长白山天池水可培养细菌的16S rRNA鉴定

为了解长白山天池水中细菌的种类及多样性,用NA、1/10NA、R2A、1/10R2A培养基从长白山天池水样品中分离出25株细菌菌株,对其进行16S rRNA基因序列的系统发育分析及形态观察,结果得到9种具有代表性的菌株,9株细菌在系统发育上与芽孢杆菌属(Bacillus sp.)及厌氧芽孢杆菌属(Anoxybacillus sp.)关系密切,其中芽孢杆菌属为分离获得的优势菌属.     

Molecular phylogenetics of mastodon and Tyrannosaurus rex

We report a molecular phylogeny for a nonavian dinosaur, extending our knowledge of trait evolution within nonavian dinosaurs into the macromolecular level of biological organization. Fragments of collagen alpha1(I) and alpha2(I) proteins extracted from fossil bones of Tyrannosaurus rex and Mammut americanum (mastodon) were analyzed with a variety of phylogenetic methods. Despite missing sequence data, the mastodon groups with elephant and the T. rex groups with birds, consistent with predictions based on genetic and morphological data for mastodon and on morphological data for T. rex. Our findings suggest that molecular data from long-extinct organisms may have the potential for resolving relationships at critical areas in the vertebrate evolutionary tree that have, so far, been phylogenetically intractable.     

眶棘鲈属鱼类DNA条形码及分子系统进化研究

为在分子层面分析我国眶棘鲈属（Scolopsis）鱼类系统进化关系，同时探讨COⅠ基因作为DNA条形码在眶棘鲈属鱼类物种鉴定的适用性. 本研究对采集的9种眶棘鲈COⅠ基因部分序列进行PCR扩增及测序，结合GenBank下载的5种眶棘鲈COⅠ基因序列共同分析.结果表明，14种眶棘鲈的种内平均遗传距离为：0.002 5；种间平均遗传距离为0.179 4，种间距离是种内的71.76倍. 在分子系统进化树上，14种眶棘鲈主要形成3个分支：分支Ⅰ包含4种眶棘鲈，这4种眶棘鲈眶下骨均具大棘，与形态学分类结果一致；分支Ⅱ包含4种眶棘鲈，分支Ⅲ包含6种眶棘鲈，但进化树部分节点的支持率相对较低，表明COⅠ基因在眶棘鲈属鱼类中可作为有效的DNA条形码基因以区分物种，但不一定适合用于分子系统进化分析. 另外，部分资料中认为是同种异名的条纹眶棘鲈(Scolopsis taeniopterus)与双斑眶棘鲈（Scolopsis bimaculata）、单带眶棘鲈(Scolopsis monogramma)，彼氏眶棘鲈（Scolopsis affinis）与黄带眶棘鲈(Scolopsis aurata)，本研究COⅠ遗传距离分别为0.160、0.118和0.122，均远大于Hebert推荐的区分不同物种的最小遗传距离2%，各自应分别为独立物种.     

蝽次目昆虫的分类与系统发育研究进展

对蝽次目内总科之间以及蝽总科、缘蝽总科和长蝽总科内的各科等科间的分类和系统发育关系进行了综述．有关蝽次目的系统发育关系，目前大多数学者根据形态学特征的研究一般接受“扁蝽总科＋（蝽总科＋其余的毛点类）”观点．但是各个总科之间，特别是毛点类之间、总科内各科之间的系统发生关系以及皮蝽科的地位还存在争议．迄今为止，从分子水平上对蝽次目系统发育的研究较少．     

