淅川乌骨鸡全基因组转座子的鉴定与分析

【目的】 通过分析淅川乌骨鸡全基因组重测序数据,获取淅川乌骨鸡转座子的基本信息和特征分布,探究转座子相关基因参与的通路。不仅对研究淅川乌骨鸡转座子的生物学功能具有重要的意义,而且为探索基因组扩增、基因组功能及进化研究提供重要基础数据。 【方法】 对淅川乌骨鸡血液DNA进行全基因组重测序,采用双末端短序列比对基因组,运用RepeatModeler、TEclass、RepeatMasker等使用流程对转座子进行鉴定、构建、校正、分类和注释,获得淅川乌骨鸡整个基因组所有的转座子,对转座子的特征、分布及和基因的关系等方面进行分析。并对转座子插入的所有基因进行GO和KEGG数据库富集,分别结合GO和KEGG注释结果对功能进行描述。 【结果】 经鉴定、分类和注释,淅川乌骨鸡共鉴定到370 252个转座子序列,分为19个超家族,主要为CR1、TcMar-Mariner、ERVL、ERV1等超家族,进一步说明淅川乌骨鸡转座子类型主要是逆转录转座子;转座子的数目和染色体长度有关,染色体越长,转座子数目越多。在基因组中转座子和基因的密度成反比,基因密集的区域中转座子密度较低;基因组内转座子的插入并非随机的,LTR/ERVL、LTR/ERV1、DNA/PIF-Harbinger、DNA/Hat-Charlie、RC/Helitron等转座子倾向于插入基因外部。GO富集分析表明,在生物过程条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是细胞过程、单生物过程、代谢过程、生物调节、刺激反应等;分子功能条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是结合、催化活性等;细胞组分条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是细胞部分、细胞器、膜等。KEGG富集分析表明,鉴定出的转座子主要在甘油酯代谢、PPAR信号通路、PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗、Jak-STAT信号通路等通路。着重关注了与淅川乌骨鸡特性相关的通路,如和色素沉积有关的酪氨酸代谢、和肉品质有关的脂代谢、脂肪酸的合成、PI3K-Akt信号通路等。 【结论】 转座子含量与基因组大小,具有一定的正相关性,而且淅川乌骨鸡转座子在基因组的分布存在一定偏好性。转座子相关基因在色素相关通路中富集,其可能与淅川乌骨鸡的种质特性有关,具体的调控机制还有待进一步研究。     

试论数字化城市管理基础数据普查的关键技术

数字化城市管理,集"3S"、大型空间数据库、网络通讯等技术为一体,是数字化与城市管理的有机结合。它为城管信息构建提供综合平台和新型管理模式的同时,促使了城市管理向信息化、数字化、网络化转变。数字化城市管理内容包括市容市貌、园林绿化、环境卫生、市政设施等方面,它以基础部件普查与建库为依据,提供精确度高、可用性强的基础数据平台的同时,推动城市管理向城市信息化发展。     

PCR技术在动物疫病诊断中的应用

聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction,PCR）,又称体外扩增技术,最早于1985年由Kary Mullis研制,是一种根据生物体内DNA复制的特点而设计的在体外对特定DNA序列进行快速扩增的新技术,具有特异性和敏感性高、操作简便、快速高效等特点。它能特异地在体外扩增微量基因或DNA片段,将皮克（pg）水平的DNA特异地扩增10^6～10^7倍,达到检测诊断的目的;在对特异性基因进行扩增时可使核苷酸的错配率低于万分之一;其操作过程在2～4h即可完成,有效缩短了诊断的时间。PCR技术目前已广泛应用于从基因扩增、基因检测到基因克隆、基因改造、     

生鲜牛乳中产肠毒素大肠埃希菌环介导等温扩增技术的建立与应用

为了快速检测生鲜牛乳中的产肠毒素大肠埃希菌(enterotoxigenic E.coli,ETEC),防止食源性产肠毒素大肠埃希菌给人类造成的危害,建立快速检测不耐热型产肠毒素大肠埃希菌的环介导等温扩增方法(LAMP)。敏感性和特异性试验结果表明,该方法敏感性高,特异性强,能够从生鲜牛乳中检测到1pg产肠毒素大肠埃希菌DNA,与其他型大肠埃希菌及细菌不发生交叉反应。利用建立的LAMP技术对来自西宁市奶牛场及自由市场的21份生鲜牛乳样品进行检测,6份样品呈阳性,阳性检出率为28.6%,从分子水平为生鲜牛乳中产肠毒素大肠埃希菌的检测提供了一种快速、准确的手段,对保障生鲜牛乳的食品安全有重要意义。     

