荷元鲤（荷包红鲤♀元江鲤♂）杂种优势利用及性状遗传的研究

鲤鱼(Cyprinus carpio L．)在我国淡水鱼类资源和淡水养殖业中居有重要地位。为了提高鲤鱼的生产性能，改良某些经济性状，近年来，鲤鱼的良种选育及杂种优势利用的研究日益受到人们的重视，并取得了一定的成绩。     

鱼类环境DNA研究中通用引物的筛选验证

为了筛选一个通用性和适用性良好的能够运用于环境DNA(eDNA)研究的鱼类引物,从相关文献中选取了鱼类线粒体基因组部分片段的5对引物,分别对线粒体D-loop区、16S rRNA基因、COI基因以及Cytb基因部分片段进行扩增。对千岛湖48种鱼类基因组DNA进行扩增后比较发现,引物16s和COI均可以取得良好的扩增效果,通用性优于其他几对引物。引物16s的扩增产物经凝胶电泳检测均出现明亮的目的条带,引物COI则有3种鱼的条带经凝胶电泳检测亮度较暗。利用上述引物对环境样品eDNA扩增时发现,只有16s和COI的引物具有良好的扩增效果,能够得到明显单一的亮带。对该两种引物的PCR产物克隆后测序比对发现,16s的PCR产物均为千岛湖常见鱼类物种的基因片段,COI的PCR产物则为细菌COI基因的部分片段。综上,我们认为引物16s在通用性和适用性上都更为适合作为鱼类群落结构eDNA研究的通用引物。     

鲤疱疹病毒2型和3型三重PCR检测方法的建立与应用

鲤疱疹病毒2型和3型主要感染鲫(金)鱼(Carassius auratus)、鲤鱼(Cyprinus carpio)和锦鲤(Cyprinus carpio haematopterus)及其杂交种,具有高度的传染性和致病性,对养殖鲤科鱼类危害严重。为了建立快捷、高效且能同时检测这2种类型鲤疱疹病毒的检测技术,本研究根据鲤疱疹病毒的DNA聚合酶基因(2、3型)、解旋酶基因(2型)和胸苷激酶基因(3型)的保守序列,设计了3对特异性引物,通过对三重PCR的反应条件进行优化,建立起鲤疱疹病毒2型和3型三重PCR检测方法,并运用该方法对实验室保存的鲫鱼和鲤鱼组织样品进行检测。结果显示,该三重PCR检测方法仅在鲤疱疹病毒阳性样品中扩增出3条特异性条带,表现出良好的特异性;以克隆的目的基因质粒为模板,进行10倍梯度稀释,该检测方法能检出的极限值为2.85×102 copies/μL,表现出较高的灵敏性;运用该方法检测122份鲫鱼和60份鲤鱼样品,其结果与运用国家标准(GB/T 36194-2018)和行业标准(SC/T 7212.1-2011)方法检测的结果一致。本研究表明,构建的三重PCR检测方法不仅具有较高的准确性和灵敏度,还能同时检测2种类型的鲤疱疹病毒,有效提高检测效率。     

大型河流中鱼类组成的eDNA监测效率:以长江武汉江段为例

为了探讨大型河流中的 eDNA 监测效率, 以长江为大型河流的代表, 以鱼类为水生生物的代表, 分析传统捕捞监测和 eDNA 监测结果的差异, 研究 eDNA 监测技术对长江武汉江段鱼类组成的监测能力、监测效率、平行样设置等问题。结果显示: (1) 用 1 对 eDNA 宏条形码引物(mlCOIintF/jgHCO2198R)共监测到 89 种鱼类, 其中 30 种可与历史捕捞调查记录互相确认, 另外 59 种需要更完善的条形码数据库来解决序列比对注释问题; (2) 9 月在武汉监测断面, 可用单引物(mlCOIintF/jgHCO2198R) eDNA 监测到的物种最优估计约 99 种, 单样品 eDNA 监测的鱼类物种检出能力约为 26 种, 检出效率约为 25.8%; (3) 在 80%的检出度目标下, 需要约 10 个平行样, 在 95%的检出度目标下, 需要约 17 个平行样。本研究在长江武汉江段鱼类 eDNA 监测效率和平行样设置的相关量化结果可为长江其他断面及其他大型河流的 eDNA 监测提供量化参考。同时, 本研究表明, 更完善的 DNA 宏条形码数据库和合适的平行样设置是未来 eDNA 监测作为常规监测手段进行运用的前提。     

