伯氏疏螺旋体TaqMan-MGB探针荧光定量PCR方法的建立及对新疆地区蜱的检测

为建立一种TaqMan-MGB探针实时荧光定量PCR方法,来快速、特异地检测伯氏疏螺旋体,根据GenBank发表的伯氏疏螺旋体16SrRNA序列,应用分子生物学软件进行比对,选取保守序列设计特异性引物及TaqMan-MGB探针,并优化荧光定量PCR反应体系及条件,分别对大肠杆菌、沙门氏菌及钩端螺旋体进行扩增;构建伯氏疏螺旋体标准株16SrRNA基因片段阳性质粒,10倍系列稀释后进行real-time PCR扩增,测定该方法的敏感性。结果可见:仅伯氏疏螺旋体出现阳性扩增,而大肠杆菌、沙门氏菌及钩端螺旋体扩增均为阴性;该方法对阳性质粒的检测限约为100 copies/μL。应用该方法对新疆地区的100份蜱DNA样本进行检测,发现7份为伯氏疏螺旋体阳性。结果表明,本研究建立的TaqMan-MGB探针荧光定量PCR方法具有较高的特异性及良好的敏感性,为今后伯氏疏螺旋体的快速诊断及流行病学调查提供了技术支撑。     

兔源性肺炎克雷伯氏菌PCR检测方法的建立

试验拟通过建立兔源性肺炎克雷伯氏菌的PCR检测方法,为规模化兔场肺炎克雷伯氏菌的检测提供理论依据。以肺炎克雷伯氏菌的保守序列khe基因设计特异性引物,建立PCR反应体系,并对反应条件进行优化。选择不同菌株进行PCR扩增来检测该方法的特异性。接着对不同浓度的肺炎克雷伯氏菌DNA进行PCR扩增,以检测该方法的敏感性。对PCR反应体系和反应条件进行优化,结果显示当引物浓度为50μmol/L,退火温度为52℃时,特异性条带最亮。特异性试验结果显示只有肺炎克雷伯氏菌有特异性条带出现。敏感性试验结果显示建立的PCR检测方法能检测出的DNA最低浓度为1.83 ng/μL。研究所建立的PCR检测方法具有良好的敏感性和特异性,适合肺炎克雷伯氏菌的检测。     

牛、羊布鲁菌多重PCR方法的建立与应用

根据布鲁菌属特异性基因BCSP31和布鲁菌种间特异性标志IS711插入序列,设计合成了3对引物,以牛种布鲁菌544A、104M和羊种布鲁菌16M基因组DNA为模板,通过优化反应条件,建立了可同时检测布鲁菌属、牛种布鲁菌和羊种布鲁菌的多重PCR方法。牛种布鲁菌可扩增出301和114 bp 2条带,羊种布鲁菌可扩增出301和253 bp 2条带,该方法对牛种布鲁菌544A和羊种布鲁菌16M混合DNA模板的最小检出量为100 pg,对大肠杆菌O157∶H7、小肠结肠炎耶尔森菌等15种参照菌的核酸扩增结果均为阴性。应用该方法对吉林省某牛场的106份粪便进行检测,虎红平板凝集试验作对照,结果PCR检测9份为阳性,且全为牛种布鲁菌阳性,对应的虎红平板凝集试验也为阳性。结果表明,建立的多重PCR方法具有良好的敏感性和特异性,为布鲁菌病的鉴别诊断提供了一种分子检测工具。     

牛布鲁菌病荧光偏振检测方法敏感性和特异性评估

本文是对荧光偏振试验(FPA)应用于牛布鲁菌病检测时的敏感性和特异性进行评估.对3 022份布鲁菌病阴性血清和300份布鲁菌病阳性血清进行FPA检测,结果3 022份阴性样品经FPA检测为阳性的样品数有1 3份,FPA的特异性为99.6％ (3009/3022);300份阳性血清样品,经FPA检测有6份样品检测为阴性,敏感性为98％(294/300).FPA方法简便、快速、通量大,特异性和敏感性都较高,极适合于大批量牛布鲁菌病检疫、筛查和疫病监控.     

