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基因调控网络的研究从基因之间相互作用的角度揭示复杂的生命现象,是功能基因组学研究的重要内容,也是当前生物信息学研究的前沿。布尔网络模型和贝叶斯网络模型都是研究基因调控网络的有力工具。本文分别采用布尔网络模型和贝叶斯网络模式推测基因调控网络,实验结果显示布尔网络推测出了7条正确的调控关系,而贝叶斯网络仅推测出5条正确的调控关系,在本实验中推测基因之间的调控关系正确数布尔网络模型优于贝叶斯网络模型。 相似文献
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基因组选择常用的评估方法GBLUP和ssGBLUP都涉及到基因组亲缘矩阵的求逆,而大规模矩阵求逆运算非常耗时。本研究以提高大型基因组亲缘矩阵求逆运算的效率为目的。本研究通过真实数据和模拟数据构建基因组亲缘矩阵,引入Intel MKL矩阵函数,以减少迭代次数（方法1）和重复分块（方法2）两种方式改良分块迭代求逆算法,编程实现算法并在台式电脑和服务器上测试计算时间。结果表明,利用方法1计算4 000×4 000的基因组亲缘矩阵逆矩阵时,与MKL库函数的加速比为0.898。而16 000×16 000矩阵的计算速度为MKL库函数的1.006倍。利用方法2计算4 000×4 000矩阵的运算速度是MKL库函数的1.084倍;而在更大型的128 000×128 000基因组亲缘矩阵求逆运算时,该方法与MKL直接求逆函数的加速比为1.805倍。相比于MKL直接求逆函数,改进后的两种方法在效率上有一定程度的提升。 相似文献
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【目的】开发出专门的育种生产管理软件对獭兔的育种和生产进行系统管理。【方法】软件采用国际先进的BLUP法进行遗传评估,以SQLite作为数据库系统,在Qt开发环境下应用C++语言进行软件程序的开发。【结果】开发的软件具有4个功能模块:数据登记模块、生产统计模块、育种分析模块和系统管理模块,其中前三者是对整个獭兔场内的数据进行严格的流程控制,继而以不同方式输出,后者是对整个系统进行设置,包括对用户的权限管理、人员的信息管理和关键生产参数的设置等。【结论】该软件能够对獭兔育种和生产进行系统、高效的管理。 相似文献
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【目的】探讨染料木素对高脂饮食导致肥胖小鼠肝脏的治疗作用及其潜在机制。【方法】30只ICR雌性肥胖小鼠随机分为对照组(ND)、高脂组(HFD)和高脂染料木素组(HFD-G),每组各10只。对照组饲以普通饲料,高脂组饲以高脂饲料,高脂染料木素组饲以高脂-染料木素预混料。干预14周后测量小鼠肝脏重量、葡萄糖耐受情况,通过甘油三酯、总胆固醇测定试剂盒检测小鼠血清中甘油三酯(triglyceride,TG)、总胆固醇(total cholesterol,TC)含量;通过油红O染色观察肝脏的组织形态和脂滴沉积情况;qRT-PCR检测肝脏组织中炎症因子肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、脂联素(adiponectin,ADPN)、脂联素受体-1(adiponectin receptor 1,AdipoR1)以及脂联素受体-2(adiponectin receptor 2,AdipoR2)mRNA表达水平;ELISA法检测血清中TNF-α和IL-6的表达。【结果】饲喂14周后,高脂组体重、肝重显著高于对照组(P0.05),血清中的TG、TC含量极显著高于对照组(P0.01),ADPN、AdipoR1及AdipoR2的mRNA表达水平显著低于对照组(P0.05),炎症因子TNF-α、IL-6的mRNA表达水平以及ELISA结果显著高于对照组(P0.05),油红O染色结果显示,高脂组较对照组肝脏的脂质沉积情况显著加重(P0.05);高脂染料木素组体重、肝重显著低于高脂组(P0.05),血清中的TG、TC含量极显著低于高脂组(P0.01),ADPN、AdipoR1及AdipoR2的m RNA表达水平显著高于高脂组(P0.05),炎症因子TNF-α、IL-6的mRNA表达水平以及细胞因子分泌水平显著低于高脂组(P0.05),油红O染色结果显示,高脂染料木素组较高脂组肝脏的脂质沉积情况显著减轻(P0.05)。【结论】染料木素能够显著缓解由高脂饮食引起的肝脏病变,其机制可能是通过提高脂联素表达水平同时抑制肝脏中的炎性因子来实现的。 相似文献
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