Expression and clinical significance of PAK4 in non-small cell lung cancer

AIM: To investigate the expression and clinical significance of PAK4 in the cell lines and tissues of non-small cell lung cancer (NSCLC). METHODS: PAK4 expression in human bronchial epithelial (HBE) cells, NSCLC cell lines, NSCLC tissues and adjacent non-tumor tissues were assessed by immunohistochemistry, real-time PCR and Western blot. Prognostic value of PAK4 expression was evaluated by Kaplan-Meier analysis and Cox regression. RESULTS: PAK4 was over-expressed in the NSCLC cell lines at both mRNA and protein levels compared with HBE cells (P<0.05). PAK4 was over-expressed in the NSCLC tissues at both mRNA and protein levels compared with adjacent non-tumor tissues (P<0.05). PAK4 was over-expressed in the metastatic NSCLC tissues compared with the primary NSCLC tissues (P<0.05). Higher PAK4 staining scores were positively correlated with differentiation, lymph node metastasis, distant metastasis, and clinical stage. Kaplan-Meier analysis and log-rank test showed that overall survival was significantly different between the patients with up-regulated PAK4 and the patients with down-regulated PAK4(P<0.05). PAK4 over-expression was associated with NSCLC progression.CONCLUSION: Increased PAK4 expression was associated with tumor invasion, metastasis and prognosis in the patients with NSCLC. PAK4 is an important prognostic marker and potential therapeutic target in NSCLC.     

用于黄瓜白粉病抗性鉴定的InDel标记

根据黄瓜白粉病抗性主效基因/QTL的插入/缺失突变,将其设计成共显性的In Del分子标记。通过群体连锁分析,发现In Del-MLO1标记与黄瓜白粉病抗性主效基因共分离。应用该标记对24份来自世界各地且白粉病抗性已知的黄瓜材料进行抗性验证,21份材料的抗性表型与标记的带型一致,说明在黄瓜进化和驯化过程中,造成抗病表型的该插入/缺失突变发生普遍。因此,该In Del标记适合于大多数黄瓜材料的白粉病抗性鉴定和分子标记辅助育种,从而加快黄瓜白粉病抗病育种的进程。     

超级杂交稻模式株型的光合优势

以三系杂交稻汕优63为对照，比较研究表明，具有超级杂交稻模式株型的培矮64S/E32有以下生理优势。（1）叶面积指数前期较小，中期稳健，后期衰减缓慢、维持较高水平；（2）抽穗后剑叶和倒2叶的比叶重显著或极显著大于对照；（3）后期上3叶叶绿素含量衰减缓慢，变化平稳；（4）上3叶单位叶面积气孔数目比对照多19.2%，达极显     

大豆吡哆醇生物合成蛋白基因(PDX)的电子克隆和进化分析

电子克隆(In silicocloning)是随着基因组计划和EST计划实施而发展起来的利用生物信息学手段进行基因克隆的新方法。根据物种间同源基因相对保守的特点,以拟南芥(Arabidopsis thaliana)吡哆醇生物合成蛋白cDNA序列为信息探针,对大豆(Glycine max)EST数据库进行同源搜索和序列拼接,获得了1 280 bp长的大豆吡哆醇生物合成蛋白的基因序列(GenBank登陆号为DQ139265)。经过RT-PCR扩增、基因组PCR扩增、分子克隆和序列分析验证,结果表明与电子克隆序列完全一致。该基因具有完整的开放阅读框架(ORF,20~955 bp),编码311个氨基酸。通过与水稻、日本百脉根、烟草、截形苜蓿等物种的吡哆醇生物合成蛋白序列比对,发现该基因具有高度的保守性。表明根据物种间同源基因序列,对跨物种间EST数据库进行同源检索、筛选、拼接,是克隆基因的有效途径。     

施氮量对水稻主要米质性状及RVA谱特征参数的影响

在盆栽试验条件下，以汕优63、武育粳3号为试验材料，研究水稻移栽后的施氮量对主要米质性状和RVA谱特征参数的影响。结果表明：整精米率、粗蛋白含量均随施氮量的增加而提高；垩白粒率、垩白度对供氮水平的反应因品种而异；胶稠度随施氮量的提高两者都变软；直链淀粉含量、糊化温度对氮素反应不敏感，处理间无显著差异。稻米     

利用AFLP进行“甘蔗属复合体”系统演化和亲缘关系研究

采用AFLP分子标记技术，对“甘蔗属复合体”中4个属16个种的69份来自中国和澳大利亚的甘蔗种质资源材料进行系统演化和亲缘关系分析。2对AFLP引物共检测到173个标记，其中172个为多态标记，多态率达99.4%；通过计算Jaccard相似性系数，用UPGMA和PCA法构建了分子系统树和效应图。结果表明：(1)属间亲缘关系中，甘蔗属与芒属较     

大豆重组自交系群体荚粒性状的QTL分析

利用大豆重组自交系soy01群体中的255个家系进行2年田间试验，采用两种作图方法，寻找一粒荚、四粒荚、每荚粒数等5个荚粒性状稳定的QTL。结果表明，利用区间作图法，2年共找到24个荚粒性状QTL，解释的遗传变异为5%~80%；利用复合区间作图法，2年共找到27个荚粒性状QTL，解释的遗传变异为4%~73%。利用复合区间作图法，2年找到2个重复出现、稳定的四粒荚QTL和2个每荚粒数QTL，为大豆荚粒性状QTL的精细定位和分子标记辅助育种提供了基础和依据。     

干旱胁迫下斑茅消减文库的构建及分析

以干旱胁迫下斑茅(Saccharum arundinaceum Retz.)叶片组织的cDNA为Tester，正常生长条件下斑茅叶片组织cDNA为Driver，利用抑制性消减杂交技术（Suppression Subtractive Hybridization, SSH）构建斑茅干旱胁迫消减文库。文库克隆总量约为30 000个，克隆重组率为99.2%；随机从文库中挑取3500个克隆分析表明，插入片断长度主要集中在200~1 000 bp之间，500 bp以上的有463个克隆，500 bp以下的有3 037个克隆，平均长度约450 bp; 通过随机对16个文库阳性克隆的测序及分析，3个克隆与ATP-NAD kinase、Aldo/keto reductase和锌指蛋白高度同源，3个克隆没有同源性，10个与逆境相关，是功能未知的EST。选择编号为EL0149和EL0145两个克隆进行Northern杂交验证，结果表明EL0149克隆为干旱胁迫上调表达的EST序列，而EL0145在正常供水和干旱条件下均无明显的的杂交信号。说明本研究克隆的SSH文库质量较高，可以进一步利用SSH文库结合芯片表达谱分析解析作物水分胁迫下的相关抗旱基因网络。     

大豆尿黑酸叶绿基转移酶基因的克隆与进化分析

采用基于EST的电子克隆方法,以拟南芥(Arabidopsis thaliana)的尿黑酸叶绿基转移酶基因(Homogentisate phytyltransferase,HPT)cDNA序列为信息探针,对大豆的EST数据库进行同源检索筛选,获得了1 777 bp长大豆HPT基因的cDNA序列(GenBank登录号为:AY956421),经RT-PCR扩增、分子克隆和序列分析验证,表明与电子克隆序列一致;该基因具有完整的开放阅读框架(ORF,173～1 408 bp),推测编码411个氨基酸的蛋白。该蛋白与拟南芥(Ara-bidopsis thaliana)、苜蓿(Medicago sativa)、水稻(Oryza sativa)、玉米(Zea mays)、光合集胞蓝细菌(Synechocystis)的序列进行了比较,发现该基因具有保守性。