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Bing N Hoeschele I Ye K Eilertsen KJ 《Veterinary immunology and immunopathology》2005,105(3-4):187-196
Common goals of microarray experiments are the detection of genes that are differentially expressed between several biological types and the construction of classifiers that predict biological type of samples. Here we consider a situation where there is no training data. There is considerable interest in comparing expression profiles associated with successful pregnancies (SP) and unsuccessful pregnancies (UP) in model and farm animals. Successful pregnancy rate is known to be much higher in embryos generated by in vitro fertilization (IVF) than in nuclear transfer (NT) embryos, and higher under induced ovulation for large follicles (LF) than for small follicles (SF). The tasks of identifying genes differentially expressed between SP and UP, and predicting SP for future samples are not well accomplished by comparing IVF and NT, or LF and SF. A suitable method is finite mixture model analysis (FMMA), which models each observed class (IVF and NT, or LF and SF) as a mixture of two distributions, one for SP and one for UP, with different known or unknown proportions (here known to be 0.50 SP for IVF and 0.02 SP for NT). The means of the two distributions differ for the differentially expressed genes, which we identify via a likelihood ratio test. We confirm by simulation that FMMA strongly outperforms hierarchical clustering and linear discriminant analysis using the known class labels (NT, IVF). We apply FMMA to a real data set on IVF and NT embryos, and compute their posterior probabilities of SP, which confirm our prior knowledge of the SP proportions for IVF and NT. 相似文献
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笼养东方白鹳越冬行为的研究 总被引:1,自引:0,他引:1
采用瞬时扫描法研究了东方白鹳(Cionia boyciana)越冬行为的活动节律和时间分配。结果表明:笼养东方白鹳在越冬期其活动有一定的节律性;越冬期的主要行为时间分配比例分别为静栖行为59.25%、避风行为11.17%、觅食行为6.41%、瞭望行为5.56%、理羽行为5.39%、游走行为5.14%;成年个体与幼雏在越冬行为时间分配上表现出了很大的差异;两性间越冬行为时间分配的差异不大;不同的温度、天气条件,对笼养东方白鹳越冬行为有影响。经观察发现:东方白鹳在高纬度北方地区越冬,对北方寒冷的天气有一系列的适应性,能在北方室外安全过冬。 相似文献
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一种准确简便的东方白鹤性别分子鉴定方法 总被引:4,自引:0,他引:4
东方白鹤为国家Ⅰ级重点保护动物,在自然条件下繁殖率很低,进行迁地保护及再引入措施对遗传多样性保护具有举足轻重的作用,成功地进行性别鉴定是其笼养人工繁殖的前提。本研究对4只东方白鹤,运用CHD基因的一对引物2550F/27181K进行了准确简便的性别鉴定,并对其序列结合其他5种远缘鸟类相应序列进行分析,证实了此种方法的科学性和可信度,分析了性别鉴定机理。这种安全、方便、准确的性别分子鉴定方法将有助于东方白鹤迁地保护及再引入措施的实施。通过分析可以看出,此种方法未来存在着广阔的应用前景。 相似文献
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进入2006年以来,由于玉米价格持续走高,致使饲料生产成本提高。特别是近期小麦和玉米的倒挂价差越来越大,局部地区甚至达到160 ̄220元/t,使得部分饲料企业和养殖场开始在生产中用小麦替代玉米。当前,中原地区玉米质次价高,霉变严重,养殖户在当地要找到优质玉米很不容易,因此,多 相似文献