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为研究兰州鲇(Silurus lanzhouensis)生长性状相关基因,运用RT-PCR、TA克隆和核酸测序等技术对兰州鲇MyoD基因的CDS区及全基因进行克隆和生物信息学分析。获得兰州鲇MyoD基因的完整CDS区序列810 bp(Gen Bank登录号:KT277551)及MyoD基因全序列1 210 bp(Gen Bank登录号:KT339175),包括部分5'端63 bp和3'端58 bp;ORF区含有3个外显子和2个内含子,外显子长度分别为510 bp、80 bp和220 bp,内含子长度分别为156 bp和123 bp,编码269个氨基酸残基组成的可溶酸性蛋白质;预测亚细胞定位MyoD主要分布于细胞核(56.5%),MyoD二聚体结构是一个螺旋-环-螺旋(b HLH)。基于12种鱼类MyoD基因CDS序列构建系统发育树及编码区同源性比较,分析结果表明,MyoD基因编码区在进化过程中比较保守,且兰州鲇MyoD与斑点叉尾、白鲶鱼、蓝鲶鱼之间存在较高的同源性。 相似文献
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为探究黄河上游大鼻吻■(Rhinogobio nasutus)群体遗传多样性和遗传分化现状,本研究以永宁、平罗、磴口3个不同地理群体145尾大鼻吻■为研究对象,利用线粒体DNA COX1和ND1基因序列进行了遗传多样性分析。结果显示:COX1和ND1基因序列长度分别为1 466 bp、975 bp, A+T含量(57.25%,56.81%)均高于G+C(42.75%,43.19%)含量,具有明显的碱基组成偏向性;3个群体145尾样本中分别界定了11个和9个单倍型,均存在共享单倍型现象。在COX1和ND1基因序列中3个群体的平均单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(π)及平均核苷酸差异(K)分别为0.745 3、0.001 3、1.841和0.364、0.000 48、0.472,3个群体遗传多样性呈现出磴口群体最高、平罗群体次之、永宁群体最小的特征。基于COX1和ND1的遗传变异分析(AMOVA),表明3个群体中遗传变异均主要来自群体内,且COX1基因序列中磴口群体与永宁群体之间存在显著性明显的遗传分化。基于线粒体COX1和ND1基因单倍型序列,采用邻近法(Neig... 相似文献
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测定了3个兰州鲇群体,即野生兰州鲇(WS)、兰州鲇亲本(Qs)、人工繁育鲇子一代(ZS),共56尾样本的线粒体细胞色素b基因,运用MEGA 4.0、DNASP等软件对样本的968 bp线粒体Cytb基因序列进行了分析.结果显示:共检测到17种单倍型、99个变异位点,其中有93个是多态位点(包含74个简约信息位点),总变... 相似文献
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为了解Dmrta1基因的生物学特性及其在兰州鲇生长发育中的生理作用,以及为加快实现全雄兰州鲇群体生产提供理论依据和技术支撑。采用同源克隆和cDNA末端快速克隆(RACE)技术获得兰州鲇Dmrta1全长cDNA序列,通过qRT-PCR技术检测该基因在兰州鲇胚胎发育、仔稚幼鱼以及3龄雌雄异体和3龄雌雄同体不同组织中的表达特征。结果表明,兰州鲇Dmrta1基因cDNA全长1 415 bp, ORF全长1 158 bp,共编码385个氨基酸,包含20种氨基酸;经SMART预测显示,该基因属于典型的Dmrta亚家族蛋白,具有保守的DM和DMA结构域。同源性比对和系统进化树分析结果表明,兰州鲇与南方鲇的相似性最高(95.47%),且亲缘关系最近。组织表达结果表明,Dmrta1 mRNA在未受精卵粒及胚胎发育各个时期均有表达,而在未受精卵粒中表达最高(P<0.05);在兰州鲇孵化后40 d内不同发育时期中,Dmrta1 mRNA在同期XX个体组织中表达均显著高于XY个体,且在35 d迅速达到峰值(P<0.05);Dmrta1 mRNA在3龄雌雄异体兰州鲇雌性卵巢、鳃和雄性鳃组织中表达显著... 相似文献
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