采用实时荧光定量PCR法分析小熊猫胃肠道菌群

运用实时荧光定量PCR技术,分析1只临床死亡小熊猫胃肠道13种菌群的差异性。结果显示:检测的13种菌群在小熊猫不同肠段的数量有差异,肠杆菌科(Enterobacteriaceae)在各肠段的菌群丰度差异显著(P0.05),其菌群丰度在空肠高达9.35;白色瘤胃球菌(Ruminococcus albus)和黄色瘤胃球菌(Ruminococcus flavefaciens)的数量在直肠最多,菌群丰度分别达5.29和3.91;其他菌群的数量均在结肠最多,其中溶纤维丁酸弧菌(Butyrivibrio fibrisolvens)、埃氏巨球形菌(Megasphaera elsdenii)和梭菌类群IV(Clostridium cluster IV)的数量在结肠中较高,菌群丰度分别为9.03、6.06和9.13;与胃相比,菌群丰度在小熊猫空肠、结肠和直肠差异显著(P0.05)。综合分析,小熊猫的空肠、结肠和直肠对其健康生长可能起着重要的作用,肠杆菌科的细菌数量最多且在不同肠段差异显著,是今后小熊猫胃肠道菌群研究值得关注的菌群之一。     

复合生物营养剂对水体环境的影响

采用水族箱试验,研究不同营养物质组合的复合生物营养剂对水体环境的影响。试验分为4个组,CK组为空白对照组,A、B、C组为施用复合生物营养剂组,其有机营养物质、无机盐和微量营养物质质量比的比例分别为16∶78∶6、32∶62∶6和48∶46∶6。结果表明:C组的溶解氧(DO)含量显著低于其余各组;A组的有害物质含量最高,其氨氮(NH3–N)含量显著高于CK组和B组,但与C组的差异无统计学意义,其亚硝酸氮(NO2–N)含量显著高于其余各组;A组和B组的营养效果较好,其水体总氮(TN)、总磷(TP)含量均高于其余各组;各营养剂处理组水体中芽孢杆菌(Bacillus)的数量显著高于CK组,而气单胞菌(Aeromonas)的数量则显著低于CK组;相对于CK组,各营养剂处理组浮游生物的丰度和多样性都有不同程度的提高,其中以B组最明显;TN含量和TP含量是影响原核生物群落变化的主要因子,而DO含量和NH3–N含量是影响真核生物群落变化的主要因子。综合分析结果表明,有机营养物质、无机盐、微量营养物质质量比为32∶62∶6的复合生物营养剂具有较好的改善水体环境的作用。     

2株芽胞杆菌饲喂小鼠的安全性研究

[目的]研究2株芽胞杆菌的安全性,为进一步开发益生菌添加剂奠定基础。[方法]以芽孢杆菌L2-19、Y25为材料,以健康小白鼠为试验动物,通过经口灌胃和腹腔注射2个途径对菌株进行安全性试验。[结果]全部小白鼠健康存活,体重明显增加,灌胃处理后对照(生理盐水)、L2-19和Y25试验组小白鼠的体重分别比处理前增加5.06、4.925、.04 g,注射处理后对照(生理盐水)、L2-19和Y25的体重分别比处理前增加5.38、4.964、.80 g。试验组小白鼠的脏器无明显异常,脏器系数与对照组无显著差异(P>0.05),未见任何毒性反应。[结论]芽孢杆菌L2-19、Y25对小白鼠安全无毒,且增加了小白鼠体重,有进一步研发成为益生菌添加剂的价值。     