小麦孢囊线虫江苏群体的形态学与分子特征鉴定

【目的】明确小麦禾谷类作物孢囊线虫（cereal cyst nematodes,CCN）江苏群体的种类组成及群体间遗传变异情况,为抗病品种的选育、利用以及病害综合防治提供依据。【方法】对江苏省的13个代表性CCN群体进行孢囊、阴门锥和2龄幼虫的形态观察和形态测计并与相似种进行比较;PCR扩增上述群体的rDNA-ITS区并克隆测序,构建基于ITS序列的系统发育进化树。【结果】通过形态观察和形态测计值的比较,所测定的江苏群体均与已报道的禾谷孢囊线虫（Heterodera avenae）中国群体的测计值相接近;系统进化关系分析显示CCN江苏群体、国内其它地区以及国外禾谷孢囊线虫群体均处于同一大的进化分子簇,且国内和国外群体分别处于不同的进化分支。【结论】所测定的13个江苏省CCN代表性群体均为禾谷孢囊线虫,各群体间形态及ITS序列变异较小,江苏省目前尚未发现菲利普孢囊线虫（H. filipjevi）。     

油茶叶枯病原的形态及ITS序列分析鉴定

对一株引起油茶落叶的叶枯病菌进行分离鉴定,为防治该病菌奠定基础。从油茶叶枯病斑中分离得到一株优势菌,通过对其形态特征的观察及rDNA的转录间隔区(ITS)序列测定,并与Genbank中同源性较高的菌株构建系统发育树,最后确定该菌株为拟盘多毛孢属菌,且与小孢拟盘多毛孢菌亲缘关系最近。     

富贵草叶斑病病原的鉴定

2019年5月,在湖南长沙地区富贵草上发生了一种不明原因的叶部病害,对其进行病原菌分离、形态学鉴定和科赫氏法则验证,并通过对核糖体转录间区r DNA(ITS)、肌动蛋白基因(ACT)、几丁质合成酶1基因(CHS1)和甘油醛–3–磷酸脱氢酶基因(GAPDH)序列的系统进化树分析,对病原菌进行分子鉴定,确定病原菌为冬麦刺盘孢(Colletotrichum liriopes)。     

山东地区樱桃褐斑病病原鉴定及rDNA-ITS序列分析

为明确引起樱桃褐斑病的病原菌种类,采集泰安、潍坊、烟台3个地区典型发病叶片,用单孢分离法分离、纯化,共获得16个菌株,采用病原菌形态学与分子生物学相结合的方法,鉴定樱桃褐斑病的病原菌。对该病原菌的ITS序列分析显示,其与Gen Bank中登录的Passalora sp.属的Passalora arctostaphyli相似性达97%;与另一种在甜樱桃叶片中分离的病原菌Pseudocercospora pruni-persicicola相似度仅为85.6%,证明两者并非为同一属真菌。构建系统进化树表明,樱桃褐斑病病原与Passalora sp.属真菌处在同一分支,而与其它Prunus sp.属分离的病原菌处在两个分支,进而通过形态学鉴定和ITS序列分析认为,病原菌为Passalora circumscissa,并将其ITS基因序列提交至Gen Bank数据库(基因登陆号:KT428056)。     

Tempo and mode of evolutionary radiation in iguanian lizards

Identification of general properties of evolutionary radiations has been hindered by the lack of a general statistical and phylogenetic approach applicable across diverse taxa. We present a comparative analytical framework for examining phylogenetic patterns of diversification and morphological disparity with data from four iguanian-lizard taxa that exhibit substantially different patterns of evolution. Taxa whose diversification occurred disproportionately early in their evolutionary history partition more of their morphological disparity among, rather than within, subclades. This inverse relationship between timing of diversification and morphological disparity within subclades may be a general feature that transcends the historically contingent properties of different evolutionary radiations.     

