南宁市屠宰场肉牛的Y染色体遗传多样性分析

[目的]为了探究广西南宁市屠宰场肉牛的Y染色体分子遗传多样性。[方法]利用PCR扩增、限制性酶酶切和生物信息学方法,对南宁屠宰场的73头肉牛Y染色体USP9Y基因的遗传多态性进行分析。[结果]发现73头公牛USP9Y基因的PCR产物具有多态性,2头牛显示471 bp带型,71头牛显示552 bp带型。在71个552 bp带型中,有28个可以被SspI酶切成2条带（338 bp和215 bp）,表明这28头牛为Y3单倍型组（38.36%）,而其余43个不能被SspI酶切,表明这28头牛为Y2单倍型组（58.90%）。仅有2头牛的PCR产物为471 bp,表明这2头牛为Y1单倍型组（2.74%）。屠宰牛群的单倍型多样度为0.5122±0.0309,表明屠宰牛群的Y染色体遗传多样度较高。[结论]南宁市屠宰牛群的来源比较复杂,有普通牛（Y1与Y2单倍型组）和瘤牛（Y3单倍型组）2个父系起源。     

关岭牛Y染色体遗传多样性与父系起源研究

[目的]探究关岭牛Y染色体遗传多样性及父系起源。[方法]采用PCR扩增、限制性酶切和生物信息学方法,分析关岭牛Y-SNP(USP9Y基因)和2个Y-STRs标记(INRA189和BM861)的遗传多样性。[结果]发现32头关岭牛USP9Y基因的PCR产物均为552bp,其中4头牛的552bp片段不能被SspI酶切开,属于普通牛Y2单倍型组,占0.125,其余28头牛的PCR产物均可被酶切成两条带(215bp和338bp),属于瘤牛Y3单倍型组,占0.875。2个Y-STRs标记INRA189和BM861在关岭牛品种均表现多态性(88/104bp和156/158bp)。结合Y-SNP与Y-STRs的分型结果,界定关岭牛有2种Y染色体单倍型Y2-104-158和Y3-88-156,其Y染色体单倍型多样度为0.2258±0.0882,表明关岭牛父系遗传多样性很低。[结论]关岭牛具有普通牛Y2和瘤牛Y3两种父系起源,其中瘤牛占明显优势。     

日本和牛Y染色体USP9Y基因多态性与父系起源研究

【目的】为了分析日本和牛Y染色体USP9Y基因遗传多态性与父系起源。【方法】利用PCR扩增与限制性酶酶切方法。【结果】对8头日本和牛纯种及19头和秦F1代杂种牛进行Y染色体USP9Y基因多态性及父系起源研究,结果表明:日本和牛与其杂种牛都具有USP9Y基因多态性,USP9Y基因的PCR产物均显示471bp和552bp两种带型,其中552bp带型不能被SspI酶酶切,则这2种带型对应Y1和Y2两种普通牛单倍型组,表明日本和牛含有Y1和Y2两个父系支系,有2个普通牛父系起源。日本和牛和杂种牛单倍型多样度分别为0.5714±0.0945和0.1988±0.1121,提示日本和牛具有较高的父系遗传多样性。【结论】日本和牛具有较高的父系遗传多样性及2个普通牛父系起源。     

柴达木黄牛Y染色体单倍型组构成及父系起源——基于USP9Y基因多态性的分析

为从分子水平上探究柴达木黄牛的父系遗传多样性、起源及群体遗传结构,对62头柴达木黄牛公牛进行Y染色体USP9Y基因多态性分析。结果表明:柴达木黄牛USP9Y基因的PCR产物显示471 bp和552 bp 2种带型,其中552 bp带型不能被Ssp I酶酶切,这2种带型对应Y1和Y2 2种普通牛Y染色体单倍型组,表明柴达木黄牛含有Y1和Y2 2个父系支系,有2个普通牛父系起源。单倍型多样度为0.3369,说明柴达木黄牛具有较低的父系遗传多样性。     

金川牦牛和中国西门塔尔牛肉品质差异研究

[目的]为从分子水平探究隆林黄牛的遗传多样性及父系起源。[方法]利用PCR测序及生物信息方法,对20头隆林黄牛公牛的2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)进行多态性检测。[结果]结果显示,20头隆林黄牛中有14头为Y3单倍型组(70%),有6头牛为Y2单倍型组(30%),Y染色体单倍型多样度为0.4421±0.0875,表明隆林牛具有丰富的Y染色体遗传多样性。[结论]隆林黄牛具有瘤牛和普通牛2个父系起源,以瘤牛父系起源为主。     

