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基于随机森林算法和SRAP分子标记的桂花品种鉴定方法 总被引:1,自引:0,他引:1
【目的】为了解决桂花品种难以鉴定以及苗木生产和园林应用中品种混杂、以次充好和常规DNA指纹图谱无法很好地应用于品种鉴定的问题,提出一种基于随机森林算法和SRAP分子标记的桂花品种鉴定方法,以实现桂花品种简便、快速和准确的鉴定。【方法】以45个桂花品种或变异类型为材料,提取DNA,使用90对SRAP引物进行PCR扩增,以毛细管电泳技术采集扩增信息,筛选出多态性强、扩增结果稳定的引物,计算单对引物的多态信息含量(PIC)、带型数、有效带型数、分辨能力(D)、带型分布的卡方值(χ2)和无法区分的样品对数(x)。筛选出能够完全区分所有品种的引物对组合位点数据作为训练集,用于构建基于随机森林算法的分类模型,并根据模型的泛化能力和分类效果选择最优的分类模型。【结果】筛选出10对SRAP引物,平均PIC为0.26,平均带型数为33.9,平均有效带型数为26.6,平均D为0.97,平均χ2为21.07,平均x为28.2。构建了8个分类模型rf1-rf8,每个分类模型均含有2对SRAP引物。所有分类模型都能完全区分所有桂花品种,模型的袋外数据(OOB)误差估计在0.004 4~0.013 9之间,rf5和rf3泛化能力最强,rf8最弱。rf1分类效果最优,rf3、rf4、rf5和rf7其次,rf2、rf6和rf8最差。【结论】分类模型rf1、rf3、rf4、rf5和rf7的分类能力最佳,所用SRAP引物对分别为me1/em3+me9/em6、me4/em5+me9/em6、me4/em8+me9/em6、me6/em9+me9/em6和me5/em5+me9/em6。除引物对的分辨能力外,所选引物对之间的相关性也显著影响模型的分类能力,相关性越弱,模型的分类能力越强。本研究提出的基于随机森林算法和SRAP分子标记的桂花品种鉴定方法,能够实现桂花品种简便、快速、准确的鉴定,满足桂花苗木生产、推广应用和种质资源保护对于品种鉴定的要求。 相似文献
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<正> 美国农业研究服务处园艺作物研究实验室的植物病理学家罗伯特·林德曼(Roben Linderman)等研究发现,把rrhizal土壤中的其它真菌和细菌与菌根菌(mycofungi)结合移植于植物根系,能能帮助植物吸收水分和营养物质,帮助植物抵御腐霉菌、丝核菌、疫霉、镰刀霉等根腐性病原体的侵害;有益细菌与菌根菌配合,能把土壤 相似文献
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本文针对传统智能控制算法进行了基于MATLAB的仿真分析。采用三种控制方法:模型预测控制、模糊逻辑控制、神经网络控制。在模型预测控制中,先对模型预测控制进行了简单介绍,然后对模型预测控制举例分析,利用MATLAB进行仿真,编制MATLAB程序,设计MPC控制器,得到仿真曲线。在模糊逻辑控制中,采用模糊控制方法分别对循环流化床锅炉床温系统进行了仿真。最后应用神经网络对某典型非线性系统进行仿真研究[1]。 相似文献
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岷县食用菌产业发展的思考 总被引:3,自引:2,他引:1
分析了岷县发展食用菌产业的优势和存在的问题,提出了加大政策扶持力度;加强人才队伍建设;合理布局;加大新品种引育力度;大力开拓市场等发展建议。 相似文献