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南阳牛生长性状相关基因组区域全基因组关联分析 总被引:1,自引:0,他引:1
本研究旨在筛选和鉴定与南阳牛生长性状相关的基因组区域和候选基因,从而更好地了解牛生长性状的遗传机制。试验共采集71头南阳牛母牛血样并提取基因组DNA,利用SLAF-seq(specific-locus amplified fragment sequencing)技术获得全基因组SNP标记并对试验个体基因型进行分型。对每头个体初生重及不同月龄(6、12、18、24、36)的体重、体高、体斜长、胸围和坐骨端宽及每6个月体增重等生长性状进行全基因组关联分析;获得显著相关的基因组区域后,对其中基因进行功能注释以筛选候选基因。结果显示,共获得141 755个筛选后的SNPs,通过全基因组关联分析鉴定出5个分别与12月龄体重(8号染色体:17 320 634~17 347 720 bp)、12月龄胸围(2号染色体:15 063 190~15 155 309 bp)、24月龄体斜长(11号染色体:60 727 342~81 425 987 bp)、36月龄坐骨端宽(14号染色体:15 635 762~15 643 272 bp)和12~18月龄体增重(26号染色体:40 456 192~40 456 477 bp)等生长性状显著相关的基因组区域(LOD≥6.35)。通过对5个基因组区域内的186个基因进行功能注释,共筛选得到11号染色体上的8个基因(BMP10、IFT172、SDC1、TCF23、TRIM54、RAB1A、VPS54和GDF7)与骨生长、肌肉发育和生长调控有关,建议其可优先作为牛生长性状相关候选基因进行进一步验证。 相似文献
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本研究旨在探究腹泻与健康犊牛粪便微生物的结构组成与分布特征,筛选出一些可作为评价犊牛腹泻参考指标的特异性菌群。试验采集10份腹泻和10份健康夏南牛犊牛的粪便样本并提取粪便总DNA,运用16S rRNA高通量测序技术,比较腹泻组和健康组在微生物多样性方面(组成及结构)存在的差异,获得两组间具有统计学差异的Biomarker,并对差异功能基因进行注释。结果表明,腹泻犊牛粪便微生物的多样性小于健康犊牛;在门水平上,与健康组相比,腹泻组犊牛粪便中微生物相对丰度显著升高的是变形菌门和梭杆菌门,螺旋菌门显著降低(P<0.05);在属水平上,与健康组相比,腹泻组犊牛粪便微生物中埃希氏-志贺菌属、梭杆菌属、乳杆菌属和梭状芽孢杆菌属相对丰度明显升高,不可培养拟杆菌目S24-7群、拟普雷沃菌属和普雷沃氏菌科的菌属显著降低(P<0.05)。通过对COG功能预测分析,腹泻组在翻译、核糖体结构和起源类群明显降低。通过KEGG代谢途径分析,腹泻组粪便中显著升高的代谢通路是碳水化合物代谢和外源性物质降解和代谢,显著降低的代谢通路分别是细胞增殖和死亡、复制和修复、翻译和转录(P<0.05)。本研究分析了腹泻组和健康组之间的优势菌群,筛选出可以作为犊牛腹泻参考指标的10个Biomarker,并对功能差异基因进行注释,为进一步研究犊牛腹泻的治疗及预防奠定了基础。 相似文献
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南阳牛原称南阳黄牛,中心产区在豫西南的南阳盆地,是经过长期驯化而成。南阳牛的优点是:体格高大,肌肉发达,结构紧凑,皮薄毛细。四肢端正,蹄质结实,行动迅速,肉质细嫩,肌纤维细,味道鲜美,耐粗饲,适应性强,遗传性稳定。通过对南阳牛种质资源进行全面、统一、科学、完整地收集、整合,能够进行有效保护、合理高效开发利用,实现南阳牛种质资源的充分共享和可持续利用。 相似文献
