三穗鸭ATF4基因多态性鉴定及其与蛋壳品质的关联分析

[目的]探讨三穗鸭转录激活子4基因(ATF4)多态性与蛋壳品质的相关性,揭示禽类ATF4的生物学功能及其遗传特性,为进一步研究蛋壳品质的调控机制打下基础.[方法]以三穗鸭为研究对象,经PCR扩增获得ATF4基因后采用直接测序法检查三穗鸭ATF4基因全部编码区的变异位点,运用SHEsis计算基因型频率、等位基因频率、单倍型频率及基因型分布卡方值(χ2)等,利用PopGen32计算各SNP位点的观察杂合度(He)、有效等位基因(Ne)及多态信息量(PIC),并以SPSS 18.0中的一般线性模型(GLM)分析SNP位点对蛋壳品质的遗传效应.[结果]在三穗鸭ATF4基因第3外显子(Exon-3)上发现3个SNPs位点(g.2394G>A、g.2571A>G和g.2667A>G),均属于同义突变.3个SNPs位点在三穗鸭群体中均呈中度多态性(0.25G位点对三穗鸭蛋重和蛋壳重的影响达显著水平(P<0.05,下同),g.2667A>G位点对蛋壳厚度的影响达显著水平,g.2394G>A位点对蛋壳品质性状指标的影响不显著(P>0.05);双倍型H2H2(AAGGGG)的蛋壳厚度、蛋壳强度和蛋形指数均最高,是对三穗鸭蛋壳品质最有利的基因型,且3个SNPs位点共同对蛋壳品质的影响效应明显大于单个SNP位点.[结论]三穗鸭ATF4基因存在3个SNPs位点(g.2394G>A、g.2571 A>G和g.2667A>G),均属于同义突变,其中g.2571A>G和g.2667A>G位点对蛋壳品质有显著影响,3个SNPs位点组合基因型对蛋壳品质也产生显著影响,可作为鸭蛋蛋壳品质选择的分子遗传标记.     

长顺绿壳蛋鸡ITPR1基因RYDR-ITPR结构域的多态性对蛋壳品质的影响

为了探究贵州特产长顺绿壳蛋鸡ITPR1基因RYDR-ITPR结构域的多态性对蛋壳品质的影响,采用在线引物设计软件Primer Premier 3.0设计1对引物,扩增ITPR1基因RYDR-ITPR结构域,利用双向直接测序和序列比对法挖掘单核苷酸多态性(SNP)位点,应用SPSS 18.0软件分析SNP位点对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响。结果显示,在ITPR1基因第17～19内含子区共发现3个SNP位点,分别为位于18内含子上的g.18853584 GT、g.18853600 AG突变位点和19外显子上的g.18853848 CT突变位点;3个SNP位点均为中度多态,均未偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05),共检测到4种单倍型和7种双倍型。关联分析结果显示,位于19外显子上的g.18853848 CT突变对蛋壳厚度有显著影响,TT、CC基因型显著高于TC基因型(P0.05);双倍型H3H3的蛋壳厚度和蛋壳强度测定值最高。综上,长顺绿壳蛋鸡ITPR1基因RYDR-ITPR结构域中g.18853848 CT突变可能是影响蛋壳厚度的标记位点,双倍型H3H3可能是蛋壳厚度和蛋壳强度的有利双倍型。     

三穗鸭ORAI1基因SNPs筛查及生物信息学分析

为探讨钙释放酶激活钙调制器1(ORAI1)与三穗鸭蛋壳品质的相关性,构建三穗鸭DNA混合池,运用PCR扩增和直接测序法对三穗鸭ORAI1基因进行单核苷酸多态性(SNP)检测,进而筛选出对三穗鸭蛋壳品质有显著影响的SNPs,同时对三穗鸭ORAI1基因编码的蛋白质进行功能预测。结果显示,三穗鸭ORAI1基因编码263个氨基酸,组成一种不稳定的亲水性蛋白,蛋白质的二级结构主要由α螺旋、无规卷曲、延伸链和β转角构成;在扩增段共发现3个SNPs,分别是T84C、C188T、A471G,均为同义突变,未造成氨基酸的改变,但引起该基因mRNA二级结构和自由能的变化,并且各突变位点在突变前后等位基因频率存在差异。以上结果提示,ORAI1基因有3个SNPs,可作为改善蛋壳品质分子标记位点的参考。     

