一种基于支持向量机的种猪疾病早期预测方法

抗病育种是当前国内外发展健康养殖业的一项重要内容。笔者采用支持向量机的方法,利用免疫群体相关数据构建了一个种猪疾病早期诊断模型。利用该模型可以通过测量数个相关的生理生化指标较准确地预测初生仔猪的健康状况。该模型不仅可以应用于生猪生产,亦可用于高抗病型种猪的早期选种。     

不同铁源对仔猪骨骼肌转录谱的影响

试验旨在探究不同部位肌肉铁沉积差异,揭示不同铁源对仔猪骨骼肌基因转录的影响及其可能的差异机制.选用27头体重(1.7±0.2)kg的1日龄杜×长×大新生公猪随机分为3组,每组9个重复,分别于2、7、12、17 d灌服生理盐水2 mL、硫酸亚铁和甘氨酸亚铁(25 mg,以铁计).试验于第21天屠宰采样,采集膈肌、心肌、背...     

猪miR-124靶向IQGAP2调节巨噬细胞内沙门氏菌的增殖

[目的]明确猪miR-124与其靶基因IQGAP2间的表达调控关系,以及miR-124表达水平与猪巨噬细胞内沙门氏菌数量的关联,为揭示沙门氏菌在感染细胞内存活与增殖的机制提供理论依据.[方法]通过荧光素酶报告基因系统验证miR-124与IQGAP2基因的作用位点;再以GM-CSF诱导的猪巨噬细胞和鼠伤寒沙门氏菌(ATCC 14028)为试验材料,通过实时荧光定量PCR和流式细胞术测定沙门氏菌感染猪巨噬细胞中miR-124和IQGAP2基因的表达及巨噬细胞内沙门氏菌的增殖情况.[结果]miR-124结合位点野生型载体转染的荧光报告信号显著低于miR-124结合位点突变载体(P<0.05,下同),但共转染anti-miR-124序列后能显著增强miR-124结合位点野生型载体的荧光报告信号.经沙门氏菌感染后,猪巨噬细胞中的miR-124表达被激活,感染12、24和48 h后的相对表达量均显著高于沙门氏菌感染前(0 h),而IQGAP2基因表达水平呈显著下调趋势;在沙门氏菌感染猪巨噬细胞内,miR-124表达水平与IQGAP2基因表达水平呈明显负相关(r=-0.92).miR-124高表达组细胞内的沙门氏菌数量显著高于正常巨噬细胞,但miR-124敲低表达组细胞内的沙门氏菌数量显著低于正常巨噬细胞;IQGAP2基因敲低表达组细胞内的沙门氏菌数量显著高于正常巨噬细胞;此外,miR-124高表达+IQGAP2基因敲低表达组细胞内的沙门氏菌数量与IQGAP2基因敲低表达处理组相比无显著差异(P>0.05),但显著高于miR-124高表达组细胞.[结论]沙门氏菌感染猪巨噬细胞中的miR-124表达水平与IQGAP2基因表达水平及胞内沙门氏菌数量呈负相关,即沙门氏菌可通过上调miR-124表达靶向抑制IQGAP2基因表达,从而调节其在猪巨噬细胞内的增殖.     

猪基因表达调控数据库(GereDB)的构建

[目的]构建猪基因表达调控数据库(GereDB),为从基因水平解释猪的生长发育规律、遗传育种和疾病防控等提供科学依据.[方法]从NCBI下载小鼠和猪的RNA序列原始数据进行序列比对,根据序列同源性将小鼠的基因表达调控信息转移给猪,并建立猪基因表达调控信息网络,整理加工后根据区域结构,以Linux为操作系统、Apache为Web服务器、MySQL为数据库、Python为服务器端脚本解释器构建猪GereDB数据库.[结果]从NCBI下载的Fast数据共包含291182条猪核苷酸序列,通过序列比对和手工整理,注释筛选出67000多条猪核苷酸序列;将小鼠的基因表达调控信息转移给猪,获得的猪基因表达调控关系链接有67027条,构建了猪GereDB数据库(http://www.thua45.cn/ge-redb-wp/),并开发GEREA生物信息学分析工具以发现猪基因表达调控因子.在猪GereDB数据库中有116个调控因子可调控100多个基因,说明其在猪转录组调控中发挥重要作用.GEREA生物信息学分析工具在已发表的猪乳腺组织数据集上进行测试,结果显示,与母猪分娩前14 d相比,分娩后1 d母猪乳腺中26个调控因子的靶基因显著差异表达(FDR<0.05),其中FGF2调控因子在母猪泌乳方面发挥重要作用.[结论]猪GereDB数据库能提供猪基因表达和调控间关系的信息,且能使用GEREA生物信息学分析工具发掘猪基因表达调控数据,有助于揭示调控因子对高通量测序差异表达基因的调控机制,为从基因水平探究猪的生长发育及疾病防控提供数据信息.     

