建鲤内参基因EF-1α的实时荧光定量PCR方法的建立

真核生物延伸因子基因(EF-1α)在蛋白质翻译过程中起着重要的作用,其序列具有高度的保守性,常作为内参基因应用于real time PCR中。通过RT-PCR克隆出建鲤(Cyprinus carpio var.jian)EF-1α的部分cDNA序列,其长度为425 bp,翻译成140个氨基酸,Blast结果显示与其它鱼类leptin的相似性为98%。同时也克隆出建鲤EF-1α相应的DNA序列,共506 bp。cDNA和DNA的序列比对显示克隆出的建鲤EF-1α含有1个相位为0的内含子,在此基础上设计一对跨越内含子的引物,采用SYBR GreenⅠ染料建立了real time PCR方法。以肝脏cDNA为标准品,建立了标准曲线,并进行了融解曲线分析。结果表明,所建立的方法具有特异性强、相关系数高、线性范围广等优点,可应用于建鲤的功能基因表达研究。     

吉富罗非鱼 MSTN 基因结构及其多态性与生长性状的相关性

通过PCR和基因组步移法,从吉富罗非鱼DNA中扩增出肌细胞生长抑制素(MSTN)基因及其5′调控区。该序列全长2413bp,含有3个外显子,2个内含子。5′调控区462bp,外显子Ⅰ379bp,外显子Ⅱ371bp,部分外显子Ⅲ145bp,内含子Ⅰ305bp,内含子Ⅱ751bp,编码区共编码298个氨基酸。5′调控区含有与肌肉特异性基因转录密切相关的转录调控元件E-box以及其他一些转录调控元件,如TATAbox,OCT1,AP1,AP4。通过随机测序法寻找SNPs(Signal nucleotide poly morphisms),获得了3个SNPs,但在群体筛选中,只有内含子Ⅱ内的1个SNPs表现多态性。同时测量了96尾(45♂,51♀)吉富罗非鱼的体质量、体长、体高、体厚,并将这些数据与MSTN基因的SNPs多态性进行相关性分析,研究发现MSTN基因内含子Ⅱ的728nt处G/T多态与吉富罗非鱼体型(体厚/体长、体高/体长)存在显著相关(P0.05)。这些研究结果表明,MSTN基因的SNPs可作为吉富罗非鱼育种的候选分子标记。     

黄颡鱼LRH-1基因的分离和表达

肝受体类似物(Liver receptor homolog-1,LRH-1)是核受体家族Ftz-F1中一个亚家族成员,由于其在哺乳类卵巢中的高表达而被认为在卵巢类固醇合成的调控中起着一定的作用.本研究使用RT-PCR、RACE法分离到了黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)肝受体类似物基因(LRH-1)以及一个无活性的LRH-1' cDNA.LRH-1 cDNA全长1 945 bp,包括γ'非翻译区207bp,3'非翻译区238 bp,开放阅读框1 500 bp,编码500个氨基酸,推算的蛋白分子量为57.19 kD.LRH-1'全长1 663 bp,5'非翻译区283 bp,3'非翻译区330 bp,开放阅读框1 050 bp,编码350个氨基酸,推算的蛋白分子量为39.7 kD.与LRH-1相比,LRH-1'缺少存在于基因5'端的锌指结构和3'端起转录激活作用的AF-2基序.不同动物LRH-1氨基酸序列比对结果表明,黄颡鱼LRH-1和其他动物的LRH-1相似性为79%～85%,和其他动物的类固醇生成因子(SF-1)相似性为59%～66%.系统发育树显示,Ftz-F1分为两大支,一支包括鱼类SF-1;另一支又有2个分支,分别包含其他动物的SF-1和所有动物的LRH-1,在LRH-1分支中鱼类LRH-1单独为一小支.以β-actin为内标的荧光实时定量.RT-PCR结果显示,LRH-1在雌、雄黄颡鱼脑、肝、肾、性腺均有表达,以肝脏的表达量为最高,雌鱼各组织的表达量均比雄鱼高,其中肝脏和性腺差异明显(P＜0.05);在卵巢的不同发育阶段,该基因的表达量也不尽相同,Ⅲ期卵巢表达量最高,明显高于Ⅴ期(P＜0.05),Ⅴ期又明显高于Ⅱ、Ⅳ和Ⅵ期(P＜0.05);注射催产素促黄体释放激素类似物(LRH-A)12 h后,LRH-1在脑的表达量没明显变化,在肝脏和肾脏的表达量明显增加,而在卵巢的表达量明显下降.     

