利用iTRAQ蛋白质组技术筛选与鸡喙畸形相关的候选蛋白

【目的】中国地方鸡种如北京油鸡、清远麻鸡存在喙畸形现象,表现为上下喙咬合不全,呈交叉状。严重影响鸡饮水和采食,从而影响个体发育和生产性能的发挥,造成一定经济损失。笔者根据喙畸形个体的系谱记录,发现喙畸形的形成受到遗传因素的影响,但具体机制尚不明确。蛋白是行使各种生物学功能的最终形式之一,喙畸形个体的发生可能是由于核心蛋白或者相关调控蛋白代谢异常造成的。利用同位素标记相对和绝对定量（isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ）技术以及生物信息学分析方法,筛选鸡畸形喙与正常喙中差异表达的蛋白,作为喙畸形相关的重要候选蛋白,为进一步研究北京油鸡喙畸形的遗传机制奠定基础。【方法】挑选3只120日龄喙畸形的公鸡作为试验组,编号为W1、W2、W3,同时,挑选与试验组个体为同胞关系（全同胞或半同胞）的喙正常公鸡作为对照组,编号为Z1、Z2、Z3。将喙畸形与其同胞正常个体作为一个比对组,iTRAQ试验具体包含3个比对组,即W1 vs Z1,W2 vs Z2,W3 vs Z3。屠宰个体后,剔除喙组织周围肌肉和筋膜,分离得到喙上颌骨和下颌骨,提取总蛋白样品,应用6个 iTRAQ标签标记各蛋白样品,经过色谱层析预分离,联合液相串联质谱分析,采用Mascot 2.3.02软件对蛋白进行鉴定和定量分析。试验组（W）与其同胞对照组(Z)样本比较（W1 vs Z1,W2 vs Z2,W3 vs Z3）,选择肽段数≥2,表达差异值＞1.2（上调）或＜0.83（下调）,且P＜0.05的蛋白作为差异表达蛋白。【结果】利用iTRAQ技术一共在喙组织中鉴定到3 372个蛋白,鉴定到的特异性肽段有12 769个。其中原鸡蛋白1 869个,分子质量主要分布在10-100 kD之间。3个比对组共鉴定出159个表达量有显著差异的蛋白质,其中包含70个表达上调的蛋白,89个表达下调的蛋白。统计各比对组蛋白表达差异值发现,表达量差异较大的上调蛋白质有LPL、MLC-2、CO9A1、MATN3、HSP90B1等,表达量差异较大的下调蛋白质有MBP、RLA1、PRVM、HAPLN1等。结合已经报道的这些蛋白的生物学功能,其中CO9A1、MATN3、HAPLN1与软骨合成和软骨骨化相关,CO9A1是带状软骨纤维的组成物质,MATN家族是非胶原性细胞外基质蛋白家族,HAPLN1是软骨细胞外基质的重要组成成分;PRVM是细胞内钙离子结合蛋白,参与调控Ca2+离子信号通路;LPL是多功能酶,主要在脂质代谢和转运过程中起作用,参与调控PPAR信号通路。初步筛选出CO9A1、MATN3、HAPLN1、PRVM、LPL作为与鸡喙畸形相关的候选蛋白。【结论】差异表达蛋白的发现为鸡喙畸形形态的发生提供蛋白质水平上的理论依据。     

山东农业信息化工作现状与发展对策

电子信息、网络通讯、自动控制等信息技术在农业领域的广泛应用,提升了现代农业的智能化和自动化水平。本文对山东农业信息化工作的发展状况进行了分析,并针对目前农业信息化工作中存在的主要问题提出了发展建议和对策。     

藤本月季‘大游行’在承德地区的引种栽培试验

[目的]为承德地区藤本月季’大游行’的栽培管理提出建议。[方法]对藤本月季品种’大游行’在承德地区进行引种栽培,研究光照、水、肥等环境因素对’大游行’生长的影响。[结果]’大游行’在遮阴20%的条件下株高、冠幅、叶长、叶宽等指标达到最大值,随着遮阴强度的不断增加各项指标均有明显下降。与无处理对照组相比,每30 d浇水1次’大游行’的各项生长指标差距不明显,控制每15 d浇水1次各项指标均有所降低,花色和叶色变浅。每小区(4 m²)施牛粪100 g的条件下,’大游行’的各项生长指标较自然条件下均有明显增长,施肥对花色、叶色的影响也较为明显。[结论]藤本月季’大游行’具有较好的适应能力和抗逆性,在承德地区园林绿化中可以大力推广应用,在实际应用中要综合协调好光照、水、肥和应用环境、需求间的关系,以达到较好的应用效果。     

