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紫菜薹(Brassica rapa var. purpuraria)是十字花科芸薹属白菜亚种中的一个变种,通过Illumina高通量测序平台,对其叶绿体基因组进行测序、组装和注释。结果表明,紫菜薹叶绿体基因组为典型的四分环状结构,大小为153 483 bp,GC含量为36.36%,由长度为83 282 bp的大单拷贝区(LSC)、17 775 bp的小单拷贝区(SSC)和1对各26 213 bp的反向重复区(IRa/IRb)组成。基因组注释共得到132个基因,包括:87个蛋白编码基因,37个tRNA和8个rRNA。共鉴定到313个简单重复序列(SSR)和37个散在重复序列。密码子偏好性分析发现存在偏好使用A/U碱基结尾的现象。边界分析和序列变异分析显示,芸薹属叶绿体基因组非常保守,其中SSC区差异性最大,变异程度最高,IR区差异性最小,最为保守。基于叶绿体基因组序列的系统发育分析表明,紫菜薹在分类上与白菜的其他变种在一个小分支中。研究结果可为芸薹属植物,特别是白菜种的分类学、系统学和生物地理学研究提供参考。 相似文献
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【目的】 分析金花菜基因组SSR序列的分布特征,并与苜蓿属主要物种进行比较,为金花菜SSR分子标记的开发提供理论依据。【方法】 利用MISA软件对金花菜、蒺藜苜蓿和紫花苜蓿的高质量基因组进行搜索,比较分析搜索到的SSR序列分布特征。【结果】 在金花菜、蒺藜苜蓿和紫花苜蓿的基因组中,分别筛选到195 753个,242 434个和390 496个完整的SSR序列,相对密度分别为428、564和478个/Mb,SSR序列的总长度分别为3 611 698、3 657 503和6 307 211 bp,占各自基因组序列总长度的0.79%、0.85%和0.77%。在1~6个不同核苷酸重复单元中,金花菜和蒺藜苜蓿的SSR序列均是单核苷酸重复单元最多,依次是二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸,而紫花苜蓿的六核苷酸重复单元多于五核苷酸重复单元。A、T、AT、TA、AG和TC是3种苜蓿共有的常见重复单元类型,金花菜基因组低片段长度的SSR比例高于蒺藜苜蓿和紫花苜蓿。【结论】 金花菜基因组SSR的分布密度低于蒺藜苜蓿和紫花苜蓿,重复单元类型较丰富,具有较大的多态性标记开发潜力。 相似文献
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为了新疆红花地方种高油品种的选育和改良提供科学数据,本研究采用灰色关联分析法,在新疆农业科学院综合试验场对来自新疆的51份红花材料的种子含油率与主要农艺性状进行分析。结果表明,新疆红花地方种的种子含油率与12个主要农艺性状的关联顺序为单株果球数>株高>三级有效分枝数>顶果球着粒数>节间长度>皮壳率>千粒重>生育期>一级有效分枝数>二级有效分枝数>分枝总数>节间数,表明单株果球数、株高、三级有效分枝数是影响新疆红花地方种种子含油率的重要因素。因此,在新疆红花地方种培育高油品种时,应优先考虑单株果球数,株高和三级有效分枝数等指标。本研究结果为培育高油红花提供科学参考数据。 相似文献
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[目的]分析广州主要菜心品种主薹挥发物组分,了解其清香风味来源,综合评价风味品质,比较与不结球白菜挥发性风味异同,为菜心加工利用及风味品质育种提供数据支持.[方法]利用顶空固相微萃取—气相色谱—质谱(HS-SPME-GC-MS)技术分析5种菜心材料主薹挥发性风味物质组分,并与农普奶白菜、京春娃娃菜比较异同;运用主成分(PC)和聚类分析法(CA)初步确定菜心主效风味物质类别,综合评价其风味品质.[结果]从5种菜心中检出酯、醇、腈和酚等11类114种挥发物,各物质类别相对含量与农普奶白菜和京春娃娃菜存在极显著差异(P<0.01).其中,菜心酯类和醇类的相对含量之和最高,为主要挥发性风味类别,尤其以(Z)-3-己烯-1-醇乙酸酯和(Z)-3-己烯-1-醇的相对含量最高.主成分分析得到3个菜心挥发物主成分,累积贡献率达90.58%,风味综合评分排序为油绿702>迟心4号>四九-19>DY>60天油青菜心,初步确定酯、醇和酚类为主效风味物质.挥发物组分聚类分析结果表明,菜心、农普奶白菜、京春娃娃菜各为一类.[结论]主成分分析可有效分析菜心挥发性风味物质组分.菜心挥发物各类别相对含量与农普奶白菜、京春娃娃菜存在一定差异,初步确定酯、醇和酚类对菜心清香风味贡献较大,油绿702菜心风味品质综合评分最佳,具有加工利用及提高风味品质育种潜力. 相似文献