玉米分子遗传图谱的SSR和AFLP标记构建

以黄早四×Mo17自交形成的191个F2单株为作图群体,利用240对SSR引物和280对AFLP选扩引物,在亲本黄早四和Mo17之间进行了多态性检测,筛选出91对SSR引物和20对AFLP选扩引物用于F2群体分析。利用上述引物组合共检测到248个多态性标记位点,其中的218个标记构建了玉米分子连锁图谱,该图谱覆盖基因组全长2015.5cM,标记间平均间距9.69cM。     

梨遗传连锁图谱的构建与比较分析

【目的】利用已公开发表的梨和苹果的SSR（Simple Sequence Repeat）引物以及从梨转录组开发的SSR引物构建本研究作图群体的遗传连锁图谱,为后期梨重要性状QTL定位和分子标记辅助选择等奠定基础。【方法】以西洋梨品种‘红茄’（Red Clapp Favorite）为母本,东方梨品种‘晚秀’（Mansoo）为父本,构建F1代作图群体。将所选用的SSR引物在亲本和4个子代个体进行PCR扩增,初步筛选出扩增结果符合JoinMap 4.0软件中“CP”作图模式要求的引物,随后在F1群体中检测,选用JoinMap 4.0软件对分离数据进行连锁分析,分别构建亲本的连锁图谱。以双亲图谱在各连锁群上的同源标记作为锚定位点,对双亲图谱进行整合。【结果】利用PCR技术对不同来源的共909对SSR引物（526对梨和283对苹果公开发表的SSR引物,从梨转录组开发的100对SSR引物）进行初步筛选后,发现来自苹果的SSR引物有效扩增片段的比例和多态性均较低,而来自梨和梨转录组开发的SSR引物相对较高。筛选出207对符合作图要求的SSR引物在群体中扩增,构建亲本的连锁图谱。母本图谱中的141个标记分布在17个连锁群上,总长度757.34 cM,标记间平均5.37 cM;父本图谱中的153个标记分布在19个连锁群上,总长度1 149.43 cM,标记间平均7.51 cM。【结论】对不同来源的SSR引物构建的双亲连锁图谱进行整合,最终得到一张由186个SSR标记,覆盖基因组长度1 125.33 cM的整合图谱。     

大口黑鲈遗传连锁图谱的构建

采用AFLP技术结合＂拟测交＂策略,以大口黑鲈Micropterus salmoides选育家系作为亲本进行单对杂交产生的F1代家系为作图群体,初步构建了大口黑鲈雌、雄性遗传连锁图谱。结果表明：用64对AFLP引物组合对父母本和106个子代个体进行遗传分析,共得到398个分离标记。母本分离标记有189个,其中172个符合1∶1孟德尔分离规律;父本分离标记有209个,其中181个符合1∶1孟德尔分离标记。雌性框架图包括75个遗传标记,分布在21个连锁群中,有6个三联体,6个连锁对,标记间平均间隔为18.22cM,图谱总长度为983.8 cM;雄性框架图包括82个遗传标记,分布在22个连锁群中,有7个三联体,5个连锁对,标记间平均间隔为19.22 cM,图谱总长度为1153.2 cM。雌、雄性基因组估算长度分别为1 399.85和1 582.72,图谱的总覆盖率分别达到70.28%和72.86%。     

毛白杨遗传作图最适分离群体的选择

该研究以毛白杨及其杂种毛新杨和银白杨与腺杨的杂种银腺杨为材料 ,利用控制授粉杂交和种子组织培养技术相结合制备了 3个规模较大的遗传作图群体 .在此基础上 ,采用扩增性片段长度多态性 (AmplifiedFragmentLengthPolymorphisms,AFLPs)标记技术对这些作图群体的亲本进行了多态性检测 ,结果表明 :8对EcoRⅠ MseⅠ引物组合在毛新杨无性系TB0 1×毛白杨无性系LM5 0作图群体亲本间的多态性水平最高 ,平均可检测到 2 0个多态性位点 .结合对子代在田间表型性状分离情况 ,选取了该分离群体作为构建毛白杨遗传连锁图的作图群体 .并利用AFLP技术对随机抽取的 12 0株子代个体进行了基因型检测 ,10对AFLP引物组合在作图亲本间共检测到 197个多态性位点 ,其中有 15 8个位点在P <0 0 1水平上符合 1∶1孟德尔期望分离比 ,占多态性位点总数的 80 2 % ,选取该群体作为构建毛白杨遗传连锁图的作图群体是合适的     

