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[目的]分析猪繁殖与呼吸综合症发病原因,流行趋势,为预防和控制猪繁殖与呼吸综合症病毒(PRRSV)提供理论依据。[方法]根据GenBank上的PRRSV的ATCCVR-2332的全基因序列,设计并合成引物,采用RT-PCR技术扩增了7株流行株中的ORF5基因序列。应用DNAStar软件分析所测序列,并与ATCCVR-2332、CH-1a、BJ-4、LV及疫苗株MLV进行序列比较。同时用系统进化树分析了分离株之间的系统进化树。[结果]核苷酸序列分析表明这7株流行株中ORF5基因与VR-2332、CH-1a、BJ-4等代表株的同源性分别为88.1%~98.8%,89.9%~95.2%,85.6%~98.7%;与LV的同源性为54.7%~56.9%。氨基酸序列分析表明,这7株流行株与VR-2332、CH-1a、BJ-4等代表株的同源性分别为88.1%~96.8%,88.1%~94.5%,86.1%~96.5%;与LV的同源性为54.7%~56.2%。[结论]流行株在ORF5基因区域的变异较大,同一地域分离株间ORF5基因序列同源性较高且亲缘关系较近,不同地域则较远。 相似文献
2.
利用实时荧光定量PCR技术,研究茄子单性结实SSH-c DNA文库中的96条EST序列在单性结实自交系和非单性结实自交系果实发育过程中的表达模式。分析表明,在低温条件下,相对表达量有显著差异的EST序列有31条,总体上调表达的EST序列有17条,总体下调表达的EST序列有14条。通过NCBI对EST序列进行Blastx比对,得到与其同源性高的序列信息。其中5条EST与抵御低温相关,6条EST与植物激素代谢相关,多条EST与植物代谢过程中的蛋白质和碳水化合物合成相关,1条EST无比对结果,可能为新基因。差异表达序列可作为研究茄子单性结实和耐低温的候选基因。 相似文献
3.
猪繁殖与呼吸综合征流行株ORF5基因遗传变异分析 总被引:5,自引:0,他引:5
[目的]分析猪繁殖与呼吸综合症(PRRS)发病原因、流行趋势,为预防和控制PRRSV提供理论依据。[方法]根据GenBank上的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ATCCVR-2332的全基因序列,设计并合成引物,采用RT—PCR技术扩增了7株流行株(HIJ10,HL148,HLJ64,HLJ76,HL177,HLJ85,HLJ87)中的ORF5基因序列。应用DNAStar软件分析所测序列,并与ATCCVR-2332、CH-1a、BJ-4、LV及疫苗株MLV进行序列比较。同时用系统进化树分析了分离株之间的亲缘关系。[结果]核苷酸序列分析表明这7株流行株中ORF5基因与VR-2332、CH—1a、BJ-4等代表株的同源性分别为88.1%~98.8%,89.9%~95.2%,85.6%~98.7%;与LV的同源性为54.7%~56.9%。氨基酸序列分析表明这7株流行株与VR-2332、CH-1a、BJ4等代表株的同源性分别为88.1%~96.8%,88.1%~94.5%,86.1%~96.5%;与LV的同源性为54.7%~56.2%。通过系统发育进化树分析可知HLJ48、HL164、HLU6、HLJ77、HLJ85与CH-1株亲缘关系密切,同属一亚群,表明所获得的毒株与参考株CH.1亲缘关系较近,可能由CH-1演化而来。HLJ10、HU87与疫苗株MLV关系较近,而且HLJ10、HLJ87的同源性高达100%,可能由于使用疫苗而感染,说明黑龙江省存在疫苗毒的隐性感染。[结论]流行株在ORF,基因区域的变异较大,同一地域分离株间ORF,基因序列同源性较高且亲缘关系较近,不同地域则较远。 相似文献
4.
