基于SNP芯片监测通城猪的保种效果

旨在基于SNP芯片信息分析通城猪保种群的群体结构和遗传多样性,对保种效果进行监测。本研究利用“中芯一号”50K SNP芯片对68头通城猪的全基因组SNP进行扫描,通过以下两方面评估保种效果：1）群体结构。通过群体分层、遗传距离、亲缘关系以及公猪基因组家系等分析,研究通城猪个体间的群体结构;2）遗传多样性。估算等位基因频率、有效等位基因数、多态信息含量、多态性标记比例、杂合度、核苷酸多样性等多态性和杂合性相关参数估计遗传多样性,分析有效群体含量和连续性纯合片段（runs of homozygosity,ROH）,综合评估保种效果。结果显示：1）保种群无明显分层,遗传距离为0.27,亲缘系数为0.17;2）基因组等位基因频率为0.77,有效等位基因数为1.52,多态信息含量均值为0.31,多态性标记比例为88.28%,观测杂合度为0.32,期望杂合度为0.31;20世代前通城猪有效群体含量为105头,当前世代有效群体含量为94头;ROH共计有184个,平均ROH长度为23.71 Mb,其中28.80%的长度在15~20 Mb之间;基因组近交系数为0.04%,具较低水平的近交程度。通城猪保种群是一个没有分层的纯种群体,具有丰富的遗传多样性,得到了有效保护。     

国内外猪基因组与分子育种研究进展

全球猪的育种方向都经历了从脂肪型到瘦肉型的转变,育种措施也经历了从纯种培育到专门化品系和配套系培育的转变。育种目标主要考虑两个方面：一是如何提高种群生产性能的遗传潜力;二是如何最大可能地实现这些遗传潜力,即如何降低养猪生产成本、提高产品数量和质量,获得最大的经济效益。     

藏鸡IGF-Ⅰ基因的SNPs检测及与生长性状的关联分析

通过PCR-RFLP技术对藏鸡和隐性白羽鸡类胰岛素生长因子-Ⅰ(IGF-Ⅰ)基因的5'非翻译区(UTR)的2个位点进行了多态性检测.检测结果显示,该基因具有HinfⅠ和PstⅠ多态现象.测序结果表明,HinfⅠ识别位点发生了A→C突变,PstI识别位点发生了C→T突变,从而在2群体中分别产生了3种基因型,而出现了8种单倍型组合.单倍型组合的X2检验结果表明,2个品种间存在极显著差异(P＜0.01).方差分析结果显示,品种对所分析的17个生长发育性状都有显著影响(P＜0.05或P＜0.01),性别对6个生长发育性状有显著影响(P＜0.05或P＜0.01),而基因型或单倍型组合对5个生长发育性状(初生重、2周龄体重和胫围、7周龄体斜长以及16周龄胫围)有显著影响(P＜0.05或P＜0.01).同时,基因型或单倍型组合与品种之间的互作对鸡的部分生长发育性状也有一定的影响.另外,基因型CT在鸡初生重和7周龄体斜长上显著(P＜0.05)或极显著地(P＜0.01)高于基因型CC和TT,而单倍型组合A+T/C+T在鸡初生重、2周龄体重和胫围以及16周龄胫围上显著(P＜0.05)或极显著地(P＜0.01)高于其它6种单倍型组合.     

中国小型猪品种遗传多样性的RAPD研究

小型猪是地方猪品种中的宝贵资源。我国有 4个小型猪品种 ,即香猪、五指山猪、藏猪和滇南小耳猪[1 ] 。这些猪成年体型较小 ,体重 30kg左右 ,在解剖学和生理学上与人颇为相似 ,因此可作为理想的实验动物模型和异种器官移植供体。随机扩增多态DNA(randomamplifiedpolymor phicDNA ,RAPD)是 2 0世纪 80年代末发展起来的一种分子标记 ,因其数量多、检测快捷方便 ,已成为目前动植物群体遗传变异和遗传关系研究的常用技术。周俊玲等采用RAPD标记对二花脸和杜洛克的遗传变异进行检测和分析[2 ] ,刘德武等利用RAPD标记分析兰塘猪、大花白猪…     

