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【目的】 通过分析淅川乌骨鸡全基因组重测序数据,获取淅川乌骨鸡转座子的基本信息和特征分布,探究转座子相关基因参与的通路。不仅对研究淅川乌骨鸡转座子的生物学功能具有重要的意义,而且为探索基因组扩增、基因组功能及进化研究提供重要基础数据。 【方法】 对淅川乌骨鸡血液DNA进行全基因组重测序,采用双末端短序列比对基因组,运用RepeatModeler、TEclass、RepeatMasker等使用流程对转座子进行鉴定、构建、校正、分类和注释,获得淅川乌骨鸡整个基因组所有的转座子,对转座子的特征、分布及和基因的关系等方面进行分析。并对转座子插入的所有基因进行GO和KEGG数据库富集,分别结合GO和KEGG注释结果对功能进行描述。 【结果】 经鉴定、分类和注释,淅川乌骨鸡共鉴定到370 252个转座子序列,分为19个超家族,主要为CR1、TcMar-Mariner、ERVL、ERV1等超家族,进一步说明淅川乌骨鸡转座子类型主要是逆转录转座子;转座子的数目和染色体长度有关,染色体越长,转座子数目越多。在基因组中转座子和基因的密度成反比,基因密集的区域中转座子密度较低;基因组内转座子的插入并非随机的,LTR/ERVL、LTR/ERV1、DNA/PIF-Harbinger、DNA/Hat-Charlie、RC/Helitron等转座子倾向于插入基因外部。GO富集分析表明,在生物过程条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是细胞过程、单生物过程、代谢过程、生物调节、刺激反应等;分子功能条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是结合、催化活性等;细胞组分条目中鉴定出的转座子富集相对较多的是细胞部分、细胞器、膜等。KEGG富集分析表明,鉴定出的转座子主要在甘油酯代谢、PPAR信号通路、PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗、Jak-STAT信号通路等通路。着重关注了与淅川乌骨鸡特性相关的通路,如和色素沉积有关的酪氨酸代谢、和肉品质有关的脂代谢、脂肪酸的合成、PI3K-Akt信号通路等。 【结论】 转座子含量与基因组大小,具有一定的正相关性,而且淅川乌骨鸡转座子在基因组的分布存在一定偏好性。转座子相关基因在色素相关通路中富集,其可能与淅川乌骨鸡的种质特性有关,具体的调控机制还有待进一步研究。 相似文献
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固始鸡免疫器官内细胞增殖动态变化 总被引:2,自引:0,他引:2
应用流式细胞术研究了固始鸡免疫器官内细胞增殖的动态变化。结果表明:(1)固始鸡不同免疫器官内细胞均以G1期细胞为主,少量细胞为S期和M期,无异倍体细胞。不同免疫器官细胞周期动态变化相似,部分发育阶段之间存在差异。(2)不同发育阶段固始鸡免疫器官细胞增值指数由大到小依次是脾脏、法氏囊和胸腺;在8周龄(胸腺)、或12周龄(脾脏和法氏囊)以前,免疫器官细胞增值指数处于上升阶段,而后逐渐下降,这一结果与固始鸡免疫器官生长发育的测定及其动态变化的分析基本一致。 相似文献
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旨在筛选出生长性能好、屠宰性能优良、肉品质鲜美的贵妃鸡杂交组合,为贵妃鸡的品种改良提供科学依据。本研究选择体重接近的20周龄健康贵妃鸡为母本,与河南农业大学家禽种质资源场培育的同周龄的豫农D系、豫农L系、豫农SHj系、豫农C系和豫农H系进行杂交配套试验,杂交后代分别为D×HD、L×HD、SHj×HD、 C×HD、H×HD。各组合按性别选取健康雏鸡各50只,常规饲养至12周龄,每两周固定时间测定体重,采用Logistic、 Gompertz和Von Bertallanffy 3种非线性生长曲线模型对其体重进行拟合,并随机挑选各组合12周龄健康试验鸡公母各6只进行屠宰,测定其生长性能、屠宰性能以及肉品质等指标,对各指标进行生物统计学分析。结果表明:Gompertz模型的拟合结果最优,拟合度均在0.998以上;在生产性能方面,C×HD组合的平均体重和体尺指标显著高于其他组合(P<0.05)且母鸡饲料报酬最高(2.59),SHj×HD组合公鸡饲料报酬最高(2.39);在屠宰性能方面,除L×HD和H×HD组合中的母鸡之外,其它组合公母鸡均达到半净膛率70%以上,全净膛率60%以上,肉用性能... 相似文献
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PNPLA3(patatin like phospholipase domain-containing 3)也称为脂肪细胞营养素(adiponutrin)或不依赖于钙的磷脂酶A2ε(calcium-independent phospholipase A2ε,i PLA2ε),是PNPLAs家族中的一员,具有水解磷脂和中性脂质的活性以及酯酰基转移酶活性,能够参与脂肪的积累和脂肪动员。本研究旨在探讨鸡(Gallus gallus)肝脏中PNPLA3基因表达调控规律,为进一步阐明PNPLA3基因在鸡肝脏脂质代谢中的生物学功能奠定基础。首先运用生物信息学方法对鸡和其他12种动物的PNPLA3氨基酸序列进行分子进化分析;然后利用q RT-PCR技术,分析PNPLA3基因在不同发育时期卢氏绿壳蛋鸡各组织的时空表达规律,并分别从个体与细胞水平分析雌激素及其受体拮抗剂对PNPLA3表达的调控机制。结果表明,鸡与两栖类、爬行类和鱼类等物种的PNPLA3氨基酸序列相似性较高,在哺乳动物人(Homo sapiens)和小鼠(Mus musculus)等物种中的序列相似性较低;鸡PNPLA3基因在各组织中表现出广泛表达的特性,其中在10周龄的鸡胸肌、腹脂、胰腺中表达水平较高,在30周龄鸡的肝脏、胸肌、腹脂中表达水平较高,且在肝脏中的表达水平随着性成熟而显著升高(P0.01);雌激素处理可显著提高鸡肝脏组织和体外培养的鸡胚胎肝原代细胞中PNPLA3的表达水平(P0.05),雌激素受体(estrogen receptor,ER)-α特异性拮抗剂MPP(methyl-piperidino-pyrazole)可完全抑制雌激素的作用(P0.05)。综上所述,鸡与两栖类和鱼类等物种的PNPLA3氨基酸序列相似性较高,与哺乳动物序列相似性较低;PNPLA3在肝脏组织表达丰度较高,且在性成熟后显著升高;雌激素通过雌激素受体ER-α调控PNPLA3表达。上述发现为深入研究鸡PNPLA3与肝脏脂肪代谢调控机制提供了基础资料。 相似文献
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