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高通量花生转录组分析系统的构建与应用 总被引:1,自引:0,他引:1
采用PC机为硬件平台,基于Linux操作系统,以Perl语言作为主要的程序编辑语言,整合SeqClean、TGICL、RepeatMasker,Blast,Bioperl等软件或模块,构建自动化、高通量的转录组分析系统。整个分析系统以三个自编的Perl脚本为主程序,其中以assemble.pl为主程序的序列组装,以annotFun.pl为主程序的功能注释和以annotGO.pl为主程序的功能分类。通过分析粤油20在叶斑病诱导下获得的8 328个叶片EST,进一步验证该系统的稳定性和可靠性。本文构建的花生转录组分析系统通过三个主程序能够自动、简洁、高通量地完成花生转录组数据的组装、注释与分类,为花生功能基因组学研究提供有价值的生物信息,也为其他生物信息平台的构建提供借鉴。 相似文献
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花生空间诱变及SSR标记遗传多态性分析 总被引:10,自引:0,他引:10
本研究以返回式卫星搭载花生品种粤油7号种子为材料,经过3年地面种植和选择,获得21个变异株系。选用110对SSR引物对21个变异株系进行SSR多态性分析,有5对引物的扩增在变异株系与对照品种之间表现出多态性。说明太空能够诱导花生种子发生基因变异,空间诱变可作为花生种质资源创新和品种选育的方法之一。 相似文献
75.
广东花生产区土壤黄曲霉产毒菌落分布初步研究 总被引:2,自引:0,他引:2
采用稀释倒平板法对广东10个花生主产地土壤中黄曲霉的数量以及分离菌株的产毒能力进行了分析。结果表明:全省各地花生种植土壤中黄曲霉的数量存在较大的差异,其中清远市土壤中的黄曲霉数量最多,达160 cfu/g干土壤,惠州和广州地区次之,均为100 cfu/g干土壤,汕头地区最少,在该地区抽取的土壤样品中未分离出黄曲霉菌株。在分离出来的黄曲霉菌株中,广州地区有10株产毒菌株、清远地区17株、惠州地区16株、云浮地区8株、河源地区8株。 相似文献
76.
广东花生生产和高产栽培技术 总被引:3,自引:0,他引:3
花生是广东第二大栽培作物和最主要的油料作物。本文就广东省及其各地区花生地产概况进行了综述。提出了广东花生高产栽培技术;良种的选用,花生的轮作,套种和间作技术,全苗壮苗技术;合理密植技术;合理施肥技术;田间管理技术,病虫害防治技术;中低产田开发技术等。 相似文献
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利用高密度花生基因表达谱芯片比较遗传背景相似而在产量上存在显著差异的2个南方花生品种粤油7号和汕油523荚果与叶片的基因表达谱。结果表明,汕油523与粤油7号荚果差异表达基因高达1 383个,其中上调表达基因662个,下调表达基因721个。叶片中差异表达基因有647个,其中上调表达基因234个,下调表达基因413个。基因表达差异在10倍以上的上调和下调基因在荚果中分别有52个和105个,而在叶片中只有2个和5个。功能注释结果表明, 差异表达基因集中在细胞内和膜上,而其分子功能主要为结合和催化活性,主要参与代谢、细胞和生物调控等生物过程。在花生荚果和叶片中,还有近一半的差异表达基因的功能未知,表明这2个器官中还有大量的基因尚待发掘。为验证基因芯片数据的可靠性和重复性,选择4个差异表达基因进行实时定量PCR分析,其结果与芯片检测结果吻合。 相似文献
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