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52.
皱皮香猪HAS2基因SNPs的鉴定及生物信息学分析 总被引:1,自引:1,他引:0
为了探究皱皮香猪全身性皮肤褶皱是否与透明质酸合成酶2(hyaluronan synthase 2,HAS2)基因变异有关,本研究以普通香猪为对照,采用特异性PCR方法克隆HAS2基因的外显子编码区,应用生物信息学方法分析测定基因编码区的碱基变异,检测变异位点在群体中的分布频率。结果显示,皱皮香猪HAS2基因中检测到4个SNPs位点:位于外显子1的T221A错义突变(导致亮氨酸替换为赖氨酸)和A228G同义突变,位于外显子2的T183C和外显子4的C537T同义突变。生物信息学分析发现,T221A和A228G位点构成4种单倍型,其中T-A为皱皮香猪群体的主要单倍型(27.5%),且在皱皮香猪群体中紧密连锁(r2=0.253),而且T221A和A228G突变可引起mRNA自由能和蛋白质结构发生变化,TA组合的自由能为-573.29 kJ·mol-1,TG组合的自由能为-580.89 kJ·mol-1,AG组合的自由能为-572.66 kJ·mol-1;AA组合的自由能为-571.03 kJ·mol-1;蛋白序列中亮氨酸替换为赖氨酸后,α螺旋由35.52%降为32.97%,自由卷曲由43.17%升至44.51%,同时引起蛋白序列三级结构的改变。位点T221A和A228G在香猪群体中呈现出丰富的多态性,均表现出3种基因型;关联分析结果显示,皱皮香猪T221A位点的A等位基因频率显著高于普通香猪(P<0.05),A228G位点中皱皮香猪的G等位基因频率极显著高于普通香猪(P<0.01)。T183C位点的C等位基因频率和C537T位点的T等位基因频率在皱皮香猪和普通香猪间未达到显著性差异(P>0.05)。研究结果揭示,HAS2基因的外显子1中发生的两个碱基变异可能影响基因转录后mRNA的稳定性以及蛋白的三维结构,影响HA的合成量,并与皱皮香猪体侧皮肤不均匀增厚且发生褶皱有关。 相似文献
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为从基因组水平上探究香猪性成熟早、产仔数少、体型小的分子机理,本研究下载与香猪在繁殖和体型性状方面有明显差异的梅山猪、杜洛克猪的重测序数据作为参照,对26头香猪、24头梅山猪和24头杜洛克猪的重测序数据进行SNPs检测和等位基因频率差值分析,筛选香猪基因组外显子上与梅山猪、杜洛克猪高度分化的SNPs位点,并使用AS-PCR方法和Sanger测序方法统计其中8个SNPs位点的群体等位基因频率。最后,对含有高度分化SNPs位点的基因进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果显示,SNPs检测获得香猪基因组外显子上SNPs共236 710个,包括193个终止密码子丢失、1 238个终止密码子获得、90 945个错义SNPs和144 334个同义SNPs。得到1 046个香猪高度分化SNPs,包括429个错义SNPs、2个终止子丢失、6个终止子获得和609个同义SNPs,影响524个蛋白质编码基因;并发现X染色体上44-58 Mb的一段富含高度分化SNPs的热点区域。群体等位基因频率验证结果与重测序结果一致,鉴定了8个位点均为香猪与梅山猪、杜洛克猪高度分化的SNPs。对524个含有高度分化SNPs的基因进行GO和KEGG分析,富集到卵母细胞减数分裂、雌激素信号途径等繁殖相关通路;GO功能注释到细胞内雌激素受体信号、纤毛运动等繁殖相关条目,骨骼系统形态发生、骨骼发育、成骨细胞分化等体型相关条目。得到含有香猪高度分化SNPs的18个繁殖性状候选基因PTGFR、TRO、DNAH17、PKDREJ、KAT8、DNAI2、VDR、TEX14、QSOX1、AR、WNK3、ADCY3、SPEF1、MIGA2、SLC2A8、PSMF1、TBC1D20、IFT172和7个体型相关基因IBSP、NR6A1、HSPG2、TARS、PDZD2、FGF4、AMER1,可能是决定香猪性成熟早、产仔数少、体型小的关键基因。 相似文献
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以"日本金塔"、"赤峰板椒"、"改良佳线"3种制干辣椒为试材,从辣椒现蕾期开始,利用碳酸氢钠进行持续盐胁迫,分析3个品种的光合参数变化,探讨不同品种辣椒对持续盐胁迫的抗性反应。结果表明:持续盐胁迫下"改良佳线"的耐盐性较好,并且耐盐特征在处理早期即有表现;"日本金塔"的耐盐性次于"改良佳线",光合系统受到的胁迫程度较小;"赤峰板椒"的耐盐性较弱,长期盐胁迫下"赤峰板椒"光合系统受到较大的损伤;不同浓度盐处理结果表明,30mmol/L的盐浓度对3种辣椒的光合作用有一定的促进作用,60mmol/L的盐浓度对光合作用及荧光参数影响不显著,较高的盐浓度90mmol/L对3种辣椒的光合作用有明显的抑制作用。 相似文献
59.
根据Nicol的线性方程,利用分光光度计测试了一种偶氮与淀粉接枝共聚物在6种溶剂中的吸收光谱.结果表明,共聚物的吸收波长与溶剂的色散力、诱导力、偶极力有关系,由于这些作用力的相互影响,导致聚合物的吸收光谱发生"红移". 相似文献
60.