猪瘟病毒检测用寡核苷酸芯片探针的筛选

猪瘟(CSF)是由猪瘟病毒(CSFV)引起的一类动物传染病,给养猪业造成的危害非常严重。目前猪瘟的诊断依靠一些常规诊断技术,存在所需时间长、工作量大、难以统一技术操作规范等缺点,不能满足快速检疫、诊断的需要。随着分子生物学研究的进一步深入,基因芯片技术以其高通量、微量化     

用于诊断4种猪病毒病的寡核苷酸芯片的研制

制备可同时检测引起集约化养猪业常见4种传染病，病毒（猪流感病毒、口蹄疫病毒、猪伪狂犬病毒、猪蓝耳）的寡核苷酸芯片。根据4种猪疫病病毒特异性基因的保守区域设计合成了60mer寡核苷酸探针，制备寡核苷酸芯片。采用不对称PCR和间接荧光标记技术进行单链DNA扩增和荧光标记，标记样品与寡核苷酸芯片杂交后，进行芯片清洗、扫描及结果分析。杂交结果显示，4种病毒的寡核苷酸检测探针均特异地与相应的标记样品杂交，芯片上呈现较强的阳性杂交信号，而除阳性质控探针外，阴性对照和空白对照均检测不到荧光信号。证明寡核苷酸芯片适用于快速、准确、高通量地诊断影响集约化养猪业的多种猪疫痛病毒。     

应用cDNA微阵列芯片技术筛选猪蛔虫性别差异表达基因的研究

采用cDNA微阵列芯片技术，从所构建的猪蛔虫雌、雄成虫cDNA消减文库分别挑取1044和1119个克隆，PCR扩增其插入片段，经纯化后点样于预先处理好的基片上（双点杂交），制备成cDNA微阵列芯片。将分别标记荧光素Cy3-dUTP和Cy5-dUTP的雌虫和雄虫cDNA探针，与制备好的cDNA芯片杂交（平行进行反标杂交试验）。根据每个点杂交后的Ratio值，筛选出双点杂交和正反标中都同时具有表达差异的基因克隆共1559个。将表达差异最明显的前831个克隆进行测序，获得720个有效序列，经生物信息学分析发现，雄虫特异表达的主要精于蛋白和雌虫特异表达的卵巢信息蛋白的基因序列多数与新杆属线虫存在同源性，有31个可能是新的ESTs。性别差异表达基因及其相关生物信息的获得为下一步研究基因功能奠定了基础。     

猪3种重要病毒寡核苷酸芯片诊断方法的建立

将猪细小病毒(PPV)、猪圆环病毒-Ⅱ(PCV-2)、猪瘟病毒(CSFV)分别应用生物信息学方法,针对病毒基因组保守序列设计特异性强的60-mer寡核苷酸探针,并将其按所设计阵列固定于表面经氨基化修饰的玻片上,制备出寡核苷酸芯片.分别设计出相应的引物,对待测样本进行不对称PCR扩增,从而产生大量可与寡核苷酸探针特异性互补的单链DNA片段,并通过间接荧光标记技术使扩增产物标记上荧光染料.将标有荧光染料的扩增产物与芯片上寡核苷酸探针杂交.扫描、分析芯片上荧光信号.试验结果表明,芯片上各样本对应探针位点呈现阳性荧光信号.而阴性对照和空白对照则基本不能检测到荧光信号.不对称PCR技术制备的单链DNA片段与寡核苷酸芯片进行杂交反应可同时、快速、特异性地检测多种猪疫病病毒.     