[目的]明确浙江嘉善某养殖场引起牛蛙腐皮病的致病菌,并探究益生菌与牛蛙腐皮病病原菌间的相互作用,为今后利用益生菌防控牛蛙腐皮病的发生提供技术支持.[方法]通过常规的细菌分离纯化、人工回归感染试验、生理生化特性鉴定及16S rDNA序列扩增,确定引起牛蛙腐皮病的致病菌;根据药敏试验筛选抗菌药物,并从生物防控的角度探究枯草芽孢杆菌等益生菌与致病菌间的相互作用.[结果]从患病牛蛙的内脏及体表溃烂处共分离获得9株疑似致病菌株,经人工回归感染试验确定菌株NWt-2为引起牛蛙腐皮病的致病菌;综合其形态学特征、生理生化特性及分子生物学鉴定结果,可确定菌株NWt-2为布韦不动杆菌(Acinetobacter bouvetii).菌株NWt-2对丁胺卡那、庆大霉素、哌拉西林、头孢氨苄和硫酸阿米卡星等5种抗菌药物高度敏感,对青霉素、复方新诺明、诺氟沙星、氟苯尼考、复方磺胺嘧啶、盐酸林可霉素和盐酸大观林可霉素等7种抗菌药物不敏感(耐药).浓度为105 CFU/mL的枯草芽孢杆菌和紫色杆菌对菌株NWt-2有一定的抑制作用,抑菌圈直径分别为1.45±0.46和0.97±0.38 mm.[结论]布韦不动杆菌是引起浙江嘉善养殖牛蛙发生腐皮病的致病菌,可选用丁胺卡那、庆大霉素、哌拉西林、头孢氨苄和硫酸阿米卡星等抗菌药物进行防治.鉴于枯草芽孢杆菌对布韦不动杆菌具有一定的抑制效果,在当前病原菌对抗菌药物普遍存在耐药性的情况下,选择枯草芽孢杆菌等益生菌进行生物防控具有可行性. 相似文献
5.
茄子SmMsrA基因VIGS表达载体的构建及表达分析 总被引:1,自引:0,他引:1
利用RT-PCR从茄子单性结实品系D-10中获得甲硫氨酸亚砜还原酶A基因(Sm Msr A)的编码区。通过Gateway同源重组技术,构建了3个分别含Sm Msr A基因不同片段的烟草脆裂病毒(Tobacco rattle virus,TRV)介导的基因沉默(VIGS)表达载体p TRV2-Sm Msr Ai。表达载体转入农杆菌GV3101后,用注射压迫法侵染茄子叶片。采用表型观察、TRV病毒分子检测和q RT-PCR技术,评价构建的VIGS体系对Sm Msr A基因的沉默效果。结果表明,报告基因PDS沉默后叶片呈现明显的光漂白现象,Sm Msr A基因沉默后叶片呈花叶状,果实变小,叶片和果实中的Sm Msr A基因的表达量明显降低,表明Sm Msr A基因是正向调控茄子果实发育的相关基因。 相似文献
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农田Cd和Hg污染的来源解析与风险评价研究 总被引:3,自引:5,他引:3
以天津某郊区农田为研究对象,调查了土壤及农产品中Cd和Hg的污染状况,运用指数法评估其污染风险,利用GIS空间模型和同位素比值法分析了Cd和Hg的空间分布特征和污染来源,并筛选出生物富集低且经济效益可观的作物种类,为通过种植结构调整降低农田重金属污染风险提供依据。结果表明,研究区内部分农田受到了Cd和Hg的污染,安全土壤点位分别占19%和46%,污染土壤中有较多点位属于警戒(36%和17%)和轻污染(26%和19%),处于重度污染的小于10%,该区域种植的农产品中Cd和Hg超标率分别为17%和37%。基于GIS的空间分布显示:Cd主要以点源形式进入土壤,移动性较大;Hg以面源污染为主,以残渣态为主要形态。运用同位素比值分析法得出:研究区内土壤Cd污染主要来自工业废弃物及灌溉水,农产品中Cd污染主要来源于土壤;土壤Hg污染主要来自大气降尘、有机肥及灌溉水,农产品中Hg的污染来源主要有土壤和大气降尘。不同农作物对重金属的富集能力不同,瓜果类蔬菜对Cd和Hg的富集系数最低,果实中这两种重金属含量均在安全水平以内。研究表明,利用不同植物吸收重金属有效性的差异,通过种植结构的调整,可以在微污染农田中生产出安全农产品,为控制农田重金属污染风险提供了一条可行之路。 相似文献
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【目的】优化具群体感应淬灭作用地衣芽孢杆菌(Bacillus licheniformis)T-1株的培养基及发酵条件,进一步提高其产孢量,为今后开发地衣芽孢杆菌制剂(抗菌益生菌)打下基础。【方法】在摇床发酵条件下,采用单因素试验筛选T-1株的最佳培养条件,并确定影响发酵菌液活菌含量的主要影响因素。根据Plackett-Burman试验结果,筛选出影响芽孢产量的2个最显著因素,以最陡爬坡试验确定其响应中心点和最佳浓度范围,然后通过Box-Behnken中心组合试验和响应面分析获得最佳发酵培养条件。【结果】T-1株的最适发酵培养条件为温度37℃、盐度0.5%和pH 6.0,在此条件下T-1株芽孢产量与培养时间呈正相关,在培养48~60 h期间其芽孢产量趋于稳定。