小麦RIL群体遗传连锁图谱的构建及其多态性分析

以普通小麦重组近交系(recombinant inbred lines,RIL)‘Q9086×陇鉴19’为作图群体,利用SSR标记构建小麦遗传连锁图谱.结果表明:通过选用2 187对SSR引物筛选出RIL群体双亲表现多态性的引物共405对,多态性频率为18.52%.不同类型SSR标记多态性频率从小到大依次为Xpsp(4.4%)相似文献   

水稻重组自交系分子遗传图谱构建及分蘖角的QTL检测

利用株型差异显著的特大粒粳稻品系TD70和籼稻小粒品种Kasalath为亲本配制组合,以单粒传方法构建含240个株系的重组自交系(RIL)群体。选用838对SSR引物进行亲本多态性筛选,共检测到302对具有多态性的引物,频率为36.04%。从中选择带型清晰且在基因组中均匀分布的141个SSR标记对RIL群体进行基因型分析,结果表明:群体中父母本基因频率分别为53%和47%,群体结构平衡性好。构建的水稻分子连锁图谱共包含141个标记座位,总图距约1 832.47 cM,标记间平均图距为12.7 cM,标记间图距范围为0.43～36.11 cM,符合QTL作图的基本要求。除第1、第8染色体个别标记位置外,其他染色体上标记顺序和位置与已公布的日本晴遗传图谱序列基本一致。以该群体为材料,对分蘖角度进行了QTL检测,共检测到控制分蘖角度的3个QTL位点,分别是qTA8、qTA9和qTA11,贡献率分别为4.10%、26.08%和4.35%,其中qTA9包含控制水稻分蘖角度基因TAC1。该图谱的构建为研究籼粳交后代各种性状的遗传规律及QTL定位打下了基础。     

牡丹遗传作图最适F1分离群体的选择

以3株‘凤丹’植株M24、M49、M68为母本,分别以中原牡丹‘红乔’、日本牡丹‘花王’和‘黑龙锦’为父本,采用控制授粉杂交方式,制备了3个规模较大的F1杂交分离群体(个体数量分别为366、233、197)。采用简单重复序列(SSR)标记技术,对这3个分离群体亲本进行多态性检测,结果表明,‘凤丹’M24ב红乔’分离群体亲本间的多态性水平最高,19对SSR引物共检测到27个多态性位点,亲本间遗传距离为0.707 0;因此,选取了该分离群体作为构建牡丹遗传图谱的作图群体。在此基础上,利用SSR标记技术对作图群体中随机抽取的195株子代个体进行了基因型检测,结果显示19对SSR引物在作图群体中有15对具有多态性,其中13对引物在P0.01水平上符合孟德尔期望分离比,占多态性标记总数的86.7%;测量分析了这195株子代个体的苗高、地径、当年生枝长、复叶长、复叶宽和叶柄长等6个表型性状,结果显示这6个表型性状在作图群体中变异明显,表型值的变异系数均超过15%。综上所述,‘凤丹’M24ב红乔’F1分离群体适合作为构建牡丹遗传连锁图谱的作图群体。      

甜玉米果皮柔嫩度QTL定位

由组合B15(不柔嫩)×B20(柔嫩)构建的F2:3家系群体(236个家系)为作图群体,构建了包含89个SSR标记的玉米遗传连锁图谱.图谱的总长度为1 317.2 cM,相邻两标记间平均距离为14.8 cM.在F2:3家系群体中,共检测到与甜玉米果皮嫩度性状相关的QTL 4个,分别位于第3、4、7染色体上,分别解释表型变异的3.0%、1.1%、1.0%和6.0%,且4个QTL加性效应均为负值,表明均来自果皮柔嫩度较好的亲本,具有降低果皮柔嫩度值,改善果皮柔嫩度的作用.     

