猪MMP9基因的序列及分子进化分析

MMP9属于基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinase,MMP)家族成员,该家族是细胞外基质(extracellular matrix,ECM)降解过程中必不可少的酶.通过分析NCBI数据库中猪MMP9基因的序列,发现存在长为500 bp的不匹配区域,针对该区域设计两对引物进行扩增,得到猪MMP9基因确切的基因组序列.并发现10处碱基替代和1处插入突变.结合NCBI中已有的14个物种MMP9的氨基酸序列,利用生物学软件进行了分子进化分析,得到如下结果:(1)聚类分析显示,14个物种明显归为2类.8个哺乳动物种为一紧密类群,鸡与爪蟾和鱼类聚为一松散类群,该聚类结果与公认的动物分类及进化关系密切吻合;(2)PAMIA的Branch模型预测显示,猪、牛与马在分化过程中MMP9基因受到纯化选择作用(ω=0.2297);Site模型预测显示,猪MMP9基因有11个点为正选择氨基酸位点.     

SRC-1/ NCOA-1基因的研究进展

类固醇/核受体辅激活因子1（SRC-1/NCOA-1）是p160类固醇受体辅激活因子（SRC）家族中的一员,它能够与一些配体依赖式核受体相结合,从而提高这些受体的转录活性,在人的生殖生理、病理和动物繁殖性能研究中有着重要的意义.本文对SRC-1基因的研究作了简单的介绍,以便于对该基因进行深入的研究.     

上海白猪(上系)基因组遗传变异检测与功能注释分析

拟通过全基因组范围内遗传变异的检测和注释分析,深入了解上海白猪(上系)群体的遗传现状,以便更好地进行提纯复壮与开发利用。本研究应用基因组简化测序平台—GGRS,对上海白猪(上系)群体(99头)进行基因组测序,并综合实验室前期太湖地方猪种和西方引进品种共计447头测序数据进行SNP和InDel等遗传变异检测和功能注释分析。结果显示,上海白猪基因组测序平均覆盖度为2.87%,平均测序深度为3.9倍,共检测到328 586个SNPs、693 220个InDels。进一步分析表明,SNP和Indel在染色体上的分布相对均一,但在不同染色体上数量和密度的分布存在一定差异。结构注释显示,SNP和InDel对应基因的数量分别为11 496个和13 216个,按照基因的结构区域分类,SNP和InDel在各类功能基因区间的分布特点一致,绝大多数的SNP和InDel变异都分布在基因间区,分别为74.61%和83.38%。内含子中次之,分别为22.76%和14.98%。基因富集分析结果表明,SNP主要与蛋白代谢过程和高分子代谢过程等相关,InDel多在组织、器官发育和疾病相关的通路中发生富集。此外还发现,含有高密度SNP和InDel等遗传变异的QTL主要集中在肉质与胴体性状和健康性状。本研究利用先进的简化基因组测序技术对上海白猪(上系)全基因组范围内的遗传变异进行了普查,并通过对太湖流域地方猪种和西方引进品种的合并比较分析,阐释了这些遗传变异的染色体分布特征,基因区间分布规律和功能注释信息,为后续的开发利用奠定了坚实的基础。     

长白猪prepro-orexin基因多态性及其与采食和生长性状的关联分析

为揭示食欲素前体（prepro-orexin）基因对长白猪采食和生长性状的影响,试验采用PCR产物直接测序法对132头长白猪prepro-orexin基因的C62T和G426A位点多态性进行检测,并对各位点与30~100 kg阶段的采食及生长性状进行关联分析。结果表明,长白猪prepro-orexin基因C62T和G426A位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态,等位基因频率表现为野生型（C、G）高于突变型（T、A）;两个位点的4种单倍型和7种单倍型组合中,CG、TA为主要单倍型,CG/CG、TA/CG和TA/TA为主要单倍型组合。C62T位点的CC基因型、G426A位点的GG基因型及CG/CG单倍型组合均可显著减少日采食次数、延长每次采食时间和提高每次采食量（P < 0.05）;其中CG/CG组合的日采食次数、每次采食时间、每次采食量分别较TA/CG组合显著减少1.22次、延长0.79 min和提高32.18 g（P < 0.05）,而与TA/TA组合的差异未达到显著水平（P > 0.05）。C62T位点的TT基因型、G426A位点的AA基因型及TA/TA单倍型组合可显著或极显著缩短达100 kg体重日龄、提高30~100 kg平均日增重（P < 0.05;P < 0.01）;TA/TA组合达100 kg体重日龄分别较CG/CG、TA/CG组合分别显著缩短6.23和6.69 d（P < 0.05）,平均日增重分别极显著提高47.91和50.04 g/d（P < 0.01）。结果表明,prepro-orexin基因C62T和G426A位点对长白猪采食和生长性状的影响具有明显的协同效应。     

