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51.
黄瓜EST-SSR位点信息 总被引:2,自引:0,他引:2
从NCBI网站下载6344条黄瓜EST,通过前处理得到全长为2.91×10^6bp的无冗余EST6033条。利用SSRHunt-er软件从这些序列中搜寻到729个SSR,分布于667条EST中,出现频率为12.08%,分布频率为1/3.99kb。单、二和三核苷酸重复是主导类型,三者共占总数的89.71%。A/T、AG/CT和AAG/CTT分别是单、二和三核苷酸的优势重复基元,分别占总数的29.77%、21.12%和14.95%。黄瓜EST-SSR以4~10次重复为主,基序长度主要集中于12~20bp。最后对这些EST-SSR的多态性潜能进行了评价。 相似文献