种公鸡体形外貌及精液品质性状的聚类分析

本研究对种公鸡的体形外貌及精液品质共14个性状，用统计分析软件SPSS(Ver．11．0)进行了聚类分析，结果表明：在SPSS提供的聚类分析方法中，沃特氏(Ward’s method)聚类分析法把这些性状分为5类，能较全面反映性状实际情况。这一结果为种公鸡的体形外貌、精液品质的选育提供了科学依据。     

GPR54基因多态性与小梅山猪产仔数的关联分析

本研究旨在检测猪GPR54基因多态性,分析其与产仔数之间的关系。采用PCR-SSCP、PCR-R FLP和直接测序方法,对小梅山猪、枫泾猪和大白猪3个群体218头繁殖母猪进行GPR54基因的多态分析,并采用最小二乘法分析其与616窝小梅山母猪繁殖记录的关系。结果表明:在3对引物(P1、P4、P8)中检测到3个多态位点,其中1个多态位点(P1)导致氨基酸的改变(Leu35Pro),P4与P8位点的基因遗传为连锁遗传;P1位点上,2胎以上小梅山母猪中,BB型个体的产活仔数(NBA)比AB型和AA型分别高0.69、1.65头(P0.01),所有胎次中,BB型个体的TNB和NBA均高于AA型(P0.01)和AB型(P0.01);P4/P8位点上,杂合型的总产仔数(TNB)和NBA均高于纯合型。结果提示,对于小梅山猪,P1位点的BB基因型可作为小梅山猪辅助选择的遗传标记。     

zyxin基因外显子7(exon 7)SNP位点与京海黄鸡屠宰及肉品质性能的相关性

以京海黄鸡为试验材料,采用PCR-SSCP技术检测斑联蛋白(zyxin)基因第7外显子SNP,探讨zyxin基因该位点多态性与京海黄鸡屠宰性能以及肉品质之间的关系.结果发现该位点存在1个SNP突变位点,表现为3种基因型,分别为AA、AB和BB.统计分析表明公鸡的肝质量、屠宰率,BB基因型显著高于AA型(P＜0.05);腹脂质量、胸肌率、腿肌率,AA型显著高于BB型(P＜0.05).母鸡群体中,只有爪质量AA型显著高于BB型(P＜0.05).3种基因型对内品质的影响均不显著(P＞0.05).     

京海黄鸡柔嫩艾美尔球虫感染对脾脏和盲肠IL-6、IL-8、CCLi2基因表达量的影响及其相关性

白介素6(IL-6)、白介素8(IL-8)和CC趋化因子配体2(CCLi2)3种细胞因子在炎症反应以及机体免疫方面发挥重要作用。为了揭示球虫感染对脾脏和盲肠中IL-6、IL-8和CCLi2的表达量的影响,以京海黄鸡(Gallus gallus)为试验材料,设球虫感染组和非感染的对照组,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测了脾脏与盲肠组织中IL-6、IL-8和CCLi2的mRNA的相对表达量,比较同一组织感染组与对照组间3个基因表达量的差异,同时分析同一处理组的同一组织内、不同组织间3个基因表达量的相关性。研究结果表明:感染组脾脏组织IL-6、IL-8和CCLi2三个基因的表达量均显著高于对照组(P<0.05),其中IL-6基因达极显著水平(P<0.01);感染组盲肠组织中IL-6、IL-8和CCLi2的表达量均极显著地高于对照组(P<0.01)。相关性分析结果表明,感染组脾脏组织中IL-6、IL-8和CCLi2的表达量之间均存在极显著的正相关(P<0.01);在感染组盲肠组织中IL-8、CCLi2与IL-6基因的表达量存在极显著的正相关(P<0.01),但IL-8与CCLi2基因表达量相关不显著(P>0.05);在对照组脾脏组织中,IL-6、IL-8与CCLi2间存在极显著的正相关(P<0.01),其他基因间相关均不显著(P>0.05);对照组盲肠组织中IL-6、IL-8和CCLi2之间均存在极显著的正相关(P<0.01);此外,无论感染组还是对照组,脾脏和盲肠组织间3个基因的表达量相关性均不显著(P>0.05)。以上结果表明,IL-6、IL-8和CCLi2可能在京海黄鸡球虫感染过程中发挥重要作用,研究结果对进一步探讨这3个基因在球虫病抗病育种中的作用提供了依据,对京海黄鸡球虫病抗病育种具有重要意义。     

