牛金黄色葡萄球菌山东分离株β-溶血素基因的克隆及序列分析

根据GenBank上发表的金黄色葡萄球菌β-溶血素基因序列,设计了一对特异性引物。提取临床乳腺炎致病性金黄色葡萄球菌山东株zfb的全基因组DNA为PCR模板,扩增β-溶血素基因,将PCR产物纯化后连接到pMD18-T载体中。测序结果表明,扩增片断含有993 bp的ORF,可编码含330个氨基酸和1个终止子的成熟蛋白,与已报道的金黄色葡萄球菌β-溶血素蛋白的氨基酸组成同源性为99.4%。软件分析显示,克隆的金葡菌β-溶血素是一种依赖于金属离子的磷脂酶。上述结果显示,已获得金黄色葡萄球菌β-溶血素基因,为获得重组金黄色葡萄球菌β-溶血素蛋白及对其结构和功能的研究奠定了基础。     

PCR检测乳品中金黄色葡萄球菌

【目的】利用PCR技术,无需增菌，直接检测乳品中的金黄色葡萄球菌。【方法】通过溶剂提取的方法从人工样品中提取模板，以金黄色葡萄球菌耐热核酸酶基因（nuc）为靶基因，经过PCR扩增得到279 bp的产物。经过DNA测序证实该产物为目的扩增产物。采用PCR方法实际检测了乳品中的金黄色葡萄球菌，同时，与国标GB 4789.10-94方法及两种快速检测致病性金黄色葡萄球菌测试片Petrifilm RSA.Count Plate 及Baird-parker+RPF Agar进行了比较。【结果】PCR方法的灵敏度高，全脂乳和脱脂乳检测的检出限为10 CFU/ml，奶酪检测的检出限为55 CFU/g，可在6 h内完成对乳品中金黄色葡萄球菌的检测，比目前普遍采用的先增菌再进行PCR检测的方法缩短了12～24 h。与国标方法相比，PCR方法的符合率为94.3％，敏感性为100％。【结论】采用溶剂提取制备模板的方法可有效的用于PCR直接检测(无需增菌)乳及乳制品中的金黄色葡萄球菌。     

原料乳中金黄色葡萄球菌环介导等温扩增(LAMP)检测方法的建立及应用

为了建立原料乳中金黄色葡萄球菌的环介导等温扩增(LAMP)检测方法,本研究根据金黄色葡萄球菌的耐热核酸酶基因(nuc)在保守区域设计特异性引物,建立LAMP检测方法,并用于原料乳中金黄色葡萄球菌的快速检测。结果表明,针对金黄色葡萄球菌的基因组DNA,使用设计合成的4条引物和建立的LAMP方法能够有效检测金黄色葡萄球菌DNA,每25.0μl反应体系的灵敏度为110.0 fg,并且此方法针对金黄色葡萄球菌具有良好的特异性。针对原料乳中金黄色葡萄球菌的污染,建立的LAMP检测方法的检测限为67 CFU/ml。本研究结果为进一步将LAMP方法应用于食品中金黄色葡萄球菌的安全检测奠定了基础。     

优化金黄色葡萄球菌基因组DNA的提取方法

为提取金黄色葡萄球菌DNA,比较了酶解法、丙酮-酶解法、玻璃珠机械法等破壁方法,确定玻璃珠破壁法为最优提取方法。该方法无需对样品进行增菌,可直接从乳品中提取金黄色葡萄球菌DNA。     

金黄色葡萄球菌TRAP基因的克隆与序列分析

参考Genbank已经发表的关于金黄色葡萄球菌TRAP蛋白的基因序列,设计合成1对引物,从本实验室保存的金黄色葡萄球菌Newman株中提取细菌DNA,对TRAP蛋白基因进行PCR扩增,产物经琼脂糖凝胶电泳分析,呈现1条约500bp的条带,回收纯化后,将其克隆至pMD18-T质粒载体中,进行核苷酸序列分析,然后与报道的TRAP蛋白基因进行比较。结果表明:所扩增的基因序列与报道的TRAP核苷酸的同源性高达100/,证实为金黄色葡萄球菌Newman株TRAP蛋白基因。     