PCR-DGGE技术分析蛋鸡MHC基因对肠道细菌种群结构的影响

 【目的】研究蛋鸡MHC（Major Histocompatibility Complex,主要组织相容性复合物）基因对不同周龄和不同部位肠道细菌种群结构的影响。【方法】使用基于16S rDNA的PCR-DGGE技术,结合特异性和共性条带割胶回收DNA进行克隆和测序,对2,4,6和8周龄商品蛋鸡和15I5系蛋鸡嗉囊、十二指肠、空肠、回肠和盲肠内含物细菌群落的结构和多样性进行比较,鉴定8周龄蛋鸡部分特异性和共性群落成员。【结果】商品蛋鸡和15I5系蛋鸡盲肠细菌的多样性最高,其次是回肠和空肠,嗉囊和十二指肠的细菌多样性比较低,且随着蛋鸡周龄增加,各肠段细菌多样性呈上升趋势,MHC基因对细菌多样性无显著影响。DGGE图谱聚类分析表明,蛋鸡MHC基因对4、6周龄肠道细菌的影响最大,对2周龄影响最小;而且MHC基因对消化道前段细菌的影响小于对后段影响。序列分析发现,8周龄商品蛋鸡和15I5系蛋鸡均有大量的三得利乳杆菌（Lactobacillus suntoryeus）,是蛋鸡消化道前段的优势细菌;商品蛋鸡空肠、回肠和盲肠中的特异性条带主要是Ochrobactrum spp,索氏梭菌（Clostridium sordellii）,超巨巨单胞菌（Megamonas hypermegale）和大量不可培养的细菌;15I5系蛋鸡的特异性条带主要是不可培养的细菌。【结论】蛋鸡MHC基因可影响不同周龄、不同肠段细菌群落的结构。     

应用PCR-DGGE和Q-PCR分析不同体重斑点叉尾 皮肤、鳃和胃肠道菌群结构

采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)和荧光定量-聚合酶链式反应(Q-PCR)技术分析高体重(high weight,HW)和低体重(low weight,LW)斑点叉尾(鮰)(Ietalurus punetaus)皮肤、鳃和胃肠道菌群多样性,为斑点叉尾(鮰)微生态研究及筛选斑点叉尾(鮰)源益生菌提供理论依据.结果显示,斑点叉尾(鮰)菌群丰富度由低到高依次为鳃、皮肤、前肠、后肠和胃.肠杆菌科(Enterobacteriaceae)和气单胞菌属(Aeromonas)是皮肤的优势菌群;肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、气单胞菌属(Aeromonas)和肠球菌属(Enterococeus)是水体、鳃和胃的优势菌群;肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、拟杆菌属(Bacteroidetes)、气单胞菌属Aeromonas)和酵母菌属(Saccharomyces)是肠道的优势菌群.HW斑点叉尾(鮰)鳃菌群的香农多样性指数、均匀度和丰富度及前肠菌群的丰富度显著高于LW斑点叉尾(鮰)(P＜0.05).皮肤的黄杆菌属(Flavobacterium),胃的肠杆菌科(Enterobacteriaceae),前肠的拟杆菌属(Bacteroidetes)和双歧杆菌属(Bfidobacterium及后肠的拟杆菌属(Bacteroidetes)、双歧杆菌属(Bifidobacterium)和酵母菌属(Saccharo-myces)的拷贝数分别是101 97、107.69、106.19、103.83、106.13、103.92和104 26,均显著高于LW斑点叉尾(鮰)(P＜0.05).结果表明,斑点叉尾(鮰)皮肤、鳃、胃肠道均形成独特的菌群结构,LW和HW斑点叉尾(鮰)菌群结构存在明显差异,HW斑点叉尾(鮰)菌群多样性增加.     

不同益生素对鲤鱼肠道蛋白酶、淀粉酶活力的影响

本试验应用4种不同的益生素（光合菌组Ⅰ、光合菌组Ⅱ、芽胞杆菌组及复合菌组）饲养鲤鱼．测定鲤鱼肠道内容物中蛋白酶和淀粉酶（AMS）含量,算出蛋白酶比活和淀粉酶比活。结果显示：试验组鲤鱼的蛋白酶和淀粉酶比活均高于对照组（P〈0．05）,且4个试验组中复合菌组蛋白酶和淀粉酶比活又高于其它试验组。     