不同剂型阿维菌素对牛皮蝇、蚊皮蝇驱除效果的探讨

随着养牛业的不断发展,尤其是肉牛饲养业的不断扩大,牛皮蝇、蚊皮蝇的发病机率也越来越高。根据这一实际情况,近年来作者在临床实践中,有针对性地使用不同剂型的阿维菌素,分别给牛进行内服和皮下注射,其中皮下注射60例,驱净率达98.33%。     

蛋鸡重组高致病性禽流感H5N1

参照蛋鸡高致病性禽流感免疫程序,对100只蛋雏鸡免疫重组高致病性禽流感H5N1(Re 1+Re-4)二价灭活疫苗,300只蛋雏鸡分3组分别免疫重组高致病性禽流感H5N1(Re-1)株、(Re-4)株灭活单苗作为对照,通过观察免疫应激反应,检测抗体效价,以评价该疫苗的免疫效果。     

北川白山羊屠宰性能及肉品质研究

本试验旨在研究北川白山羊选育过程中的屠宰性能和肉品质。分别从北川白山羊选育核心群中随机选取健康的成年公羊、成年母羊各5只,开展屠宰试验。结果显示:北川白山羊成年公羊、母羊的宰前活重分别为(42.20±2.14)kg、(32.90±3.11)kg;成年母羊肌肉粗蛋白质含量21.08%,粗脂肪含量1.22%,胆固醇含量65.20mg/100g;氨基酸中必需氨基酸含量47.74%,鲜味氨基酸含量36.36%;脂肪酸中油酸含量43.46%、棕榈酸含量23.30%、亚油酸含量4.09%。表明北川白山羊肌肉品质优良,胆固醇含量低,富含人体所必需的各种氨基酸和脂肪酸,是高档肉类产品,具有较大开发利用价值。     

不同生态型玉米生长特点的研究

在海拔600m处夏播玉米,对平丘紧凑型(A)、平丘平展型(B)、低山中熟型(C)、中山晚熟型(D)和高山早熟型(E)5个生态型玉米品种生长特点的研究表明：(1)D生态型的植株和穗位最高、穗高系数最大、叶数最多、单叶和单株面积最大、生育期最长、单株干物重最大,E生态型的这些值最小,其他生态型介于它们之间;(2)后期时间系数、后期干物质积累系数和后期净同化率的变化规律是E型＞A型＞B型＞C型＞D型;(3)收获指数A型＞B型、E型＞C型＞D型,分配指数B型＞C型＞A型＞Ｅ型＞D型。不同生态型玉米品种具有不同的植株生长、干物质积累和分配特点,这与各品种的地域来源、所适应的生态环境以及所处的育种阶段有关。     

猪链球菌病并发水肿病诊断

随着猪集约化饲养管理的不断发展,饲养数量和密度不断增加,生产周期缩短,各种疫病广泛传播,情况较为复杂。多种病原的混合感染就是一个突出的问题,需要深入研究加以确实诊断,才能解决问题。现把猪链球菌病并发水肿病诊断的情况报告如下。回发病情况某集约化养猪场近几年来以保育措为主,散发一种主要表现为神经症状的传染病,发病率约1％～3％,大部分可以治愈。最近一年以来开始出现同时表现呼吸症状和神经症状的新疫情。发病时间主要在35～45日龄,为断奶后1周左右,个别大猪也发病c不同批次保有猪发病情况不同,有的批次完全不出现…     

饲用小麦种植和利用的试验研究

本研究筛选小麦品种在南方冬闲田进行饲用种植和利用试验。结果表明在饲用小麦适应性好、产量较高,条播行距25 cm、播种量10 kg/667 m²时,其鲜草产量可达4 780 kg/667 m²,干草产量为1 070 kg/667 m²、全株收货时干物质29.85%。在南方冬闲田合理种植小麦,具有较好的生长优势,可获得较高生物学产量,适宜进行刈割鲜饲或青贮加工利用。本文可为本区域及相似地区的饲用小麦生产提供参考依据,缓解冬季饲草严重缺乏等实际生产问题。