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基于随机森林算法和SRAP分子标记的桂花品种鉴定方法 总被引:1,自引:0,他引:1
【目的】为了解决桂花品种难以鉴定以及苗木生产和园林应用中品种混杂、以次充好和常规DNA指纹图谱无法很好地应用于品种鉴定的问题,提出一种基于随机森林算法和SRAP分子标记的桂花品种鉴定方法,以实现桂花品种简便、快速和准确的鉴定。【方法】以45个桂花品种或变异类型为材料,提取DNA,使用90对SRAP引物进行PCR扩增,以毛细管电泳技术采集扩增信息,筛选出多态性强、扩增结果稳定的引物,计算单对引物的多态信息含量(PIC)、带型数、有效带型数、分辨能力(D)、带型分布的卡方值(χ2)和无法区分的样品对数(x)。筛选出能够完全区分所有品种的引物对组合位点数据作为训练集,用于构建基于随机森林算法的分类模型,并根据模型的泛化能力和分类效果选择最优的分类模型。【结果】筛选出10对SRAP引物,平均PIC为0.26,平均带型数为33.9,平均有效带型数为26.6,平均D为0.97,平均χ2为21.07,平均x为28.2。构建了8个分类模型rf1-rf8,每个分类模型均含有2对SRAP引物。所有分类模型都能完全区分所有桂花品种,模型的袋外数据(OOB)误差估计在0.004 4~0.013 9之间,rf5和rf3泛化能力最强,rf8最弱。rf1分类效果最优,rf3、rf4、rf5和rf7其次,rf2、rf6和rf8最差。【结论】分类模型rf1、rf3、rf4、rf5和rf7的分类能力最佳,所用SRAP引物对分别为me1/em3+me9/em6、me4/em5+me9/em6、me4/em8+me9/em6、me6/em9+me9/em6和me5/em5+me9/em6。除引物对的分辨能力外,所选引物对之间的相关性也显著影响模型的分类能力,相关性越弱,模型的分类能力越强。本研究提出的基于随机森林算法和SRAP分子标记的桂花品种鉴定方法,能够实现桂花品种简便、快速、准确的鉴定,满足桂花苗木生产、推广应用和种质资源保护对于品种鉴定的要求。 相似文献
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为查清浙江省白豆杉资源状况,应用典型抽样的原理对浙江省白豆杉分布面积、数量、生境、植物区系及群落特点等进行实地的样方调查.调查得知,浙江省白豆杉有11个分布点,根据29个样方的调查资料推算,浙江省白豆杉的资源总量为24.22万丛,分布面积为408.08 hm2;通过对资料的整理分析,浙江省白豆杉群落的植物区系具有起源古老,珍稀植物较多,地理成分复杂,并具有明显的过渡性等特点;其群落类型属于4个植被型,8个群系组,11个群系类型,白豆杉的生长分布与其所处生境和伴生种猴头杜鹃存在着密切联系. 相似文献
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163 个样地调查以及线路和补充调查表明, 龙泉市兰花共计7 种2 变种,其中1 种为浙江新记录。兰花的生长分布与地形、气候、土壤和植物等生境因子关系密切。海拔高度变化能影响并限制兰花种类和数量的分布;西坡、中上坡和陡急坡兰花分布多;兰花喜荫, 但需要一定光照强度, 对空气湿度要求较高;兰花最适生长于壤质、团粒、酸性或强酸性、有机质含量高、排水良好的土壤中;兰花与上层乔木树种关系不大, 而与杜鹃、木等酸性灌木树种有一定相关。通过推算, 龙泉市兰花资源蕴藏总量为2592.8 万束。文中对龙泉市兰花资源状况作了分析, 概要地提出了保护意见。 相似文献