猪瘟病毒基因分型寡核苷酸芯片方法的建立

根据猪瘟病毒（CSFV）E2基因序列,设计41条针对CSFV 3个基因群共10个亚群各亚群寡核苷酸探针。利用欧盟猪瘟诊断手册推荐的CSFV E2基因套式RT-PCR方法,在内套PCR过程中进行Cy3-dCTP掺入荧光标记,制备芯片杂交样品。用标记的PCR产物与寡核苷酸探针阵列杂交,置于GenePix 4100A扫描仪中扫描,利用Ge-nePix Pro 6.0软件分析杂交图像。特异性和灵敏度试验显示,芯片方法与本室发表的CSFV real-time RT-PCR方法的灵敏度相近,芯片探针与猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）、猪2型圆环病毒（PCV2）、猪伪狂犬病毒（PRV）样品无非特异性杂交。以包括1.1、2.1、2.2、2.3亚群的8份CSF阳性样品进行芯片的检测验证,结果表明,通过特异性的杂交图谱或杂交信号分析可准确判定样品所属的基因亚群,寡核苷酸芯片的检测结果与测序的分型结果全部符合。本研究为将寡核苷酸芯片技术用于猪瘟病毒的基因分型和分子流行病学研究奠定了基础。     

耐氟喹诺酮类病原菌gyrA基因突变的寡核苷酸芯片检测

根据大肠杆菌、沙门菌、无乳链球菌和鸡毒霉形体的gyrA基因序列，设计了通用引物和ll条寡核苷酸探针；利用点样仪将探针点在基片上，制成寡核苷酸芯片；采用PCR荧光标记靶基因，与芯片杂交，用荧光扫描仪检测信号；同时以PCR一测序法进行gyrA基因突变的检测。结果，PCR反应体系能特异性地扩增出靶基因；寡核苷酸芯片能同时检测不同病原菌GyrA第83、87位发生的突变，芯片检测结果与测序结果较为一致。结果表明，使用寡核苷酸芯片技术检测病原菌耐氟喹诺酮类基因突变是可行的；研究结果为基因芯片技术应用于兽医临床耐药性检测提供了基础。     

应用寡核苷酸芯片检测猪口蹄疫病毒的初步研究

本研究根据口蹄疫病毒(FM DV)基因组序列保守区,设计合成2对引物,通过RT-PCR方法筛选出特异引物,用Cy3标记下游引物5′端;针对这个基因片段,设计合成4条寡核苷酸探针,开展靶基因扩增和克隆、阳性质粒构建、芯片杂交与反应条件优化以及芯片灵敏度和特异性分析等试验研究,建立FM DV的基因芯片检测方法,同时应用该芯片检测了现地标本39份,证明该芯片的灵敏度高、特异性好,可以准确检测出猪口蹄疫病毒,为建立猪病基因芯片诊断技术平台奠定基础。     

DNA芯片技术及应用

生物芯片是指通过机器人自动打印或光引导化学合成技术在硅片、玻璃、凝胶或尼龙膜上制造的生物分子微阵列。根据分子间特异性相互作用的原理 ,将生命科学领域中不连续的分析过程集成于芯片表面 ,构建微流体生物化学分析系统 ,以实现对细胞、蛋白质、基因及其它生物组分的准确、快速、大信息量的检测。按照芯片上固定的生物分子的不同 ,可以将生物芯片划分为基因芯片或ＤＮＡ芯片、蛋白质芯片及芯片实验室 (Ｌａｂ -ｏｎ -ｃｈｉｐ)。而从其功能不同的角度 ,生物芯片又可以分为测序芯片、表达芯片和ＣＧＨ芯片。基因芯片是生物芯片研究中 ,…     

基因芯片技术的应用

基因芯片(gene chip)也叫D N A芯片、D N A微阵列(D N A m icroarray)、寡核苷酸阵列(oligonucleotide array),是指采用原位合成(in situ synthesis)或显微打印手段,将数以万计的D N A探针固化于支持物表面上,产生二维D N A探针阵列,然后与标记的样品进行杂交,通过检测杂交信号来实现对生物样品快速、并行、高效地检测或医学诊断,由于常用硅芯片作为固相支持物,且在制备过程运用了计算机芯片的制备技术,所以称之为基因芯片技术。基因芯片技术由于同时将大量探针固定于支持物上,所以可以一次性对样品大量序列进行检测和分析,从而解决了…     

