H6亚型禽流感病毒厦门分离株全基因序列分析

为了解2017年分离自厦门市某活禽屠宰场的H6N6亚型禽流感病毒(AIV)的遗传变异特征,本研究对分离到的4株H6N6亚型AIV进行全基因组序列测定、遗传进化分析和特殊位点的氨基酸分析。结果显示:4株分离株的HA裂解位点和受体结合位点均符合低致病性AIV特征,但其中1株分离株NA存在颈部11个氨基酸的缺失。NS1发生P42S突变、M1发生N30D、T215A突变、M2发生V27I的突变。8个基因节段均属于欧亚谱系,内部基因与H5N1、H5N6、H6N1及H6N2 AIV亲缘关系密切。本研究结果表明,4株H6N6分离株均表现为低致病性AIV特征,但也存在与耐药性、毒力增强等相关的突变,基因来源呈现多样性。本研究结果为本地区AIV生物学特性研究及其疾病防控提供科学依据。     

11株H3N2亚型禽流感病毒广西分离株全基因序列测定与分析

2013—2014年从广西活禽市场采集的棉拭子样品中分离鉴定出11株H3N2亚型禽流感病毒(AIV)。为了解该亚型AIV的分子特征及其遗传进化关系,本研究对分离株进行全基因序列测定并采用生物学信息软件对其进行分析。结果显示,11株H3N2亚型AIV HA基因裂解位点均只有1个碱性氨基酸,符合低致病性禽流感的分子特征;HA基因受体结合位点为242Q~244G,不同于人流感226L~228S,优先与禽源受体进行结合;全基因遗传进化分析表明11株H3N2亚型AIV分离株的8个基因片段均属于欧亚谱系的禽源进化分支,与猪源和人源分离株的亲缘关系较远;分离株内部基因来源较复杂,推测这11株毒株是由不同亚型毒株经过长时间进化而发生自然重排形成的重组病毒。     

2株H9N2亚型禽流感病毒厦门分离株遗传演化分析

对2015年活禽交易市场和养殖场的健康鸡群分离到的2株H9N2亚型禽流感病毒进行全基因组序列测定和遗传演化分析。结果显示:分离株的部分基因与1999年3株感染人的H9N2亚型同源性较低(86.3%～94.6%),与H7N9、H10N8、H10N6亚型同源性较高; A/chicken/Xiamen/10/2015分离株的NP基因与2013年感染人的H7N9毒株A/Shanghai/4664T/2013同源性高达99.9%,说明分离株的进化程度主要与时间相关,与宿主和地理位置关系不大。     

63株H9N2亚型禽流感病毒NA基因序列分析

为了从分子水平上掌握我国H9N2亚型禽流感病毒NA基因变异情况和流行规律,作者汇集了我国部分省市的63株H9N2亚型禽流感毒株,采用RT-PCR技术对其NA基因进行扩增、克隆和测序,并对所得序列进行同源性和进化分析。结果显示分离株核苷酸同源性在87.4%~99.5%;52株NA蛋白颈部63—65位点缺失了T、E、I 3个氨基酸,属于Y280-like分支,11株没有发生缺失,属于G9-like分支,没有发现G1-like分支和Y439-like分支的NA基因毒株;唾液酸结合位点(HB)和抗原决定簇的氨基酸发生了明显的变异;酶活性位点处的氨基酸非常保守,没有发生与抗神经氨酸酶抑制剂奥塞米韦和扎那米韦相关的氨基酸突变;36/63毒株失去了402位点处的潜在N-糖基化位点;而28/63毒株新出现了264位点处的潜在N-糖基化位点。本研究提示目前中国大陆地区商业鸡群流行的H9N2亚型禽流感病毒NA基因分为2个差异较大分支——Y280-like分支和G9-like分支,而Y280-like分支仍是我国H9N2亚型禽流感病毒流行的主要类型。     