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为建立‘哈伯’南天竹组织培养和种苗繁育技术体系,以半木质化带芽茎段为外植体材料开展植株再生研究。通过观察对比试验法、L9(34)正交试验设计完全随机法、极差分析、显著性检验、LSD多重比较,探讨了‘哈伯’南天竹组培的最适培养基配方。试验结果表明:最佳诱导培养基为MS + 6-BA 2.0 mg/L + IBA 0.1 mg/L +蔗糖30 g/L,诱导萌动率71.77%,成活率85.51%;最佳增殖培养基为WPM +6-BA 1.5 mg/L + IBA 0.01 mg/L + 蔗糖30 g/L,增殖系数6.3;最佳生根培养基为1/2 MS+ IBA 0.5 mg/L + NAA 1.0 mg/L + 蔗糖20 g/L + AC 0.2 g/L,生根率97.63%;试管苗移入泥炭土:珍珠岩=3:2(V/V)混合基质中,移栽成活率96.67%。该试验建立了高效稳定的组培快繁技术体系,得到的组培苗后代能够稳定的保持母本优良性状,为工厂化育苗提供了技术支撑。 相似文献
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桂花Osmanthus fragrans 的栽培与品种分类, 在我国已有上千年的历史, 但从古到今,从外到内, 均缺乏统一和沟通。从桂花品种间的进化关系入手, 结合园林生产应用和传统的桂花品种分类, 以类(division)、群(group)和品种(breed)3 级分类为基础, 选择出稳定的遗传性状及容易操作界定的形态特征作为桂花品种分类的依据, 制定出分类标准, 并应用在杭州市桂花品种调查与分类研究中。参14 相似文献
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桂花Osmanthus fragrans具有极高的经济价值和观赏价值。研究野生桂花种群的遗传多样性有利于为新品种的选育以及野生桂花资源的保护提供重要的依据。利用扩增片段长度多态性(AFLP)技术对江西全南(衰退型)和福建长汀(稳定型)这2个桂花自然种群96个个体进行了遗传多样性评估。7对引物组合共检测到330个清晰位点,其中多态位点276个,占83.64%。在物种水平,桂花的Shannon多态性信息指数(I)为0.428 3,Nei’s基因多样性(He)为0.285 6,表明桂花具有丰富的遗传多样性;在种群水平,福建长汀种群的多态性指数均高于江西全南种群,表明包含不同世代、具有较好自然更新能力的长汀种群携带更丰富的遗传信息;分子方差分析(AMOVA)表明:桂花的遗传变异主要存在于种群内(71%),种群间的遗传变异只占29%;2个种群间存在一定的遗传分化(Gst=0.161 6),种群间基因流较小(Nm=2.594 9)。 相似文献
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利用显微解剖和石蜡切片技术,对四季桂品种群中‘四季桂’(Osmanthus fragrans‘Sijigui’)不同季节的花芽分化及开花特性进行研究。‘四季桂’一年成花3次,分别于3月初、6月上旬和10月底开始花芽分化,4月下旬、8月底和11月底完成,分别历时约2个月、2个半月和1个月。6月开始的花芽分化和开花过程与秋桂品种群基本相似,分化后需要低温才能开花,最终形成聚伞花序,无总梗,花粉发育正常。而10月底分化的花芽在完成分化后随即开花,形成的花序有总梗,且有伸长与未伸长之分,长度分别为(0.80±0.11)cm和(3.50±0.71)cm。3月分化的花芽与新梢同时生长发育,分化完成后随即开花。春季和冬季的两次分化形成的均是圆锥状花序,具总梗,花粉均败育。结果表明‘四季桂’自身存在着不同的成花机制。 相似文献
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试论城市生物多样性保育规划的规范 总被引:4,自引:0,他引:4
生物多样性保育规划在生物多样性保护方面具有重要作用,通过它可以协调人与自然及生物资源利用的关系,是实现可持续发展的一个重要途径.未来的城市规划既要满足自然生态功能需要,还要满足人类和自然的和谐共处.从城市生物多样性保育的范围、指导思想和原则等问题论述了城市生物多样性保育规划的规范,并探讨了生物多样性保育规划与城市绿地系统规划的关系,旨在为今后的城市生物多样性保育规划提供借鉴.参7 相似文献
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