利用AFLP标记构建家蚕分子连锁图谱

 ＡＦＬＰ技术构建了家蚕分子标记连锁图谱,在扩增中使用了１８组双引物及两个单引物在家蚕品系７８２和ｏｄ １００的回交子代中得到了１１７７个扩增位点,有３５９个非分离位点,８１８个分离位点。分离位点中有２９２个位点符合孟德尔１：１分离比例。用ＭＡＰＭＡＫＥＲ软件将２９２个标记位点及形态标记基因ｏｄ分成２６个连锁群,１９个二联体及８１个未进入连锁关系的标记。每个连锁群包含３～１４个标记。平均为 ６．５个标记。该连锁图总图距为 ３２８５．５ｃＭ。标记间平均距离为 ２０．０ｃＭ。形态标记ｏｄ被定位于该图谱中 ３号连锁群上,而ｏｄ基因位于家蚕Ｚ染色体上,故可确定该分子标记连锁群对应于传统的家蚕形态标记图谱中的Ｚ染色体。     

裸燕麦SSR标记连锁群图谱的构建及β-葡聚糖含量QTL的定位

【目的】构建裸燕麦分子遗传图谱,发掘燕麦β-葡聚糖基因紧密连锁的分子标记,为高β-葡聚糖含量燕麦种质资源的利用及裸燕麦分子标记辅助育种提供理论和实践依据。【方法】以高β-葡聚糖地方品种夏莜麦为父本,育成品种赤38莜麦为母本构建的包含215个F2:3家系为图谱构建群体,利用SSR分子标记进行遗传分析,构建分子遗传图谱。通过美国谷类化学会（AACC）发表的标准葡聚糖含量测定方法（AACC Method 32-23）测定各家系的β-葡聚糖含量,利用复合区间作图法进行燕麦β-葡聚糖含量性状进行遗传定位与分析。【结果】利用筛选出的231对SSR引物在F2 后代群体上进行检测,共得到261个多态性标记位点,利用JoinMap 4.0软件对上述获得多态性分子标记进行遗传连锁分析,在LOD≥5.0情况下,构建遗传图谱,得到包含26个连锁群、182个标记位点的遗传图谱,覆盖基因组1 869.7 cM,标记间平均距离为10.6 cM,每个连锁群上的标记数在2-14个之间,连锁群长度在10.6-235.1 cM。对亲本及后代群体β-葡聚糖含量的测定结果表明,β-葡聚糖含量在后代群体中表现出明显的分离,且呈现为连续变异,变异系数为18.72%,说明β-葡聚糖含量性状是受多基因控制的数量性状,群体符合QTL定位的要求。利用QTL分析软件WinQTLCart 2.5对SSR数据进行分析,采用复合区间作图法（composite interval mapping,CIM）对全基因组进行QTL扫描,以LOD值5作为阈值对β-葡聚糖含量可能存在的QTL进行定位和效应估计,检测到4个与β-葡聚糖含量相关的QTL位点,其中qBG-1位于连锁群LG20上,与最近的标记AM591的距离10.0 cM。加性效应值为0.21,可以解释的表型变异为10.9%;qBG-2和qBG-3位于连锁群LG23上,其中qBG-2与最近的标记AM1823的距离4.6 cM,qBG-3与最近的标记AM641的距离1.9 cM,加性效应值分别为-0.23和-0.22,可以解释的表型变异分别为3.2%和2.7%;qBG -4位于连锁群LG25上,与最近的标记AM302的距离6.8 cM,加性效应为0.84,可以解释的表型变异为27.6%,其中存在的2个主效QTL qBG-1和qBG -4,都来自于高β-葡聚糖含量的父本夏莜麦。【结论】构建了大粒裸燕麦SSR分子标记连锁群图谱,并定位了4个控制β-葡聚糖含量的QTL位点。     

利用SSR和ISSR标记技术构建西瓜分子遗传图谱

为了促进西瓜饱和遗传图谱的构建、重要农艺性状的QTL分析以及以图谱为基础的克隆,利用可溶性固形物含量高、皮薄、感枯萎病的栽培西瓜自交系97103和可溶性固形物含量低、皮厚、抗病的野生西瓜种质P1296341为亲本,获得F8的重组自交系群体,通过16个SSR引物对和5个ISSR引物对该群体进行扩增,建立了一个包括38个SSR标记和10个ISSR标记组成的分子图谱,该图谱总长558．1cM,平均图距为11．9cM。     