金黄色葡萄球菌px-1 DNA芯片的制备及检测

提取金黄色葡萄球菌px—1总DNA经酶切后,与载体质粒Puc18链接,并转化E.coli DH5α,从而构成金黄色葡萄球菌px—1的基因文库。用PCR方法扩增基因文库,所得PER产物点于芯片上,从而制各px—1DNA芯片。分别提取不同盐浓度培养的px—1的总RNA,把不同盐浓度培养的px—1的总RNA反转录为DNA,用Cy3,CY5分别标记反转录的DNA。通过杂交检测芯片,并获得杂交图像。     

金黄色葡萄球菌蛋白A基因的克隆

[目的]获得SPA蛋白的IgG结合结构域的基因克隆。[方法]采用优化的CTAB法提取金黄色葡萄球菌基因组DNA,通过PCR扩增获得SPA基因。[结果]金黄色葡萄球菌基因组DNA的纯度较高,完整性好,扩增获得了SPA基因。[结论]改进的CTAB法适用于金黄色葡萄球菌DNA的提取．且成功地获得了SPA基因。为进一步构建SPA非融合表达奠定了基础。     

金黄色葡萄球菌fbB基因D2-D3编码区克隆及其植物表达载体构建

金黄色葡萄球菌是引起奶牛乳腺炎的主要致病菌,其表面的纤连素结合蛋白(FnBP)在介导金黄色葡萄球菌侵入寄主细胞的过程中发挥着重要作用.因此,FnBP成为奶牛乳腺炎亚单位疫苗研究中的重要靶标.本研究根据Genbank中纤连素结合蛋白B基因(fnbB)D区编码序列设计引物,以金黄色葡萄球菌基因组DNA为模板,PCR扩增D2-D3区,将该片段回收后与pCAMBIA3301植物表达载体同时进行Nco Ⅰ和Eco 065 Ⅰ(BstEⅡ)双酶切,酶切片段回收后进行连接,将连接产物转化大肠杆菌感受态细胞,通过菌落PCR、酶切鉴定等方法筛选阳性克隆,将阳性克隆送公司测序确定DNA序列.结果表明,阅读框架正确,氨基酸序列无突变,成功构建金黄色葡萄球菌fnbB基因D2-D3区植物表达载体.该研究为研制奶牛乳腺炎转基因植物口服疫苗奠定了基础.     

金黄色葡萄球菌粘附素Fnbp A功能区基因的克隆和原核表达

【目的】克隆和表达奶牛乳腺炎金黄色葡萄球菌纤连蛋白连接蛋白A(Fnbp A)的功能基因。【方法】采集奶牛急性乳腺炎乳样,分离金黄色葡萄球菌,提取其DNA作为模板,利用设计合成的特异性引物,对金黄色葡萄球菌进行FnbpA功能基因的PCR扩增。回收目的基因并连接到T载体,鉴定后进行测序,然后将FnbpA基因连接到pET-32a(+)质粒中,经鉴定后转化大肠杆菌BL21感受态细胞,IPTG诱导后采用SDS-PAGE分析蛋白质的表达情况。【结果】PCR产物经电泳成像,仅金黄色葡萄球菌在1.7 kb处出现特异性条带,测序发现其与GenBank公布的FnbpA序列的同源性为98%;蛋白诱导表达SDS-PAGE分析发现,在80 ku处出现特异性条带。【结论】试验成功地克隆到FnbpA基因,并在大肠杆菌中获得高效表达,蛋白量为33.4%,为进一步研究金黄色葡萄球菌粘附素基因工程疫苗奠定了基础。     

金黄色葡萄球菌基因组DNA提取方法的比较

为寻求一种较为实用的金黄色葡萄球菌（Staphylococcus aureus）基因组DNA提取方法,对酶解法、十二烷基硫酸钠（Sodium dodecyl sulfate,SDS）法、FDA法、热裂解法等常见的4种不同提取方法进行了改良和比较.结果表明,4种方法中,SDS法提取的DNA质量最好,检测灵敏度高,当金黄色葡萄球菌的DNA稀释至2.95 pg或更少时,SDS法还能够通过PCR将其检测出来;并且该方法的稳定性好,经济性高,是金黄色葡萄球菌基因组DNA理想的提取方法.     

