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单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing, scRNA-seq)技术在单细胞水平对转录组进行测序,可从表达量、细胞量及细胞组成等多种角度描述样本,主要包括单细胞分离、mRNA反转录、文库构建、转录组测序和数据分析等步骤。单细胞分离是scRNA-seq技术操作的第一步,常用的细胞分离方法有连续稀释法、显微操作法、荧光激活流式细胞术、激光捕获显微切割术和微流控技术。基于不同细胞捕获、cDNA扩增和文库构建开发了许多scRNA-seq方法,如CEL-seq2、Drop-seq、MARS-seq、SCRB-seq、Smart-seq、Smart-seq2等。与传统测序方法相比,scRNA-seq可识别单个细胞的基因表达信息、记录细胞的空间位置、跟踪不同细胞谱系在分化过程中的轨迹,这为研究难以大量提取的肌内脂肪细胞分子特异性和发生分化过程带来极大便利。作者简要介绍了scRNA-seq技术的关键步骤,比较分析了单细胞分离和转录组测序方法的优缺点,综述了肌内脂肪细胞的起源以及scRNA-seq在肌内脂肪细胞的亚群和标记基因鉴定以及细胞分化轨迹追踪中的应用,以期为肌内脂肪... 相似文献
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【目的】研究长途运输对育肥牛体重、屠宰率及肝脏mRNA表达谱的影响,筛选长途运输影响肝脏功能的关键基因。【方法】选用体重相近的安格斯育肥公牛22头,随机分为2组,对照组9头就地屠宰,试验组13头经长途运输后屠宰,观察长途运输对体重和屠宰率的影响;此外,两组分别采集3头体重相近牛的肝脏组织,进行转录组测序(RNA-Seq),筛选差异表达基因,并对其进行GO功能和KEGG通路富集分析。【结果】长途运输后牛活体重降低4.5%,屠宰率较对照组无显著差异(P>0.05);RNA-Seq结果发现,长途运输组肝脏组织有182个基因显著上调表达,91个基因显著下调表达。GO功能与KEGG通路富集分析显示,182个上调表达基因显著富集在刺激反应的调节、过氧化物酶体和氧化还原酶活性,以及cAMP、MAPK和长寿调控通路等,与能量代谢及肝细胞损伤密切相关。根据GO功能与KEGG通路富集分析结果,筛选出4个与育肥牛长途运输后肝脏能量代谢变化、肝脏细胞损伤及损伤后适应性保护机制密切相关的基因:ACOX3、FOS、HSPA1A、HSPA6。【结论】安格斯育肥牛经长途运输后,活体重较运输前降低4.5%,筛选得... 相似文献
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为探究糜草黄贮替代全株玉米青贮饲喂西门塔尔杂交牛对其生长性能、血清生化指标、抗氧化指标和经济效益的影响,选用西门塔尔杂交公牛36头,随机分为4组,每组9头。对照组试验牛饲喂全混合日粮,试验组以10%、30%和50%糜草黄贮替代全株玉米青贮。试验期为75 d。结果表明:(1)各组试验牛初始体重、终末体重、平均日增重和料重比差异不显著(P> 0.05)。(2)试验组西杂牛血清尿素氮含量均显著低于对照组(P <0.05);10%和50%糜草黄贮替代组谷胱甘肽-过氧化物酶活性比对照组显著高10.93%和11.68%(P <0.05);50%糜草黄贮替代组血清丙二醛含量比对照组显著低11.18%(P <0.05)。(3)在60 d育肥期内,糜草黄贮替代组中30%替代组的总利润最高,分别比10%和50%替代组高72元和138元。综上所述,日粮中用糜草黄贮替代全株玉米青贮不影响西门塔尔杂交牛生长性能和血清生化指标,替代50%可提高西门塔尔杂交牛机体抗氧化能力,替代30%的育肥效益最高。 相似文献
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[目的]研究日粮中添加南瓜籽壳对不同生长阶段西杂肉牛生长性能、血清生化和免疫指标及激素水平的影响。[方法]选取体况良好的西门塔尔杂交公牛共40头,按照体重分为5组,分别为试验1组(300 kg左右)、试验2组(400 kg左右)、试验3组(500 kg左右)、试验4组(600 kg左右)和试验5组(700 kg左右),每组8头,分栏饲养,基础日粮中均添加10%的南瓜籽壳。试验期为90 d,预试期20 d,正试期70 d。记录各组肉牛试验期间体重及采食情况,计算平均日增重、平均日采食量和平均料重比;试验结束时采集血液样本制备血清,测定血清生化指标、免疫指标及激素水平。[结果]随着肉牛体重的增加,日采食量逐渐增加,试验4组和5组平均日采食量显著(P<0.05)高于其他组;试验1组平均料重比最低,显著(P<0.05)低于其他组。试验4组血清总蛋白(TP)、尿素氮(BUN)含量显著(P<0.05)高于试验1组、3组。试验2组血清免疫球蛋白M(IgM)含量显著(P<0.05)高于其他组。试验1组血清皮质醇(COR)水平显著(P<0.05)高于试验3组、4组、5组,试... 相似文献
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目前整杆式收获模式相比切断式收获模式主要多出了甘蔗收集和装车两个环节,本文阐述了目前在广西现有整杆式甘蔗联合收割机装备及收获模式,时理想的整杆式甘蔗联合收割机收获模式进行了探讨. 相似文献
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不同繁殖季节绵羊卵巢组织中piRNAs序列特征及表达差异分析 总被引:1,自引:0,他引:1
为了分析绵羊卵巢组织中piRNAs的序列特征及不同繁殖季节绵羊卵巢组织中piRNAs的表达差异,本试验采用Solexa测序技术对休情季节(休情期)和发情季节(卵泡期和黄体期)滩羊卵巢组织进行高通量测序,采用生物信息学方法筛选绵羊卵巢中的piRNAs,对piRNAs的长度分布、首位碱基偏好、基因组来源、染色体分布、链特异性、ping-pong循环特征、piRNAs比对重复序列类型进行分析,并对发情季节与休情季节绵羊卵巢之间差异表达的piRNAs进行靶基因预测及其靶基因的GO功能和KEGG Pathway富集分析。结果显示,绵羊卵巢中不同长度的piRNAs首位碱基偏好性不一致;3个时期(休情期、黄体期和卵泡期)的piRNAs均主要比对到基因内含子、编码区及lncRNA区域,而比对到重复序列的piRNAs相对较少;绵羊卵巢piRNAs在染色体上呈不均匀分布;绵羊piRNAs簇存在很强的链特异性,但首位碱基偏好性不明显;3个时期的piRNAs均无明显的ping-pong循环特征。KEGG富集分析发现,差异piRNA靶基因主要富集在RNA运输通路(RNA transport pathway)、嘌呤代谢通路(purine metabolism pathway)、黏着斑通路(focal adhesion)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)、Hippo信号通路(Hippo signaling pathway)等与绵羊繁殖相关的通路。本研究揭示了不同繁殖季节绵羊卵巢组织中的piRNAs序列特征,暗示绵羊卵巢组织中的piRNAs可能通过BAD等基因和黏着斑通路等调控绵羊季节性繁殖,为深入解析绵羊季节性发情分子机制提供一定参考。 相似文献