番茄AFLP遗传连锁图谱的构建及耐冷性状的QTL定位

[目的]构建冷敏感和抗冷番茄的F2代分离群体,对番茄耐冷抗性基因进行QTL定位.[方法]通过将番茄耐冷品种O-33-1与冷敏感品种耐运2000杂交,得到的F1代番茄自交获得用于构建图谱的F2分离群体.测定O-33-1、耐运2000以及F2代番茄分离群体的生理指标,确定其抗寒性;利用AFLP技术构建连锁遗传图谱,对番茄耐冷性基因进行QTL定位.[结果]番茄耐冷品种O-33-1的抗寒性显著高于冷敏感品种耐运2000,F2代分离群体的抗寒性高于耐运2000而低于O-33-1,介于两亲本之间.本试验构建的番茄遗传图谱共包括连锁群16个,共包含155个标记,整个图谱总的长度为686 cM,标记间平均图距为4.42 cM.平均间距最小的连锁群为16,为1.75cM.并且检测到1个抗冷性的QTL位点.[结论]通过对番茄耐冷性状QTL分析发现了1个QTL,被定位于连锁群4上11E/M619和9E/M330之间.     

用2个不同来源的DNA探针构建水稻RFLP连锁图谱(英文)

基于籼稻品种圭 6 30与粳稻品种台湾粳杂交产生的一个包含 111个株系的加倍单倍体 (DH)群体 ,构建了一个水稻 RFL P连锁图谱 .该图谱 (记为 DH图谱 )含有 175个 RFL P座位 ,全长 12 2 4 .6 c M,相邻标记间平均距离 7.0 c M.用于 RFL P分析的探针选自分别由日本水稻基因组计划 (RGP)和美国康耐尔大学 (CU)构建的 2个水稻图谱 .9个染色体区域发现明显的偏分离 ,但 DH图谱与 RGP和 CU图谱之间仍表现出较好的共线性 .因此 ,DH图谱可以作为那 2张图谱之间遗传信息相互沟通的桥梁 .本图谱还可用于对水稻中控制重要农艺性状的数量性状基因座的定位和分析     

绿豆高密度分子遗传图谱的构建

【目的】在前期研究的基础上,进一步利用绿豆基因组SSR、EST-SSR、STS和普通菜豆基因组SSR等标记构建绿豆遗传连锁图谱,为绿豆重要性状相关基因的定位、克隆及分子标记辅助选育新品种等研究搭建技术平台。【方法】利用澳大利亚引进的Berken（高感豆象绿豆栽培种）× ACC41（高抗豆象绿豆野生种）及其重组自交系（recombinant inbreed line,RIL）群体,对6 686对引物进行PCR扩增及多态性筛选,包括6 100对绿豆基因组SSR、149对EST-SSR、13对STS和424对普通菜豆基因组SSR引物,将亲本间多态性引物,进一步分析重组自交系群体。结合前期研究的分子标记数据,利用Mapmarker/Exp 3.0软件构建遗传图谱,并设置LOD≥3.0,最大图距50.00 cM。用Joinmap 4.0软件进行图谱整合。【结果】用2个亲本共筛选了6 686对SSR引物,共有3 691对引物有稳定的扩增产物,得到有多态的引物有588对。其中,通过磁珠富集法开发的绿豆SSR引物6 100对,有效扩增3 459对,有效扩增率56.7%,得到多态性引物559对;通过转录组测序开发的绿豆MGCP引物149对,有效扩增126对,有效扩增率84.6%,得到多态性引物21对;通过磁珠富集法开发的菜豆SSR引物424对,有效扩增97对,有效扩增率22.9%,得到多态性引物6对;绿豆STS引物13对,有效扩增9对,有效扩增率69.2%,得到多态性引物2对。表明不同来源和种类的SSR引物在RIL群体亲本中的有效扩增率有明显差别,绿豆EST-SSR引物（84.6%）最高,绿豆STS引物（69.2%）和SSR引物（55.7%）次之,菜豆SSR引物（22.9%）最低。获得一张含有585个标记（499个SSR标记、74个RFLP标记、9个STS标记和3个RAPD标记）的绿豆遗传图谱,图谱总长732.9 cM,包括11个连锁群,每个标记间的平均距离为1.25 cM,平均长度为66.63 cM。每个连锁群长度为45.2-112.8 cM,每条染色体上面的标记数为35-92个,平均53.18个。标记位点数最多的连锁群LG1含92个标记,长度为112.8 cM;标记位点数最少的连锁群LG11仅含有35个标记,长度为48.7 cM。对图谱的585个标记位点进行χ2测验,在P＜0.05和P＜0.01条件下,分别有79个和151个标记表现为偏分离,占总标记位点数的39.3%。【结论】构建了一张目前国内外发表的标记数最多、密度最高的绿豆遗传连锁图谱。     