高密度SNP芯片及其对肉牛育种影响的研究进展

近年来先进的测序和基因分型技术促进了肉牛育种方法的革新。从过去低通量、耗时的限制性片段多态标记(RFLP)到如今高通量、高密度的单核苷酸多态性(SNP)标记,基因检测效率大幅提高。随着肉牛基因组序列图谱及SNP图谱的完成,基于高密度SNP标记的牛全基因组选择成了牛育种的新热点。作者立足高密度SNP芯片对肉牛育种的影响,综述高密度SNP芯片及和下一代测定技术及肉牛全基因组选择的研究进展,阐明高密度SNP芯片对多品种全基因组选择的模型的建立及准确的预测基因组育种值极其重要。     

蛋白质芯片技术研究进展

蛋白质芯片亦被称为蛋白质微阵列。除了在蛋白质间相互作用,前导药物发现等基础研究领域得到重要的应用之外,蛋白芯片技术业已被应用到疾病过程的生物标志分子发现,传染性疾病的分子诊断等应用研究领域。蛋白质芯片所具有的高通量,微型化,高自动化特征弥补和扩增了常规的分子诊断技术。     

动物疫病基因芯片诊断技术的研究进展

基因芯片(Gene Chip)又称DNA芯片或DNA微阵列(DNAmicroarray),是将大量的DNA片段按预先设计的排列方式固化在载体表面,并以此作为探针,在一定的条件下,与样品中待检测的靶基因片段杂交,通过检测杂交信号,实现对靶基因的存在、含量及变异等信息的快速检测。它是分子生物学和微细加工技术(micro fabrication technology)相结合的产物。自从1996年美国Affymetrix公司成功地制作出世界上首批用于药物筛选和实验室试验用的生物芯片,并制作出芯片系统,此后世界各国在芯片研究方面快速前进,不断有新的突破。它是生物芯片(Biochip)中发展最成…     

应用基因芯片技术检测禽4种主要疫病的研究Ⅱ.检测基因芯片的构建及制备

本试验进行了NDV—IBV—AIV—IBDV检测基因芯片的构建及制备。以构建的重组质粒为模板，用PCR方法扩增制备靶基因，异丙醇沉淀法进行纯化，制备的靶基因质量浓度可达161．88～1218．36mg／L。将靶基因以点样缓冲液稀释至100mg／L，以芯片点样仪SpotArray24将靶基因点制在氨基化基片上，样点中心间距450／Lm，样点直径220／Lm。点样基片经室温干燥2h、水合处理10s、紫外线交联25min和0．2％SDS洗涤5min等系列处理后，成功制备出检测基因芯片。试验以PCR扩增标记制备检验探针，对制备的检测芯片进行质量检验。结果表明，制备的NDV—IBV—AIV—IBDV检测基因芯片质量好，可对NDV、IBV、AIV和IBDV进行检测。     

利用猪1.4M高密度SNP芯片检测巴马香猪全基因组拷贝数变异

旨在检测巴马香猪基因组上的拷贝数变异（CNV）,并探究标记密度对于CNV检测效率和准确率的影响。本研究利用319头巴马香猪（其中阉公猪160头和母猪159头）1.4M高密度SNP芯片的数据,采用PennCNV和R-Gada两种软件进行CNVs检测;然后通过重叠CNV融合法,构建拷贝数变异区域（CNVR）,并用全基因组关联分析（GWAS）对频率大于5%的CNVR进行验证;最后根据不同的标记密度,均匀抽取一定数目的SNPs来探究标记密度对CNV检测效率和准确性的影响。结果,PennCNV和R-Gada软件分别检测到6 327和3 489个CNVs,分别构成795和340个CNVRs,其中226个为共同CNVRs。在这226个共同CNVRs中,最短的为3.98 kb,最长的为1 297.78 kb,总长度为33.27 Mb,其中102个（45%）与前人报道的CNVRs重叠。在PennCNV检出的795个CNVRs中,有135个频率大于5%,其中20个得到GWAS验证,验证率为15%。随着SNP密度的逐渐增加,CNV的检测效率和检测准确性不断提高,尤其是小片段CNVs的检测效率。本研究利用1.4M SNP芯片的数据,通过PennCNV和R-Gada软件绘制巴马香猪CNVR的草图,为将来鉴别与重要经济性状相关的CNVRs奠定了基础。同时,揭示了标记密度对CNV检测效率和准确性有正面影响,为后续CNV研究选择合适的标记密度提供了一定的参考。     

