鲤鱼外周血白细胞TLR5M全长cDNA克隆及序列分析

本试验以鲤鱼TLR5M的EST序列为基础进行5'-RACE试验,获得了其cDNA的全长序列。结果表明,该序列共3182 bp,包含38 bp的5'端非编码区,486 bp的3'端非编码区,1个2658 bp的开放阅读框(ORF),共编码885个氨基酸。序列同源性比对结果表明,该序列与麦瑞加拉鲮鱼TLR5基因同源性高达84.46%。     

猪链球菌2型新毒力相关基因lin0523的克隆表达及生物信息学分析

lin0523是新鉴定出的猪链球菌2型(Streptococcus suis serotype 2,SS2)毒力相关基因.利用PCR方法扩增SS2野生强毒菌株ZY458的lin0523基因,并克隆到pMD18-T载体上.经限制性内切酶EcoR Ⅰ、Pst Ⅰ双酶切后,将目的基因与大肠杆菌表达载体pMAL-p2x连接,构建重组表达载体pMAL-p2x::lin0523,并将其转化至宿主菌TB1中.经IPTG诱导后,表达出约为90 000的重组蛋白MBP-lin0523,目的蛋白主要以包涵体形式存在.应用同源性比对、信号肽预测、跨膜区预测及蛋白亚细胞定位等生物信息学方法对目的蛋白进行分析表明,lin0523蛋白与SS2 05ZYH33的限制性核酸内切酶S亚基100%同源,可能含有信号肽并存在于细胞外;这些结果表明lin0523蛋白可能是一种分泌性蛋白.     

抑制性消减杂交技术分析猪链球菌2型毒力相关基因

以猪链球菌2型四川分离强毒株458#为检测子,国际参考无毒菌株1330#为驱动子,用抑制性消减杂交方法寻找其基因组水平的差异.采用3种不同的限制性内切酶分别酶切458#与1330#基因组获得3套酶切片段,经消减杂交后构建猪链球菌2型强毒株458#特异DNA的差异文库,并对差异序列进行比较分析.结果表明,试验获得了3套差异文库共计42个特异性差异片段,所有差异片段均与已发表的猪链球菌2型05ZYH33株全基因组序列高度同源.构建了具有代表性的猪链球菌2型强毒株与国际无毒参考菌株基因组差异DNA文库,差异片段通过Blast比对,部分差异片段与已知功能基因如转座子,耐药基因、1型限制酶修饰系统、表面蛋白和毒力相关蛋白等有同源性,尚有许多差异片段属于未知功能蛋白或假定蛋白,其中可能包括与猪链球菌2型毒力相关的基因,为进一步分析猪链球菌2型可能的毒力相关基因奠定了基础.     

鲤胸腺素Tβ全长cDNA的克隆与序列分析

应用荧光DDRT-PCR从鲤外周血白细胞克隆了鲤胸腺素β(thymosinβ,Tβ)基因cDNA全序列。序列分析表明,TβcDNA全长528bp,其完整的读码框架位于40～178bp,编码46个氨基酸,5'非编码区长39bp,3'非编码区长为348bp,且具有Poly(A)加尾信号(AATAAA),将该基因序列递呈GenBank,注册序列号为AY457946。氨基酸序列同源性分析显示,鲤Tβ氨基酸序列与鲤Tβa、斑马鱼Tβa及斑马鱼Tβ-2同源性均为84%。在系统发生树上,鲤Tβ与鲤、斑马鱼、白斑狗鱼和鲑Tβa及斑马鱼Tβ2聚类。     

一类光滑加权块l1 算法的收敛性分析与数值仿真实验

给出了求解块稀疏压缩感知的光滑加权块l1 算法的理论分析,并通过数值仿真实验与3类具有代表性的l1- magic算法、SL0算法和FPC-AS算法进行了对比.实验结果表明,基于块结构的光滑加权块l1 算法能更加有效地 处理块稀疏信号.     

