基因功能、胚胎发育及病毒性疾病治疗的重要工具，而获得符合干扰要求的短双链干扰RNA(small interference RNA，siRNA)是进行RNA；研究的首要步骤。本研究建立了体外转录合成siRNA方法。并用其生成的siRNA干扰鸡成纤维细胞外源绿荧光蛋白(GFP)基因和内源3—磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)基因的表达。结果显示，siRNA能特异性降低鸡成纤维细胞中内外源基因的表达。本实验认为这种以DNA为模板体外转录合成siRNA方法操作简单、成本低、产物得率高，值得从事RNA研究者参考借鉴。     

海兰鸡PRL、OVR、OIH和GnRHR基因多态性及其与产蛋性能的关联分析

本研究以海兰褐与海兰白两个蛋鸡品系作为研究素材,选择催乳素基因(PRL)、卵细胞卵黄受体基因(OVR)、卵抑制剂基因(OIH)以及促性腺激素释放激素受体基因(GnRHR)4个基因作为产蛋性状相关候选基因,采用PCR-RFLP方法对候选基因进行多样性检测,并与蛋重及产蛋数两性状进行关联分析.结果表明,PRL、OVR和OIH3个基因候选位点在本研究海兰蛋鸡群体中存在SNPs,但3个基因候选位点不同基因型与产蛋性状关联分析均未能达到显著水平(P＞0.05);GnRHR基因候选位点在本研究群体中未检测到多态性的存在.     

新型复合菌制剂对发酵床养猪饲料氮及氨基酸消化的影响

研究利用新型复合菌种制备发酵床进行生长猪饲养试验,探讨不同菌种发酵床对生长猪饲料中氮及氨基酸消化利用的影响。试验选择60头体重20 kg左右杜×长×大杂交猪,分为3个不同来源菌种发酵床饲养组(JDM、SHC、GLD)和1个对照组(CON),饲养期为30 d。研究结果表明,JDM、SHC及GLD试验组间饲料中氮及氨基酸的表观消化率没有显著差异(P＞0.05),但JDM 试验组中氮表观消化率及多种氨基酸表观消化率均有提高的趋势。与对照组相比较,JDM 试验组中Ser(84.3%)、Gly(75.6%)、Lys(85.4%)、Phe(85.6%)的表观消化率均显著提高(P<0.05),分别提高6.2、4.9、5.9、6.8个百分点;GLD试验组Met(69.9%)、Try(81.4%)表观消化率最高,显著高于对照组(62.3%、73.1%)(P<0.05)。结果提示,发酵床饲养生长猪有利于提高饲料中氨基酸的消化率,发酵床生态养猪菌种的组成对饲料中各种氨基酸消化率测值都有不可忽视的影响,从氨基酸的利用率来看,复合菌种的应用效果要好于单一菌种。     

嵊县花猪全基因组选择信号检测

选择信号是生物群体在选择进化的过程中,由于选择作用使得生物群体表型特征发生变化的对应基因组信息。本研究基于嵊县花猪等10个中外地方猪品种共计517个个体全基因组测序数据,利用群体分化指数(F_(ST))和核苷酸多态性(θ_π)方法检测嵊县花猪群体与浙江省其他地方猪种群体间以及与西方猪种群体间的选择信号,找到17个落入选择信号区域的候选基因。其中与浙江省地方猪群体相比,检测出候选基因9个,分别是SYT1、FAM135B、GLIS1、GALNT2、BIN1、LOC100627093、TG、SOX9、CH25H;与西方猪群体相比,检测出候选基因8个,分别是MGAT5、MAPK4K4、KSR2、RBP5、HDLBP、KCNE2、KIRREL3、BTBD11。这些候选基因在脂肪代谢、免疫、胚胎发育、消化代谢等通路中发挥重要的作用,说明嵊县花猪在耐粗饲、抗病力强、高繁殖力等性状上经历了人工选择,为研究嵊县花猪的群体特征提供了参考价值。     