DNA芯片技术及其应用

DNA芯片技术是近年来发展起来的一项融微电子、生命科学和物理学为一体的新技术，是基于核酸杂交的理论而研制的。目前广泛应用于DNA测序、基因突变检测、基因表达研究，蛋白组学研究等多个方面，具有广泛的应用前景。     

DNA芯片技术及其应用

DNA芯片技术是近年来发展起来的一项融微电子、生命科学和物理学为一体的新技术,是基于核酸杂交的理论而研制的.目前广泛应用于DNA测序、基因突变检测、基因表达研究、蛋白组学研究等多个方面,具有广泛的应用前景.     

北方肉鸭高密度网养技术

１技术要点１．１鸭舍地面处理鸭舍地面处理方法有三种 :一是砖铺地面 ;二是水泥地面 ;三是用石灰、红土和炉灰渣混合成比例为１∶１∶２的三合土地面。鸭舍设置砖铺的人行过道 ,其宽度为０．９米。在过道两侧鸭舍底下的地面上设一宽２０～２５厘米、深１０～１５厘米的排粪沟 ,沟底及沟两侧用水泥抹好 ,并通舍外集粪池。网架下的地面要逐渐向粪沟方向倾斜 ,以利冲洗和排粪。１．２网架设计按饲养１０００只肉鸭计算 ,鸭舍３２平方米 ,跨度７米 ,高按原房舍的自然高度。每延长米设网架５．２平方米。安装网架时 ,首先在地面埋好立柱 ,距地面…     

基于高密度SNP芯片技术对中国西门塔尔牛SCD1基因与肉质性状的相关性分析

试验借助高密度SNP芯片技术在整个基因组范围内对223头中国西门塔尔牛群体进行基因分型,在SCD1基因上发现7个SNPs位点,对各SNP位点与西门塔尔牛肉质性状进行相关性分析。结果表明,SCD1基因的7个SNPs位点均与大理石花纹等级显著相关(P<0.05或P<0.01);A10050C、A13655G、C14790T和A15565G4个位点对剪切力影响显著(P<0.05);位点A13655G对肌内脂肪含量影响显著(P<0.05);位点A10050C、C14790T、A15565G不同基因型个体间脂肪颜色差异显著(P<0.05)。单体型分析结果显示,7个SNPs位点共构成6种单体型和14种单体型组合。单体型组合H3H6与高肌内脂肪含量极显著相关(P<0.01);单体型组合H6H6与优质大理石花纹极显著相关(P<0.01);单体型组合H4H6与高剪切力值显著相关(P<0.05);各单体型组合对肉色和脂肪颜色影响不显著。     

虎纹蛙高密度养殖技术

(一)建地方法 采用水泥地饲养虎纹蛙具有高产、高效、易养的特点。建池要求水源充足、水质好,避风、向阳、安静。池中食台面积占池面积的1/5,遮阳网占池面积的1/3,池高1米,水位0.2米左右,池底进水口向出水口稍倾斜。气候适宜的话,一个15平方米的标准池,3个月可产商品蛙150公斤,最高可超过450公斤。 食台的设置。其台面可用水泥板制成,下设支撑墩,使台面露出水面2～3厘米。也可用塑料泡沫板、木板等材料制作,四周设桩定位即可。