如皋黄鸡开产性状加性遗传及母体遗传效应分析

【目的】以动物模型分析加性遗传、母体遗传对如皋黄鸡开产性状的影响,并计算开产性状遗传参数。【方法】收集如皋黄鸡2009—2012年生产数据,包括10 454个动物个体、31 362条生产记录。依据是否考量母体效应,设计4种统计模型。利用WOMBAT软件以平均信息约束最大似然法(AIREML)剖分表型方差,以似然比统计值检验模型适用性。以单性状模型分析遗传力,以多性状模型分析遗传相关系数和表型相关系数。【结果】母体环境对开产日龄有显著的影响,模型II为开产日龄最适模型,开产日龄遗传力为0.28±0.02;母体遗传对平均开产蛋质量影响显著,模型III适合计算开产蛋质量遗传力,开产蛋质量加性遗传力为0.23±0.02、母体遗传力为0.03±0.01;母体遗传和母体环境对开产体质量有显著影响,开产体质量加性遗传力为0.34±0.03、母体遗传力为0.04±0.01,模型IV为开产体质量最适模型。如皋黄鸡开产蛋质量、开产体质量加性遗传与母体遗传存在负相关。开产体质量、开产蛋质量与开产日龄之间的遗传相关系数分别为0.36±0.07、0.33±0.07,开产蛋质量与开产体质量之间的遗传相关系数为0.65±0.05。【结论】如皋黄鸡开产日龄、开产体质量、开产蛋质量等开产性状均受母体效应影响,且遗传力较低。     

统计模型对如皋黄鸡产蛋数遗传参数估计值的影响

为了评估不同的动物模型对如皋黄鸡产蛋数遗传参数的影响。2009—2012年采集如皋黄鸡的生产记录,包括8575只蛋鸡（来自242个父系,1362个母系）,评估模型分为单性状模型和多性状模型,利用WOMBAT软件以平均信息约束最大似然法(AIREML)分析表型方差组分。结果表明：开产日对统计第1—2月产蛋数有着重要影响,应将其列入固定效应;加性遗传方差小于永久环境方差,产蛋数受环境因素影响更多一些;开产第一月产蛋数遗传力最高,产蛋高峰产蛋数遗传力最低,产蛋后期产蛋数遗传力略有上调;如皋黄鸡前四个月产蛋数与开产至40周龄产蛋数遗传相关系数在0.67-0.79之间,相邻产蛋月遗传相关系数较高;开产阶段产蛋数与产蛋末期产蛋数的相关系数较小,因此,地方特色蛋鸡选育时应考虑增加产蛋后期产蛋数指标。     

