不同类型肉鸡线粒体单倍型与遗传起源研究

旨在探讨鸡线粒体D-loop区单倍型特性以及与生长速度的相关性,并分析其遗传起源。选取不同类型肉鸡品种（配套系）6个,测定其生产性能,并对6个群体共计314个个体线粒体D-loop区全长进行测序,分析其单倍型特性;同时与不同红色原鸡亚种进行聚类,分析其母系起源。结果显示,6个群体D-loop区全序列共检测到37个突变位点,构成40种单倍型,分为A、B、C和E 4个单倍型群,其中AA肉鸡、罗斯308、禽雁麻鸡和裕禾1号肉鸡主要为E单倍型,占比分别为85.92%、50.00%、100.00%和70.21%;园丰麻鸡2号和港丰瑶黑麻鸡E单倍型占比相对较低,分别为15.00%和22.39%,园丰麻鸡2号B单倍型含量最高,占比66.67%,港丰瑶黑麻鸡C单倍型含量最高,占比40.30%。相关性分析显示,初生重与E单倍型比例之间呈极显著正相关（P<0.01）,与A、B和C单倍型比例之间均呈负相关;E单倍型比例与公母平均体重约1.8 kg时日龄之间呈显著负相关（P<0.05）,而与公母平均体重约1.8 kg时饲料转化比之间呈极显著负相关（P<0.01）。聚类分析显示,A、B单倍型所有个体均与原鸡滇南亚种聚为一枝;E单倍型所有个体均与原鸡印度亚种聚为一枝;C单倍型所有个体与原鸡印度亚种、滇南亚种、指名亚种以及印尼亚种交叉聚为一类。结果提示,线粒体单倍型与肉鸡生长速度之间相关显著,E单倍型与肉鸡生长速度具有较强的正相关;我国家鸡群体母系起源丰富,但主要起源于原鸡滇南亚种。     

江苏省地方鸡品种线粒体DNA遗传多样性分析

江苏省拥有众多优良的地方鸡(Gallus gallus domesticus)遗传资源。这些地方鸡品种经过长期选育,具有肉质好、抗病力强和适应性好等优点,是进行杂交改良的优良素材。为研究江苏省地方鸡遗传资源的群体结构和遗传多样性,本研究对黑狼山、白狼山、鹿苑、溧阳和太湖等5个江苏省地方鸡品种149个个体的线粒体DNA(mitochondrial DNA, mtDNA)控制区(displacement loop, D-loop)全序列进行了PCR扩增和测序。结果表明,5个地方品种mtDNA D-loop区全长为1 231或1 232 bp,共计检测到核苷酸变异位点33个,定义了19个单倍型。总体单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.862±0.017和0.005 91±0.00135。中介网络图分析显示,江苏省地方品种含有A、B、C、D和E共5个分支(单倍型群),其中A和B分支为优势分支。分子方差(analysis of molecular variance, AMOVA)分析表明,群体内变异占66.5%,群体间变异占33.5%,5个群体间的固定指数F统计量(F-statistics, Fst)为0.334 97(P0.01)。上述结果揭示,江苏地方品种具有相对较低的遗传多样性,可能有5个母系来源,品种间分化不明显,少数群体可能受到了外来高产系的侵入。该研究结果为江苏地方鸡遗传资源的保护、开发及利用提供了遗传背景信息。     