隆林黄牛Y-SNPs遗传多样性与起源研究

[目的]为从分子水平探究隆林黄牛的遗传多样性及父系起源。[方法]利用PCR测序及生物信息方法,对20头隆林黄牛公牛的2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)进行多态性检测。[结果]结果显示,20头隆林黄牛中有14头为Y3单倍型组(70%),有6头牛为Y2单倍型组(30%),Y染色体单倍型多样度为0.4421±0.0875,表明隆林牛具有丰富的Y染色体遗传多样性。[结论]隆林黄牛具有瘤牛和普通牛2个父系起源,以瘤牛父系起源为主。     

西藏牛Y染色体USP9Y基因与mtDNA D-loop区遗传多态性研究

本研究旨在探究西藏牛的Y染色体与mtDNA D-loop区的遗传多态性和起源。采用PCR扩增和限制性内切酶酶切的方法测定30头西藏牛Y染色体USP9Y基因的多态性;采用PCR扩增和测序技术测定30头西藏牛的mtDNAD-loop区序列,利用生物信息学的方法对西藏牛44条D-loop序列(其中14条从Gen Bank下载)进行遗传多态性分析。对30头西藏牛USP9Y基因的PCR产物进行电泳,共检测到471 bp和552 bp 2个片段,且552 bp片段不能被限制性内切酶Ssp I切开,说明西藏牛具有普通牛Y1和Y2 2种单倍型组,其频率分别为0.067和0.933。通过对44条西藏牛mtDNA D-loop全序列进行比对,发现本研究测定的30条西藏牛mtDNA D-loop全序列中,有8条为牦牛序列,说明西藏牛群体中有牦牛的基因渗入。对36条西藏牛mtDNA D-loop全序列进行分析,共检测到62个变异位点,界定了21个mtDNA单倍型,单倍型多样度为0.956 0,核苷酸多样度为0.006 4,表明西藏牛具有丰富的母系遗传多态性。系统发育树显示,西藏牛具有普通牛和瘤牛混合母系起源,且普通牛的单倍型在西藏牛群体中占绝对优势(95.24%)。西藏牛具有丰富的母系遗传多态性,由2个普通牛父系单倍型组构成,应归于普通牛一类,且群体中存在牦牛和瘤牛的基因渗入现象。     

湘西黄牛Y-SNPs遗传多样性研究

[目的]通过Y-SNP分子标记方法研究湘西黄牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]采用PCR扩增、测序与生物信息学方法,对24头湘西黄牛的2个Y-SNPs(UTY-19和ZFY-10)标记进行多态性分析。[结果]结果表明,湘西黄牛有Y1和Y3两种单倍型组,频率分别为12.5%和87.5%,表明湘西黄牛可能有普通牛和瘤牛2个父系起源。湘西黄牛的Y-SNP遗传多样度为0.2283±0.0978,表明湘西黄牛具有较低的父系遗传多样性,品种纯度较高。[结论]湘西黄牛的父系起源为瘤牛Y3单倍型组,其Y1单倍型组为国外肉牛杂交所致。     

延边牛Y染色体遗传多样性与父系起源研究

[目的]为了研究延边牛Y染色体遗传多样性以及父系起源。[方法]采用PCR扩增、直接测序和生物信息学方法,分析延边牛的2个Y-SNPs标记(UTY19和ZFY10)和2个Y-STRs标记(INRA189和BM861)的遗传多样性。[结果]Y-SNPs标记检测发现延边牛有Y1和Y2单倍型组,2个Y-STRs标记在延边牛品种检测发现只有INRA189表现多态性(98bp/102bp/104bp)。结合Y-SNPs与Y-STRs的分型结果,确定延边牛有3种Y染色体单倍型Y1-98-158、Y2-102-158和Y2-104-158,所占频率分别为0.031、0.938和0.031,其Y染色体单倍型多样度为0.1230±0.0777,表明延边牛父系遗传多样性很低,父系遗传稳定。[结论]延边牛为普通牛父系起源,其中Y2单倍型组占明显优势。     

皖南牛Y-STRs与Y-SNPs遗传多样性研究

[目的]从分子水平探究皖南牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]利用PCR产物直接测序、荧光微卫星分型方法,选择2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)和2个Y-STRs位点(INRA189和BM861)对35头皖南公牛进行遗传多样性检测。[结果]发现35头皖南公牛包含Y1、Y2和Y3 3种单倍型组,其频率分别为2.86%、8.56%和88.58%。普通牛Y1单倍型组只有1种单倍型(Y1-98-158),普通牛Y2单倍型组有3种单倍型(Y2-102-158、Y2-104-158和Y2-106-158),瘤牛Y3单倍型组只有1种单倍型(Y3-88-156),皖南牛Y染色体单倍型多样度为0.2185±0.0924,表明皖南牛有普通牛与瘤牛2个父系起源,遗传多样性较低。[结论]皖南牛属于南方黄牛类型,以瘤牛的种质特性为主。     