鸡脾脏重全基因组关联分析

【目的】利用全基因组关联分析（genome-wide association study, GWAS）技术解析产蛋后期母鸡脾脏重的分子机制和遗传特征,为改善产蛋后期母鸡的健康状况提供理论依据。【方法】利用东乡绿壳蛋鸡和白来航蛋鸡构建资源群体,以72周龄F2代501只母鸡脾脏重为研究材料。首先利用高密度600 K 基因芯片对试验群体基因组进行SNPs检测。其次利用APT软件进行质控、BEAGLE软件进行基因型填充、PLINK软件进行主成分分析,GEMMA软件进行全基因组关联分析,最终获得脾脏重的显著和潜在显著关联位点。然后利用GCTA软件计算基于SNP数据的脾脏重遗传力以及染色体遗传力,并利用Haploview软件对显著或潜在关联位点进行连锁不平衡分析。最后通过显著位点区域的相关基因功能注释来筛选影响母鸡产蛋后期脾脏重的候选基因。【结果】由72周龄母鸡脾脏重的表型数据可知,在蛋鸡产蛋后期存在较大的变异系数,脾脏重的遗传力为0.236。通过基因型分析得到43万个高质量的SNP进行进一步分析。群体结构分析发现基因膨胀系数为1.042,表明试验群体没有群体分层的现象,避免了关联分析中假阳性结果的出现。利用单变量混合线性模型分析共发现了412和281个SNPs位点与脾脏重显著和潜在显著关联,位于1、4、16、28号染色体上。显著性关联位点在1号染色体161-174 Mb区间和28号染色体0.47-1.27 Mb区间,潜在性显著位点在4号染色体76 Mb区间和16号染色体175kb区间。由于显著区域可能存在的连锁不平衡,对显著性位点进行了条件分析和连锁不平衡检验,以1号染色体位点rs314001986和28号染色体上位点rs312729296进行条件分析,经分析后原先显著关联的位点均不显著,即以rs314001986和rs312729296作为候选SNP进行基因注释分析。对4号染色体和16号染色体潜在显著位点进行连锁不平衡分析,结果显示潜在性显著位点间存在强的连锁不平衡,即以性状表型方差贡献率最大的SNP rs315270535和rs314065899为候选位点进行进一步分析。参考鸡的galgal4基因组,对各显著及潜在性显著位点及区间初步筛选到KCTD4、LDB2、HEP21和PCASP2候选基因,鉴定的候选基因可能参与了脾脏生长以及免疫应答等过程。此外,将显著位点的基因型与群体的表型数据进行关联分析,发现rs314001986和rs312729296在基因型为GG时对脾脏均有增重效应。此外,基于群体的基因型数据得到1号染色体解释的遗传力为9.25%,28号染色体为4.55%。【结论】初步揭示了母鸡产蛋后期脾脏重的遗传特征,脾脏重的遗传力和染色体遗传力为首次报道。生物信息学分析鉴定到影响脾脏重的区域为新的发现,并初步筛选出4个候选基因。     

绿壳蛋鸡与来航鸡资源群体胸宽和胫围的遗传评估

应用贝叶斯方法分析蛋鸡资源群体胸宽、胫围方差组分参数、遗传力及遗传相关。以东乡绿壳蛋鸡与白来航鸡正反交组建蛋鸡资源群体,收集体尺原始数据15489条,其中13周龄9735条、40周龄5754条记录,整理后保留10812条,系谱数据涉及5871只鸡。以ANOVA和t检验分析影响体尺变异的因素,确定遗传模型固定效应包括世代和性别因子。应用单性状动物模型分析蛋鸡体尺方差组分、遗传力,应用双性状动物模型获取相关系数。蛋鸡资源群体13、40周龄胸宽遗传力分别为0.42±0.03、0.38±0.03;13、40周龄胫围遗传力分别为0.32±0.04、0.21±0.03;同周龄遗传相关系数高于0.80,表型相关系数相对较小。胸宽属于中等遗传力性状,通过动物模型结合选择指数法能够有效获取遗传进展;胫围遗传力属于中等偏下,且标准误较高,选择准确性可能稍差。不同周龄蛋鸡体尺性状遗传相关系数较高,选择1个时间点足以代表全期水平。     

苏禽绿壳蛋鸡部分性状间的典型相关分析

为研究苏禽绿壳蛋鸡开产性状、全期产蛋性状与体尺性状之间的关系,选取具有全期产蛋记录的30只苏禽绿壳蛋鸡的3组性状的13个变量进行典型相关分析。结果表明:苏禽绿壳蛋鸡的开产性状与全期产蛋性状的第1个和第2个典型相关系数为0.849、0.716,均达到极显著水平(P0.01),分别占两组性状间总相关信息的70.5%、28.6%;开产性状和体尺性状间的第1个和第2个典型相关系数也达到了极显著和显著性水平(P0.01,P0.05),相关系数分别为0.821、0.749,分别占两组性状间总相关信息的59.3%、36.6%;全期产蛋性状和体尺性状的第1个典型相关系数达到显著性水平(P0.05),相关系数为0.861,占两组性状间总相关信息的77.5%。苏禽绿壳蛋鸡3组性状中其主要作用的性状有:开产日龄、开产体重、达平均蛋重时体重、平均蛋重、体斜长和龙骨长,3组性状中全期产蛋性状与开产性状间的相关性最高。     