长江上游鱼类通用引物的筛选与验证

为了筛选出适合使用eDNA技术对长江上游鱼类多样性进行研究的通用引物,本研究选择了6对引物,分别为：Mifish-U、AcMDB07、Teleo、Teleo2、 Fish16S1和FishCB,对长江上游常见的20种鱼类和3种其他水域鱼类肌肉组织提取的DNA扩增后结果显示,6对引物均能扩增出全部23种鱼类,但引物Mifish-U的扩增效果最好。进一步使用引物Mifish-U对长江上游屏山县、涪陵区和巫山县3个采样点的水样eDNA进行高通量测序,结果显示引物Mifish-U能扩增出研究使用的20种长江上游鱼类,其辨别度较高。使用引物Mifish-U对室内养殖3种鱼类的水样eDNA进行高通量测序后定性定量分析,结果显示黄颡鱼和鲤的生物量与序列数相关性显著,鲫的生物量与序列数相关性不显著。综上,引物Mifish-U更适合作为长江上游鱼类多样性研究的通用引物。     

黑龙江中游抚远江段鲤鱼渔业生物学研究

鲤鱼Cyprinus carpio haematopterus俗称鲤子。黑龙江鲤鱼，属鲤科、鲤亚科、鲤属。鲤鱼属底栖性鱼类，喜在水体下层活动，对水体生活适应能力很强，且生长快，群体数量增长较快，分布极为广泛，是我国淡水养殖业主要种类之一，也是黑龙江水系的主要经济鱼类，     

荷元鲤(荷包红鲤_♀×元江鲤_♂)杂种优势利用及性状遗传的研究

<正> 前言鲤鱼(Cyprinus carpio L.)在我国淡水鱼类资源和淡水养殖业中居有重要地位。为了提高鲤鱼的生产性能,改良某些经济性状,近年来,鲤鱼的良种选育及杂种优势利用的研究日益受到人们的重视,并取得了一定的成绩。我所于1973年引进元江鲤(Cyprinus carpio yuankiang Wu et al.)、荷包红鲤(Cyprinus carpio var.wuyuanensis)等鲤鱼后,1974年以来,以荷包红鲤和元江鲤为主体进行了多组合杂交,并对其子一代进行了试养观察,其中以荷包红鲤♀×元江鲤♂长势较好。几年来,在我国各地试养的     

环境DNA技术在邵伯湖鱼类资源监测中的应用

环境DNA技术在我国已被应用于水生生物监测,但鲜见于湖泊鱼类监测。为探索适用于浅水湖泊鱼类的环境DNA检测方法,掌握邵伯湖鱼类物种组成,于2018年11月利用环境DNA技术对该湖泊的鱼类群落进行监测。共采集邵伯湖15个位点水环境样本,利用线粒体DNA 12SrRNA区域引物和COⅠ区域引物分析鱼类多样性。2种引物相比,12SrRNA引物对鱼类的检测能力显著优于COⅠ引物：12SrRNA引物共检出50 427条鱼类序列,分属71个鱼类运算分类单元;COⅠ引物仅检出990条鱼类序列,分属16个鱼类运算分类单元。利用宏条形码共检出鱼类40种（6目12科）,其中36种鱼类的DNA序列注释到种,4种鱼类注释到属。各位点鱼类物种检出数为10～32种,检测到的序列总数较多的物种为鲤、鲫、革条■、鳙、兴凯■等。环境DNA检出的福建小鳔■和粘皮鲻虾虎鱼在传统形态学调查中鲜有检出,进一步丰富了邵伯湖鱼类名录。研究结果表明,环境DNA技术具有较高的准确性和灵敏度,且对生境无干扰,适合浅水湖泊鱼类群落监测。     