感染大肠杆菌F17湖羊羔羊脾脏中差异circRNA分析

【背景】羊大肠杆菌病是一种以剧烈腹泻和败血症为特征的急性传染病,是规模化羊场最为常见高发的细菌性疾病之一,尤其是初生羔羊易被产肠毒素大肠杆菌（ETEC）感染,引起羔羊腹泻,又叫羔羊白痢,使养殖场遭受严重的经济损失。而传统的抗生素治疗方案存在诸多缺陷。【目的】 本研究通过让湖羊羔羊口服大肠杆菌 F17菌株获得不腹泻和腹泻的羔羊个体,筛选出服用大肠杆菌F17菌毛后不腹泻与腹泻型个体中差异表达的circRNA,进而探究circRNA在绵羊抗腹泻中的作用,从而发现与抗大肠杆菌病性状相关的候选基因。从circRNA层面上,加深对绵羊拮抗大肠杆菌F17菌株的认识,确定绵羊拮抗大肠杆菌F17菌株的功能基因。【方法】用CIRI软件从头预测circRNA,利用RNA-seq技术,首次筛选出感染大肠杆菌F17菌株后不腹泻与腹泻型羔羊个体脾脏中差异表达的(DE)circRNA,对差异表达转录本进行GO富集分析,结合GO注释结果对其功能进行描述。统计每个GO条目中所包括的差异转录本个数,并用Fisher's exact test计算每个GO条目中差异转录本富集的显著性。然后随机选择6个DE circRNA,利用q-PCR分别验证这6个DE circRNA在不腹泻和腹泻组羔羊脾脏内的相对表达水平,进而利用Miranda软件来预测与miRNA结合的circRNA以及miRNA的靶基因,根据miRNA靶基因的功能注释来阐明此部分circRNA的功能,分析circRNA-miRNA-mRNA相互作用,最后用q-PCR验证circRNA在不腹泻组和腹泻组羔羊体内的相对表达水平。【结果】 绘制参考序列后,鉴定出已知的7 730个circRNA,DE circRNA与GO 数据库进行比对,发现一共有60条circRNA被注释和分类到297个功能亚类中。利用RNA-seq在不腹泻和腹泻羔羊脾脏中筛选出60个差异表达的(DE) circRNA,其中31个上调和29个下调,用q-PCR验证随机选择的6个DE circRNA在不腹泻组和腹泻组羔羊体内的相对表达水平,发现与RNA-seq结果一致。利用Miranda分析circRNA-miRNA-mRNA相互作用,发现6个circRNA、5个miRNA和8个mRNA之间存在一定的靶标关系,用q-PCR验证mRNA在不腹泻组和腹泻组羔羊体内的相对表达水平,发现与RNA-seq结果一致。【结论】 探究了对于不腹泻和腹泻羔羊脾脏中circRNA的表达谱,进一步了解其在绵羊抗病发生过程中的调控作用。发现了不腹泻和腹泻羔羊脾脏中差异表达的circRNA,有助于找出羔羊如何抵抗腹泻的发生机制,为羔羊抵抗腹泻提供科学的依据。     

