2008-2010年中国华东地区PRRSV ORF5基因遗传变异分析(英文)

[目的]对来自2008～2010年中国华东地区7个不同省市的疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)发病猪场送检的病料进行PRRSV检测,并对其ORF5基因进行测序,确定当前PRRSV在中国华东地区的分子流行病学特征,并分析PRRSV在中国的遗传演化规律。[方法]利用RT-PCR方法对采集的样品进行PRRSV检测,并对PRRSV检测呈阳性的36份病料进行ORF5基因的序列测定和分析。[结果]260份病料中共检测到118份PRRSV阳性样品,阳性率为45.4%。ORF5序列分析和系统进化树分析结果表明,本试验所获得的36株PRRSV毒株序列均属于北美型,与GenBank中高致病性PRRSV(HP-PRRSV)参考毒株的氨基酸同源性为94.6%～100%,并可分为5个亚群,亚群III与HP-PRRSV同源性最高,几乎所有的亚群中和表位(primaryn eutralizing epitope,PNE)都存在变异,亚群III和IV相对于其它亚群具有更多的糖基化位点。由于36个毒株是于2008～2010年间采集自安徽、江苏、上海等7省,进化树分析结果表明,病毒的分型并没有呈现明显的地域性。[结论]2008-2010年间中国华东地区普遍存在PRRSV感染,PRRSV流行株为HP-PRRSV,其遗传演化相对稳定,但也具有不同的遗传特征。来源于不同省市的PRRSV毒株的遗传关系存在交叉,虽然亚群IV和V只出现在部分省市,但PRRSV的分布没有呈现明显的地域特征。     

猪传染性胸膜肺炎放线杆菌毒素Ⅰ基因的克隆、序列分析及表达

参照猪传染性胸膜肺炎放线杆菌血清型Ⅰ菌株序列设计了一对特异性引物，用PCR方法扩增毒素Ⅰ基因，得到约920bp的片段，与参考序列的核苷酸同源性达99．3％，定向克隆到pET32a（＋）中，转化BL21（DE3），经诱导后，毒素Ⅰ基因得到高效表达，Westemblot鉴定呈阳性。     

国内病猪中猪链球菌2型分离株溶血素基因的PCR检测及序列分析

以探明猪链球菌2型(SS2)国内病猪分离株的溶血素基因(sly)的分布情况及其序列为目的.通过聚合酶链反应(PCR)方法检测29株不同年代、不同地区SS2国内分离株的sly,并将其中的5株(SS2-1、HA9801、HA0507、JR0507和ZY05719)sly 进行克隆及序列分析.结果显示:29株菌都有sly,其中5株菌的sly的ORF的碱基数目都为1 494 bp、编码497个氨基酸,核苷酸序列的同源性为99.7%～100.O%,所推导的蛋白质序列的同源性为99.8%～100.O%,其中SS2-1、HA9801、HA0507、JR0507与国外参考株P1/7的序列完全一致.表明中国猪链球菌2型病猪分离株普遍具有sly,且基因序列极为保守.     

中国猪群存在Torque teno Virus(TTV)感染

为了探讨中国猪群TTV的感染现状以及是否存在新的基因亚型,基于TTV1和TTV2相对保守的5′非翻译区(5′UTR)设计引物,采用PCR法对2008~2009年采集于中国江苏省的138份猪血清进行了检测。结果表明,中国猪群TTV1的感染率为15.9%,TTV2的为34.8%,共感染率为5.8%。所扩增片断的核苷酸序列分析结果表明,中国TTV1和TTV2流行毒株之间的核苷酸同源性分别为87.3%~93.8%和74.8%~99.1%,与GenBank其他TTV1和TTV2毒株的同源性分别为69.6%~100.0%和74.8%~99.1%。系统进化分析结果表明,中国TTV1和TTV2流行毒株存在新的基因亚型。     

猪链球菌4型GalR蛋白的生物信息学分析及原核表达

试验旨在了解猪链球菌4型（Streptococcus suis serotype 4,SS4）转录调控因子GalR蛋白生物学信息并对其进行原核表达。使用相关生物信息学分析网站对SS4 SH1510菌株GalR蛋白进行序列同源性和功能结构域检索,并对信号肽、跨膜区和等电点进行预测;同时,对SS4 SH1510菌株GalR基因进行扩增、原核表达、纯化,并用SDS-PAGE分析重组蛋白的可溶性,用Western blotting鉴定重组蛋白的反应原性。氨基酸序列比对显示,SH1510菌株GalR蛋白与变形链球菌、无乳链球菌、绿脓杆菌、马链球菌兽疫亚种、肺炎链球菌、口腔链球菌及李斯特菌的GalR家族蛋白的氨基酸序列分别具有57%、56%、55%、55%、52%、52%和49%的同源性;结构域检索发现GalR蛋白N-末端具有螺旋-转角-螺旋（helix-turn-helix,HTH）基序的小DNA结合结构域,C-末端具有Ⅰ型周质结合蛋白折叠的调节配体结合域,在这两个功能结构域的中间含有一个约18-氨基酸的连接子;GalR蛋白无信号肽,无跨膜区,等电点为5.10。SDS-PAGE分析显示,GalR蛋白绝大部分表达在上清,分子质量为56 ku;Western blotting鉴定结果显示,His单克隆抗体和粗制SS4多克隆抗体兔血清能特异性识别可溶性GalR蛋白。本研究对GalR蛋白进行了生物信息学分析并成功地表达和纯化了GalR蛋白,为进一步研究GalR蛋白在SS4中的作用奠定了基础。     