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为探讨B超仪在肉牛活体肌间脂肪(IMF)测定中的应用价值,本文选用32头成年夏南牛为研究对象,探讨B超仪应用于活体肉牛测定IMF的技术要点,并分析了其测定结果与宰后实测值的关系。结果表明,B超活体测定IMF在第12~13肋间(T12-T13)的测定值与宰后实测值相关性(R2=0.86)比在第13肋与第1腰椎间(T13-L1)的相关性(R2=0.82)高,故IMF活体测定部位宜选定在T12-T13;B超在T12-T13活体IMF测定值与屠宰后实测值差异极显著(P<0.01),且存在高度相关(R2=0.86),并建立了B超活体测定IMF的二元线性回归方程。研究结果表明,应用兽用B超仪预测夏南牛活体IMF含量是可行的。 相似文献
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本研究旨在探讨TAFA趋化素样家族成员1(TAFA1)基因多态性与郏县红牛生长的关联性。试验共采集了79头郏县红牛成年母牛的血样并提取基因组DNA,利用直接测序法对TAFA1基因上的错义突变SNP rs137516577进行基因型分型,并与郏县红牛体高、体长、胸围、腰角宽、坐骨端宽、尻长、十字部高、荐高、胸深、胸宽、体重等11个生长和体尺性状进行关联分析。同时根据“Animal Omics Datebase”数据库对TAFA1基因的组织表达情况进行分析。结果发现该SNP与体长、腰角宽、坐骨端宽、尻长和体重等性状显著相关(P<0.05),且GC型个体体长、腰角宽、坐骨端宽、尻长和体重均显著高于GG型(P<0.05)。TAFA1基因在牛大脑组织中表达量最高。结果表明,TAFA1基因上错义突变SNP rs137516577与郏县红牛生长性状相关,可作为郏县红牛生长性状的分子标记。 相似文献
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随着我国养牛业集约化程度的不断提高,牛繁殖障碍性疾病已逐渐成为危害养牛业发展的重要疾病之一。牛繁殖障碍性疾病是指引发公、母牛繁殖异常的一类疾病的总称,是以妊娠母牛发生流产、早产,产死胎、木乃伊胎、畸形胎,产出弱仔以及公牛不育、母牛不孕等为主要特征,发病率有逐年上升之势。在我国的一些大中型规模化、集约化牛场都不同程度存在或发生过母牛繁殖障碍,有的牛场发病和损失十分严重,严重阻碍了我国养牛业的健康发展。引起牛繁殖障碍性疾病的因素众多,牛场不规范的引种和配种、粗放的饲养管理成为牛场牛繁殖障碍性疾病居高不下的主要原因。提高饲养管理水平,科学制定和实施免疫保健程序,加强牛场生物安全防控措施,是控制牛繁殖障碍性疾病长远而有效的方法。 相似文献
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发展肉牛养殖能够打通种植业和养殖业甚至加工业的产业链条,实现生态循环发展,因此肉牛产业成为我国多地区产业扶贫和乡村振兴的重要支柱产业.伴随着国家肉牛标准化规模养殖和基础母牛扩群增量等扶持项目的实施,河南省肉牛规模化养殖比例逐年上升.规模化养殖虽然促进了产业的整体转型和升级,但却带来许多新的问题,更有许多矛盾需要解决.为... 相似文献
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建立了南阳牛成纤维细胞系,旨在为制备转基因克隆牛提供核供体细胞。以南阳牛耳缘组织作为试验材料,通过组织块法培养分离南阳牛成纤维细胞,并进行生物学特性分析。结果表明,含有15%FBS的DMEM/F12培养基较适合原代牛成纤维细胞的体外培养。分析了细胞冻存前和复苏后的活率,分别为95.9%和90.2%,差异不显著;生长曲线表明细胞生长正常。南阳牛成纤维细胞传至第6代时,细胞核型正常。流式细胞仪检测结果显示,G0-G1期的F4和F8代细胞占细胞总数的64.35%和64.53%,F11代细胞占细胞总数的81.90%。在S期,F4代细胞占细胞总数的30.69%,F11代细胞占细胞总数的16.37%。结果表明,所培养的南阳牛成纤维细胞可作为体细胞核移植的供体细胞进行转基因克隆牛方面的研究。 相似文献