Implications of using an average relationship matrix in genetic evaluation for a population using multiple-sire matings

SUMMARY: Ambiguous paternity can be incorporated into the mixed model equations (MME) by including the average numerator relatinship matrix (average A), which averages the true sire-offspring relationship over the putative sires. A previous study has shown that some overestimation of genetic trend results from this substitution. A population of 40 breeding females and 2 breeding males was simulated 1,000 times with either random mating or sequential selection continuing for 8 breeding cycles. In the selection case candidates were ranked on estimated breeding values (EBVs) calculated from the MME with an animal model and the average A. Variances of the EBVs and prediction errors were computed. The results showed the average A incorrectly perceives both the variance of family sizes among males and the variance loss due to selection to be smaller. This will lead to an overestimation of genetic trend. ZUSAMMENFASSUNG: Folgerungen aus der Anwendung einer durchschnittlichen Verwandtschaftsmatrix bei der Zuchtwertsch?tzung für eine Population mit mehreren V?tern in einer Paarungsgruppe In den Mischmodellgleichungen kann eine unklare v?terliche Abstammung durch die Verwendung einer durchschnittlichen Verwandtschaftsmatrix, die die Abstammung zu gleichen Teilen über die m?glichen V?ter aufteilt, berücksichtigt werden. Eine frühere Arbeit hat gezeigt, da? diese Ma?nahme zu einer gewissen übersch?tzung des genetischen Fortschritts führt. Eine Population mit 40 weiblichen und 2 m?nnlichen Tieren wurde 1000mal über 8 Paarungsperioden simuliert und zwar mit und ohne gerichteter Selektion. Im Falle der Selektion wurden die Tiere aufgrund der mit einem Tiermodell und der durchschnittlichen Verwandtschaftsmatrix gesch?tzten Zuchtwerte geordnet. Die Varianzen der Zuchtwerte und der Sch?tzfehler wurden berechnet. Die Ergebnisse zeigen, da? durch eine durch-schnittliche Verwandtschaftsmatrix die Varianz der Gr??e der Nachkommensgruppen der V?ter und der Verlust an genetischer Varianz aufgrund der Selektion untersch?tzt wird. Dies führt zu einer übersch?tzung des genetischen Fortschritts.     

Variation of the growth hormone gene in ryr 1 genotyped Austrian pig breeds

SUMMARY: Polymorphism in the second intron of the porcine growth hormone gene of 273 Austrian Landrace and 81 Austrian Edelschwein pigs was investigated with a PCR-RFLP-technique. Results showed significantly different genotype patterns between the two breeds. The frequency of the Hae II(-) allele was significantly (P < 0,001) higher in the landrace than in the Edelschwein population (0,83 and 0,47 resp.). The Msp I(+) allele was predominant in both breeds but signifanctly higher in the Landrace (0,98 versus 0,69; P < 0,01). Analyses the Hae II/Msp I locus combination revealed also in breed specific difference. In the Landrace a very low interaction was found between the Hae II and ryr 1 locus, and between Msp I and ryr 1 locus (c. c. = 0,181 and 0,186 resp.). The correlation was slightly stronger (c. c. = 0,266) between the ryr 1 and Hae II/Msp I genotypes. No correlation was detected among the three loci in the Edelschwein population. ZUSAMMENFASSUNG: Variabilit?t des Somatotropin Gens in ?sterreichischen Schweinerassen genotypisiert hinsicbtlich ryr 1 An 273 ?sterreichischen Landrasse Schweinen und 81 ?sterreichischen Edelschweinen wurde der Polymorphismus am zweiten Intron des Schweinewachstumshormons mittels PCR-RFLP-Technik untersucht. Genotypen-und Genfrequenzen waren zwischen den beiden Rassen signifikant verschie- den. Die Hae II(-) Allelfrequenz war bei den Landrassetieren signifikant h?her (P < 0,001) als bei den Edelschweinen (0,83 bzw. 0,47). In beiden Rassen überwiegte das Msp I(+) Allel, das aber signifikant ?fters bei der Landrasse auftrat (0,98 bzw. 0,69; P < 0,01). Die Verteilung der Locuskombination von Hae II/Msp I zwischen den beiden Rassen war ebenfalls unterschiedlich. Bei der Landrasse konnte nur ein sehr geringer Zusammenhang zwischen dem Hae II und ryr 1 Locus (c. c. = 0,181 bzw. 0,186) und auch zwischen dem Msp I und ryr 1 Locus festgestellt werden. Die Korrelation zwischen dem ryr 1 und Hae II/Msp I Genotyp war geringfügig gr??;er (c. c. = 0,266). Bei den Edelschweinen konnte kein Zusammenhang zwischen den drei untersuchten Loci festgestellt werden.