DNA条形码在篮子鱼科鱼类种类鉴定和系统进化分析中的应用

为建立篮子鱼科鱼类物种快速鉴定方法,该研究扩增获得了篮子鱼科10种鱼类的46条线粒体COⅠ基因序列,结合从BOLD和GenBank上筛选出的12种27条篮子鱼科COⅠ基因序列,分析篮子鱼科鱼类的COⅠ基因片段序列特征、种间和种内遗传距离及分子系统进化关系。结果表明,19种73条篮子鱼科COⅠ基因序列的平均碱基组成为T:28.9%、C:28.7%、A:24.6%、G:17.8%。G+C的含量(46.5%)低于A+T的含量(53.5%),碱基组成表现出明显的偏倚性;篮子鱼科鱼类的种间平均遗传距离为0.098,是种内平均遗传距离(0.002)的49倍;基于19种篮子鱼科鱼类的COⅠ序列的系统进化分析结果显示,19种篮子鱼中仅单斑篮子鱼(Siganus unimaculatus)和狐篮子鱼(S. vulpinus)聚类在一起,形成1个分支,剩余17种(89.5%)篮子鱼相同种内个体各自聚为一支,形成17个独立的分支。结果表明基于COⅠ基因的DNA条形码技术可应用于篮子鱼科物种鉴定。     

渔业生态环境

971796 淡水池塘混养鱼类非洲鲇、鲤鱼和尼罗罗非鱼及其养殖环境中某些金属的测定=Determination of some metals in Clariasgariepinus(Cuvier and Vallenciennes),Cyprinus carpio(L.)and Oreochromis niloti-cus(L.)fishes in a polyculture fresh waterpond and their environments[刊,英]/Adey-eye E I,Akinyuqha N J//Aquac..-1996,147(3/4).-205～214研究了池底沉积物,池水和非洲鲇,鲤鱼     

应用聚合酶链式反应(PCR)检测锦鲤疱疹病毒

为建立并优化锦鲤疱疹病毒检测方法,针对目前国内集约化养殖鲤鱼大面积流行的病死现象进行有针对性的检测,对在疫区采集到的病鱼肾脏、肝胰脏、肠等组织,提取基因组DNA,应用锦鲤疱疹病毒特异性引物进行PCR反应,同时设立阴性对照(TE buffer)。通过1%琼脂糖凝胶进行鉴定,与阴性对照比较,在484bp处出现特异性目的条带。经序列测定,所得PCR产物的基因序列与NCBI上锦鲤疱疹病毒的同源率达到99%以上。对同一批次的样品进行重复检测,结果表明该方法具有较好的可重复性,可据此判定结果。通过对锦鲤疱疹病毒的检测,确定了疫区引起框镜鲤(Cyprinus carpio)和建鲤(Cyprinus carpio var Jian)大批死亡的病原为锦鲤疱疹病毒(Koi Herpesvirus,KHV),从而对疫区控制、防治方案的制定提供了理论依据。建议尽快在鲤鱼主要养殖区开展KHV流行病学、诊断与检测及免疫预防等方面的研究。     

散鳞镜鲤（♀）×兴国红鲤（♂）杂交一代优势的研究

鲤鱼(cgprinug carpLo L)在淡水渔业中占有重要的地位，产量较高，我省洞庭湖、湘江主要经济鱼类产卵场，鲤鱼群体占第一位，资源量占其它鱼类24％以上，是天然水域扑捞的主要鱼类之一。在某些养殖湖泊鲤鱼产量可达30％左右，又是塘堰等养鱼水体经常放养的对象。因此，提高鲤鱼产量，在淡水养殖上有重要的作用。     

浅析闽西地区福瑞鲤新品种推广现状与前景

<正>鲤鱼是我国主要淡水养殖品种之一,也是目前养殖地域最为广泛的一种鱼类。淡水鱼类中鲤鱼产量在全国淡水鱼类养殖产量中居草鱼和鲢鱼之后,排名第三,占全国淡水鱼类养殖产量12%左右,对池塘养殖增产增收具有极其重要的作用。福瑞鲤是中国水产科学研究院淡水渔业研究中心以建鲤和野生黄河鲤为原始亲本进行杂交获得的鲤鱼新品种,2011年获得国家农业部水产新品种证书。在相同条件下,同其他鲤鱼品种相比,福瑞鲤具有生长快(比普通鲤鱼提高20%以上,比建鲤提高13.4%)、体形好(体长/体高约     

