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10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析 总被引:2,自引:0,他引:2
为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon’s信息指数(I)、表观杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、F-统计量(Fis、Fit、Fst)、基因流(Nm)、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量(PIC),采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示:15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数(Fis)、总群体近交系数(Fit)、群体间遗传分化系数(Fst)的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。 相似文献
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在舍饲条件下,对云南黑山羊的初生重、断奶重、6月龄、10月龄、12月龄、18月龄和成年的体重以及6、10、12、18月龄、成年的体尺进行测定,同时利用兽用超声波诊断仪对6月龄和12月龄的背膘厚和眼肌面积进行活体测定。结果表明:在舍饲条件下,云南黑山羊初生重公羔(3.40±0.70)kg、母羔(3.11±0.63)kg;断奶重公羔(19.40±3.76)kg、母羔(15.13±2.42)kg;6月龄公、母羊体重分别占成年体重的44.83%和51.65%;6月龄公羊的体长、体高、胸围分别占成年公羊的76.10%、81.45%、76.46%,母羊的体长、体高、胸围分别占成年母羊的78.54%、86.62%、78.83%。云南黑山羊在6月龄前生长速度快,公羊生长显著高于母羊(P0.01)。6月龄公羊背膘厚为(3.32±0.44)mm,眼肌面积为(11.11±1.78)cm~2;母羊背膘厚为(2.67±0.32)mm,眼肌面积为(8.16±1.58)cm~2。12月龄公羊背膘厚为(3.34±0.46)mm,眼肌面积为(16.02±2.59)cm~2;母羊背膘厚为(3.10±0.45)mm,眼肌面积为(12.19±1.08)cm~2。试验表明云南黑山羊早期生长发育快,产肉性能好。 相似文献
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为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon's信息指数(I)、表观杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、F-统计量(Fis、Fit、Fst)、基因流(Nm)、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量(PIC),采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示:15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数(Fis)、总群体近交系数(Fit)、群体间遗传分化系数(Fst)的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。 相似文献
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为了改进山羊育种,提供有用的遗传标记,首先对3个山羊品种(云上黑山羊,济宁青山羊,辽宁绒山羊)768只母羊PARD3B和ESYT1基因的8个候选位点进行基因分型,之后再进行群体遗传学分析和关联分析。结果表明,3个山羊品种有7个候选位点均存在多态性,1个候选位点ESYT1 g.56562540C>G不存在多态性。PARD3B基因g. 42671330T>C位点和g.42147569C>G位点在3个群体中均为中度多态性(0.25T位点在辽宁绒山羊和云上黑山羊群体中为低度多态性(PIC <0.25),而在济宁青山羊群体中则为高度多态性(PIC>0.5);g.41961765C>T位点在济宁青山羊和云上黑山羊群体中均为低度多态性(PIC<0.25),在辽宁绒山羊群体中为中度多态性(0.25T位点和g.41961508A>G位点在辽宁绒山羊和济宁青山羊中均不存在多态性,在云上黑山羊中分别为中度多态性(0.25相似文献
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