致病性嗜水气单胞菌气溶素基因PCR检测方法的建立

根据我国致病性嗜水气单胞菌分离株AH－78－2气溶素（Aer）基因保守区的测序结果，设计2对引物，建立了检测嗜水气单胸菌的PCR方法，通过对20株嗜水气单胞菌，12株相关菌株及157份送检病料的检测，并与SPA－CoA检测结果对照表明，PCR方法具有较高的敏感性和特异性，可检测最低100cfu的细菌，该方法的建立为致病性嗜水气单胸菌的检测提供了一种简便，快速的新途径，以我国分离株的序列设计引物使该法具有更强的针对性。     

鲤鱼干扰素γ-2β 全长cDNA的克隆及序列分析

[目的]进行鲤鱼干扰素γ-2β(IFNγ-2β)全长cDNA的克隆、鉴定及序列分析。[方法]以鲤鱼外周血白细胞干扰素γ-2β(inter-feronγ-2β,IFNγ-2β)EST序列为基础,以地高辛标记作为探针,对有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库进行核酸杂交筛选,克隆鲤鱼IFNγ-2β的全长cDNA,并进行序列分析。[结果]获得了3个阳性克隆,对其进行序列分析,结果显示,该序列包含119 bp的5'非编码区,218 bp的3'非编码区,开放阅读框ORF长537 bp,共编码178个氨基酸,在其3'非编码区存在几个ATTTA不稳定基序;序列同源性比较结果表明,所获序列与GenBank上登录的鲤鱼IFN基因的同源性达97%;蛋白质序列和结构分析发现,该序列具有IFN家族的典型序列特征。[结论]为进一步研究IFNγ-2β在体内的表达方式、功能特点和调控机理以及在炎症反应和免疫应答中的作用机制奠定了基础。     

施用有机肥对黑土区农田大型土壤动物群落的影响

为了解有机肥施用对耕作黑土区大型土壤动物群落结构的影响,2016年6—9月在内蒙古兴安盟扎赉特旗农业科技示范园区种植基地进行定点试验,研究有机肥不同施用量0 (OM1)、15 000 (OM2)、30 000 (OM3)和45 000 kg/hm~2(OM4)对大型土壤动物的群落结构的影响。共捕获大型土壤动物2 628只,隶属于46个类群。结果表明:隐翅甲科、正蚓科和象甲科幼虫等类群对有机肥施用变化适应性最高。OM4处理显著提高大型土壤动物的个体密度(P0.05),OM3处理提高大型土壤动物类群数,但未达到显著差异(P0.05)。OM1处理下多样性指数和均匀度指数最大,OM3处理提高丰富度指数,但均无显著差异(P0.05)。有机肥处理后大型土壤动物具有明显的表聚性,并且随着有机肥施用量的增加表聚性增强。大型土壤动物功能类群以腐食性为主,并且随着有机肥施用量的增加其个体数增加。主成分分析表明,线蚓科、隐翅甲科、长足虻科幼虫和金龟甲科幼虫等土壤动物个体数及类群数对外界环境的变化最为敏感,可以作为考察东北黑土区农田有机肥施加效应与缓解黑土地退化的评价指标。     

不同玉米秸秆还田量的土壤大型动物夏季群落动态特征

摘 要 调查不同玉米秸秆还田量下农田大型土壤动物群落动态特征,于2016年6—9月玉米生育期内进行,采用手拣法捕获土壤动物。结果表明：共捕获大型土壤动物2 681只,隶属于41个类群。方差分析显示,13 500 kg?hm-2还田处理(SR4)显著提高了大型土壤动物个体数,12 000 kg?hm-2还田处理(SR3)显著提高了大型土壤动物类群数。多样性表明：多样性指数和丰富度指数随玉米生长季总体呈现出先增加后下降的趋势;均匀度指数随玉米生长季总体呈现出下降的趋势;优势度指数总体与多样性指数变化趋势相反,随玉米生长季呈现出先下降后增加的趋势。垂直分布表明：随玉米的生长时期的推移,表层0~10 cm土层的大型土壤动物有向10~20 cm土层下移的趋势。功能群特征表明：捕食性大型土壤动物个体数随玉米生长季呈现先增加后下降的趋势;植食性和腐食性大型土壤动物个体数随玉米生长季呈现增加的趋势;杂食性大型土壤动物个体数在玉米生长季无明显变化。RDA分析表明：受农田土壤环境因子影响较大的大型土壤动物类群主要是研究区的优势类群,大型土壤动物的个体数与土壤有机质含量和土壤含水量关系紧密。总体上,玉米秸秆还田影响地表土壤的微环境,进而影响了大型土壤动物群落的组成、分布特征和功能群,玉米秸秆还田有益于农田大型土壤动物功能群的发展。