黄牛Y染色体分子遗传多样性研究进展

Y染色体分子遗传多样性是追溯动物起源、驯化历史和迁徙路线的重要工具,也可以用来反映动物的父系遗传多样性及用于研究群体间父系介导的杂交情况。Y染色体单倍型多样性可以分别通过Y染色体单核苷酸多态性(Y-SNP)和Y染色体微卫星多态性(Y-STR)或这二者结合起来构建精确的Y染色体单倍型。黄牛有3种父系起源(普通牛Y1、Y2和瘤牛Y3单倍型组),可以通过Y-SNP来区分,通过-STR标记可以区分Y1、Y2和Y3所具有的丰富的精细单倍型。本文汇集了包括中国在内的国内外黄牛Y染色体遗传多样性与起源进化的研究进展。     

南丹牛Y-SNPs与Y-STRs遗传多样性研究

[目的]分析南丹牛的Y染色体遗传多样性及父系起源。[方法]用PCR扩增、测序及生物信息学方法进行分析。[结果]通过对25头南丹牛的Y-SNPs和Y-STRs分析,发现南丹牛仅包含瘤牛Y3单倍型组,细分为Y3-88-156和Y3-90-156两种单倍型,单倍型频率分别为92%和8%,南丹牛的Y染色体单倍型多样度为0.1533±0.0915。[结论]南丹牛是瘤牛父系起源,其遗传基础很稳定。     

中国黄牛Y-SNPs遗传多样性与起源研究

为了研究中国黄牛Y染色体SNPs的遗传多样性及父系起源,本研究利用PCR-SSCP与测序方法,选择4个牛Y-SNPs位点DDX3Y-7、UTY-19、ZFY-9和ZFY-10,分析了16个中国地方黄牛品种284头公牛与缅甸黄牛4头公牛Y染色体的遗传多样性.结果表明,在中国16个黄牛品种中,仅发现普通牛Y2和瘤牛Y3单倍型,表明只有Y2和Y3两种父系起源,尚未发现中国黄牛存在普通牛Y1单倍型的分子证据.4头缅甸黄牛均为Y3单倍型.在中国16个黄牛品种中,Y2和Y3单倍型频率分别为57.0％和43.0％,其中Y2单倍型频率在北方黄牛中占优势(98.3％),Y3单倍型频率在南方黄牛中占优势(76.1％),中原黄牛中普通牛Y2的单倍型频率较高,为63.8％0,瘤牛Y3的单倍型频率为36.2％.本研究证明,中国黄牛存在普通牛Y2和瘤牛Y3单倍型两种父系起源,Y2单倍型频率自北向南逐渐减少,Y3单倍型频率自北向南逐渐增加,中原地区为普通牛Y2和瘤牛Y3单倍型的交汇处.     

中国黄牛Y-STRs遗传多样性与起源研究

[目的]研究中国黄牛Y染色体STRs的遗传多样性及父系起源。[方法]利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,选择2个牛Y-STRs位点INRA189和BM861,分析16个中国地方黄牛品种284头公牛与4头缅甸黄牛公牛的Y染色体遗传多样性。[结果]在中国16个黄牛品种中,2个Y-STR位点可以区分中国黄牛中的普通牛和瘤牛类型,表明中国黄牛有普通牛和瘤牛两种父系起源。4头缅甸黄牛均为瘤牛类型。在中国16个黄牛品种中,普通牛和瘤牛分布频率分别为57.0%和43.0%,其中普通牛频率在北方黄牛中占优势(98.3%),瘤牛频率在南方黄牛中占优势(76.1%),中原黄牛中普通牛频率较高为63.8%,瘤牛频率为36.2%。[结论]中国黄牛存在普通牛和瘤牛两种父系起源;普通牛频率自北向南逐渐减少,瘤牛频率自北向南逐渐增加,中原地区为普通牛和瘤牛的交汇处。     

Kazakhstani native cattle reveal highly divergent mtDNA from Bos taurus and Bos indicus lineages with an absence of Bos indicus Y chromosome