H9N2亚型禽流感病毒厦门分离株全基因组的分子生物学特性

为了解厦门市H9N2亚型禽流感病毒的分子生物学特性,从而为科学防控禽流感提供依据,对2015年的2株H9N2亚型禽流感病毒厦门分离株(A/chicken/Xiamen/09/2015分离自活禽交易市场、A/chicken/Xiamen/10/2015分离自某养殖场)进行全基因序列扩增、测定及分子生物学分析。结果显示:2株分离株的8个基因片段来自3个不同亚群;M、NP基因与安徽、江西、江苏(泰州)H7N9亚型禽流感分离株高度同源;6个基因出现毒力增强,以及与耐药性、哺乳动物嗜性相关的突变。研究结果提示,H9亚型与H7亚型流感病毒间存在基因重组风险,H9N2亚型禽流感病毒的流行会对公共卫生产生潜在安全隐患。     

14株H9N2亚型禽流感病毒分离株的HA和NA基因序列分析

为了解浙江省H9N2亚型禽流感病毒(AIV)血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因的分子特征和遗传变异情况,本试验对2012—2021年分离到的14株H9N2亚型AIV分离株进行HA和NA基因序列测定和分析。结果显示：14株分离株的HA和NA基因均属于Y280分支,HA核苷酸同源性为91.5%～99.4%,NA核苷酸同源性为89.0%～98.7%,其与疫苗株CK/SS/94、CK/F/98、CK/6/96和CK/1/00的HA核苷酸同源性为86.0%～91.1%。14株分离株HA蛋白裂解位点氨基酸组成均为RSSR↓GLF;受体结合位点主要表现为K141N、A142T、T155N、H183N和V190T突变,其中第226位和第228位全部为L和G,可与α-2,6唾液酸受体结合,具有感染人的特性;蛋白潜在糖基化位点均为6个,主要变异表现在第200～202位1个位点缺失和第295～297位1个位点增加;抗原相关位点主要表现为G82E、S137D、D145G、N159G、A160D、T192R和N193D突变,此外,有5株出现D160N突变。14株分离株NA蛋白存在6个潜在糖基化位点,其中1株...     

2株鹌鹑源H9N2亚型禽流感病毒HA基因序列分析

为了探究2株鹌鹑源H9N2亚型禽流感病毒(H9N2 AIV)HA基因的遗传进化关系,分别对2株鹌鹑源H9N2亚型AIV的HA基因进行了序列测定及遗传进化分析。结果显示,2株鹌鹑H9N2亚型AIV的HA基因核苷酸同源性为97.7%,与参考毒株A/Quail/wuxi/7/2010(H9N2)相比,分别为97.7%、97.0%,均属于h9.4.2进化分支(Y280-like亚群);其推导氨基酸裂解位点均为PSRSSR↓GL,属于低致病性AIV;均存在8个相同的潜在糖基化位点,第313位的糖基化位点正好位于HA蛋白裂解位点附近,可能影响HA的裂解,改变AIV的毒力;受体结合位点第234位均为L,具有结合哺乳动物唾液酸α-2,6受体的特征。结果表明,2株鹌鹑H9N2亚型AIV均为低致病性AIV,但具有感染人的特征,其HA基因均属于大陆H9N2亚型AIV流行谱系的h9.4.2分支。     

一株H9N2亚型禽流感病毒全基因组分析

为了研究H9N2亚型AIV A/Chicken/Guangdong/333/2008的全基因组序列变异情况,试验利用RT-PCR方法扩增出该病毒的8个基因序列,并应用DNAStar和MEGA4.0软件分析所得基因序列。结果表明:该病毒HA基因的第226位氨基酸由Q(Gln)变为了L(Leu),其NP基因与Viet Nam/1203/2004(H5N1)的NP基因同源率最高。说明该病毒已具备了感染哺乳动物的分子特征,并可能在遗传演化过程中突变为高致病性的禽流感病毒(AIV)。     

