猪PKM2基因的序列分析与组织表达及亚细胞定位

运用RT–PCR技术克隆猪PKM2基因的编码区序列,对该序列进行生物信息学分析,研究PKM2基因的组织表达及亚细胞定位。结果显示:猪PKM2基因CDS全长1 596 bp,编码531个氨基酸;预测其蛋白相对分子质量为5.79×104,等电点为7.96,含有多个磷酸化位点,为稳定蛋白;PKM2蛋白含有丙酮酸激酶家族的barreldomain和alpha/beta domain 2个结构域,其蛋白二级结构中α–螺旋和无规则卷曲占主要类型;猪PKM2蛋白序列在物种间非常保守,系统进化树分析表明,该蛋白与兔的亲缘关系最近;组织表达显示,猪PKM2基因在肾、小肠中相对高表达,而在肝脏与肌肉中相对低表达;亚细胞定位显示,PKM2蛋白在猪3D4/21和PK15细胞中表达于细胞质,而不表达于细胞核。     

猪胚胎附植部分因子研究进展

产仔数性状是养猪业中一个重要的经济性状,而胚胎附植对猪产仔数的高低有重要的影响。胚胎附植的调控涉及到多个生物学过程,在其中发挥作用的物质(附植因子)很多。作者针对孕酮、孕酮受体、雌二醇、雌激素受体α(ESR1)和促红细胞生成素产生肝细胞受体配体(Eph-ephrin)系统这几种附植因子的相关研究进行了归纳总结,重点阐述了这些因子在母胎对话过程中的时空表达、功能、突变、调控等方面的研究进展。其中,孕酮及其受体在猪胚胎附植活动中全程发挥着重要作用,黄体分泌的孕酮与母猪子宫内膜腔上皮、腺上皮、基质和肌细胞中的孕酮受体结合发挥作用,使这些组织细胞分泌多种附植因子,这些附植因子进一步参与胚胎附植过程。雌二醇是雌激素中含量最多、活性最强的一种激素,主要由卵巢颗粒细胞分泌,雌激素受体α是子宫内雌二醇的主要受体,二者结合可使母猪发情;此外,附植中处于游离状态的胚泡也分泌雌二醇,其是一个让母猪子宫内膜得以识别的信号,允许胚泡附植。Eph-ephrin系统作用广泛,其在人、小鼠和猪的胚胎附植过程中发挥着重要作用。系统中的EphA1、ephrin A1、EphA4等基因在猪的胚胎附植期表达量显著高于空怀猪,它们在子宫内膜附植点的表达量显著高于附植点间的部位,且ephrin A1的抑制表达会降低子宫内膜上皮细胞的迁移和黏附能力。这些附植因子都在猪胚胎附植活动中发挥着重要作用,对它们的深入研究将有利于明确猪胚胎附植调控机理,进一步揭示猪高繁机理。     

苏钟猪FTO基因的mRNA表达、克隆测序及其生物信息学分析

脂肪肥胖相关基因(FTO)在控制食欲和能量消耗方面具有重要作用。为进一步了解猪FTO基因的结构和功能,以苏钟猪为试验对象,利用RT-PCR方法,分析该基因在苏钟猪5种不同组织(肺脏、肝脏、心脏、背膘和背最长肌)RNA水平的表达谱信息;对苏钟猪FTO基因的编码序列(CDS)进行了克隆测序,并用生物信息学方法分析了苏钟猪FTO蛋白的结构和不同物种间的同源性。结果表明,FTO基因在苏钟猪各组织中的mRNA表达丰度表现为:背膘>心脏>肺脏>肝脏>背最长肌,其中背膘中的表达量显著高于其他组织(P<0.05)。苏钟猪FTO的CDS区发现了8个SNPs,分别为G52A、C523T、G628A、A655G、A810G、A886G、G1002A和A1344G。苏钟猪FTO基因编码一个含505个氨基酸的蛋白,理论等电点为5.23,具有亲水性,不存在信号肽,是非分泌型蛋白,与牛、绵羊、狗等物种的亲缘关系最近。FTO的mRNA表达对苏钟猪的皮下脂肪、心脏、肌肉等组织的脂肪沉积有一定影响,其编码序列中丰富的SNPs可成为苏钟猪肉质改良育种中的重要分子标记。     

去乙酰化酶SIRT1基因在猪不同发育阶段卵泡颗粒细胞中的表达规律研究

【目的】分析去乙酰化酶SIRT1基因在猪不同发育阶段卵泡颗粒细胞中的表达规律,为进一步了解SIRT1基因在猪卵泡发育中的调控机制奠定基础。【方法】采集猪卵巢,分离卵泡颗粒细胞,根据直径将其分为≤1.5mm,1.5~≤3.0mm,3.0~≤5.0mm,5.0mm 4个组,利用免疫组织化学方法分析SIRT1蛋白在不同发育阶段卵泡颗粒细胞中的表达定位,利用qRT-PCR和Western blotting方法分析SIRT1基因在不同直径卵泡颗粒细胞中mRNA和蛋白的表达量。【结果】SIRT1蛋白在不同发育卵泡颗粒细胞中均有表达,随着卵泡的发育,SIRT1蛋白表达量逐渐升高,其在原始卵泡中表达量最低,在其余卵泡中表达量较高。SIRT1mRNA及其蛋白在不同直径的卵泡中表达趋势一致,在直径1.5~≤3.0mm卵泡中的表达量极显著高于其他直径卵泡(P0.01)。【结论】SIRT1基因在不同卵泡中的表达具有规律性,与猪卵巢卵泡发育具有潜在的相关性。     