F17大肠杆菌在湖羊羔羊个体脾脏中LncRNA表达谱变化

【目的】通过筛选对大肠杆菌（E.coli）F17菌毛非腹泻型与腹泻型的绵羊脾脏中差异表达的lncRNA,来探究lncRNA对绵羊抗腹泻的作用。【方法】本研究通过对湖羊羔羊口服E.coli F17菌株获得非腹泻和腹泻型个体,利用羔羊肠道细菌计数、病理组织切片验证攻毒成功性;构建非腹泻组和腹泻组羔羊脾脏的cDNA文库,使用Illumina HiSeq 2500平台进行配对测序;通过Gene Ontology（GO）和KEGG Pathway富集分析对差异表达转录本功能描述和细胞通路分析,利用FPKM法估计lncRNA和mRNA转录物的表达水平,并用高通量测序技术RNA-seq筛选出非腹泻和腹泻个体脾脏中的差异表达lncRNA;然后利用荧光定量PCR技术检测了非腹泻组和腹泻组羔羊脾脏组织中DE lncRNA和DE mRNA的表达水平,来验证筛选的DE lncRNA在非腹泻组过程中发挥作用。【结果】羔羊口服E.coli F17菌株后,出现非腹泻和腹泻两种表型,腹泻组羔羊肠道中的细菌数量显著高于非腹泻组（P<0.05）,同时腹泻组羔羊空肠黏膜组织出现不同程度的损伤,色泽暗沉,小肠绒毛部分脱落。笔者利用RNA-seq在非腹泻和腹泻羔羊脾脏中筛选出34个差异表达的（DE）lncRNA,703个的DE mRNA,随机选择一共12个DE lncRNA和DE mRNA,用q-PCR验证它们在非腹泻型和腹泻型羔羊体内的相对表达水平,发现与RNA-seq结果一致。通过Gene Ontology（GO）和KEGG Pathway富集分析,将DE lncRNA与GO 数据库进行比对的结果表明一共有34条lncRNA被注释和分类到302个功能亚类中,绵羊蛋白质结合（GO：0005515）,细胞核（GO：0005634）,poly（A）RNA结合（GO：0044822）,细胞质（GO：0005737）,组织重塑（GO：0048771）,内肽酶活性的调节（GO：0052548））,6-磷酸果糖-2-激酶/果糖-2,6-双磷酸酶复合物（GO：0043540）,磷脂酰肌醇磷酸化（GO：0046854）,果糖-2,6-二磷酸2-磷酸酶活性（GO：0004331）,钙依赖性磷脂酶C活性（GO：0050429）等10 个功能亚类的lncRNA较多,而其余的功能亚类的lncRNA分布较少。将DE lncRNA与KEGG 通路数据库进行比对的结果表明,一共有34条lncRNA被注释和归类到149个KEGG 通路中,绵羊甲状腺激素信号通路（路径：ko04919）,Spliceosome（路径：ko03040）,白细胞跨内皮迁移（路径：ko04670）,神经营养因子信号通路（路径：ko04722）,溶酶体（路径：ko04142）,MAPK信号通路 - 途径（路径： ko04011）,鞘脂信号通路（路径：ko04071）,吞噬体（路径：ko04145）,氧化磷酸化（路径：ko00190）等9 个KEGG 通路的lncRNA较多,而其余的KEGG 通路的lncRNA分布较少。 通过lncRNA-mRNA相互作用网络分析,发现6个共表达基因：MYO1G、TIMM29、CARM1、ADGRB1、SEPT4、DESI2。【结论】探究了对于腹泻产生非腹泻和腹泻型羔羊脾脏中lncRNA的表达谱,发现了非腹泻和腹泻羔羊脾脏中差异表达的lncRNA,有助于找出羔羊如何抵抗腹泻的发生机制,为羔羊抵抗腹泻提供科学的依据。     