猪专门化分子生物学数据库的建立及其初步应用

以公共数据库为基础．利用自编过滤程序初步建立了以核酸序列为主的猪专门化分子生物学数据库。在此基础上初步实现了数据库应用,包括核酸电子自动延伸系统、BLAST同源序列检索程序、参照数据库、siRNA序列设计等。本数据库为猪生物信息学研究平台的建立打下了基础。     

沙门菌SptP调控巨噬细胞MAPK-CDK6-RB通路的初步分析

本研究旨在探讨沙门菌毒力因子SptP对猪巨噬细胞MAPK-CDK6-RB通路及外陷网(METs)形成的影响。首先比较Salmonella 13312(猪霍乱沙门菌)和Salmonella 14028(鼠伤寒沙门菌)、Salmonella 13314(亚利桑那沙门菌)诱导的METs水平的差异,然后生物信息学预测参与METs调控的沙门菌基因,最后采用ChIP和MALDI-TOF试验进行验证。结果表明,Salmonella 13312和Salmonella 14028诱导的METs水平显著低于Salmonella 13314(P<0.05),提示沙门菌基因可能通过某种途径调控METs释放的某些关键步骤。Domain—Domain相互作用生物信息学预测结合ChIP、MALDI-TOF试验验证表明沙门菌基因SptP参与了该过程,其作用的宿主靶分子可能为MAPK通路下游基因ABL1和CDK6,SptP可能通过调节ABL1和CDK6的去磷酸化而参与MAPK-CDK6-RB通路的调控,该通路可能与METs的生成有关。SptP-MAPK-CDK6-RB通路可能是沙门菌逃避宿主免疫系统的重要途径,该...     

鼠伤寒沙门氏菌荧光定位报告菌株的构建及其在猪肺泡巨噬细胞的示踪应用

利用增强型绿色荧光蛋白基因(EGFP)表征鼠伤寒沙门氏菌株14028(Sal-14028),以研究其在猪肺泡巨噬细胞(3D4/21)中的示踪作用,首先将增强型绿色荧光蛋白基因通过电击法转入Sal-14028,经卡那霉素抗性培养基筛选和测序鉴定,获得了具有绿色荧光信号的阳性菌株并检测其荧光稳定性,命名为Sal-pPpagC-EGFP。接着在同等条件下对比荧光菌株和野生菌株(WT)的生长特性,通过小鼠感染试验检测EGFP基因的插入对荧光菌株毒力有无明显影响,以分析荧光菌株的生物学特性;应用荧光显微镜和间接免疫荧光法检测荧光菌株在猪肺泡巨噬细胞3D4/21吞噬溶酶体中的定位情况。结果显示,在不同时间点,EGFP标记的鼠伤寒沙门氏菌在荧光显微镜下发出强烈的绿色荧光,且所带荧光不受抗性选择的影响,可稳定遗传。相同培养条件下,荧光菌株Sal-pPpagC-EGFP生长曲线的变化趋势与野生株基本相同。另外,经过改良寇氏法计算出的LD₅₀与野生株相比无显著差异(P>0.05),说明EGFP基因的插入对荧光菌株毒力无明显影响。荧光菌株在感染猪肺泡巨噬细胞后,吞噬溶酶体内可观察...     

通城猪保种与利用信息管理系统的研制与应用

通城猪是我国著名地方猪品种，具有肉质嫩美、繁殖力高、杂交配合力好、适应性强等特点，是“华中两头乌”中最具代表性的一个类群，于2000年被列入全国第1批地方品种资源保护名录。据统计，通城猪现有15个血统，每个血统保留2头公猪，其中县种畜场和6个生猪品种改良站各保存每个血统的1头公猪，各乡镇种猪场和农户保存每个血统的另1头公猪；存栏纯种通城母猪约1万头，其中县种畜场饲养80头，乡镇种畜场、保种基地及保种专业户饲养约6000头，农村分散养殖3000余头。