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171.
miR-18a-5p在鸡不同生长时期的表达及其生物信息学分析与靶基因预测 总被引:1,自引:0,他引:1
为探究miR-18a-5p在鸡不同生长时期组织表达变化规律及其生物信息学特点,本研究以苏禽3号鸡为试验动物,利用实时荧光定量PCR技术检测不同生长时期鸡miR-18a-5p的组织表达变化。通过文献和miRBase检索脊椎动物的miR-18a-5p序列,利用Ensembl数据库确定miR-18a-5p在基因组中的位置,根据成熟序列构建系统进化树;使用miRmap、microT、miRanda和TargetScan网站预测miR-18a-5p靶基因,并进行GO和KEGG分析。组织表达分析结果显示,miR-18a-5p序列在鸡心脏、脾脏、肾脏和下丘脑中的表达量显著高于除大脑以外的其他组织(P<0.05)。与3日龄雏鸡相比,90日龄鸡心脏、脾脏、肾脏、腿肌和下丘脑中miR-18a-5p的表达量均显著上升(P<0.05)。在50种脊椎动物中共发现52条miR-18a-5p序列,几乎所有物种都只有1条成熟序列;基因定位分析发现,鸡miR-18a-5p位于1号染色体上的基因间隔区。多序列比对分析表明,不同物种miR-18a-5p的成熟序列同源性较高,物种间较为保守。系统进化树分析发现,鸡miR-18a-5p与原鸽、斑胸草雀等其他鸟类聚为一类,这表明miR-18a-5p进化过程中是保守的。靶基因预测和功能分析发现,miR-18a-5p共有121个靶基因。GO分析结果显示,靶基因主要富集到蛋白质泛素化、细胞周期阻滞、白细胞介素-6产生的负调控等功能。KEGG 通路分析表明,靶基因主要富集到细胞周期及Wnt和FoxO信号通路等。多个与肌肉生长及细胞增殖等相关的基因富集到相关通路之上。综上,鸡miR-18a-5p是组织广泛表达的miRNA,其可能通过Wnt及FoxO信号通路调控肌肉生长及细胞增殖分化。本研究为miR-18a-5p功能及调控机制的深入研究提供参考依据。 相似文献
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试验旨在对猪SUMO特异性蛋白酶1(sentrin-specific protease 1,SENP1)基因CDS区进行克隆和生物信息学分析,并探讨SENP1基因在乙脑病毒(Japanese encephalitis virus,JEV)感染PK15细胞后的表达情况。根据GenBank中公布的猪SENP1基因预测序列(登录号:XM_013997974.2)设计特异性引物,通过RT-PCR和T/A克隆技术对猪SENP1基因CDS区序列进行克隆测序,并进行生物信息学分析,利用实时荧光定量PCR分析猪SENP1基因在JEV感染PK15细胞不同时间点(0、12、24、36、48 h)的表达情况。结果显示,猪SENP1基因CDS序列全长2 034 bp,共编码677个氨基酸。序列比对和系统进化树分析结果表明,猪SENP1蛋白序列和山羊、犬、人、牛的相似性分别为94.8%、94.2%、93.9%和93.8%,说明在这些物种中SENP1的保守性较强;猪与犬的SENP1分子亲缘关系较近。生物信息学分析结果显示,猪SENP1蛋白相对分子质量为76 825.76,等电点为8.53,体外半衰期为30 h,不稳定系数为53.59,总平均亲水指数为-0.622。SENP1蛋白不含信号肽序列,无跨膜结构域。二级结构分析结果显示,SENP1蛋白中α-螺旋、无规则卷曲、延伸链和β-转角分别占31.31%、46.68%、16.25%和5.76%。三级结构分析结果显示,猪SENP1蛋白中存在8个α-螺旋区和7个β-转角区。实时荧光定量PCR结果显示,猪SENP1基因在JEV感染的PK15细胞中呈现上调表达趋势,其中在感染后48 h SENP1基因表达量显著高于对照组(P<0.05)。本试验结果为后续深入研究SENP1基因功能提供了参考。 相似文献
173.
为推动耐热月季种质资源筛选和育种进程,总结了高温胁迫对月季形态、产量、品质、生理生化(细胞膜透性、渗透调节物质含量、抗氧化酶活性)的影响,简述了月季对高温胁迫响应机理的研究现状,阐述了月季耐热性评价指标筛选、种质资源耐热性评价以及耐热月季选育工作进展.结果 表明:相较于其它花卉,月季研究目前集中于种质资源耐热性评价,而高温响应机理和耐热品种选育则相对滞后.随着全球气候变暖,高温胁迫已是现今月季面临的重要逆境胁迫.目前,亟需结合多组学深入研究其相应机理,以加快耐热月季种质筛选和育种进程,以满足华东地区对耐热月季品种的需求. 相似文献
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175.
176.
177.
以3个不同种源的砂生槐种子为研究对象,对种子外部形态特征、千粒重及不同处理条件下其发芽率和发芽势进行了比较分析.结果表明:各种源砂生槐种子的横纵径差异不明显,千粒重之间有差异,其中,日喀则种源千粒重最大.拉萨种源在各水温浸泡后其发芽率较其余2个高,达到42%,3个种源的砂生槐种子随着浸泡水温的升高,其发芽率也表现出逐渐升高的趋势,均表现为沸水浸泡后发芽率达到最大.3个种源的砂生槐种子在不同温度下发芽率不同.温度越高并不表现为发芽率较高,其中拉萨和林芝种源的砂生槐种子在15℃时发芽率最好,日喀则种源在20℃发芽率最好.GA3对砂生槐种子的萌发没有明显的促进作用.切破种皮和酸碱处理均有利于不同种源砂生槐种子的萌发,能在一定程度上提高砂生槐种子的发芽率. 相似文献
178.
179.
In order to establish an indirect ELISA method for detection of equine herpesviruses type 4 (EHV4) antibody, the glycoprotein G (gG) protein with specific epitope worked as a detection antigen. After optimizing conditions, the indirect ELISA method was developed successfully,specificity and repeatability tests were determined. The result was that the EHV4 gG only reacted with antibodies against EHV4;but not with antibodies against EHV1; both the intro-batch and inter-batch variation coefficiencies were lower than 10%.Concordance of the indirect ELISA relative to commercial EHV1/4 antibody kit was above 90%.The results indicated that the indirect ELISA method could be used for the detection and epidemiological surveys of EHV4 infection. 相似文献
180.
为了给北方海水鱼虾蟹类育苗增添一种新的生物活饵料,利用循环水培养装置研究了西藏拟溞Daphniopsis tibetana Sars在稀释海水(盐度为18~20)中规模化培养的技术工艺参数,即起始放养密度、充纯氧和日采收率。结果表明:起始放养密度对西藏拟溞种群增长和日产量影响显著(P0.05),不同起始放养密度(200、550、900、1250 ind./L)培养试验中,放养密度为1250ind./L时,培养第33天时种群密度达最高,为(9500±550.73)ind./L,平均日产量为(125.00±8.35)g/(m3·d);充纯氧与充空气相比较,充纯氧能显著提高种群密度和日产量(P0.05),当放养密度为1250 ind./L、充纯氧时,西藏拟溞种群密度最高达(11 600±560.45)ind./L,平均日产量为(156.82±8.49)g/(m3·d);日采收率对西藏拟溞的种群增长和日产量也有显著影响(P0.05),日采收率为20%时最佳,放养密度为1250ind./L、日采收率为20%时,西藏拟溞种群密度最高为(12 900±995.04)ind./L,平均日产量为(176.52±15.08)g/(m3·d)。 相似文献