鸡W染色体基因GPBP1在胚胎组织中的表达研究

鸡W染色体为进化过程中保留下来的Z染色体高度退化后的拷贝,在机体发育和代谢等过程中发挥着重要作用.以鸡W染色体上富含GC启动子的结合蛋白(GPBP1)基因为对象,对其在胚胎发育过程中的表达和功能进行初步研究;根据GPBP1基因在W和Z染色体上序列的不同,设计特异性引物扩增其W拷贝(GPBP1-W)、Z拷贝(GPBP1-Z)及同时扩增W和Z拷贝(GPBP1-ZW),采用qPCR及Western blot技术分析其在胚胎发育过程中不同组织的表达量,并通过FAD诱导性反转探究其对性别表型的响应.结果 表明:GPBP1-W在孵化6d的胚胎性腺中高表达,且表达量随胚胎发育而升高.GPBP1-W和GPBP1-Z在所检测的孵化12 d的胚胎组织中均有表达,其中mRNA高表达于脾脏组织中,蛋白高表达于性腺组织中;GPBP1-Z mRNA和蛋白质在雄性组织中的表达量高于雌性.GPBP1-W表达受雌性向雄性性反转的影响而显著降低,但GPBP1-Z的表达不受性反转的影响.这一研究提示,鸡性染色体基因GPBP1在鸡胚的性腺和脾脏中表达量高,且其Z拷贝在性别间和各组织中存在剂量效应和转录后调控作用,而W拷贝可能在雌性的部分组织中作为Z拷贝的补偿以保证其生物学功能的发挥.     

河南斗鸡线粒体D-loop区多态性及与4种斗鸡的进化分析

对28只河南斗鸡线粒体基因组(mitochondrial genome,mt DNA)D-loop区全序列进行PCR扩增和测序,并结合Gen Bank中其他品种中国斗鸡D-loop区序列,进行序列比对和进化分析。结果发现,河南斗鸡mt DNA D-loop区全长1232 bp,单倍型多样性(Hd)为(0.542±0.086),核苷酸多样性(Pi)为(0.00236±0.00083),共发现9处单核苷酸多态位点,3种单倍型。品种间进化分歧显示,河南斗鸡和西双版纳斗鸡遗传距离最近(0.0095),与漳州斗鸡遗传距离最远(0.0226)。系统发育分析发现,5个斗鸡品种可以分成A、B、C、D和E 5个分支。研究表明,河南斗鸡mt DNA D-loop区呈中度多态,有2个母系起源,本研究可以为河南斗鸡的遗传资源保护和选育提供一定参考。     

清远麻鸡线粒体DNA细胞色素b基因遗传多样性分析

为了更好地对清远麻鸡种质资源进行保护和开发利用,以线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b (cytochrome b, Cytb)基因为分子标记,检测了80只清远麻鸡的遗传多样性,并探讨了清远麻鸡在5个红色原鸡亚种的进化地位。结果显示：清远麻鸡mtDNA Cytb基因序列全长为1 143 bp,碱基T、C、A和G的平均比例分别是24.08%、36.38%、27.46%和12.08%。单倍型多样性(Hd)为0.585±0.038,核苷酸多样性(Pi)为0.000 87±0.000 59,平均核苷酸差异(K)为0.995。80条序列共发现13个多态位点,其中11个为单变异位点,2个为简约信息位点;基于多态位点定义了7种单倍型,系统发育树显示清远麻鸡与红色原鸡既有独立分支,又有相互交叉。清远麻鸡在mtDNA水平上呈中度遗传多样性,研究结果为清远麻鸡种质资源遗传评估、有效保种和选育利用提供了理论依据。     

白来航蛋鸡SLC45A2基因不同位点突变与银羽性状关联研究

旨在探究SLC45A2基因多态性与白来航蛋鸡银色羽之间的关系,为白来航新品系的选育以及粉壳蛋鸡配套系的培育工作提供依据。本研究首先对不同白来航鸡品系以及部分其他品种鸡的SLC45A2基因突变位点进行检测分析;后将SLC45A2基因不同基因型的白来航品系(A系和B系)分别与洛岛红公鸡杂交,观察不同品系杂交后代红羽情况,并对不同羽色子代的SLC45A2基因进行检测;最后利用分别含有第三、第四外显子突变的A、B系杂交后代(A×B)与洛岛红鸡进行正反交,进一步验证SLC45A2基因第三、第四外显子突变与金银羽性状的关系。结果表明,洛岛白鸡SLC45A2基因为第四外显子纯合突变,部分洛岛红鸡品系存在极低比例的第三外显子突变,不同白来航蛋鸡品系中同时独立存在第三或第四外显子突变或第四外显子纯合突变,其他品种鸡中不存在这两个位点的突变。同时独立存在第三、第四外显子突变的A系与洛岛红杂交后代红羽率(0.055 3)远高于在第四外显子纯合突变的白来航B系杂交后代红羽率(0.000 5),且存在第四外显子突变的杂交后代均为白色羽,而仅存在第三外显子突变的杂交子代红、白羽均有存在。根据洛岛红公鸡与不同基因型...     

