高通量花生转录组分析系统的构建与应用

采用PC机为硬件平台,基于Linux操作系统,以Perl语言作为主要的程序编辑语言,整合SeqClean、TGICL、RepeatMasker,Blast,Bioperl等软件或模块,构建自动化、高通量的转录组分析系统。整个分析系统以三个自编的Perl脚本为主程序,其中以assemble.pl为主程序的序列组装,以annotFun.pl为主程序的功能注释和以annotGO.pl为主程序的功能分类。通过分析粤油20在叶斑病诱导下获得的8 328个叶片EST,进一步验证该系统的稳定性和可靠性。本文构建的花生转录组分析系统通过三个主程序能够自动、简洁、高通量地完成花生转录组数据的组装、注释与分类,为花生功能基因组学研究提供有价值的生物信息,也为其他生物信息平台的构建提供借鉴。     

两个南方花生主栽品种荚果与叶片基因表达谱分析

利用高密度花生基因表达谱芯片比较遗传背景相似而在产量上存在显著差异的2个南方花生品种粤油7号和汕油523荚果与叶片的基因表达谱。结果表明,汕油523与粤油7号荚果差异表达基因高达1 383个,其中上调表达基因662个,下调表达基因721个。叶片中差异表达基因有647个,其中上调表达基因234个,下调表达基因413个。基因表达差异在10倍以上的上调和下调基因在荚果中分别有52个和105个,而在叶片中只有2个和5个。功能注释结果表明, 差异表达基因集中在细胞内和膜上,而其分子功能主要为结合和催化活性,主要参与代谢、细胞和生物调控等生物过程。在花生荚果和叶片中,还有近一半的差异表达基因的功能未知,表明这2个器官中还有大量的基因尚待发掘。为验证基因芯片数据的可靠性和重复性,选择4个差异表达基因进行实时定量PCR分析,其结果与芯片检测结果吻合。