羊泰勒虫PCR检测方法的建立和初步应用

利用羊泰勒虫18SrRNA基因的序列特点,设计合成种特异性引物,建立羊泰勒虫PCR检测方法,该方法能特异性扩增398bp的羊泰勒虫18SrRNA基因片段,而对羊巴贝斯虫、羊无浆体、牛环形泰勒虫和牛伊氏锥虫的基因组DNA没有扩增带出现。对羊泰勒虫基因组DNA的最小检测量为0.12fgDNA。通过检测124份临床样品,24份为羊泰勒虫感染阳性,其余为阴性。结果表明,建立的PCR检测方法具有极高的敏感性和特异性,可用于羊泰勒虫病和临床健康带虫羊的诊断。     

双重RT-PCR同时快速检测H5亚型禽流感病毒和新城疫病毒强毒株

本研究针对AIV H5的血凝素(HA)基因和vNDV的融合蛋白(F)基因设计两对引物,建立了单管同时检测AIVH5和vNDV的双重RT-PCR(dRT-PCR),该方法能在单一反应管内同时检测AIVH5和vNDV,不与其它亚型AIV、弱毒NDV毒株以及其它病原体发生非特异性扩增;对含有AIV H5 HA基因和vNDV F基因重组质粒DNA的最低检测限分别为20.6和406fg,敏感性与单项RT-PCR相同;从样本处理到报告结果仅需5h。对24份临床疑似样本进行检测,AIVH5均为阴性,vNDV阳性18份,PCR产物测序证明为靶基因序列,其具有vNDV F基因的特征性序列,随机选9份vNDV阳性样本接种SPF鸡胚,分离出6株vNDV,病毒分离率为6/9;对100 ELD50的AIV H5N1和100 ELD50的vNDV人工同时感染5日龄SPF鸡的脑、肝脏、肺脏和泄殖腔棉拭子进行dRT-PCR检测,AIV H5的检测率为4/5,3/5,5/5,4/5,vNDV的检测率为3/5,5/5,4/5,3/5,而对H9N2和LaSota毒株实验同时感染样本及阴性对照样本的检测均为阴性。可见本研究建立的dRT-PCR为AIV H5和vNDV诊断、监测、检疫及分子流行病学调查提供了特异性强、操作简单、检测速度快、成本低廉的新方法。     

食蟹猴志贺氏菌、沙门氏菌和小肠结肠炎耶尔森氏菌多重PCR检测方法的建立及初步应用

根据志贺氏菌属侵袭性质粒抗原H(ipa H)基因、沙门氏菌属特异性基因和小肠结肠炎耶尔森氏菌(ail)毒力基因,分别设计3对特异性引物,通过优化、调整PCR条件,建立了一种能同时检测食蟹猴3种致病菌的多重PCR检测方法。临床初步应用于检测137例食蟹猴肛拭子样品137份,检出志贺氏菌属阳性12株,沙门氏菌属阳性1株,小肠结肠炎耶尔森氏菌阳性1株,与传统细菌培养生化鉴定方法检测结果一致。本试验建立的多重PCR方法具有快速、准确、简便、灵敏、稳定性高等优点,具有较高的实际应用价值,为食蟹猴腹泻病原菌提供了新的快速检测方法。     

荧光定量PCR检测硬蜱体内莱姆病螺旋体的研究

为建立一个荧光定量PCR检测硬蜱体内莱姆病螺旋体的方法,根据GenBank登录的莱姆病螺旋体鞭毛蛋白FlaB序列,应用生物学软件进行序列比对,在保守的C段区设计与筛选特异引物和TaqMan探针。对荧光定量PCR反应体系与条件进行优化,验证方法的特异性、敏感性,并通过对感染螺旋体的蜱样本的检测,评价该方法的实用价值。结果显示,自然感染莱姆病螺旋体的35份蜱标本检测阳性符合率100%,正常蜱20份标本的检测结果均为阴性。该方法对牛巴贝斯原虫、泰勒原虫、边缘无浆体、金龟子绿僵菌、大肠杆菌等蜱体常见病原微生物所抽提的DNA的检测均呈阴性。荧光定量PCR方法检测质粒的灵敏度可达1×102拷贝/μL。TaqMan荧光定量PCR方法检测硬蜱体内莱姆病螺旋体具有较好的敏感性和特异性,可适于莱姆病的流行病学调查和监控。     