农业企业商务管理系统赛克2000XP

作者根据农业企业的现状和发展趋势 ,在充分调研的基础上设计开发了农业企业商务管理系统赛克2000XP。本文阐述了系统的设计与开发思路 ,并介绍了该系统的主要功能模块和突出特点 ,最后针对农业企业信息化提出了几点看法。     

中国入境旅游经济发展水平的空间格局演变及成因——基于入境旅游经济区位熵的分析

基于区位熵的含义构建了入境旅游经济区位熵,以其为测算工具,选取1995年、2000年和2005年时间断面的入境旅游相关数据,探讨了中国入境旅游经济发展水平的空间格局演变特征,并运用相关分析方法定量分析了其成因。结果显示中国入境旅游经济发展水平空间格局的演变特征为:呈繁荣区与落后区两极演变格局,经历了分散-集聚-扩散的演变过程,从东至西一直呈现出显著的梯度地带性差异。目前的显著性影响因素为高等级旅游资源的吸引度、社会经济水平、商业服务业的发育程度、航空旅客吞吐量、第一大城市的规模、城市化水平等。而客运量和吞吐量、区域城市的等级体系首位比等因素的影响则不显著。     

昆山市葡萄产业发展现状、存在问题与应对策略

葡萄产业是江苏省昆山市现代农业的重要组成部分,也是当地农民致富的重要途径。经调查分析发现,昆山市葡萄产业在品种更新、技术应用、销售渠道拓增、劳动用工等方面存在问题。为解决上述问题,要优化存量、激发变量,并从品种、栽培模式、人才培养等方面着手,助推昆山市葡萄产业稳健发展,促进乡村振兴。     

2020年水稻生产对气象灾害预防的启示

常德市2020年的水稻生产遭遇了罕见的灾害性天气,对其造成了不同程度的不利影响,而稻农的一些不科学做法,又加重了受灾程度.笔者分析了不利气象条件和不当农事操作对常德市全年水稻生产的影响,提出了合理进行产业布局、做好品种选择、把握适宜播期等趋利避害措施.     

碱性土壤基因组DNA的分离纯化和基因文库的构建

直接从广西南宁市凤凰纸业排污沟碱性土壤样品中抽提和分离纯化混合基因组DNA，所获得DNA的产量为每克土壤样品10～30pg。采用限制性内切酶EcoR1酶处理后，构建了以pGEM-3Zf( )为载体的DNA部分文库。文库的容量为23650个转化子。外源片段DNA平均大小为3．2kb。建库效率为每克环境样品获得6000个左右的含1～15kb外源随机插入片段的克隆。通过DNA序列测定和同源性比较，对从文库随机词取的16个转化子序列进行分析，发现13个外源插入片段包含序列尚未确定的DNA片段。     

灌区渠道防渗设计施工要点探讨

文章结合灌区防渗渠道建设的实例,分析探讨了灌区渠道防渗设计施工建设要点。并通过介绍塑料薄膜在渠道防渗设计施工中的具体设计施工过程,详细探讨渠道防渗设计施工中需要注意并遵循的重要原则。     

鸡胸腺重和脾脏重性状的全基因组关联

【目的】全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）是复杂性状和疾病相关基因定位的新策略。【方法】试验利用鸡60K SNP芯片对来自50个公鸡家系的728只北京油鸡进行SNP分型检测,采用全基因组关联分析方法对影响100日龄胸腺重和脾脏重的基因进行定位研究。【结果】结果发现24个达5%全基因组水平显著的位点,与100日龄胸腺重和脾脏重显著相关,并在这些位点附近发现Janus kinase 1（JAK1）、 zinc finger DHHC-type containing 8（ZDHHC8）、vav 3 guanine nucleotide exchange factor（VAV3）、SATB homeobox 1（SATB1）等候选基因;84个与这两个性状潜在关联同时达到5%染色体水平显著的位点。【结论】利用GWAS分析策略筛选和鉴定的重要突变位点及候选基因,将为揭示鸡免疫器官发育的分子调控机制和抗病育种分子标记辅助选择提供必要的分子基础。