几株益生菌对鲤前肠黏液的体外黏附特性

采用体外固定鲤前肠黏液,结合细菌同位素示踪的方法,对来源于鲤肠道的2株肠球菌和1株柠檬酸杆菌以及养殖水体的2株芽孢杆菌的细菌表面凝集素和黏液蛋白受体的化学组成、对病原菌附着鲤前肠黏液的影响等进行了研究。结果表明,5株菌经高碘酸钠和蛋白水解酶修饰后,高碘酸钠能极显著降低芽孢杆菌、肠球菌和柠檬酸杆菌的黏附率(P<0.01),而蛋白水解酶对多数菌株的影响不显著(P>0.05),推测细菌表面的凝集素主要为具糖蛋白性质的物质。黏液蛋白经蛋白水解酶处理后,部分菌株的附着数量显著降低(P<0.05),但经高碘酸钠处理后,5株菌的黏附率均显著上升(P<0.05),提示黏液蛋白上存在的5株细菌的特异性受体物质可能为蛋白质。益生菌通过排斥、竞争和取代作用能够显著降低部分病原菌的黏附率。取代作用对病原菌黏附的抑制效果最好,但具有菌株特异性。     

湖北襄阳地区规模化牛场产气荚膜梭菌的分离和鉴定

为了检测湖北襄阳地区规模化牛场产气荚膜梭菌(Clostridium perfringens)的分布现状,调查健康牛群中该菌的流行情况,从襄阳地区4个规模化牛场采集样品进行产气荚膜梭菌的分离和鉴定.经过选择性培养基分离培养,结合菌落特征、革兰氏染色镜检和生化试验鉴定,结果从68个新鲜粪便样品和24个环境样品中共分离得到产...     

小型犬蓄脓子宫摘除对其阴道和粪便菌群结构的影响

选取4只子宫蓄脓的小型犬,分别取其阴道样品和粪便样品,采用聚合酶链式反应–变性梯度凝胶电泳(PCR–DGGE)技术,回收共性及特异性条带进行克隆测序,分析小型犬蓄脓子宫摘除对其阴道及粪便菌群结构的影响。结果显示:在摘除患犬子宫的前1天、摘除子宫后治疗第1天和第2天,患犬阴道菌群的多样性指数分别为3.22、3.35、3.05,均匀度分别为0.88、0.92、0.83,丰富度分别为25.0、28.50、21.25,均呈先增加后降低的趋势,而粪便菌群只有丰富度呈先增加后降低的趋势;大肠杆菌、假单胞菌是阴道和粪便的共同优势菌群,红球菌是共有的特异性细菌,而葡萄球菌、嗜水气单胞菌是阴道的特有细菌,不动杆菌是粪便的特有细菌。结果表明,小型犬蓄脓子宫摘除对阴道菌群结构影响较大,阴道内的大肠杆菌及假单胞菌可能源于粪便。     

利用Illumina MiSeq测序平台分析肉鸡盲肠微生物多样性

为对肉鸡盲肠微生物的多样性进行探索,选取15只饲养在相同条件下的科宝-500肉鸡,利用Illumina MiSeq测序平台与Qiime等16srRNA序列分析工具在22日龄时采集盲肠内容物进行研究。结果显示:1)测序共获得359 158条有效序列与3 210个OTU,并且由稀释曲线可以证明此次测序结果比较全面的覆盖了肉鸡盲肠微生物群落。2)各样品菌群之间存在差异,得到序列的数量以及菌群多样性差别较大。3)通过核心菌群分析可知,4个共享菌群在门水平上分别为:拟杆菌门Bacteroidetes(70.0%±12.1%)、厚壁菌门Firmicutes(25.4%±11.2%)、变形菌门Proteobacteria(4.3%±3.7%)和蓝菌门Cyanobacteria(0.3%±0.5%)。4)有益菌群如乳酸杆菌属Lactobacillus、双歧杆菌属Bifidobacterium虽然存在于盲肠微生物中,但相对丰度不高。5)PICRUSt分析盲肠菌群对应的基因功能发现:功能转运、嘌呤代谢、DNA修复重组蛋白、氧化磷酸化和甲烷代谢等基因功能丰度最高。由此可见,个体差异虽然对肉鸡盲肠微生物结构影响较大,但是仍然存在不少共性。