猪圆环病毒病PCR检测方法的建立与应用

根据猪圆环病毒2型(PCV_2)基因(Rep基因)保守序列设计1对引物P1和P2,扩增700 bp的目的片段,该方法对猪细小病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒均成阴性,但可以特异地检测出PCV_2;本法能检测出1.80 ng/μL圆环病毒的DNA。对扩增目的片段测序,结果显示,扩增片段属于PCV_2。应用本方法对14份临床样本进行检测,结果表明,阳性样本为6份。本研究结果表明,本试验建立的PCR方法检测PCV_2具有较好的敏感性和特异性,可用于PCV_2感染疑似病例的诊断及分子流行病学调查。     

3种病原菌多重IMS-荧光RPA检测体系的建立及初步应用

建立一种同时检测沙门氏菌、大肠杆菌O157:H7和布氏杆菌的快速、灵敏、高通量的检测方法。利用特异性免疫磁珠,在37℃条件下从200 mL样液体系中循环捕获目标致病菌。磁珠液提取DNA后,对3种病原菌进行多重IMS-荧光RPA检测。结果表明:针对沙门氏菌、大肠杆菌O157:H7和布氏杆菌的检测限分别达到3.0、4.5和8.7 CFU/mL。使用新建多重IMS-荧光RPA方法对人工感染60份皮张、毛皮纺织品DNA样本进行扩增,结果显示与预期结果一致;对60份公共场所收集的皮张、毛皮、纺织品DNA样本进行扩增,结果显示有2个样本沙门氏菌阳性、1个样本大肠杆菌O157:H7阳性,3份阳性样品送测序,测序结果与GenBank检索沙门氏菌、大肠杆菌O157:H7 DNA序列一致。得出结论:建立的多重IMS-荧光RPA检测体系灵敏度、特异性、准确度符合要求,能够在2 h内完成对3种病原菌检测,可以作为快速应对此三类病原菌安全突发事件的检测手段。     

牛分枝杆菌特异性PCR检测方法的建立及初步应用

根据已发表的牛分枝杆菌的pncA的基因序列，设计和合成了一对可扩增294bp目的片段的引物，建立了特异性检测牛分枝杆菌的PCR方法。对牛分枝杆菌国际参考株和国内分离株成功扩增出294bp的特异性基因片段；对人结核分枝杆菌、副结核分枝杆菌、鸟胞内分枝杆菌和草分枝杆菌DNA的PCR扩增结果均为阴性。本PCR方法检测的敏感度可达到50pg。对10份牛分枝杆菌培养阳性和10份阴性样品的DNA分别进行了PCR检测，结果10份阳性样品中有9份样品为PCR扩增阳性，阳性符合率为90％（9／10）；而10份阴性样品则PCR扩增全部为阴性，阴性符合率为100％（10／10）。本方法可做为牛分枝杆菌的快速检测和流行病学调查的工具。     

动物产品中猪源性和牛源性成分双重荧光PCR检测方法的建立

[目的]建立双重荧光PCR法,检测动物产品中猪、牛源性成分。[方法]分别针对猪、牛线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）种间保守基因,设计特异性引物与探针,通过对反应体系和反应条件的优化筛选,建立了双重荧光PCR方法,在同一个荧光PCR反应中完成2种动物源性成分的检测。并对该方法的特异性、敏感性进行评估。[结果]对16种不同的动物DNA进行检测．仅猪、牛源性成分收集到相应的典型的S型扩增曲线,对猪、牛二联模板的检测,可同时收集到相应模板的扩增曲线．其余14种动物源性成分未发现扩增曲线。双重荧光PCR对猪肉、牛肉模板的最低检出限均为10^-5,与相应的单重荧光PCR方法的检出限一致。[结论]该方法特异性强,敏感性高,适用于肉制品、奶制品、饲料等动物源性产品的检测。     