猪圆环病毒3型PCR检测方法的建立及其应用

根据Gen Bank登录的猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)全基因组序列设计并合成了一对特异性引物,经条件优化,建立了检测PCV3的PCR方法,扩增片段大小为932 bp;最低的质粒检测浓度为10 copy/μL;对猪圆环病毒1型、猪圆环病毒2型、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病病毒、猪细小病毒的核酸进行扩增,均无PCV3目的条带出现;随机抽取扩增的16份临床病猪样品目的条带进行TA克隆后测序,结果显示均为PCV3特异性目的片段,16株PCV3江苏毒株扩增序列与已报道的PCV3/US/SD2016和PCV3/CN/Hubei-618基因序列同源性分别为98.4%~99.6%、99.0%~99.8%,而16个毒株之间的同源性为98.3%~100%。利用所建立的PCR方法检测了2014~2017年间收集的江苏省临床病猪样品938份、健康猪样品500份,PCV3的阳性检出率分别为6.93%和0.6%;其中,2014年病猪样品中的阳性率为1.92%,后呈逐渐上升的趋势,2017年达到12.67%。本研究表明,建立的PCR方法特异、敏感,可以用于临床PCV3的检测;PCV3在江苏省猪群2014年已有感染,并呈逐年升高的趋势,应予以重视。     

猪流行性腹泻病毒变异株N基因的克隆及原核表达

猪流行性腹泻病(Porcine epidemic diarrhea,PED)是我国猪群近两年的多发疾病。本试验于2012年在安徽分离到一株猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)AH2012。为研究该变异株N基因的特性,采用RT-PCR方法获得了其N基因片段,经测序后与其他代表性的PEDV基因序列进行同源性比较和遗传进化分析,发现该毒株与近年来在我国流行的几株PEDV变异株同源性在99.3⁹9.5%之间,进化分析显示该毒株属于目前流行的PEDV变异株。将其克隆到表达载体pET28a(+)中,构建了重组质粒pET28a-N,经测序鉴定正确后,转化至感受态细胞BL21(DE3)中,并进行IPTG诱导表达。结果表明,重组菌可表达分子量为65 ku的融合蛋白,蛋白表达量较高,蛋白免疫印迹结果显示,表达的N蛋白能与PEDV阳性血清发生特异性的免疫反应,表明原核表达的N蛋白具有良好的反应原性。该研究可为猪流行性腹泻病的流行病学调查、诊断与防控方法的建立奠定基础。     

猪萨佩罗病毒3C蛋白间接ELISA抗体检测方法的建立

为建立快速检测猪萨佩罗病毒(PSV)的血清学方法,本研究以原核表达的PSV 3C重组蛋白为包被抗原,通过反应条件优化,建立了一种PSV重组3C蛋白的间接ELISA抗体检测方法。结果显示,该ELISA方法仅对PSV血清检测为阳性,与猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪伪狂犬病毒、猪圆环病毒2型等主要猪源病毒阳性血清均无特异性反应,具有良好的特异性。该方法的批内和批间重复性变异系数均小于10%,血清稀释度可以达到1∶320;采用该ELISA方法对我国2016年间采集的江苏省6个不同地区猪场的281份临床血清样品进行了检测,阳性率高达38.43%,表明江苏地区猪群中存在PSV感染。本实验建立的ELISA方法可以用于检测临床样品中的PSV抗体,特异性强、敏感性高、重复性好,是PSV流行病学调查的一种有效工具,对该病的防控具有重要意义。     

2013～2014年猪嵴病毒分子检测和3D基因遗传变异分析

[目的]为调查猪嵴病毒（ PKV）在我国哺乳仔猪中的流行和变异情况。[方法]采集2013～2014年我国5个省份27个猪场224份哺乳仔猪腹泻粪样,采用 RT-PCR方法对 PKV的3D基因进行检测,并对其中的29个 PKV 3D基因进行序列测定和遗传变异分析。[结果]腹泻粪样中PKV总阳性率为65.18％（146/224）,猪场PKV总阳性率为85.2％（23/27);29个 PKV 3D基因与国内外6株其他 PKV株相关序列的核苷酸同源性为87.0％～100％,所推导的氨基酸序列同源性为92.7％～100％。[结论]我国哺乳仔猪中普遍存在 PKV感染,PKV 3D基因呈现多样性。