石岐鸽mtDNA Cytb基因遗传多样性分析

为探究石岐鸽的遗传多样性和母系起源,研究对60只石岐鸽线粒体DNA(Mitochondrial genome,mtDNA)细胞色素b(Cytochrome b,Cytb)基因进行PCR扩增和测序,并结合GenBank中鸽Cytb基因序列进行系统发育分析。结果显示：石岐鸽mtDNA Cytb基因序列全长为1 143 bp,碱基T、C、A和G的平均比例分别为24.57%、35.79%、27.36%和12.28%;单倍型多样性为0.782±0.029,核苷酸多样性为0.001 69±0.000 04,平均核苷酸差异为1.927;共发现11个变异位点,其中8个为单一变异位点,3个为简约信息位点,基于变异位点定义了8种单倍型;石岐鸽和原鸽分为A和B两个分支,石岐鸽只分布于A分支。研究表明石岐鸽具有较高的线粒体遗传多样性,母系来源单一。     

基于线粒体控制区的鸡不同杂交组合遗传多样性研究

旨在探讨鸡不同杂交组合线粒体控制区（mtDNA D-loop区）的遗传多样性和单倍型特性。选取固始鸡和隐性白羽鸡及其正、反交F1代、藏鸡以及F2代等6个群体共387个个体的mtDNA D-loop区进行测序,分析其遗传规律和单倍型特性,并与不同红色原鸡亚种进行聚类,分析其母系起源。结果显示,6个群体D-loop区全序列大小为1 231 bp,共检测到28个多态位点和1个C碱基缺失,共构成19种单倍型,分为A、B、C和E 4个单倍型群,其中,固始鸡和反交F1代主要为A、C单倍型,固始鸡A、C单倍型比例分别为53.42%和46.58%,反交F1代A、C单倍型比例分别为50.75%和49.25%;隐性白羽鸡、正交F1代和F2代优势单倍型均为E单倍型,占比分别为48.89%、48.84%和50.00%。6个鸡群体单倍型多样度（Hd）在0.496~0.729之间,核苷酸多样度（Pi）在0.003 40~0.005 41之间,Hd值和Pi值最大的均为正交F1代,其次为隐性白羽鸡和F2代,固始鸡和反交F1代群体遗传多样性接近。聚类分析显示,A、B单倍型群与滇南亚种交叉聚为一枝;E单倍型群与印度亚种交叉聚为一枝;C单倍型群与印度亚种、指名亚种、印尼亚种以及滇南亚种聚为一枝。结果提示,mtDNA D-loop区遵循严格的母系遗传,后代的遗传多样性和单倍型比例与其母本基本一致;我国家鸡群体具有多个红色原鸡母系起源,且主要起源于原鸡滇南亚种。     

基于线粒体控制区分析固始鸡遗传多样性和起源进化

为探究固始鸡遗传多样性和母系起源,以73只固始鸡为试验素材,通过PCR扩增和测序技术,获得固始鸡线粒体DNA控制区全序列,并与19条红色原鸡序列构建系统发育树。结果表明：固始鸡mtDNA控制区全长为1 231或1 232 bp, 1 231 bp个体在859 bp处存在C缺失。73只个体共发现15处单核苷酸多态位点,为6种单倍型。遗传多样性分析表明,固始鸡平均核苷酸差异数(K)为5.287,核苷酸多样度(Pi)为0.004 29±0.000 13,单倍型多样度(Hd)为0.600±0.034。系统发育分析显示,6种单倍型可分为A和C 2个分支,A分支与原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,C分支与原鸡印度亚种(Gallus gallus murghi)、原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)、原鸡指名亚种(Gallus gallus gallus)以及原鸡印尼亚种(Gallus gallus bankiva)聚为一类,推测固始鸡可能有多个母系起源。这一研究为从分子水平探究固始鸡遗传资源保护和开发利用提供参考。