基于高密度SNP标记的云南元阳红米种质资源遗传多样性分析

为了明确云南元阳红米地方品种种质资源的遗传背景及遗传多样性,给当地红米种质资源保护与开发利用提供理论依据,对元阳梯田地区的红米种质资源进行了全面收集,并利用分布于水稻12条染色体53 032个SNP标记的水稻50K液相基因芯片对155份红米材料进行全基因组基因型检测,通过群体结构和聚类分析,评价红米种质资源的遗传背景和多样性。通过计算最小等位基因频率（MAF）、核苷酸多态性（pi）、多态性信息含量（PIC）等多个多态性指标,发现元阳红米品种间的位点遗传多样性较低。通过群体结构分析,可将供试材料分为9大类,9个类群之间基因交流不频繁,类群内遗传背景单一,少部分材料具有混合的遗传背景。NJ聚类分析可将供试材料分为明显的籼、粳2大类,其中籼稻类涵盖的材料有140份,占供试材料总数的90%。本研究利用高密度SNP基因型数据揭示了云南元阳地方红米品种的遗传多样性水平较低、种质资源遗传背景单一等特点,通过精准鉴定去除了品种重复,为当地红米种质资源的保护与利用提供理论依据。     

水稻品种直播相关的种子低温和低氧萌发活力评价

提高水稻种子耐低温和低氧发芽能力是解决直播稻全苗问题的有效途径。本研究以23份用于构建染色体单片段代换系文库的水稻亲本为材料,在低温和低氧逆境下进行发芽试验,考察了15个种子活力相关的指标,通过多重比较分析、变异分析、主成分分析和相关性分析等对供试品种进行了综合评价。结果表明,供试水稻品种的各项指标表现出广泛的变异,变异系数为0.10~0.64,变异系数最大的是15℃第7天的发芽率。通过主成分分析,低温和低氧下分别提取到3个和2个主成分,累计贡献率分别为86.3%和91.8%,两者之间无显著相关性。低温下综合排名前3的品种为W5(籽恢100)、W22(Khazar)和W2(Amol 3),低氧下综合排名前3的品种为W10(南洋占)、W22和W13(江西丝苗)。据散点图分析,23个品种被分为4类,6个低氧抗性低温感性型,6个低氧抗性低温抗性型,7个低氧感性低温抗性型,4个为低氧感性低温感性型,其中W22在低温和低氧条件下综合表现优良。本研究结果可以为直播稻新品种选育提供参考。