大白猪多群体一步法基因组选择的应用效果分析

【目的】探究在拥有大量无基因型参考群的群体中，基因组选择（GS）方法与传统 BLUP 方法预测准确性的差异。同时，对比联合评估中 GBLUP 和一步法 GBLUP 的应用效果，为联合评估提供参考依据。【方法】使用 6 个大白猪群体（A~F）的校正达 100 kg 体重日龄（DAYS_100）和校正达 100 kg 体重背膘厚（BFT_100）2个性状进行分析，并估计遗传力及遗传相关。探究 BLUP、GBLUP 和 ssGBLUP 模型在不同群体及合并群体中的预测准确性。【结果】（1）F 群体 BFT_100 性状遗传力较低、仅为 0.071，其他群体的 BFT_100 性状遗传力为 0.205 ~ 0.383。6 个群体的 DAYS_100 性状遗传力为 0.258 ~ 0.598。（2）除 D 群体 2 个性状间的遗传相关为 0.211 外，其他群体的遗传相关为负相关（-0.462 ~ -0.200）。（3）对于 DAYS_100 性状，B、C、E 和 F 群体中 GBLUP 模型的预测准确性最高。对于 BFT_100 性状，A、B 和 C 群体中 ssGBLUP 模型的预测准确性最高，而 D 和 E 群体中 GBLUP 模型的预测准确性最高。（4）F 群体与 A 群体的场间关联率（CR）达 3.096%，而在 F 群体中，使用合并参考群的一步法基因组选择，可以提高 BFT_100 性状的预测准确性。【结论】在基因型个体数 >500 且群体占比＞ 7% 的群体中，GBLUP 或 ssGBLUP 模型的预测准确性高于 BLUP 模型；利用 ssGBLUP 模型对场间关联率达到 3% 的群体进行联合评估，可提高低遗传力性状的预测准确性。