蓝孔雀繁殖期行为观察和分析

孔雀又名越鸟、南客,属鸟纲、鸡形目、雉科、孔雀属。世界上共有两种孔雀,即绿孔雀（Pavo muticus）和蓝孔雀（Pavo cristatus）,绿孔雀又称爪哇孔雀,是我国的一级保护动物,仅分布于云南南部和中部地区;蓝孔雀又称印度孔雀,     

蛋鸡资源群体产蛋性状遗传参数分析

【目的】利用平均信息约束最大似然算法(AIREML)分析蛋鸡资源群体产蛋总重、产蛋数、40周龄蛋重和开产性状遗传参数,剖析产蛋性状遗传参数变化规律。【方法】以白莱航鸡与东乡绿壳蛋鸡为基本素材,依照F2设计组建资源群体,包括亲代、F_1代和F_2代总计2 326只母鸡。每一世代采集开产性状数据,每日记录产蛋信息。蛋鸡32～60周龄采集蛋重数据19 825条。以多性状动物模型评估遗传方差、残差和表型方差。【结果】(1)品种、世代对产蛋性状有着重要影响,将其列入固定效应;(2)32～60周龄产蛋总重遗传力为0.28±0.05,累积产蛋数遗传力为0.33±0.05,40周龄蛋重遗传力为0.58±0.05,开产日龄遗传力为0.35±0.05,开产体重遗传力为0.65±0.05,开产蛋重遗传力为0.44±0.06;(3)产蛋总重与产蛋数遗传相关系数为0.78±0.04,与40周龄蛋重遗传相关系数为0.27±0.10,与开产日龄遗传相关为-0.41±0.12。【结论】选择产蛋总重性状,宜以个体选择结合家系选择方能有效获取遗传进展。     

中亚以东南地区绵羊运铁蛋白遗传多样性分析

为研究中亚以东南地区绵羊运铁蛋白(Tf)的遗传多样性,利用水平板聚丙烯酰胺(PAGE)梯度电泳技术,以湖羊、滩羊、洼地绵羊、同羊、小尾寒羊以及国内外得到的其他10种绵羊群体为对象,对其运铁蛋白遗传变异、基因分化系数及中立性测验结果进行分析.结果表明:在15个绵羊群体中,除Bar羊不表现多态性外,其他各群体均表现出多态性;基因分化系数(Gst)为0.2026,说明有79.74%的变异来自于群体内,20.26%的变异来自于群体间;中立性测验结果表明Tf位点除湖羊外其他群体均在L95到U95置信区间内,说明中亚以东南地区绵羊运铁蛋白遗传多样性基本上未受到选择的作用.     

如皋黄鸡选育群105日龄体重遗传力及近交参数分析

为评估如皋黄鸡选育群个体间亲缘关系远近程度,分析105日龄体重遗传力。收集2011—2014年连续4代如皋黄鸡有称重记录的育成期母鸡资料,整理后得到7 550条个体记录。对非105日龄体重进行校正处理。应用Endog软件计算近交相关参数,包括个体近交系数(Fi)、个体近交速率(ΔFi)、平均亲缘关系(AR)以及每个世代Fi和AR平均值。应用AIREML算法剖分表型方差组分,计算遗传力时考虑了近交、批次以及母本日龄对表型方差的影响,将加性遗传、母体遗传列入随机效应,以AIC值、BIC值选择最优模型。结果表明选育群个体近交系数平均值为0.44%、亲缘关系平均值为1.58%;个体近交系数适合以3阶协变量嵌入遗传模型;如皋黄鸡105日龄体重遗传力为0.45±0.03。如皋黄鸡105日龄体重属于中等遗传力性状;分析体重遗传参数时应考虑个体近交系数。