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Multimarker and rare variants genomewide association studies for bone weight in Simmental cattle
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J. Miao X. Wang J. Bao S. Jin T. Chang J. Xia L. Yang B. Zhu L. Xu L. Zhang X. Gao Y. Chen J. Li H. Gao 《Zeitschrift für Tierzüchtung und Züchtungsbiologie》2018,135(3):159-169
Bone weight, defined as the total weight of the bones in all the forequarter and hindquarter joints, can reflect somebody conformation traits and skeletal diseases. To gain a better understanding of the genetic determinants of bone weight, we used a composite strategy including multimarker and rare‐marker association to perform genomewide association studies (GWAS) for that character in Simmental cattle. Our strategy consisted of three models: (i) A traditional linear mixed model (LMM) was applied (Q+K‐LMM); (ii) single nucleotide polymorphisms (SNPs) with p‐values less than .05 from the LMM were selected to undergo the least absolute shrinkage and selector operator (Lasso) in the second stage (LMM‐Lasso); (iii) genes containing two or more rare SNPs were examined by performing the sequence kernel association test (gene‐based SKAT). A total of 1,225 cattle were genotyped with an Illumina BovineHD BeadChip containing 770,000 SNPs. After the quality‐control procedures, 1,217 individuals with 608,696 common SNPs and 105,787 rare SNPs (with 0.001 < minor allele frequency [MAF] <0.05) remained in the sample for analysis. A traditional LMM successfully mapped three genes associated with bone weight, while LMM‐Lasso identified nine genes, which included all genes found by traditional LMM. Only a single gene, EPHB3, surpassed the significance threshold after Bonferroni correction in gene‐based SKAT. In conclusion, based on functional annotation and results from previous endeavours, we believe that LCORL, RIMS2, LAP3, PRKAR2B, CHSY1, MAP2K6 and EPHB3 are candidate genes for bone weight. In general, such a comprehensive strategy for GWAS may be useful for researchers seeking to probe the full genetic architecture underlying economic traits in livestock. 相似文献
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在气候变化和人类活动的综合影响下,青海省生态环境发生了明显变化。在此背景下,以GIMMS NDVI 3g.v1为数据源,采用Sen+Mann-Kendal方法研究青海省1982-2015年植被覆盖区域NDVI时空变化,将趋势分析和R/S(rescaled range analysis)分析叠加,研究植被生长季NDVI变化的持续性特征,并揭示植被对气候变化及人类活动的响应规律。结果表明:1)近34年青海省植被NDVI整体呈从西北到东南的增加趋势;且变异系数显示,波动性较大地区集中在柴达木盆地周边和青南牧区西北部等植被NDVI较低的区域,波动性较小地区集中在祁连山东部、东部农业区和青南牧区东南部等植被NDVI较高的区域。2)近34年青海省植被NDVI整体呈增加趋势,增长率为0.38%·10a~(-1);且NDVI变化具有明显的阶段性,存在1994年和2000年两个突变点。3)近34年青海省植被改善区域(75.4%)远大于退化区域(24.6%),其中显著改善面积占植被覆盖区域面积的40.9%,退化区随时间变化在空间上表现出明显的转移现象。4)Hurst指数表明,青海省植被变化反持续性较强,趋势分析与Hurst指数叠加得出,由退化转为改善的区域占植被覆盖区面积的13.7%,由改善转为退化的区域占植被覆盖区面积的44.3%,另41.5%的区域无法确定未来变化趋势。5)青海省植被生长季NDVI受气候变化和人类活动的双重影响,且不同植被类型对气候变化的响应存在较大差异。 相似文献
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花药组织培养再生体系的构建是单倍体育种的重要途径之一。本研究对呼伦贝尔黄花苜蓿(Medicago falcate‘Hulunbeier’)进行了花药组织培养研究并建立了花药组培再生体系。结果显示,液体悬浮培养基比固体培养基更适合呼伦贝尔黄花苜蓿花药愈伤组织的培养,其愈伤形成的培养条件为B5培养基+0.5 mg·L~(-1) 2,4-D+0.25 mg·L~(-1) 6-BA+0.4mg·L~(-1) NAA+3.0mg·L~(-1) KT;分化培养基为MS+1.0mg·L~(-1) 2,4-D+0.5mg·L~(-1) 6-BA+2%蔗糖+0.7%琼脂;生根培养基为1/2MS+0.1mg·L~(-1) NAA+2%蔗糖+0.7%琼脂;获得的再生植株经流式细胞仪鉴定,其单倍体比例高达27%。 相似文献
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Chenqiao ZHU Peng CHEN Junli YE Hang LI Yue HUANG Xiaoming YANG Chuanwu CHEN Chenglei ZHANG Yuantao XU Xiaoli WANG Xiang YAN Guangzhou DENG Xiaolin JIANG Nan WANG Hongxing WANG Quan SUN Yun LIU Di FENG Min YU Xietian SONG Zongzhou XIE Yunliu ZENG Lijun CHAI Qiang XU Chongling DENG Yunjiang CHENG Xiuxin DENG 《农业科学与工程前沿(英文版)》2022,9(4):627-641
Kumquat(Fortunella spp.) is a fruit and ornamental crop worldwide due to the palatable taste and high ornamental value of its fruit. Although Fortunella is classified into the economically important true citrus fruit tree group together with Citrus and Poncirus, few studies have been focused on its evolutionary scenario. In this study, analysis of five chloroplast loci and 47 nuclear microsatellites(n SSR) loci from 38 kumquat and 10 citrus accessions revealed the independent phylogeny of Fortun... 相似文献
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从物理审美教育的实践层面出发,提出物理审美教育的几种策略,主张要让学生深入理解物理美的表现形式;正确认识物理审美对物理研究的作用;注重分析物理学家的美学思想与审美风格;在教学中创造机会让学生体会与发现物理学中的美. 相似文献
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