油茶根腐病病原菌分子鉴定及其生物学特性研究

从油茶腐根中分离得到病原菌,通过对其形态特征的观察及该菌rDNA转录间隔区（ITS）序列的测定,与Genbank中经Blastn搜索获得的部分菌株构建分子系统发育树．基于形态特征和分子系统发育树,确定引起油茶根腐病的病原菌为镰刀属李瑟组层生镰刀菌（Fusarium proliferatum）．还对该菌的生物学特性进行了研究,发现其最适生长温度为25℃,最适pH值是6．0～7．0,最适碳源为可溶性淀粉,最适氮源为NH4Cl．     

山西省壳囊孢属真菌分类学

本文通过形态学及系统发育学方法对采自中国山西省不同地区的58份壳囊孢属真菌标本进行分类学研究。从形态学上观察子实体、孢子及纯培养物形态,可将其分为5个形态学类群;系统发育学分析分别基于单基因(ITS)和3个基因片段数据集(ITS、LSU和TEF),通过最大简约法(MP),最大似然法(ML)和贝叶斯分析(BI)分别构建系统发育树,结果显示来自山西的壳囊孢属真菌为5个独立分支,进一步支持了形态学分析结果所得出的结论。本文结合传统形态学及现代分子系统学方法对山西省不同寄主壳囊孢属真菌多样性进行调查和分类研究,经分析该5个类群分别是榆树壳囊孢、金黄壳囊孢、核果壳囊孢、苹果壳囊孢、槐壳囊孢,分布于山西省5个市的11种寄主植物上,其中广玉兰、山楂、白蜡、丝绵木、红瑞木为该类真菌新记录寄主,为该省病害防治及后续病原病理学研究奠定基础。      

一株分离自水稻种子的真菌的鉴定及系统进化分析

真菌病害是制约水稻高产稳产的重要障碍因素之一.为了研究水稻种子中真菌发生情况,对分离自水稻种子中的一株真菌进行系统发育分析及功能评价.在形态学鉴定基础上,以通用引物ITS1/ITS4对目标真菌序列进行PCR扩增、序列对比分析、邻接法(NJ)构建系统发育树.通过菌落培养特征、孢子形态特征观察,分离菌株S-51的形态特征与...     

利用ITS核酸序列分析鉴定海洋青霉菌

1材料与方法 1．1菌株试验鉴定的青霉菌由海洋一所分离保存,见表 1.1．2培养基固体培养基：马铃薯葡萄糖琼脂培养基（PDA）,马铃薯浸汁1000ml,葡萄糖20g,琼脂20g。液体培养基：为该实验室改良,马铃薯浸汁200ml,蛋白胨2g,酵母粉1g,葡萄糖15g,NaCl30g,MgCl2·6H2O2．0g,KCl0．4g,FePO40．01g,蒸馏水1000ml。     

贵州绿僵菌和戴氏绿僵菌分类地位的确证

为正确描述贵州绿僵菌和戴氏绿僵菌的分类地位提供更充分的形态学和分子证据,通过观察贵州绿僵菌和戴氏绿僵菌的形态特征并扩增其转录间隔区序列(ITS)和翻译延伸因子(TEF)基因部分序列,用最大简约法构建了系统发育树。结果表明:戴氏绿僵菌应归入贵州绿僵菌中。     

Bayesian inference towards the resolution of molecular evolution:application to the "Trichoderma harzianum sensu lato" clade

The Hypocrea lixii/Trichoderma harzianum species aggregate contains a group of taxa (H. lixii /T. harzianum, T. aggressivum, T. tomentosum, T. cerinum, T. velutinum, H. tawa) of which some (e.g. T. harzianum) are important for biocontrol of plant pathogenic fungi in agriculture, whereas others are aggressive pathogens of Agaricus spp. and Pleurotus spp. in mushroom farms (T. aggressivum), or opportunistic pathogens of immunocompromised mammals including humans (T. harzianum). We ch…     

石竹叶斑病病原鉴定

[目的]研究鉴定引起新疆石河子地区石竹叶斑病的病原,为石竹叶斑病的防治提供理论基础.[方法]采集典型石竹叶斑病发病叶片利用常规组织法分离和纯化,选取8个代表性菌株,采用菌丝块贴接法和喷雾法测定致病性;应用病菌形态学和rDNA-ITS区、组蛋白3和β-微管蛋白序列进行比对和分析,建立多基因联合系统发育树,确定病原菌的分类...     