应用RAPD标记构建柑桔分子遗传图谱

以清见柑桔为母本、台湾椪柑为父本杂交获得的F1群体以及两个亲本作为作图群体,利用RAPD分子标记构建了清见和台湾椪柑的分子遗传图谱。母本清见的30个分离位点形成7个连锁群,覆盖总图距328 cM,位点之间平均距离为10.93 cM,连锁群的平均长度为47 cM,每个连锁群平均包含4.3个位点;父本台湾椪柑的23个位点形成（9+1）个连锁群,覆盖总图距317 cM,位点之间的平均遗传距离为13.78 cM,连锁群的平均长度为31.7 cM,每个连锁群平均包含2.3个位点。     

Construction of Genetic Linkage Map Based on SSR Markers in Peanut （Arachis hypogaea L.）

Molecular genetic maps of crop species can be used in a variety of ways in breeding and genomic research such as identification and mapping of genes and quantitative trait loci （QTLs） for morphological, physiological and economic traits of crop species. However, a comprehensive genetic linkage map for cultivated peanut has not yet been developed due to the extremely low frequency of DNA polymorphism in cultivated peanut. In this study, 142 recombinant inbred lines （RILs） derived from a cross between Yueyou 13 and Zhenzhuhei were used as mapping population in peanut （Arachis hypogaea L.）. A total 652 pairs of genomic-SSR primer and 392 pairs of EST-SSR primer were used to detect the polymorphisms between the two parents. 141 SSR primer pairs, 127 genomic-SSR and 14 EST-SSR ones, which can be used to detect polymorphisms between the two parents, were selected to analyze the RILs population. Thus, a linkage genetic map which consists of 131 SSR loci in 20 linkage groups, with a coverage of 679 cM and an average of 6.12 cM of inter-maker distance was constructed. The putative functions of 12 EST-SSR markers located on the map were analyzed. Eleven showed homology to gene sequences deposited in GenBank. This is the first report of construction of a comprehensive genetic map with SSR markers in peanut （Arachis hypogaea L.）. The map presented here will provide a genetic framework for mapping the qualitative and quantitative trait in peanut.     

盐胁迫下水稻幼苗存活率的QTL定位

盐胁迫是制约水稻产量的重要非生物胁迫因素。随着土壤盐碱化日益加重,培育适宜于盐碱地种植的水稻耐盐新品种是提高水稻产量的有效方法。相较于传统杂交育种,分子标记辅助育种能够提高选育的效率和精确度。选择高度耐盐籼型恢复系ST1050和盐敏感优质粳稻品种越光作为研究材料,用含有150 mmol/L Na Cl的营养液处理三叶期幼苗1周,再用普通营养液恢复处理1周后,以幼苗的存活率作为苗期耐盐指标,选取均匀分布于水稻染色体的463个SSR标记对亲本进行多态性分析,鉴定ST1050与越光杂交产生的F2代群体基因型,构建遗传图谱并进行QTL定位。结果显示,籼型恢复系ST1050、粳稻品种越光的存活率分别为60%和18.75%,差异显著。463个SSR标记中有121个在ST1050和越光之间表现出较好的共显性差异,多态性达26.13%。利用软件Ici Mapping 4.1分析ST1050×越光138个F2个体的基因型,最终获得了一张覆盖总遗传距离为1 160.09 c M,标记间平均距离9.59 c M的遗传图谱。结合F3代群体在盐胁迫后的存活率验证,在水稻8号、12号染色体上分别检测到1个苗期耐盐QTL,命名为q SR-8和q SR-12,贡献率分别为13.57%和6.91%。研究表明,籼型恢复系ST1050存在2个苗期耐盐QTL,对提高水稻的耐盐性发挥重要的作用,可以作为苗期耐盐供体用于标记辅助选择耐盐育种。