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Multimarker and rare variants genomewide association studies for bone weight in Simmental cattle 下载免费PDF全文
J. Miao X. Wang J. Bao S. Jin T. Chang J. Xia L. Yang B. Zhu L. Xu L. Zhang X. Gao Y. Chen J. Li H. Gao 《Zeitschrift für Tierzüchtung und Züchtungsbiologie》2018,135(3):159-169
Bone weight, defined as the total weight of the bones in all the forequarter and hindquarter joints, can reflect somebody conformation traits and skeletal diseases. To gain a better understanding of the genetic determinants of bone weight, we used a composite strategy including multimarker and rare‐marker association to perform genomewide association studies (GWAS) for that character in Simmental cattle. Our strategy consisted of three models: (i) A traditional linear mixed model (LMM) was applied (Q+K‐LMM); (ii) single nucleotide polymorphisms (SNPs) with p‐values less than .05 from the LMM were selected to undergo the least absolute shrinkage and selector operator (Lasso) in the second stage (LMM‐Lasso); (iii) genes containing two or more rare SNPs were examined by performing the sequence kernel association test (gene‐based SKAT). A total of 1,225 cattle were genotyped with an Illumina BovineHD BeadChip containing 770,000 SNPs. After the quality‐control procedures, 1,217 individuals with 608,696 common SNPs and 105,787 rare SNPs (with 0.001 < minor allele frequency [MAF] <0.05) remained in the sample for analysis. A traditional LMM successfully mapped three genes associated with bone weight, while LMM‐Lasso identified nine genes, which included all genes found by traditional LMM. Only a single gene, EPHB3, surpassed the significance threshold after Bonferroni correction in gene‐based SKAT. In conclusion, based on functional annotation and results from previous endeavours, we believe that LCORL, RIMS2, LAP3, PRKAR2B, CHSY1, MAP2K6 and EPHB3 are candidate genes for bone weight. In general, such a comprehensive strategy for GWAS may be useful for researchers seeking to probe the full genetic architecture underlying economic traits in livestock. 相似文献
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气候变化对通辽草甸草原草本植物物候期的影响 总被引:1,自引:0,他引:1
植物物候期的变化直接反映气候变化,并成为全球变化研究的重点。基于通辽市巴雅尔吐胡硕牧业气象试验站1981-2016年主要植物羊草(Leymus chinensis)、冰草(Agropyron cristatum)、委陵菜(Potentilla chinensis)、车前(Plantago asiatica)物候观测数据和同期气象观测数据,研究了气候变化对草本植物返青期、黄枯期和生长季的影响,结果表明:1)研究区近36年来年均气温上升0.35℃·10 a-1(P0.01),年均降水量减少22.73 mm·10 a-1,气候暖干化特征明显。2)草本植物返青期呈一致性延迟趋势,平均每10年延迟1.16~7.60 d。羊草、车前返青推迟主要受2-3月累计降水量减少的影响,冰草、委陵菜返青推迟主要受2-4月、3-4月累计降水量减少的影响。3)草本植物黄枯期变化趋势不同,羊草、冰草黄枯期延迟主要受夏季、初秋累计降水量影响,委陵菜黄枯期提前主要受夏季、初秋的累计降水量和日照时数共同影响,车前草黄枯期延迟主要受夏季、初秋平均气温影响。4)草本植物生长季长度主要受气温和降水量影响。气候变暖后,研究区夏季、生长季平均气温显著上升,降水量逐渐减少,导致羊草、冰草、委陵菜生长季缩短;而车前对气温反应比较敏感,气温升高有利于车前生长季延长。 相似文献
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研究番茄渣单贮或混贮替代部分全株玉米青贮对奶牛生产性能和经济效益的影响,为今后在奶牛科学养殖中开发和利用非常规饲料资源提供理论依据和技术支持。试验选择体重、泌乳期、胎次和产奶量相近且健康无疾病的30头泌乳前中期荷斯坦奶牛于内蒙古巴彦淖尔市临河区双河镇嘉益奶牛养殖合作社进行为期50 d的饲养试验。结果表明,番茄渣经过单贮或混贮(分别与梨渣、玉米秸秆、小麦秸秆混贮)后用于奶牛日粮中替代部分全株玉米青贮,可有效的降低玉米青贮的使用,降低生产成本,显著提高乳蛋白率(P<0.05)、乳脂率(P<0.05)和奶牛产奶量(P<0.05),提高养殖效益。番茄渣单贮或混贮可提高奶牛生产性能和经济效益,并可作为一种非常规饲料资源在奶牛业中进行推广应用。 相似文献
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本试验旨在通过在断奶仔猪饲粮中添加银杏防御素,研究其对仔猪生长性能及免疫指标的影响,以期为生产上提供安全、环保、高效的绿色饲料添加剂.试验选择断奶后体重约为7 kg的“杜×长×大”仔猪120头,随机分为对照组和试验组,每组5个重复,每个重复12头猪.对照组饲喂基础饲粮,试验组饲喂在基础饲粮中添加0.2%银杏防御素的试验饲粮.试验期21 d.结果显示,与对照组相比,试验组末重提高了8.92%(P <0.05),腹泻率极显著降低(P<0.01),料重比降低了7.27%(P <0.05);血清免疫球蛋白G、免疫球蛋白M、免疫球蛋白A含量分别提高了13.03%(P <0.05)、12.27%(P <0.05)、7.89%(P >0.05),血清白蛋白和总蛋白含量分别提高了19.97%(P <0.05)和14.97%(P <0.05),血液T淋巴细胞转化率提高了8.25%(P >0.05),血液白细胞介素2含量提高了15.25%(P <0.01).由此可见,银杏防御素可提高仔猪生长性能和免疫指标,降低腹泻率. 相似文献