利用微卫星标记分析兴义鸭的遗传多样性

文章旨在阐明兴义鸭的遗传多样性,为其保种与开发利0用提供参考依据。采用20对引物扩增兴义鸭的微卫星片段和判型,计算每个微卫星座位的有效等位基因数(Ne)、等位基因频率(P)、基因杂合度(H)及多态信息含量(PIC)。结果显示:20对微卫星引物在兴义鸭群体中均检测到多态,共检测到85个等位基因,平均每个微卫星基因座等位基因数4.2500个,群体平均杂合度H=0.6850,平均多态含量PIC=0.6284,平均有效等位基因数Ne=3.4449个,其中AJ272578、AJ515883、AJ515889、AJ515895、AJ515897、AJ515900表现为中度多态,剩下的14个位点均表现出高度多态性,试验结果表明,在兴义鸭具有丰富的遗传多样性,具有重要的保种价值和选育开发潜能。     

樱桃谷鸭IP3R3基因多态性与蛋壳品质的关联分析

为了探究三磷酸肌醇受体3型(IP3R3)基因多态位点对蛋鸭蛋壳品质的影响,试验以樱桃谷鸭为材料,收集45周龄鸭蛋测定蛋质量、蛋形指数、蛋壳厚度、蛋壳强度和蛋壳质量5个指标,并与突变位点进行关联性分析.结果显示,在IP3R3基因中检测到2个SNP位点,分别为第6外显子的g.5539186 T>C突变和第8外显子的g.55...     

OCX-32基因表达载体构建及其对鸡子宫上皮细胞Ca2+浓度和脂质指标的影响

为探究卵黄蛋白原-32（ovocalyxin-32,OCX-32）基因过表达与鸡子宫上皮细胞Ca²⁺含量和脂质指标之间的关联性,本研究采用Ⅳ型胶原酶法分离培养长顺绿壳蛋鸡子宫上皮细胞,构建pcDNA3.1（+）+OCX-32+Flag表达载体并转染子宫上皮细胞,测定OCX-32基因过表达量、Ca²⁺浓度和脂质指标并进行相关性分析。结果显示,试验组的总胆固醇（TCHO）浓度显著高于对照组（P<0.05）,对照组的Ca²⁺浓度显著高于试验组（P<0.05）。OCX-32基因过表达量与Ca²⁺浓度呈显著负相关关系（P<0.05）,与甘油三酯（TG）浓度呈显著正相关关系（P<0.05）,与TCHO浓度呈极显著负相关关系（P<0.01）,TCHO浓度与TG浓度呈极显著负相关关系（P<0.01）,研究结果揭示了OCX-32基因过表达能够调控鸡子宫上皮细胞的Ca²⁺含量和脂质的合成转运,为深入阐释鸡子宫上皮细胞中脂质和钙分泌的调控机制提供试验基础和数据支持。     

三穗鸭蛋壳品质关联基因CALM1突变位点SNP s的鉴定与分析

钙调蛋白(calmodulin,CaM)是钙信号的主要介质,可以调节许多与神经功能相关的过程,能介导Ca~(2+)与细胞功能的外部信号的关键信使。本文以114只三穗鸭DNA为模板,通过PCR直接测序法,分析基因突变对三穗鸭蛋壳品质的影响。结果表明:从三穗鸭CALM1基因6对特异性引物中共发现3个突变SNPs位点,分别位于第2内含子g.21554634AG、第3内含子g.21554954TC和第4内含子g.21558072AT,多态性分析均属于中度多态(0.50P0.25),卡方(χ~2)检验结果显示各位点基因型分布未偏离Hardy-Weinberg平衡。在关联性分析中3个位点对蛋壳厚度、蛋壳强度和蛋重都达到了一定的影响,对蛋壳强度达到了极显著的影响。因此,可通过筛选3个位点的AA、TT和AA基因型来提高蛋壳的强度,减少在运输过程的损失。