羊多杀性巴氏杆菌与布鲁氏菌双重套式PCR检测方法的建立及应用

为了建立一种高灵敏度和强特异性的羊多杀性巴氏杆菌与布鲁氏菌的双重检测方法,根据多杀性巴氏杆菌kmt1基因序列和布鲁氏菌BCSP31基因序列分别设计了内外两对引物,构建了双重套式PCR检测方法。结果表明,该方法可以特异性扩增kmt1和BCSP31片段,并能从多种组织样本的DNA中准确检测到多杀性巴氏杆菌与布鲁氏菌的核酸片段。检测沙门氏菌、猪链球菌、大肠埃希氏菌、金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、海藻糖巴氏杆菌和斯氏假单胞菌均为阴性;对于kmt1的检测下限为70.9 copies/μL,对于BCSP31检测下限为89.5 copies/μL;用于检测动物的组织样本符合率为100%。建立的方法有良好的敏感性、特异性和适应性,可以用于动物检疫诊断。     

猪圆环病毒2型PCR检测方法的建立及其在临床检测中的应用

选择猪圆环病毒2型(PCV-2)基因保守区设计1对引物P1和P2,扩增536 bp的片段,该方法可以特异地检测出PCV-2的DNA,而对猪细小病毒、猪瘟病毒、猪伪狂犬病毒及未接PCV-2的PK-15细胞均呈阴性;该法能检测出29 ng/L的病毒DNA。对扩增片段进行测序,结果表明扩增片段属于PCV-2。应用该方法对2008年度上海及周边地区送检的91份临床样本进行了PCV-2的检测,结果表明,阳性样本为52份,阳性率为57.14%。研究结果表明,建立的PCR方法检测PCV-2具有较好的敏感性和特异性,可用于PCV-2感染疑似病例的诊断及其分子流行病学调查。     

鸭疫里默菌环介导等温扩增检测方法的建立

采用对应于鸭疫里默菌16SrRNA基因442~461bp序列的5条特异引物,建立了环介导等温扩增(LAMP)反应体系,加入试剂盒提取的鸭疫里默菌DNA后,置63℃反应60min,通过监测反应液浊度判断结果。在此基础上,用煮沸10min的方法代替试剂盒提取DNA方法,并用显色方法代替浊度检测和琼脂糖凝胶电泳方法判断结果,通过敏感性、特异性、病原消长规律试验验证方法的准确性。另外,对临床采集的135只患病鸭的心血、脑组织、肝脏和心脏共540份样品提取DNA后,用LAMP和PCR进行检测,同时进行细菌分离和鉴定,比较各种方法检测结果的符合率。结果显示,菌液提取DNA后,LAMP和PCR方法最低分别可检测到2和10个CFU的鸭疫里默菌。菌液煮沸代替试剂盒提取DNA方法,使LAMP的敏感性降低5倍。显色法、浊度检测和琼脂糖凝胶电泳方法判断结果的敏感性和特异性相同。细菌分离法共获得201株鸭疫里默菌,且经LAMP与PCR法检测均呈阳性,LAMP与PCR法检出阳性样本总数分别为271和254份,LAMP方法阳性检出率高于PCR方法。建立的鸭疫里默菌LAMP检测方法具有较高的敏感性,进一步用菌液煮沸方法代替DNA提取法虽然使敏感性降低5倍,但节省了DNA提取步骤,再结合显色技术使反应结果直观可见,使其临床应用更加便捷。     

布鲁菌属PCR检测方法的建立与初步应用

根据GenBank中的布鲁菌属特异性基因序列BCSP31设计1对引物,以牛种布鲁菌544A、牛种布鲁菌104M、羊种布鲁菌16M和猪种布鲁菌S2基因组DNA作为模板,进行PCR扩增。优化PCR的反应条件,并对方法的特异性、敏感性及适用性进行验证。结果显示,PCR可扩增得到287 bp的目的基因条带,测序结果与已发表的序列同源性达100%。该方法对牛种布鲁菌544A的最小检出量为0.16 pg,对大肠杆菌O157∶H7、小肠结肠炎耶尔森菌等15种参照菌的核酸扩增结果均为阴性。建立的PCR方法具有快速简便、特异性强、敏感性高等特点,为布鲁菌的实验室诊断和流行病学调查奠定了基础。     

