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基于RAD-seq简化基因组测序的19个地方鸡种遗传进化研究 总被引:1,自引:1,他引:0
旨在基因组水平上揭示地方鸡种的遗传进化,发掘重要种质特性基因。本研究利用简化基因组RAD-seq测序鉴定19个地方鸡种(每个品种按照家系选取30个个体,10公、20母)基因组SNP标记,计算观察杂合度(Ho)、核苷酸多样度(Pi)、近交系数(Fis)、遗传分化系数(Fst)和基因流(Nm)等遗传统计量指标,分析地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,并通过选择信号检测鉴定基因组受选择基因。结果表明,在19个地方鸡种中鉴定出400 562个SNPs标记。瓢鸡(PJ)和文昌鸡(WC)的遗传多样性最为丰富,观察杂合度(Ho)分别为0.246 8、0.243 0,核苷酸多样度(Pi)分别为0.278 1、0.265 5;河南斗鸡(DJ)的遗传多样性相对匮乏,Ho为0.156 0,Pi为0.175 2;东乡绿壳蛋鸡(DX)和边鸡(BJ)的近交系数最高(Fis>0.160 0)。瓢鸡与文昌鸡、惠阳胡须鸡(HX)、藏鸡(ZZ)、大围山微型鸡(WX),惠阳胡须鸡与文昌鸡,藏鸡与茶花鸡(CH)间的遗传分化最低(Fst<0.100 0),对应的基因流最高(Nm>0.240 0)。河南斗鸡与其它品种间的遗传分化均处于较高水平,与其中15个品种间的Fst>0.200 0、Nm<1.000 0。遗传聚类分析(2个引入品种做外群)将地方鸡种总体上分为5类,与品种形成历史和地理分布基本吻合。通过选择信号分析,在19个地方鸡种合并群体中检测出9个常染色体上的26个区域受到选择作用,包含31个受选择基因。这些受选择基因广泛参与免疫系统调节、生殖机能调控、应激响应、代谢等生物学过程。利用基因组SNP标记能更全面准确地揭示地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,选择作用主要体现在对地方鸡种抗逆抗病特性、配子活力及行为等方面的塑造。 相似文献
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利用HPLC法测定链格孢菌培养液中细交链孢菌酮酸的含量 总被引:1,自引:0,他引:1
改进了一种利用反相高效液相色谱检测链格孢菌菌液中细交链孢菌酮酸的方法.样品经过大孔树脂和硅胶处理之后进行检测,色谱柱为ODS-C18反相柱,流动相为100%甲醇,流速为0.4 mL/min,检测波长为280 nm.选用外标法进行定量.细交链孢菌酮酸标准品峰面积的自然对数与其相应浓度的自然对数呈良好的线性关系,方法检测精密度RSD为0.44%,回收率大于95%,细交链孢菌酮酸的出峰时间在6 min左右.检测细交链格孢菌培养液中细交链孢菌酮酸的平均含量为1.739 5μg/ml. 相似文献
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遗传距离聚类法和模型聚类法在地方鸡种群体遗传结构分析中的比较 总被引:1,自引:0,他引:1
利用16个微卫星标记,计算品种间DA遗传距离和基因流(Nm),并基于DA遗传距离运用NJ算法和基于Structure程序构建2类聚类图,比较分析10个地方鸡品种群体间的遗传结构和亲缘关系。结果表明:基于DA遗传距离运用NJ算法构建的聚类图将10个地方鸡品种总体上分为2大类:轻体型的鸡种(包括茶花鸡、藏鸡、仙居鸡、固始鸡和白耳鸡)和重体型的鸡种(包括狼山鸡、大骨鸡、北京油鸡、鹿苑鸡和萧山鸡);在轻体型的类别中,茶花鸡和藏鸡、仙居鸡和固始鸡聚为一类;在重体型的类别中,鹿苑鸡和萧山鸡聚为一类,狼山鸡、大骨鸡和北京油鸡则表现为独立分支,聚类结果与品种问基因流动相一致。Structure程序在预先未标识个体品种来源的条件下,准确推断出10个地方鸡种群体所属类别,构建的聚类图与遗传距离聚类结果基本一致。Structure程序还根据个体基因组分数,指出了10个地方鸡种群体中迁移个体和具有复杂遗传基础个体的分布,这是遗传距离聚类法所不能揭示的。 相似文献
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性成熟启动是一个复杂的生理过程,受"下丘脑-垂体-性腺"轴控制。决定性成熟启动的关键性事件是下丘脑促性腺激素释放激素(GnRH)脉冲式释放增加,KISS-1基因编码产物Kisspeptin通过其受体GPR54能够直接刺激GnRH释放,进而启动性成熟进程,KISS-1/GPR54系统被认为是性成熟启动的关键看门基因。禽类的KISS-1基因在GenBank中尚未被清晰注释。本文以文昌鸡为素材,采用比较基因组学方法分析了不同物种KISS-1及其上、下游基因在染色体上的分布,确定了鸡chr26:1522493-1532710区域为候选片段,通过PCR扩增和克隆测序获得了该候选片段完整序列(命名为类KISS-1序列);同时,采用BLAST程序搜索出9个同源性在50%~85%的EST序列,通过拼接得到3个延伸EST序列。表达验证分析表明,3个延伸EST序列在文昌鸡下丘脑组织cDNA文库中均有表达。 相似文献
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