长江中游常见鱼类DNA条形码研究及其电子芯片分析

为建立长江中游常见鱼类的快速鉴别方法,文献调研了7目11科50属64种鱼类名录,GenBank共获取168条线粒体细胞色素c氧化酶I (COⅠ)序列,分析了序列特征、不同阶元Kimura-2-paramater(K2P)遗传距离及系统进化关系。结果显示,64种鱼类的种间遗传距离(平均值为0.084)明显大于种内(平均值为0.0079),NJ树上不同物种均能以较高支持度聚类成独立分支,以线粒体COⅠ序列作为DNA条形码可准确鉴定所研究鱼类;综合利用分子生物学软件筛选物种特异性探针,最终43种鱼类可筛选出112条物种特异性探针,物种识别率为67.2%。本研究验证了DNA条形码芯片技术在长江中游鱼类物种鉴定的可行性,可为该地区鱼类物种多样性保护提供技术支持。     

紫贻贝EST-SNP的筛选及多态性检测

利用EST 数据库开发SNP是筛选SNP标记的重要途径。本研究利用EST数据库开发紫贻贝的SNP标记,利用QualitySNP软件对紫贻贝已有的19 709条EST序列中含有4条以上同源序列的重叠群进行分析,在含有4条以上同源序列的963个重叠群中,筛选得到候选SNP位点4 833个,SNP的平均频率为129.1 bp,其中C/T和 A/G突变较多,分别占总数的28.8%和27.4%。 根据候选SNP位点设计30组引物,通过等位基因特异性PCR结合溶解曲线分析,在30个野生个体中进行基因分型验证,6组引物(20%)没有扩增产物,10组引物(33%)没有多态性,〖JP2〗14组(47%)引物具有二等位基因多态性,稀有等位基因的频率为0.083~〖JP〗0.446,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.166 7~0.615 4和0.155 4~0.503 2。序列比对结果显示,14组引物中的12个SNP位点位于基因编码区,并且全部为同义突变。研究结果表明,EST数据库中存在大量的SNP位点,差异熔解曲线法是一种高效便捷的SNP分型方法,所筛选的SNP标记可用于紫贻贝遗传学分析。     

鲹科鱼类DNA条形码分类系统

为了验证 DNA 条形码在鲹科(Carangidae)鱼类物种鉴定和系统分类中的适用性, 本研究自测 6 属 7 种 17 条序列, 同时筛选了 BOLD 数据库中的有效序列, 共获得 25 属 95 种 273 条鲹科鱼类 DNA 条形码序列, 通过 BLAST 比对、遗传距离和系统关系树, 构建了鲹科鱼类的 DNA 条形码分类系统。结果表明: (1)鲹科鱼类属间、种间、属内种间和种内三级分类单元遗传距离的平均水平分别为 0.186、0.169、0.090 和 0.008, 种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的 21 倍, 可见 DNA 条形码适用于鲹科鱼类分类鉴定; (2)运用 DNA 条形码技术可以识别出形态鉴定有误的物种, 表明 DNA 条形码可以弥补传统形态学鉴定的局限性, 可对鲹科鱼类形态学分类结果进行精准修正; (3)鲹科鱼类 DNA 条形码分析表明, BOLD 数据库中仍存在一定的“同种异名”和“异种同名”现象, 建议使用该数据库信息时应严格评估信息的准确性; (4)鲹科鱼类系统发生关系研究对物种的分类地位提出了新的见解, 即拟鲳鲹 (Parona signata)和镰鳍波线鲹(Lichia amia)亲缘关系较近, 支持将二者均归为鲳鲹亚科(Trachinotinae)。本研究旨在为丰富鲹科鱼类 DNA 条形码数据, 完善鲹科 DNA 条形码分类系统, 并为鲹科鱼类物种鉴定和系统分类提供分子证据。     