性成熟中华绒螯蟹脑、性腺的性别差异调控机制研究

本研究采用比较转录组法探讨性成熟期中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)雌雄个体间脑、性腺的关键差异调控通路及繁殖调控的关键基因。结果表明, 性成熟雌雄蟹其脑、性腺组织具有性别差异调控模式。脑内差异表达通路主要涉及信号转导、性激素调控及环境适应应答, 性腺内关键差异调控通路主要涉及激素调控、氨基酸代谢调控等。脑内繁殖调控关键基因主要涉及发育及内稳态调控等, 如 III 型纤连蛋白域结合蛋白 3a (FNDC3A)、反式甲酸 2 (INF2)、神经胶质蛋白(NRG)、假苷酸合酶 7 同系物(PUS7)、小泛素相关修饰子 3 (SUMO3)、超氧化物歧化酶 (SOD)等, 性腺内关键调控基因主要涉及能源物质代谢、性细胞发育调控等, 如甾醇调控原件结合蛋白 1 (SREBF1)、 卵泡刺激激素受体(FSHR)、表皮生长因子受体(EGFR)、丝/苏氨酸激酶 4 (TSSK4)、胰岛素样生长因子 2 mRNA 结合蛋白 3 (IGF2BP3)、磷脂酰肌醇 3 激酶调节亚基 2 (PIK3R2)、胞质型多聚腺苷酸化原件结合蛋白(CPEB)等。本研究结果表明, 性成熟河蟹雌雄个体间的脑、性腺具有差异调控模式, 本转录组获得的差异调控通路及基因将为进一步开展河蟹繁殖调控研究提供丰富的理论信息。     

中华绒螯蟹4E-BP1基因的克隆、表达特征及其在蜕壳中的作用

真核翻译起始因子 4E 结合蛋白 1 (4E-BP1)是 mTOR 信号通路下游的翻译抑制因子, 调节翻译的起始和蛋白质的合成。为探究中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis) 4E-BP1 基因特征、时空表达模式及其在蜕壳过程中的潜在作用, 本研究利用 RACE 技术克隆获得中华绒螯蟹 Es4E-BP1 全长 cDNA 序列, 利用 qPCR 技术探究其时空表达, 利用 dsRNA 干扰探究其在中华绒螯蟹蜕壳中的作用。测序结果显示, Es4E-BP1 cDNA 全长 1678 bp, 包括 134 bp 的 5? 非编码区、1193 bp 的 3?非编码区和 351 bp 的开放阅读框。氨基酸序列分析发现, Es4E-BP1 含有 1 个 eIF4E 超级家族的典型保守域, 且包含 1 个超二级结构 TOS 基序和 1 个 YXXXXLΦ 基序。多序列比对和系统进化树分析显示, Es4E-BP1 与蓝蟹(Callinectes sapidus)、三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)聚为一支并且具有很高的同源性 (95.69%和 93.16%)。qPCR 结果显示, Es4E-BP1 在成蟹各个组织均有表达, 其中 Y 器官表达量最高, 其次为肌肉, 鳃丝中表达量最低。一个完整蜕壳周期内, 幼蟹不同组织表达模式不同, 但均在蜕壳后期 A-B 期表达量最高, 蜕壳前期表达量较低。注射 dsEs4E-BP1 后, 中华绒螯蟹存活率远低于对照组 CG 组; 蜕壳间隔显著高于 CG 组。研究结果表明, Es4E-BP1 在中华绒螯蟹各组织中广泛表达, 在调控蜕壳生长中具有重要作用, 为进一步研究甲壳动物 4E-BP1 基因提供了重要参考。     

鲤脂蛋白脂肪酶基因特性、表达分布、重组蛋白获得及酶活性比较

为研究鲤脂蛋白脂肪酶(Cc LPLs)的基因特征、时空表达分布及酶活性，实验利用基因组同源搜索获取鲤CcLPLs同源基因并分析其序列特征；通过荧光定量PCR(qPCR)方法对CcLPLs在不同组织的表达进行分析；采用原核表达系统获取CcLPLs重组蛋白，并使用对硝基苯酚法测定各重组蛋白的酶活性。结果显示，鲤基因组中挖掘到5个CcLPLs基因(CcLPLA1a、CcLPLA1b、CcLPLA2a、CcLPLA2b*和CcLPLBa)，经验证，CcLPLA2b*是假基因，共线性分析显示，鱼类特有基因组加倍过程中出现基因丢失的现象，而鲤特有的基因组加倍致使鲤存在5个CcLPLs。CcLPLA1a和CcLPLA1b核苷酸序列和氨基酸序列相同，同源性分析显示，CcLPLBa与CcLPLA1s的同源性为64%，与CcLPLA2a同源性为50.8%。qPCR结果显示，CcLPLs的表达量在肝脏、心脏、脂肪、肌肉、脑、肠道和脾脏中依次降低，在各个组织中，各基因表达量从高到底依次为CcLPLA1s、CcLPLA2a和CcLPLBa。鲤正常投喂、饥饿及再投喂状态下CcLPLA1s和CcLPLA2a在肝脏、...