大口黑鲈两个亚种EST数据库分析

应用新一代高通量测序技术Roche 454对大口黑鲈(Micropterus salmoides)北方亚种和佛罗里达亚种进行转录组测序并建立ESTs数据库,结果得到北方亚种ESTs序列468 671条,佛罗里达亚种ESTs序列332 322条,两亚种ESTs序列的平均长度分别为306.5 bp 和304.4 bp。将得到的高质量序列进行拼接,大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种共得到contig序列总数分别为42 056条和35 743条,平均长度分别为612.6 bp和588.2 bp。将大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种的数据库合并,通过与蛋白数据库比对后,共78 938条EST序列被注释,根据Gene Ontology（GO）信息,对序列按照分子功能、细胞组成、生物学过程进行分类。通过对大口黑鲈合并的EST库信息进行大通量SSR和SNP位点的发掘,发现了含SSRs和SNPs的序列分别为25 469和8 547条。从EST数据库中随机选取75条contigs进行北方亚种和佛罗里达亚种的序列比较,结果表明两个亚种EST序列同源性为99.2%。     

白金丰产鲫含肉率及肌肉营养成分分析

为评价新品种白金丰产鲫Carassius auratus Var.Pengzenensis♀×Cyprinus acutidorsalis Wan♂的含肉率和肌肉营养成分,选取体质量为(580.33±198.02)g的1龄白金丰产鲫进行分析,测定其含肉率、一般营养成分、氨基酸组成和脂肪酸组成。结果表明:白金丰产鲫含肉率为66.22%,肌肉中水分含量为79.90%,粗蛋白质含量为17.61%,粗脂肪含量为1.71%,灰分含量为1.13%;采用酸水解法共检测出17种氨基酸,其中必需氨基酸占氨基酸总量的39.50%,呈味氨基酸占总氨基酸含量的37.12%;必需氨基酸评价显示,白金丰产鲫的必需氨基酸评分均大于1,必需氨基酸组成符合FAO/WHO模式标准;共检测到23种脂肪酸,其中饱和脂肪酸(SFA)7种,不饱和脂肪酸(UFA)16种,不饱和脂肪酸(UFA)含量为70.09%,其中的多不饱和脂肪酸(PUFAs)含量为42.48%。研究表明,白金丰产鲫含肉率高,必需氨基酸含量丰富、组成合理,脂肪酸种类丰富,不饱和脂肪酸特别是高度不饱和脂肪酸含量高。     

大口黑鲈IGF-I基因内含子1、3和4序列多态性研究

根据大口黑鲈IGF-I基因的cDNA序列设计引物,克隆IGFI基因内含子核苷酸序列,采用PCR产物直接测序方法,在中国养殖群体和美国野生群体中筛选IGF-I基因内含子上的多态位点。应用RFLP、CRS—RFLP和SSCP技术建立多态位点的检测方法,同时比较分析其中4个多态位点在两个群体中基因频率分布。结果表明：（1）IGF-I基因内含子1、3和4序列长分别为1317bp、712bp和1941bp;（2）在3个内含子上共发现7个多态位点,其中在内含子1的208和1070位为G—A突变;内含子3的第40个碱基为一个“A”的插入-缺失突变,第307位为C—T突变,683位是G—A突变;内含子4上的696碱基处有一个20bp的插入-缺失突变,在1563位为G—A突变,表明大口黑鲈IGF-I基因序列上存在较多的SNPs;（3）内含子1上SNPG1070A的A等位基因能为HindIII限制性内切酶识别,采用RFLP技术分型。根据内含子1上SNPG208A侧翼序列,设计错配引物,使错配碱基和A等位基因共同形成TaqI酶切位点,建立CRS—RFLP检测方法。内含子4上SNPG1563A采用SSCP检测方法,同时对内含子4上的插入-缺失突变进行PAGE电泳分型。试验结果显示,RFLP、CRS—RFLP和SSCP三种SNP检测方法简单易行,适于在水产动物SNP标记研究中推广应用;（4）在中国养殖群体中,只有内含子1上的SNPG1070A具有多态性,其它3个多态位点只在美国野生群体中存在多态,证实中国养殖群体的遗传多样性相对较低。     