《地方猪品种登记实施细则（试行）》解读

为了加强监督管理，实现“由量到质、由表及里”的跨越，指导保种企业的生产实践，挖掘、评估、鉴定猪种遗传资源，揭示种质特性遗传机制，为开发利用奠定基础，全国畜牧总站制定了地方猪品种登记实施细则。潘玉春对地方猪品种登记的内容包括地方品种猪的系谱、生长发育、繁殖性能、胴体性状与肉质性状等方面的信息进行了解读。     

肉制品的DNA溯源技术

食品安全问题的频频爆发,使得食品溯源管理应运而生.作为食品的重要组成部分,肉制品的溯源管理尤为重要.在众多的溯源技术中,DNA溯源技术逐步占领主导地位.     

固醇调节元件结合蛋白及其靶基因在脂肪代谢中的研究进展

动物脂肪代谢受多种因素影响,其调控机制较为复杂.固醇调节元件结合蛋白1(SREBP1)是重要的核转录因子,它能与基因的启动子/增强子的固醇调节元件结合,激活靶基因转录,介导胆固醇生物合成的反馈调节,在脂肪酸合成中发挥重要的调节作用.通过对SREBP1基因以及其调控基因的研究,有助于更好的认识脂肪代谢机理,为猪肉质品质的改良提供完善的理论基础,同时也可以提高对人类脂质代谢性疾病如糖尿病、高脂血症、脂肪肝,肥胖等的认识以及指导临床治疗.本文介绍了近年来转录因子SREBP1基因及其调节的几个靶基因的研究进展,以便于对SREBP1基因以及其靶基因在脂肪代谢中的作用进行更深入、更广泛的研究.     

猪脂肪细胞决定和分化因子1基因(ADD1)中一个新SNP的特性及其对肉质性状影响

脂肪细胞决定和分化因子1（adipocyte determination and differentiation factor-1,ADD1）基因与人类和鼠的脂肪细胞分化具有确定的连锁关系。在脂肪细胞分化过程中,ADD1与转录因子PPARγ和C/EBP发挥着关键的作用。本研究克隆了保守DNA序列并用PCR-SSCP和直接测序法鉴定其多态性。同时,选择136头猪作为实验群体来探索其与肉质性状的关系。多态性分析发现：在第二外显子内一个导致错义突变的SNP,该SNP在实验群体内分布不平衡,未检测到AA基因型。相关分析结果显示,ADD1不同基因型间在肌内蛋白（MP）和肉色（MC）存在显著（P〈0.05）的差异;肌内脂肪（IMF）存在极显著（P〈0.01）的差异。说明,ADD1基因多态性有可能应用到提高肉质的育种实践中。     

5-羟色胺4受体mRNA在仔猪不同组织的表达

5-羟色胺4受体（5-HT4R）属于G-蛋白偶联受体超家族,广泛分布于中枢神经系统和外周组织中,调节多种神经递质的生理学效应.实验采用半定量RT-PCR的方法,检测和分析了猪5-HHTR的b亚型（5-HT4bR）基因mRNA在11种组织中的表达规律.结果发现,猪5-HT4bR在除肝脏以外的10种组织中都有表达,且不同组织内的表达量存在差异,其中脑组织和肠组织表达量较高.这一结果与5-HT4R基因在人和鼠上不同组织表达规律一致.     

猪钙蛋白酶抑制蛋白基因PCR-RFLP多态性与肉质性状及背膘厚间的关系分析

钙蛋白酶抑制蛋白(CAST)是钙蛋白酶系统的内源性抑制剂,并且已经被确定能影响宰后肉的嫩度。本研究采用PCR-RFLP技术,分析了CAST基因在125头PIC杂交猪中的多态性分布及其与肉质性状和背膘厚间的相关。结果发现,CAST基因在本研究所检测的位点均具有多态性。进一步分析表明,CAST^A2A2基因型个体与其相应的另外两个基因型个体相比肌内脂肪含量有显著差异,CAST^B1B2基因型个体对于肌内脂肪含量的影响也有相同的趋势;CAST^C1C2基因型个体与其相应的另外两个基因型个体相比背膘厚有显著差异,CAST^C1C2。基因型个体和CAST^D1D2基因型个体对于背膘厚的影响也有相同的趋势。因此可以把CAST基因作为影响猪肉盾性状和屠体性状的候选基因。