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基因芯片用于病原微生物的检测和分型 总被引:2,自引:0,他引:2
1用于病原微生物检测和分型的基因芯片种类
1.1寡聚核苷酸检测芯片寡聚核苷芯片是报道最多的一种检测芯片。它是先从GenBank等核酸数据库中获得用于制作芯片的相关病原基因,然后用生物软件在病原科、属、种和型的保守基因区内设计出寡核苷酸探针,用于病原微生物科、属、种和型的鉴定;在各种微生物特有基因区内设计出鉴别探针,用于不同微生物的鉴别;在不同型的病原变异区内设计型和亚型鉴别探针,用于病原型和亚型的鉴定。将设计的探针在核酸数据库进行同源性比较, 相似文献
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用设计的引物对胸膜肺炎放线杆菌1、3、6、9型标准株的荚膜多糖输出部分基因序列进行了扩增,克隆,测序,分别获得4个型的部分cpxDC基因序列和3型的部分cpxD基因序列。对克隆序列和GenBank中已知序列进行序列拼接,分别拼接出1、3、6型的荚膜输出cpxD基因全序列。通过基因序列分析发现,胸膜肺炎放线杆菌1、3、5、6、9型荚膜多糖输出基因已知序列间的同源性很高,达89%~99.88%。1、3、5、6型cpxD基因的推导氨基酸序列间的同源性为93%~99%。在cpxDC基因的保守区内设计出1对种特异性引物,对胸膜肺炎放线杆菌进行鉴定和检测,结果从8个标准型菌株和3株分离株中均扩出约720bp的阳性片段,其他6种能引起猪呼吸道疾病的细菌均呈阴性。所建立的PCR方法最低检出量为10Pg,最适模板量为5ng(50ptL)。试验结果表明,胸膜肺炎放线杆菌不同血清型间的荚膜多糖输出基因存在着高度的保守性。设计出的种特异性引物能用于胸膜肺炎放线杆菌的检测和鉴定。 相似文献
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根据禽多杀性巴氏杆菌psl基因序列,设计了1对引物,从猪源多杀性巴氏杆菌5:A型Ts-8株中扩增出453bp的psl基因,将其克隆到pMD18-T载体后测序。序列分析表明,该基因与禽多杀性巴氏杆菌T16株的psl基因序列只相差2个碱基,同源性高达99%;与流感嗜血杆菌编码P6蛋白的基因序列同源性为83%。猪psl基因的推导氨基酸序列与禽psl基因、P6蛋白的氨基酸序列同源性分别为100%,87%。结果表明,多杀性巴氏杆菌psl基因在猪和禽的菌株中是高度保守的,而且与P6蛋白的氨基酸序列具有较高的同源性。 相似文献
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猪胸膜肺炎放线杆菌、肺炎支原体和多杀性巴氏杆菌联合检测芯片的研制及应用 总被引:3,自引:1,他引:2
本研究旨在建立联合检测胸膜肺炎放线杆菌、猪肺炎支原体和多杀性巴氏杆菌的DNA芯片.用7个从3种病菌基因组中扩增出的不同特异性靶DNA制作基因芯片,并对芯片的靶DNA和探针浓度、杂交温度、重复性、特异性和灵敏度进行了研究.结果表明,检测芯片的特异性强,能与测试的李氏放线杆菌、猪鼻支原体和副猪嗜血杆菌等9种病原区分;灵敏度高,在50μL标记反应体系中,能检测到10~50 pg基组DNA,芯片可重复利用.用芯片对44株目标菌的不同型标准菌株、分离株和疫苗株进行了检测.其信号值≥1 000,信号噪音比(SNR)≥6.用芯片对45头病猪和97头健康猪的临床样品选择培养物进行了检测,其检出率分别为多杀性巴氏杆菌71.1%和49.5%、胸膜肺炎放线杆菌42.2%和26.8%、猪肺炎支原体20%和22.7%,混合感染率分别为42.2%和24.7%.在检测临床样品时,芯片法与PCR的符合率为97.8%~100%,与分离鉴定法的符合率为87.6%~95.6%.研究表明,研制的芯片特异性强、敏感性高、可重复使用,是一种能有效用于胸膜肺炎放线杆菌、猪多杀性巴氏杆菌和猪肺炎支原体鉴定和联合检测的新工具. 相似文献