蚁科5个属蚂蚁的分子系统学研究(英文)

[Objective] The aim of this study was to explore the taxonomic status and genetic relationship of ants at molecular level.[Method]Applying cyt b gene as a molecular marker,molecular phylogenetic analysis of 14 ant species of 5 genera(Camponotus,Formica,Polyrhachis,Pheidole and Crematogaster)in Formicidae was conducted.Partial sequences of cyt b gene in 14 ant species were analyzed with software MEGA,Clustal X and PAUP,and phylogenetic trees were constructed by Neighbor-Joining method(NJ)and Maximum-Parsimony method(MP).[Result]NJ tree and MP tree showed that the 14 ant species could be clustered into 5 branches.[Conclusion]The results of molecular phylogenetic analysis coincided with the views of traditional morphological taxonomy.     

二化螟线粒体cox1基因的克隆、序列测定和分子系统学分析

[目的]克隆并分析二化螟线粒体细胞色素c氧化酶亚基I基因（cox1）。[方法]利用PCR方法扩增了二化螟线粒体cox1基因,并测定了其全序列。通过检索GenBank数据库获得了其他21种鳞翅目昆虫的cox1序列,并进行了同源性比较和分子系统学分析。[结果]cox1基因编码框包含1531个核苷酸,编码510个氨基酸的蛋白;起始密码子为CGA,终止密码子仅由一个T组成。利用ML方法构建了基于cox1基因编码氨基酸序列的鳞翅目昆虫的分子系统树,发现分子系统树与从形态学角度的系统分类在大方面上是基本一致的,但也略有差异。[结论]为进一步研究cox1基因的表达和应用奠定了基础     

基因组时代的植物系统发育研究进展

系统发育研究是进化生物中的基本问题,也是其他众多生物学分支学科的基础问题,其核心在于研究不同生物类群间的亲缘关系与进化命运。利用分子数据研究生物之间的进化关系是系统发育研究的重要手段。随着测序技术的提升和测序成本的持续下降,系统发育研究由早期基于单基因或联合少数片段逐步发展到现阶段利用大规模基因组数据对个体、群体、物种以及更高水平的进化关系进行探讨。讨论了目前植物体内的3套基因组(叶绿体基因组、线粒体基因组与核基因组)在系统发育研究中的代表性成果,总结了植物不同基因组的特征及其在系统发育研究中的优势与局限,探讨了系统发育树构建的主要方法,并对未来研究进行了展望。目前,植物体内的3套基因组适用于不同阶元和类群的系统发育研究,不同基因组之间的遗传特性差异使其在系统发育研究中具备不同的优势和应用：(1)叶绿体基因组结构相对简单,序列保守,不易重组,单亲遗传,是广泛应用于系统发育学和进化生物学等研究领域的理想分子数据资源;(2)植物线粒体基因组序列进化速率较慢,目前仅适用于早期植物和大尺度水平的系统发育研究;(3)核基因组为双亲遗传,可综合揭示双亲谱系及系统网状进化关系,在系统发育研究中具有巨...     

菊花及其近缘种的分子进化与系统发育研究

分子进化与系统发育的基本关系就是在DNA水平探索生物进化的原因和机制 ,以生物大分子的信息推断生物进化的历史 ,重建系统谱系关系。该文分析了几个在菊花及其近缘种起源与亲缘关系研究中有代表性的CHS基因、CDS基因和核糖体nrITS基因等的分子进化和以其核苷酸与氨基酸序列进化差异构建的系统发育关系 ,概述了前人基于RAPD、AFLP和SSR等分子标记的以基因组DNA扩增片段的多态性构建的菊花及其近缘种的系统发育关系进展。作者比较了基于分子特征和表征特征研究菊花及其近缘种及品种起源与亲缘关系的异同点 ,认为只有将分子进化的系统发育研究与传统的基于形态、细胞和生理学研究的表征特征结合起来 ,才能最终澄清物种间的进化关系。