饱和苯酚-氯仿抽提法与Chelex-100树脂法提取DNA在研究犬STR基因座多态性中的应用比较

在研究犬STR基因座多态性中,比较使用了饱和苯酚-氯仿抽提法和Chelex-100树脂法,两种方法提取的DNA在扩增后的检测结果均能准确地反映实验结果。尽管从平均峰面积和平均峰高值等指标上,利用Chelex-100树脂法提取的DNA质量和扩增后的检测效果较饱和苯酚-氯仿抽提法差,但Chelex-100树脂提取法更为简单快捷,适合在建立警犬STR基因座等位基因数据库中和犬亲缘关系鉴定中广泛使用。     

鸡Camk2d基因外显子15的SNP发现、检测及与经济性状的关联分析

克隆了鸡Camk2d基因的部分片段并发现Camk2d基因第15外显子51bp处有一C→T碱基转换的沉默突变,该突变位点具有VspI酶切多态,通过PCR-RFLP技术对我国乌骨鸡、鹿苑鸡、固始鸡、白耳鸡、仙居鸡、斗鸡和大骨鸡等7个不同地方品种鸡进行了基因型检测。结果表明:在7个品种中存在3种基因型(CC、CT、TT),χ2检验显示在各品种间基因型存在不同差异。同时在藏鸡,隐性白羽鸡,杂交鸡(藏♂×隐♀)和75%血液藏鸡[藏♂×(藏♂×隐♀)♀]群体中进行了基因-性状关联分析,结果表明,该SNP位点与腹脂存在极显著相关(P<0.01),与肌肉pH值显著相关(P<0.05)。     

中国藏猪ESR基因PvuⅡ位点多态性分析

采用PCR-RFLPs方法,对中国藏猪ESR基因多态性进行了研究,并与太湖猪、金华猪、成华猪、内江猪、长白猪、大白猪等中外猪种的ESR基因频率、基因型频率作了对比分析。结果表明藏猪有3种ESR基因型,ESR等位基因之间的频率较其它猪种均衡,从而证明西藏猪选择压力较小,ESR基因的分布处于原始的自然状态。     

母猪年生产力及其遗传改良

本文介绍和讨论了母猪年生产力的概念、组分性状、影响因素、遗传力估值、改良策略和措施。改良措施包括杂种母猪利用、品种更换、纯繁选择和分子手段应用。文中提出了一些看法与建议。     

微卫星及其功能研究

概述了微卫星的发现及其在进化过程中产生和消亡的机理 ;详述了不同的微卫星序列在基因组中的分布状况和现已发现的微卫星序列的各种功能     

藏鸡和隐性白羽鸡GH基因的SNP检测及其与生长性状间的关联分析

 利用改良等位基因特异性PCR（Modified Allele Specific PCR, M-ASP）结合PCR-RFLP以及直接测序方法对藏鸡和隐性白羽鸡生长激素（Growth Hormone, GH）基因内含子4 （Intron4）的一个位点进行了SNP检测，并进行了该基因与藏鸡生长性状的关联分析。检测结果显示，GH基因Intron4的这个位点同时具有M-ASP和SacI-RFLP多态。测序结果表明，该位点发生了C→G的碱基突变，产生了CC、CG和GG三种基因型。两个等位基因和三种基因型在两鸡种中的分布基本一致。其中，基因型CC和等位基因C的频率最高。χ2检验结果表明，基因型频率或者等位基因频率在两鸡种之间没有显著差异（P＞0.05），而分别在两鸡种内部却存在显著（P＜0.05）或极显著（P＜0.01）差异。方差分析结果表明，基因型与藏鸡的2周龄体重等12个生长性状有显著（P＜0.05）或极显著（P＜0.01）关联；基因型CC与藏鸡的7周龄体重存在显著关联（P＜0.05）。这暗示了GH基因是影响藏鸡生长的主效基因或者它与主效基因相关，而该位点的碱基突变可以作为筛选藏鸡高的7周龄体重的分子标记。