在对T-1株芽孢产量影响较大的6个因子[X_1(糖蜜)、X_2(可溶性淀粉)、X_3(酵母浸粉)、X_4(CaCl_2)、X_5(摇床转速)和X_6(接种量)]中,X_2(可溶性淀粉)对T-1株芽孢产量的影响达显著水平(P0.05),X_5(摇床转速)的影响达极显著水平(P0.01),其他因子的影响均不显著(P0.05)。T-1株的最佳培养基为可溶性淀粉1.11%、酵母浸粉0.3%和CaCl_2 0.5%,在摇床转速218 r/min的培养条件下,其芽孢产量较优化前采用初始基础培养基的芽孢产量提高6.25倍。【结论】具群体感应淬灭作用地衣芽孢杆菌T-1株在优化后的发酵培养条件下,其芽孢产量较优化前明显提高,且延长菌株生长的稳定期,加上优化筛选出的培养基是采用相对廉价且高效的原材料,有效节约了生产发酵成本,可在规模化生产上推广应用。 相似文献
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[目的]揭示群体感应淬灭作用与宿主肠道菌群结构间的作用关系,为具有群体感应淬灭作用益生菌及其淬灭酶在水产养殖上的推广应用提供理论依据.[方法]选取30尾规格为25±1 g/尾的草鱼随机分为对照组和试验组,试验组每尾草鱼腹腔注射100μL溶解稀释后的YtnP(25μg/mL),对照组每尾草鱼腹腔注射等量的300 mmol/L分子筛缓冲液,分别在注射后24和48 h采集草鱼前肠、中肠和后肠的肠道组织及内容物,提取各肠段总DNA及PCR扩增16S rRNA序列V3~V4可变区,然后基于Illumina MiSeq高通量测序技术分析外源添加YtnP对草鱼肠道菌群多样性与丰度的影响.[结果]12份草鱼肠道样品测序共获得原始序列(Raw reads)660205条,有效序列(Valid reads)416614条;对照组和试验组样品的OTU数目分别为142±102和143±67个.在门分类水平上,对照组和试验组草鱼肠道优势菌群均为放线菌门(Actinobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes);相对于对照组,试验组草鱼肠道中浮霉菌门(Planctomycetes)相对丰度显著增加(P<0.05,下同),放线菌门、梭杆菌门和变形菌门的相对丰度也呈升高趋势,但差异不显著(P>0.05,下同),厚壁菌门、TM7和拟杆菌门(Bacteroidetes)的相对丰度则呈下降趋势.在属分类水平上,对照组和试验组草鱼肠道均以鲸杆菌属(Cetobacterium)和诺卡氏菌属(Nocardia)为优势菌群;相对于对照组,试验组草鱼肠道中鲸杆菌属相对丰度呈升高趋势、诺卡氏菌属相对丰度呈下降趋势,但变化差异均不显著,未特指微杆菌属(Unspecified_Microbacteriaceae)相对丰度则显著增加.草鱼肠道菌群结构Alpha多样性分析发现,试验组样品的Chao1和ACE指数低于对照组样品,Shannon和Simpson指数略高于对照组样品,但差异均不显著;Beta多样性分析结果显示,对照组与试验组间的菌群特点存在差异,且组间区分效果明显.[结论]外源添加YtnP不会导致草鱼肠道优势菌群种类发生明显变化,但能在一定程度影响肠道菌群的相对丰度. 相似文献
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茄子生长素诱导基因SmIAA19的克隆和分析 总被引:1,自引:0,他引:1
以茄子单性结实品系‘D-10’为材料,以茄子单性结实差减文库中差异表达的EST片段Z732为依据,采用RT-PCR和RACE技术克隆获得了生长素诱导基因SmIAA19(登录号KP114221)的cDNA序列。该基因全长为800 bp,开放阅读框为558 bp,编码185个氨基酸。氨基酸序列比对结果表明该基因编码的氨基酸序列具有Aux/IAA基因家族的典型结构域和保守基本序列,在分子进化上与马铃薯距离最近,与番茄处于同一分支。qRT-PCR分析表明,在低温(门茄)和适温(四门斗)条件下,SmIAA19在单性结实和非单性结实的子房和果实发育过程中均有表达,单性结实品系中的表达量显著高于非单性结实品系,单性结实品系开花当天子房中的表达量最高,非单性结实品系在低温和适温条件下的表达量均保持在较低的水平。IAA含量检测结果表明,在不同结实性茄子品系的果实发育过程中IAA含量的变化趋势基本相同,在果实发育前期含量较高,且在低温(门茄)条件下,不同结实性果实中IAA的含量变化与SmIAA19基因的表达量变化相一致。SmIAA19基因可能与茄子的单性结实有关。 相似文献