2株云南H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因序列分析

在2019年1月-2019年6月对云南出现呼吸道疫病的57个鸡场进行H9亚型禽流感检测的基础上,选取石林和楚雄2个H9亚型禽流感阳性样品进行病毒分离。从分离的H9N2亚型禽流感病毒感染鸡胚尿囊液中提取总RNA,采用特异性引物经反转录PCR分别扩增HA和NA基因,PCR产物纯化后进行测序。序列比对及系统发育分析结果表明,云南2株H9N2毒株HA基因核苷酸序列同源性为94.2%,NA基因核苷酸序列同源性为93.6%,系统进化分析表明云南H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因均属于欧亚谱系中的类ADKHKY28097分支（Y280-like）,ACKYN12019和ACKYN72019 HA基因之间的同源性为94.3%,与参考毒株ACKJX2448的同源性最高,为95.6%~98.5%,与中国流行的H9N2代表株和疫苗株同源性较低。HA蛋白333-340位裂解位点为PSRSSR↓GLF,具有低致病性禽流感病毒分子特征,受体结合位点均发生E198T和Q234L的突变,具有人样受体结合特征,在29、141、298、305、313、492位氨基酸有6个糖基化位点。ACKYN12019和ACKYN72019 NA基因同源性为93.6%,与Y280-like代表毒株的同源性分别为97.1%~97.5%和93.7%~94.6%,NA蛋白缺失63、64、65位氨基酸,在44、69、86、146、200、234位氨基酸处存在6个潜在的糖基化位点,NA蛋白红细胞结合（HB）位点分析发现,368-369、399-403、432位氨基酸处存在变异。研究结果显示,H9N2亚型禽流感病毒一直处于不断的变异之中,故应加强其监测与防控。     

2株云南H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因序列分析

在2019年1月-2019年6月对云南出现呼吸道疫病的57个鸡场进行H9亚型禽流感检测的基础上,选取石林和楚雄2个H9亚型禽流感阳性样品进行病毒分离。从分离的H9N2亚型禽流感病毒感染鸡胚尿囊液中提取总RNA,采用特异性引物经反转录PCR分别扩增HA和NA基因,PCR产物纯化后进行测序。序列比对及系统发育分析结果表明,云南2株H9N2毒株HA基因核苷酸序列同源性为94.2%,NA基因核苷酸序列同源性为93.6%,系统进化分析表明云南H9N2亚型禽流感病毒HA和NA基因均属于欧亚谱系中的类ADKHKY28097分支(Y280-like),ACKYN12019和ACKYN72019 HA基因之间的同源性为94.3%,与参考毒株ACKJX2448的同源性最高,为95.6%～98.5%,与中国流行的H9N2代表株和疫苗株同源性较低。HA蛋白333-340位裂解位点为PSRSSR↓GLF,具有低致病性禽流感病毒分子特征,受体结合位点均发生E198T和Q234L的突变,具有人样受体结合特征,在29、141、298、305、313、492位氨基酸有6个糖基化位点。ACKYN12019和ACKYN72019 NA基因同源性为93.6%,与Y280-like代表毒株的同源性分别为97.1%～97.5%和93.7%～94.6%,NA蛋白缺失63、64、65位氨基酸,在44、69、86、146、200、234位氨基酸处存在6个潜在的糖基化位点,NA蛋白红细胞结合(HB)位点分析发现,368-369、399-403、432位氨基酸处存在变异。研究结果显示,H9N2亚型禽流感病毒一直处于不断的变异之中,故应加强其监测与防控。     

H9N2亚型禽流感病毒新疆油鸡分离株NS基因序列测定及进化生物信息分析

为了明确新疆油鸡H9N2亚型禽流感病毒(AIV)非结构蛋白基因NS的遗传进化情况,本研究采用RT-PCR方法对新疆油鸡分离株的NS基因进行了克隆和序列测定,获得NS蛋白的完整编码序列。将NS基因的核苷酸序列和对应的氨基酸序列与GenBank中已经公布的参考序列进行同源性比较,结果表明,新疆油鸡分离株的NS基因与国内其他物种稳定存在的H9亚型AIV A/Chicken/Beijing/1/1994的NS基因处于同一分支,在系统进化上属于NS基因的A等位基因群。     