Kazakhstan is the largest landlocked country and contains two important propagation routes for livestock from the Fertile Crescent to Asia. Therefore, genetic information about Kazakhstani cattle can be important for understanding the propagation history and the genetic admixture in Central Asian cattle. In the present study, we analyzed the complete mtDNA D‐loop sequence and SRY gene polymorphism in 122 Kazakhstani native cattle. The D‐loop sequences revealed 79 mitochondrial haplotypes, with the major haplogroups T and I. The Bos taurus subhaplogroups consisted of T (3.3%), T1 (2.5%), T2 (2.5%), and T4 (0.8%) in addition to the predominant subhaplogroup T3 (86.9%), and the Bos indicus subhaplogroup of I1 (4.1%). Subsequently, we investigated the paternal lineages of Bos taurus and Bos indicus, however, all Kazakhstani cattle were shown to have Y chromosome of Bos taurus origin. While highly divergent mtDNA subhaplogroups in Kazakhstani cattle could be due to the geographical proximity of Kazakhstan with the domestication center of the Fertile Crescent, the absence of Bos indicus Y chromosomes could be explained by a decoupling of the introgression dynamics of maternal and paternal lineages. This genetic information would contribute to understanding the genetic diversity and propagation history of cattle in Central Asia.     

秦川牛的染色体研究

对秦川牛(12♂,3♀)染色体的核型、G带、C带及Ag-NOR_s的研究表明:秦川牛品种内Y染色体存在多态现象,Y染色体有中、亚中和近端着丝点染色体。中和亚中着丝点Y染色体G带和C带与普通牛(Bos taurus)相同,近端着丝点Y染色体G带和C带与瘤牛(Bos indicus)相同。根据Y染色体多态性,讨论了秦川牛起源的多元性。统计了2002个细胞的Ag-NOR_s数目,每细胞Ag-NOR_s数变化范围3～10个,平均5.473±0.316。     

中国牛亚科6个物种MSTN基因外显子2多态性及分化研究

采用PCR扩增了6个中国牛种共101个样本的MSTN基因外显子2的编码区,序列分析显示,MSTN基因外显子2编码区含372个碱基对,在所检测样本中,存在10个核苷酸多态位点,定义了7种单倍型,雷琼牛、蒙古牛、独龙牛与巴音郭楞牦牛享有共同的单倍型;MSNT基因外显子2在6个牛种中多态性较丰富。结果表明:两水牛与牛属群体间分化明显;牛属群体中牦牛独自聚成一类;大额牛存在一个独立分支;雷琼牛与一部分独龙牛、大部分蒙古牛和瘤牛聚成一支,说明蒙古牛、雷琼牛、独龙牛种间存在着基因交流。牦牛与普通牛、瘤牛的分化较明显,亲缘关系较远;研究证实了水牛的属分类地位,一定程度上支持牦牛及大额牛划为牛亚科中单独的一个属。     

Characterization and validation of bovine gonadotripin releasing hormone receptor (GNRHR) polymorphisms

Gonadotropin releasing hormone and its receptor (GNRHR) play a critical role in sexual differentiation and reproduction. Available evidence shows a strong genetic component in the timing of puberty. In bovines, there are significant differences within and among beef breeds in the time when bulls reach puberty. Despite its economic importance, there are not many SNPs or genetic markers associated with this characteristic. The aims of the study were to identify DNA polymorphism in the bovine GNRHR by re-sequencing analysis, determine haplotype phases, and perform a population study in a selected tag SNP in six breeds. Eight SNPs were detected, including: one in the Upstream Regulatory Region (URR), five in the coding regions, and two in non-coding regions. This polymorphism level corresponds to one variant every 249.4 bp and a global nucleotide diversity of 0.385. Two haplogroups comprising nine haplotypes and two linkage blocks were detected. Despite 5 tag SNPs were required to capture all variability, just one SNP allowed to define both haplogroups, and only two SNPs were needed to differentiate the most common haplotypes. An additional taq SNP was necessary to identify both URR variants. Allele-frequency analysis of a selected taq SNP among breeds showed a geographical cline. European Bos taurus breeds had lower frequencies of the C allele than B. indicus type cattle, while Creole cattle and Wagyu breeds had intermediate frequency. There was a significant correlation between frequency profile and timing of puberty among the studied breeds, which seems to suggest that genetic variation within bovine GNRHR gene could explain at least part of the reported variability.     

温岭高峰牛线粒体DNA全基因组遗传多样性分析

[目的]通过测定温岭高峰牛线粒体DNA全基因组序列以分析温岭高峰牛的母系起源及遗传多样性。[方法]采用DNA提取、测序及生物信息学方法。[结果]通过对19头温岭高峰牛线粒体DNA全基因组序列分析,共发现263个变异位点,定义9种单倍型,单倍型多样度(Hd±SD)为0.778±0.096,核苷酸多样度(Pi±SD)为0.0017±0.0014,表明温岭高峰牛的遗传多样性较低。构建的NJ系统发育树和单倍型进化网络图表明温岭高峰牛有普通牛和瘤牛2种母系起源。[结论]温岭高峰牛线粒体DNA基因组的遗传多样性较低,有瘤牛和普通牛两个母系起源,但主要受瘤牛的影响。