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【目的】全基因组水平鉴定玉米Glyco-hydro-16家族,分析该家族基因在不同组织中的表达模式以及在不同玉米杂种优势群中的遗传分化。【方法】根据Glyco-hydro-16家族相对保守的序列及结构域,构建Glyco-hydro-16家族的隐马尔科夫模型文件(Glyco-hydro-16.hmm),利用hmmersearch程序在玉米全基因组中进行比对,获得玉米中含有该家族保守结构域的所有序列。通过Blast2GO进行功能注释,利用蛋白质序列构建该家族的系统发育进化树。使用玉米自交系B73不同组织及不同发育时期的RNA-seq数据库分析该家族基因的表达模式。根据该家族基因在染色体上的位置筛选SNP标记,计算其在不同玉米杂种优势群间的群间遗传分化系数(genetic differentiation coefficient,Fst),分析其遗传分化。【结果】根据该家族相对保守的序列及结构域,在全基因组水平共鉴定出34个玉米Glyco-hydro-16家族成员,注释表明所有基因都是木葡聚糖转移酶/水解酶基因,3个保守性较高的Motif区段存在于该家族所有成员中。通过系统发育关系和序列相似性将该家族分为8个亚家族,每个亚家族有2-8个基因,分布在除第3和第6染色体外的其他8条染色体上,在第2、第5及第10染色体上成簇分布。该家族在禾本科作物中同源性较高,与拟南芥分属不同的分支,但只有3个玉米成员(AC210669.3、GRMZM2G413006和GRMZM2G166944)被划分到禾本科分支中,其他玉米成员被划分到单独的分支中。通过表达谱分析表明该家族成员在玉米中均有表达,但在不同组织中的表达水平有差异。为解析该家族基因在不同玉米种质资源中等位基因的变异,根据玉米Glyco-hydro-16家族基因在染色体上的位置筛选SNP标记,计算其在玉米杂种优势群SS及NSS间的群间遗传分化系数。结果显示,共有10个该家族基因所处位点的Fst值高于阈值0.15,达到高度分化水平,分别位于第1、第2、第4、第5、第7以及第9染色体上。其中,位于第2染色体上的GRMZM2G091118相应位点的Fst值为0.52,表明该位点在SS群和NSS群间的群间遗传分化度极大。【结论】通过全基因组扫描在玉米中鉴定出34个Glyco-hydro-16家族成员,均为木葡聚糖转移酶/水解酶基因,在不同组织中,其表达模式不同,可能参与不同生理发育过程。部分该家族成员所处位点在玉米杂种优势群SS和NSS间的等位基因分化极大。 相似文献
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本文在面积较大、地形复杂、交通不便的沙漠地区,布设、施测了1:10000地形图测绘所需的I级GPS平面控制网.布网时把现代GPS测量方法和传统测量方法相结合,综合考虑各种因素,确保了控制网的可靠性;通过控制网优化设计、合理配置观测时段和使用适当的质量控制手段,在最不利的图形条件下,节省了工作量,达到了较理想的精度要求效果. 相似文献
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采用体外培养技术研究添加0.2%的多山梨醇酯20、40、60和80对玉米秸秆体外发酵活力的影响。结果表明:多山梨醇酯60和多山梨醇酯80能够显著提高玉米秸秆体外发酵24h的累积产气量。与对照组相比,多山梨醇酯60组和多山梨醇酯80组24h累积产气量分别提高5.68%(P<0.05)和9.02%(P<0.05)。添加多山梨醇酯对玉米秸秆的发酵模式没有显著影响,但添加多山梨醇酯60和多山梨醇酯80可增强玉米秸秆在体外的发酵强度。除多山梨醇酯20外,添加其它多山梨醇酯使玉米秸秆干物质降解率较对照组提高5.2~8.1%(P<0.05),有机物降解率有提高的趋势。在发酵24h结束时,添加多山梨醇酯40、60和80均使氨态氮浓度下降,还原糖和MCP升高,对pH和总挥发性脂肪酸无影响。其中,多山梨醇酯60和多山梨醇酯80组还原糖浓度分别比对照组提高7.54%(P<0.05)和7.26%(P<0.05)。多山梨醇酯80组MCP较对照组提高15.93%(P=0.061)。在体外培养条件下,多山梨醇酯60和80可促进玉米秸秆的降解。这说明,多山梨醇酯60和多山梨醇酯80可作为一种新型的反刍动物瘤胃发酵调控剂。 相似文献
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高校试卷分析系统设计与实现 总被引:2,自引:0,他引:2
本文根据学生的试卷成绩进行试卷分析,软件可以算出考试成绩中的每个指标.并在Dephi中利用OLE技术实现打印功能. 相似文献