胞内劳森氏菌PCR检测方法的建立与应用

为建立一种适用于临床检测胞内劳森氏茵(Lawsonia intracellularis,LI)的检测方法,本研究通过比较提取粪便样品基因组DNA的不同方法,结合PCR方法特异性扩增aspA基因检测临床样品中的LI.敏感性试验表明,阳性样本最低检出量为1.7×102 copie/μL;特异性试验表明,该方法对大肠杆菌、沙...     

BVDV一步法双重荧光RT-PCR检测方法的建立及应用

为实现对牛病毒性腹泻病毒(bovine viral diarrhea virus,BVDV)的快速检测和分型,本试验根据GenBank已发表的BVDV1和BVDV2 5′UTR基因特异性保守区域设计特异性引物和探针,以体外转录病毒RNA作为模板,建立了BVDV1和BVDV2一步法双重荧光RT-PCR方法。结果显示,双重荧光RT-PCR对BVDV1和BVDV2的检测下限均为102拷贝;具有较强的特异性,对口蹄疫病毒、猪瘟病毒、Hobi样病毒、牛传染性鼻气管炎病毒、施马伦贝格病毒等病毒核酸的扩增均为阴性;BVDV1和BVDV2的扩增均在102~107拷贝内呈现良好的线性关系,标准曲线的相关系数(R2)分别为0.999和0.998;方法重复性好,BVDV1和BVDV2的变异系数(CV值)分别在0.68%~1.87%和1.25%~1.90%。本试验对665份样品进行检测,共检出BVDV阳性样品45份,其中BVDV1阳性样品39份,BVDV2阳性样品5份,BVDV1和BVDV2均阳性样品1份。结果表明,本试验建立的BVDV一步法双重荧光RTPCR方法敏感性高、特异性强、重复性好,可广泛应用于BVDV的快速检测、分型和流行病学调查。     

基于重组酶介导扩增技术诊断鸭瘟方法的建立

以具有种属特异性的鸭瘟病毒gC基因为靶基因,设计引物和荧光标记探针,使用重组酶介导扩增方法(Recombinase aid amplification assay,RAA),39℃恒温扩增,建立了检测鸭瘟病毒的普通和荧光RAA方法。该方法具有良好特异性,仅对鸭瘟病毒检测结果为阳性,而与番鸭细小病毒、小鹅瘟病毒、禽传染性喉气管炎病毒、马立克氏病毒、鸭源沙门菌、鸭源大肠杆菌O157无交叉反应。普通和荧光RAA方法的灵敏度分别为100 copies/μL和10 copies/μL,对28份留存的鸭瘟阳性组织样本和84份疑似鸭瘟临床样品检测结果表明建立的方法与商业化PCR试剂盒的符合率为100%。结果表明,RAA方法实现常温扩增、操作简单、费用低廉、无需热循环过程,是一项具有广泛前景的方法。     

4种肠道致病菌的多重荧光定量PCR快速检测方法的建立

根据沙门菌的invA基因、弗氏枸橼酸杆菌的ldh基因、奇异变形杆菌的ureR基因和迟缓爱德华菌的fimA基因的保守序列,分别设计合成4对特异性引物和4个Taqman探针,通过对PCR反应体系的优化,并对该方法的特异性、敏感性进行评估,建立了一种能同时检测沙门菌、弗氏枸橼酸杆菌、奇异变形杆菌、迟缓爱德华菌的四重荧光定量PCR快速检测方法。该方法可特异性的检测到4种目标菌株的单一模版及混合模板,未发现不同成分间的交叉反应,最低检出限均为103cfu/mL;对22种非目标病原菌进行检测均为阴性。本研究建立的四重荧光定量PCR检测方法灵敏度高、特异性强,可用于上述4种致病菌的同时快速检测。