H9N2亚型禽流感病毒血凝素基因序列的初步分析

禽流行性感冒 ,简称禽流感 (ＡｖｉａｎＩｎｆｌｕｅｎｚａ ,ＡＩ)是由正黏病毒科、流感病毒属、Ａ型流感病毒所引起的禽类的感染和/或疾病综合症 ,被国际兽疫局确定为Ｉ类烈性传染病 ,并被列入国际生物武器公约动物传染病名单。ＯＩＥ根据对家禽所造成的疾病程度 ,将禽流感划分为高致病禽流感ＨＰＡＩ和低致病禽流感ＬＰＡＩ。Ｈ9Ｎ2亚型禽流感病毒 ,属低致病力禽流感病毒。 1994～ 1999年期间 ,该亚型病毒在全球呈广泛流行趋势 ,且危害日趋严重。中国在 1994年 ,由陈伯伦等[1] 人报道 ,在广东某鸡场的蛋鸡中分离到我国第 1株Ｈ9Ｎ2亚型禽…     

H9N2亚型禽流感病毒河南分离株的全基因克隆及序列分析

为了研究H9N2亚型禽流感病毒的基因组变异情况,试验以一株2015年在河南省分离的H9N2亚型Ck/HN/12/15为研究对象,用RT-PCR方法扩增病毒基因组的8个基因片段并进行克隆和测序,将测序结果与Gen Bank公布的H9N2参考毒株序列进行比对分析,绘制各基因片段的进化树。结果表明:分离株的PB1、PA、NP、NS基因与1998年中国上海鸡源毒株Ck/SH/F/98(H9N2)归于同一进化分支,核苷酸序列同源性分别为93.57%、90.48%、87.66%和86.64%。分离株的HA、NA基因与1997年中国香港鸭源毒株Dk/HK/Y280/97(H9N2)属同一个进化分支,核苷酸序列同源性分别为87.62%和85.32%。该毒株裂解位点处的序列是PSRSSR,符合低致病性禽流感病毒的分子特点。该株HA基因的226位(对应H3亚型位置)氨基酸为Leu,更易与哺乳动物唾液酸受体结合。说明应该做好对此类H9N2亚型禽流感病毒免疫防控工作,避免在人和禽类之间传播。     

H9N2亚型禽流感病毒西藏分离株的全基因组遗传进化分析

根据GenBank登陆的H9N2亚型AIV全基因组序列,设计了8对引物,运用RT-PCR的方法获取了3株H9N2亚型AIV西藏分离株A/Chiken/Tibet/S1/2009、A/Duck/Tibet/S2/2009和A/Chiken/Tibet/S4/2009的8个基因序列,并对所得序列进行同源性及遗传进化分析.结果显示,分离毒株的各基因片段均有完整的开放阅读框,HA基因裂解位点处均为RSSR/G,符合低致病性禽流感的特征;3株西藏分离毒株之间同源性为98%～99%,可能起源于同一种系;各分离毒的HA、NS和NA基因与欧亚分支A/Chiken/Beijing/1/94分支中的A/Duck/HongKong/Y280/97遗传距离最近,而M、NP、PA、PB1和PB2基因与欧亚分支中另一分支A/Quail/HongKong/G1/97群系遗传关系近.由此可见3株分离株的各基因所属分支不具有统一性,说明本研究所分离的3株H9N2亚型AIV西藏分离毒株可能是来源于不同亚系AIV的毒株在感染同一种宿主时发生基因重排的产物.     