基于小鼠表达谱芯片和比较基因组学分析猪生长发育相关候选基因集

为了在更宽、更深的层面上研究猪生长发育机制,得到以通路为单位的候选基因集以克服传统单基因分析方法的缺点。试验利用模式生物小鼠中的芯片技术,通过基因集富集分析方法(GSEA法)分析基因芯片,确定候选通路。对候选通路成员与猪生长发育相关的数量性状基因座(QTL)数据库进行映射,缩小其作用跨度区域,找出作用的关键基因集。结果表明:得到了56个与猪生长发育相关的候选基因集。     

基于半参数回归模型的多区域单倍体型与纵向性状关联分析

由于影响复杂性状的有些基因组单体型是有时间效应的,因此对复杂性状与基因组单体型的关联分析应该考虑时间效应.Zhang等提出的半参数模型不能直接应用于基因组单体型的分析.本文在Zhang等提出的分析纵向数据的半参数模型基础上,把模型的参数固定效应用来拟合单倍体型和其他固定协变量效应,时间效应通过二次可微函数来拟合,参数的估计按照Zhang等的方法,采用似然比检验来检验单倍体型效应.通过对我们升级的方法与一般的混合模型Haplo.stats和FAMHAP的htr模型进行模拟比较,证实对动态性状通过考虑多次采样数据的时间效应比对单次采样更能提高单倍体型效应的检出率.我们把这种半参数回归模型研究猪具有多胎的繁殖记录与MMP1和MMP10基因的单倍体型分析中.     

哺乳动物MT基因的进化选择与功能分歧

利用生物信息学的方法,使用PAML和DIVERGE等软件对金属硫蛋白进行研究,发现哺乳动物MT基因主要受到纯化选择及中性选择作用,而且其在进化历史中曾经受到过正选择作用。同时利用PAML软件检测到了4个受到正选择的氨基酸位点,利用DIVERGE软件检测到5个Ⅰ型功能分歧位点和2个Ⅱ型功能分歧位点。这些正选择位点和功能分歧位点为进一步研究金属硫蛋白的结构与功能提供了参考和依据。     

绿壳蛋鸡与白来航蛋鸡microRNA变异及其靶基因预测分析

本研究旨在分析绿壳蛋鸡与白来航蛋鸡microRNA变异及其靶基因,将已鉴定的microRNA与预测microRNA组成全基因组的microRNA,并通过与GGRS得到的两种鸡群体SNP位点进行映射,挖掘含SNP的microRNA。利用生物信息学的方法,对含SNP的microRNA进行靶基因预测,并对直接含有SNP的mature-microRNA进行聚焦。将这些靶基因进行富集,一共得到22个GO分类和10条KEGG信号通路与3个主要IPA调控网络,发现其在与生长相关的mTOR信号通路、Wnt信号通路、生长激素受体网络、胰岛素样生长因子Ⅰ受体网络得到了富集,与产蛋性状相关的卵母细胞减数分裂信号通路、黄体酮卵母细胞成熟信号通路得到了富集。此研究方法和结果可以给后期研究提供参考。     

上海荷斯坦牛初产日龄的遗传力估计

上海荷斯坦奶牛产奶性能经持续的选择得到显著的遗传改良,目前母牛主要面临使用寿命短这一关键问题。研究发现,造成使用寿命短的主要因素是繁殖障碍等,初产日龄是奶牛繁殖性状的一个重要指标,在遗传评估模型中考虑这一指标将有望延长母牛使用寿命,进而提高生产效益。性状遗传参数的估计是进行性能遗传评估的基础,本研究通过对上海地区2006-2017年间的24 201头上海荷斯坦牛初产日龄记录进行遗传参数估计,揭示当前上海荷斯坦牛群体性状特征。结果表明,上海荷斯坦牛平均初产日龄为(763.21±57.64)d,遗传力为0.23。本研究为上海荷斯坦牛初产日龄的育种工作提供了可靠的参数,且研究发现该性状的遗传力较低,表明其更适于使用基因组选择。