CRISPR/Cas9系统介导大鼠Inhba基因的编辑

利用chopchop网站对大鼠Inhba基因的第二外显子设计sgRNA位点,通过合成sgRNA寡核苷酸、酶切连接构建到px330载体,再转染px330–Inhba–sgRNA载体到大鼠L6细胞,通过T7E1酶切、T载体克隆测序来验证sgRNA编辑Inhba基因的效率。结果表明：转染pX330–Inbha–sgRNA载体后,Inhba基因的编辑区域的PCR产物能被T7E1酶切割预期条带;T载体克隆测序显示,随机选取的20个单克隆中有5个克隆在预期切割位点附近出现不同长度的碱基缺失,估测编辑效率为25%。可见,本研究设计的sgRNA能够有效利用CRISPR/Cas9系统对Inhba基因进行编辑。     

猪PGC1基因PCR-RFLP多态性研究

通过PCR-RFLP方法,检测外来品种大约克猪和江苏省地方品种梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪以及培育品种苏钟猪共144头,结果表明,PGC1基因序列经AluⅠ酶切后存在AA、AT和TT 3种基因型,其中大约克猪中AA基因型占优势,A等位基因频率为0.7;江苏省地方品种猪中,TT基因型占绝对优势,T等位基因频率平均为0.99,梅山猪和二花脸猪均为TT型。PGC1基因的PCR-RFLP基因型分布χ2检验结果表明,大约克猪与苏钟猪、梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪差异极显著;苏钟猪与梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪差异极显著;梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪三者之间无显著性差异。     

5个不同猪种PGC1基因PCR-RFLP多态性研究

通过PCR—RFLP方法,检测外来品种大约克猪和江苏省地方品种梅山猪．二花脸猪．姜曲海猪以及培育品种苏钟猪共144头,结果表明PGC1基因序列经Aul I酶切后存在AA、AT和TT 3种基因型,其中大约克猪中AA基因型占优势,A等位基因频率为0．7,而江苏省地方品种猪中,TT占绝对优势,T等位基因频率平均为0．99,其中梅山猪和二花脸猪均为TT型。PGC1基因的PCR—RFLP基因型分布x2检验结果表明,大约克猪与苏钟猪．梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪差异极显著;苏钟猪与梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪差异极显著;梅山猪、二花脸猪,姜曲海猪三者之间无显著性差异。     

母猪窝产活仔数与初生仔猪整齐度的相关性研究

本研究统计分析了苏钟猪纯系及其杂交系母猪窝产活仔数与初生仔猪整齐度间的相关性,结果表明,随着母猪窝产活仔数的增加,仔猪初生重的平均数逐渐降低,标准差逐渐升高,整齐度不断降低。纯系苏钟猪窝产活仔数与标准差存在正相关,差异达到显著水平 (P<0.05);与平均数存在负相关,差异达到极显著水平(P<0.01);杂交系苏钟猪窝产活仔数与标准差存在正相关,差异达到极显著水平(P<0.01);与平均数存在负相关,差异也达到极显著水平(P<0.01)。同时,不同产仔区间母猪窝产活仔数对仔猪初生重的标准差和平均数也存在较显著的影响,母猪窝产活仔数与初生仔猪的整齐度间存在一个较优的经济区间。     

PolyI:C刺激猪PK15细胞后病毒感染应答基因未注释转录本鉴定及其特征分析

【目的】鉴定猪PK15细胞在类病毒聚肌胞苷酸(PolyI:C)刺激后病毒感染应答基因的未注释转录本的数量、剪接类型、新蛋白编码与分子结构,为进一步研究这些未注释转录本的功能奠定基础。【方法】将猪PK15细胞分为对照组和试验组,每组3个重复;试验组加入终浓度为20μg/mL的PolyI:C,对照组加入等体积(2μL)的PBS,两组在37℃、5%CO₂条件下分别刺激6 h后进行Nanopore测序,鉴定两组的总转录本与差异表达基因。对差异表达基因进行GO功能分析,进一步筛选病毒感染的应答基因。对总转录本与Ensemble注释的转录本序列进行比较,发现未注释转录本。将病毒感染应答基因的未注释转录本与其对应的Ensemble注释转录本序列进行比对,分析未注释转录本的剪接类型和编码蛋白。【结果】PolyI:C刺激后,两组共鉴定蛋白编码的转录本61 505个,其中有Ensemble数据库注释的39 497个,未注释的转录本22 008个,未注释转录本数量占总数的35.78%。同时两组鉴定到71个差异蛋白编码基因,与对照组相比,试验组上调表达基因57个,下调表达基因14个。GO...