大口黑鲈溃疡综合征病毒甲基转移酶基因序列分析与原核表达

为了对新分离到的大口黑鲈溃疡综合征病毒(Largemouth bass ulcerative syndrome virus,LBUSV)的特征作进一步了解,促进LBUSV、DFV(Doctor fish virus)和LMBV(Largemouth bass vires)这类病毒的深入研究,本文克隆了LBUSV DNA甲基转移酶(DNA MTase)基因约200 bp的保守核心片段,用基因组步移的方法扩增到了核心片段的侧翼序列,获得了DNA MTase基因的编码区全长序列.序列分析表明,DNA MTase基因开放阅读框共663 bp(GenBank登录号:GU256634),编码220个氨基酸.结构域分析显示,LBUSV DNA MTase蛋白具有4个保守的DNA MTase结构域Ⅰ、Ⅳ、Ⅵ和Ⅷ,以及辅酶结合位点、底物结合位点和DNA结合位点等DNA MTase活性位点,其中的脯氨酸-脯氨酸-半胱氨酸三肽是潜在的催化位点.另外,本文还根据DNA MTase基因开放阅读框设计引物,PCR扩增和酶切后插入到pBV220载体中,经转化大肠杆菌(Escherichia coli)DH5a,温度诱导和SDS-PAGE检测,重组菌在分子量25 kD处有一条特异蛋白带,重组蛋白约占菌体总蛋白的30%.研究结果推测,该基因编码的蛋白具有DNA甲基化的功能,该病毒的分类地位为虹彩病毒科蛙病毒属.     

前沿扫描六则

正新型石墨烯滤膜可99%过滤海水随着人类的不断发展,水污染已经成了全球性的难题。澳大利亚联邦科学与工业研究组织(CSIRO)的科学家们,开发出一种名为Graphair的新型石墨烯滤膜。他们将悉尼港采集的水样本,直接过滤到可供饮用的程度。测试的滤水效果表明,可以过滤掉99%以上的污染微粒。与常规石墨烯相比,Graphair滤膜制作简单、成本更低廉。     

穿越虫洞去旅行

你看过《来自星星的你》了吗？你想过你可以像都教授一样瞬间移动自己的身体到另一个空间吗？你想过有一天你也有一位来自星星的长相帅气、知识渊博的老师吗？你想过有一天你也可以随意地去另外一个星球去旅行吗？很多人可能会说,这些荒谬的故事情节只会出现在科幻小说或者电影里。     

外源性红色荧光蛋白基因(RFP)在转基因唐鱼中的整合分析

转红色荧光蛋白(red fluorescent protein,RFP)基因唐鱼(Tanichthys albonubes)的遗传符合孟德尔分离定律,为进一步了解RFP基因在转基因唐鱼基因组上的整合特点,采用PCR和Southern印迹检测转植基因的拷贝数和连接方式.结果表明,转植基因是以单位点、多拷贝(2～3个拷贝)、头尾相接(head-to-tail)的串联体形式整合.应用基因组步移技术分别克隆出1.0和1.2 kb的转植基因整合位点5'和3'侧翼区序列.序列分析表明,5'侧翼区为宿主唐鱼基因组序列,在GenBank数据库中经BLAST分析后未发现有同源序列;3'侧翼序列与P1噬菌体部分基因组序列同源性达到99%,非转基因唐鱼基因组中未检测到该侧翼序列.研究结果为转红色荧光蛋白基因唐鱼的遗传稳定提供了评价依据.     

前沿扫描六则

正氢燃料电池飞行车概念模型发布近日,美国阿拉卡科技公司发布了一款名为Skai的六旋翼概念飞行车,使用氢燃料电池替代普通飞行器电池,能提供足够动力、承载更多重量、飞行更长时间。氢燃料电池利用空气中的氢和氧之间的化学反应来产生电能和纯水。由于氢也可以通过电力从水中清洁地生成,故氢燃料电池可以有效替代普通电池储存电力。与普通电池相比,氢燃料电池制     

前沿扫描六则

<正>新量子计算机解锁更多计算能力经典计算机使用0和1,也就是二进制信息进行运算。但奥地利因斯布鲁克大学物理学家马丁·林保尔认为,将量子计算机限制为二进制系统会阻碍这些设备发挥其真正潜力。该校实验物理系托马斯·蒙兹团队开发的量子计算机,可使用钙原子中多达7种状态来存储信息,从而实现以更少的量子粒子释放更多的计算能力。     

草鱼生长相关优势基因型的聚合效果分析

为研究草鱼(Ctenopharyngodon idella)生长性状相关分子标记聚合效果,本研究选择利用候选基因关联分析方法获得10个与生长性状相关SNP标记,分别位于草鱼载脂蛋白A-I-1基因(apoA-I-1)、丙酮酸激酶1型(PKL)、羧肽酶A1(CPA1)、柠檬酸合酶(CS)、醛缩酶B(Aldo-B)、生长催乳...