H9N2禽流感病毒中国分离株血凝素基因序列的初步分析

10株中国H9N2禽流感病毒分离株的血凝素基因分析表明，这些分离株间的亲缘关系较近，推测它们可能来源于同一种系，H9亚型分离株的HA1亚单位系统发育分析表明中国AIV分离株与97香港禽类市场上分离到的毒株不同，中国分离株中在HA切割位点上均未见到典型的高致病力毒株H5、H7所具有的一系列碱性氨基酸，其排列均为－PARSSGLF－，系统发育分析表明该10株属欧亚种系。     

1株天鹅源H3N2亚型禽流感病毒的全基因序列分析

为了调查动物园动物禽流感病毒的携带情况,从扬州市动物园采集了106份野禽类新鲜粪便棉拭子样品,进行SPF鸡胚接种、HA/AI试验鉴定、空斑纯化以及HA、NA、PB1、PB2、PA、NP、M、NS共8个片段扩增及测序分析。结果表明,分离到1株H3N2亚型禽流感病毒,分离率为0.94%,命名为A/Swan/Yangzhou/YZS1084/2019(H3N2)。HA基因裂解位点只有1个碱性氨基酸,符合低致病性禽流感的特征;携带242Q和244G的HA受体结合位点具有优先结合唾液酸α-2,3受体的能力,具有典型禽源特征。在扬州首次分离到的该病毒的8个基因片段均属于欧亚分支,与猪源和人源的毒株差异较大;8个基因片段来源均不相同,具有明显的遗传多样性。     

3株H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列进化分析

为明确3株不同源性的H9N2亚型禽流感病毒(AIV)A/Chicken/Jilin/22/13(简称JL22)、A/Chicken/Jilin/24/13(简称JL24)、A/Duck/Jilin/37/13(简称JL37)基因组的遗传变异情况,本试验采用RT-PCR技术,分别扩增出3株AIV的8个基因片段,克隆后进行序列测定。结果显示,3株H9N2亚型AIV的主要致病基因均属于经典的欧亚种系。氨基酸比对发现JL22的HA氨基酸序列与A/Chicken/Hong Kong/G9/97和A/Duck/Hong Kong/Y280/97的HA氨基酸序列相比,在551位多了1个潜在糖基化位点。JL22、JL24、JL37的HA序列,在226位的氨基酸残基均为Leu,具有同哺乳动物唾液酸受体结合的特性,说明对人的感染性增强。M基因在31位上均发生了Asn取代Ser的现象,说明这些病毒对金刚烷胺产生了耐药性。由系统进化树可知3株毒株亲缘关系较远,各个基因所属分支也不具有统一性,且部分基因分别与鸡源、鸭源和猪源3种源性流感病毒株高度同源,推测这3株毒株是不同动物不同毒株经过长时间进化而发生自然重排的产物。     

云南2株H4N6亚型禽流感病毒株的分离与鉴定

采集家禽喉气管作为检测样品,用甲型流感病毒M基因检测引物进行RT-PCR检测,确定样品为甲型流感病毒感染。用已建立的PCR法检测H5、H9亚型及新城疫结果为阴性。在9日龄鸡胚中进行病毒分离培养,收集48 h后死亡鸡胚尿囊液进行血凝和血凝抑制试验,有血凝效价但不能被H5、H7、H9和新城疫阳性血清抑制。为进一步确定病毒的亚型,用甲型流感病毒血凝素基因通用引物进行RT-PCR扩增、克隆及测序,将测得的HA基因序列与血凝素亚型标准序列进行比对,同源性为34.9%～87.3%,与H4亚型的同源性为87.3%;设计神经氨酸酶基因测序引物,将所测序列与神经氨酸酶亚型标准序列进行比对,同源性为47.7%～90.8%,与N6亚型的同源性高达90.8%。通过进行HA和NA基因序列比对,可以确定试验所分离到的2株甲型流感毒株为H4N6亚型禽流感病毒。     

H9N2亚型禽流感病毒上海分离株生物学特性鉴定

本研究采用HA试验、HI试验、EID50试验及抗原差异R值的测定比较分析了上海地区2002～2008年间分离的7株H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的抗原性,探讨H9N2亚型AIV上海分离株的抗原性变化和进化关系,为流感疫苗株的合理选择、流感疫情的扑灭提供理论上的指导.