凡纳滨对虾EST微卫星标记初步筛选

对161 075条凡纳滨对虾dbEST(database of “Expressed Sequence Tags”)的数据进行SSR序列筛选,搜索参数为二~六核苷酸重复6次以上(包括6次),共获得含SSR的EST序列12 600条,占整个凡纳滨对虾dbEST数据库的7.8%,其中二核苷酸重复10 104条,占总ESTSSR序列的80.2%; 三核苷酸重复2 036条(16.1%),四核苷酸重复336条(2.7%),五核苷酸重复35条(0.3%),六核苷酸重复89条（0.7%）。大部分发现的微卫星序列为完美型(perfect)的重复序列。在二核苷酸所获得的SSR重复单元中,AG/CT是优势重复单元,共分布4 820条,占二核苷酸各重复单元的47.8%;其次是AC/GT重复,共分布3 584条,占二核苷酸各重复单元的35.4%;最后是AT/TA 和CG/GC,分别占二核苷酸各重复单元的16.6%和0.2%。通过对凡纳滨对虾EST序列中SSR位点信息的发掘分析,共设计77对微卫星引物,在10个个体中成功扩增的引物有54对,成功扩增率为70.1%。其中多态性丰富的引物28对,多态率为51.9%。等位基因数为2～5,PCR产物大小为140～600 bp。本研究筛选的ESTSSR标记将为凡纳滨对虾的分子遗传学研究、种质鉴定等提供可靠的工具。     

中国近海黑鲷线粒体DNA控制区序列多态性分析

采用聚合酶链式反应(PCR)和直接测序的方法,测定了广西北海、广东深圳和山东青岛3个地理群体共72尾黑鲷(Acanthopagrusschlegeli)线粒体Dloop第一高变区5′端547～549bp序列,以探讨黑鲷种群的遗传变异。分析结果表明:72条序列T、C、A、G4种核苷酸的平均含量分别为30.8%、21.8%、36.3%、11.0%。共检测到55个变异位点,其中转换位点32个,颠换位点19个,缺失/颠换位点1个,插入/颠换位点3个。72个个体具有51种单倍型(haplotype),单倍型比率为70.8%,黑鲷线粒体Dloop控制区表现出较为丰富的核苷酸多态性。对其所有单倍型依据序列距离使用NJ法构建的亲缘关系树并无明显的系谱分支,没有显示出明显的地理分布族群,说明黑鲷线粒体DNA控制区第一高变区序列无法用于黑鲷种群的鉴别。     

渔业生物学

951136 通过杂交选育改良鲤鱼和其它鲤科鱼类=A review of genetic improvemert ofthe common carp(Cyprinus carpio L)andother cyprinids by crossbreeding, hybridiza-tion and selection[刊,英]/Hulata G//Aquac..-1995,129(1/4).-143～155 遗传研究和应用主要的对象是鲤鱼,同时却很少研究中国和印度鲤鱼。唯一的例外就是印度鲤鱼的种间和基因间杂交。鲤鱼是     

星斑川鲽、黄盖鲽和石鲽线粒体基因Cytb和COⅠ片段序列的比较研究

星斑川鲽、钝吻黄盖鲽和石鲽是我国北方重要的经济海水鱼类。为探究这3种鲽科鱼类间的亲缘关系及遗传信息,本文采用了PCR扩增和直接测序的技术,对这3种鲽科鱼类各24尾个体的线粒体基因Cytb和COⅠ进行初步研究。测序得到的序列经人工处理校正后分析,其中Cytb基因片段可用长度为358bp,包含58个变异位点,20个转换位点,3个颠换位点;COⅠ基因片段可用长度为559bp,包含变异位点56个,转换位点18个,颠换位点3个;Cytb基因片段和COⅠ基因片段均表明黄盖鲽和石鲽具有较高的单倍型多样性与较低的核苷酸多样性,而星斑川鲽具有较低的单倍型多样性和较低的核苷酸多样性。基于Cytb和COⅠ序列的两种系统发育树(邻接法和不加权对群法)均表明3种鲽科鱼类中星斑川鲽与石鲽亲缘关系更近,与黄盖鲽相对较远。鲽科鱼类物种遗传多样性及遗传结构的分析可以为鱼类的保护和管理提供重要的理论依据,为保障我国鲽科鱼类养殖业的健康可持续发展提供理论指导和科学依据。