不同精液稀释液对海扬黄鸡配套系亲本精液品质的影响

为探究鸡适宜的精液稀释液配方以及稀释液最佳保存时间,本实验采集50只海扬黄鸡精液,测定比较3种不同的精液稀释液(基础稀释液、BPSE稀释液、自配稀释液)稀释后体外不同存放时间(0.5、1.5 h)以及对自配稀释液在100℃灭菌和加双抗条件下不同存放天数(3、6 d)稀释后的精液品质。结果表明:存放0.5 h后,自配稀释液稀释后的精子活力较BPSE稀释液提高了2.29%(P<0.05),自配稀释液稀释后的精子活率较基础稀释液、BPSE稀释液分别提高0.65%(P<0.05)、0.66%(P<0.05);存放1.5 h后自配稀释液稀释精子活力较基础稀释液提高了4.61%(P<0.05),精子活率较基础稀释液和BPSE稀释液分别提高0.98%(P<0.05)、1.12%(P<0.05);BPSE稀释液稀释后的精子畸形率在存放0.5 h和1.5 h后均为最高;3种稀释液稀释后的精液在体外存放0.5和1.5 h之后,精液死精率均无显著差异,但在1.5 h时自配稀释液死精率最低;100℃煮沸和加双抗的稀释液在4℃冰箱中存放3 d和6 d后稀释的各精液品质指标间均无显著差异。综合上述,自配稀释液稀释后精液品质优于基础稀释液、BPSE稀释液,可作为海扬黄鸡的精液稀释液;煮沸或加入双抗的自配稀释液保存6 d之内对所测精液品质指标没有影响。     

新扬州鸡早期体重的遗传力估计

在新扬州鸡随机交配大群中,按家系随机选择不同年份的新扬州鸡2批,采用约束极大似然法对新扬州鸡早期体重遗传力进行估计。结果表明:初生和2、4、6、8周龄5个不同时期体重遗传力中等,遗传力为0.3096～0.5684,达到或接近显著水平(P<0.05);2、4、6及8周龄4个不同时期体重遗传力为0.30～0.44;初生重遗传力较高,接近0.60。     

京海黄鸡杂交组合亲本鸡球虫抗性指标的比较

为研究京海黄鸡杂交组合亲本BB鸡与FF鸡鸡球虫病抗性的差异,试验选取BB和FF公鸡各30只,饲养至9日龄时,每个群体随机分为免疫组(n=15)和非免疫对照组(n=15),分组当天免疫组京海黄鸡杂交组合亲本按正典鸡球虫病四价活疫苗说明书要求接种鸡球虫疫苗,疫苗免疫后第8天采用生物素双抗体酶联免疫吸附法(ELISA)测定免疫组和非免疫对照组8个血浆球虫抗性指标,并进行差异显著性检验.结果显示,BB鸡免疫组过氧化氢酶(CAT)、超氧化物歧化酶(SOD)和白介素17(IL-17)的含量显著高于FF鸡免疫组(P <0.05);BB杂交组合亲本免疫组CAT含量极显著高于对照组(P <0.01),SOD含量显著高于对照组(P <0.05);FF杂交组合亲本免疫组CAT和谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)含量均显著高于对照组(P <0.05).综合分析结果表明,BB鸡免疫效果优于FF鸡群体,BB鸡球虫病抗性优于FF鸡群体.     

昆山麻鸭重要遗传种质特性的检测与分析

为了揭示昆山麻鸭的遗传特性,在昆山麻鸭保种场对昆山麻鸭重要遗传种质特性进行了检测,这些性状包括繁殖性能、体尺性状以及肉用性能。同时分别对体尺性状、肉用性状各指标间的表型相关进行了分析。结果表明：体尺性状的变异系数均小于10%,而肉用性能指标的变异系数均超过了10%,说明肉用性能的变异程度大于体尺性状,肉用性能的遗传稳定性差。母鸭的半净膛率和全净膛率差异极显著高于公鸭（P＜0.01）,说明母鸭的出肉率高于公鸭。相关分析结果表明,宰前活重、屠体重、半净膛重、全净膛重、胸肌重间均存在极显著的正相关（P＜0.01）,且相关系数均在0.828以上,全净膛重和半净膛重的相关系数达0997,决定系数（r2）达0.994,全净膛率和半净膛率相关系数达0.990,决定系数达0.98,说明这些性状间的关系密切,选择宰前活重可以间接选择屠体重和全净膛重。