山羊胰岛素样生长因子Ⅰ基因多态性及序列分析

采用PCR-SSCP技术检测胰岛素样生长因子Ⅰ(insulin like growth factorⅠ,IGF-Ⅰ)基因外显子在性早熟、高繁殖力品种(济宁青山羊)和性晚熟、中等繁殖力(波尔山羊)以及性晚熟、低繁殖力品种(安哥拉山羊和内蒙古绒山羊)中的单核苷酸多态性,分析该基因对济宁青山羊性早熟和高繁殖力的影响;并对济宁青山羊IGF-Ⅰ基因扩增片段进行克隆测序,拼接出山羊IGF-Ⅰ基因4个外显子序列,将济宁青山羊IGF-Ⅰ基因外显子核苷酸序列和推导的氨基酸序列与绵羊、牛、人、大鼠、小鼠和鸡6个物种的序列进行比较。结果表明,IGF-Ⅰ基因4个外显子在所检测的4个山羊品种中均不存在多态性;这7个物种的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为79.6%~99.3%和77.8%~99.4%;与牛、人等6物种相比,济宁青山羊IGF-Ⅰ基因氨基酸序列不存在特有变化。可见,物种间IGF-Ⅰ基因保守性强,IGF-Ⅰ基因可能不是影响济宁青山羊性早熟和高繁殖力的主效基因。     

弓形虫GJS株表面抗原1基因的克隆及真核表达质粒的构建

根据GenBank数据库中的RH株弓形虫表面抗原1(SAG1)基因序列设计1对引物,应用PCR技术从弓形虫GJS株速殖子基因组DNA中扩增编码SAG1的基因片段.PCR产物经纯化、酶切后定向插入pcDNA3.1(+)真核表达载体,转化至大肠杆菌DH5α,经酶切及PCR鉴定后测序,并进行序列分析.结果表明:从弓形虫GJS株基因组DNA中扩增出1 008 bp的特异SAG1片段,大小与预测值相符,与已知的SAG1基因核苷酸序列(GenBank登录号:S76248)的ORF和氨基酸序列的同源性均为99%.     

云南3种野生稻中抗病基因同源序列的克隆及序列分析

 根据已报道的NBS LRR类和STK类抗病基因结构中的氨基酸保守区域 ,设计简并引物 ,通过PCR扩增及克隆 ,从普通野生稻 (OryzarufipogonGriff.)、药用野生稻 (OryzaofficinalisWall.)、疣粒野生稻 (Oryzameye rianaBaill.)中共获得 14类NBS LRR类抗病基因同源序列 ,其中普通野生稻中的有 7类 ,药用野生稻中的有 2类 ,疣粒野生稻中的有 6类。药用野生稻中TO12代表序列与普通野生稻中TR19代表序列 ,同属一类 ,且具有 10 0 %的同源性 ,说明不同种野生稻中的同一类 (聚类 )抗病基因同源序列是完全一致的。同时 ,还获得 5类STK类抗病基因同源序列 ,其中普通野生稻中的有 4类 ;药用野生稻中的有 1类。通过氨基酸同源性比较分析 ,发现笔者克隆到的抗病基因同源序列与已克隆的抗病基因L6、N、Bs2、Prf、Pto、Lr10和Xa2 1等的氨基酸同源性都相当低 (均低于 2 5 % ) ,暗示了这些抗病基因同源序列可能是目前尚未报道的抗病基因的同源序列。     

海南黑山羊鞭虫rDNA-ITS片段的克隆及序列分析

采用寄生线虫通用引物NC5和NC2,对海南黑山羊鞭虫rDNA的ITS序列进行PCR扩增,将扩增片段纯化后克隆至pEASY-T1载体。用PCR及酶切进行鉴定,对阳性菌落质粒DNA进行测序分析。结果表明,扩增的黑山羊鞭虫ITS片段大小为1 113 bp,包含部分的18S、28S及全部的ITS1(470 bp)、5.8S(158bp)和ITS2(392 bp)序列,ITS1和ITS2与GenBank已登录的Trichuris skrjabini(Baskakov)同源性分别达到90%和99%,与T.leporis(Froelich)同源性均为84%,而与其他科线虫同源性均较低。由ITS1和ITS2序列构建的系统进化树可知,从海南黑山羊盲肠中分离到的鞭虫ITS1和ITS2均与T.skrjabini处于同一分支。研究结果为海南黑山羊盲肠鞭虫种属的确定及进一步分子生物学研究奠定基础。     

日本囊对虾群体遗传多样性的线粒体序列分析

对日本囊对虾的3个养殖群体即浙江舟山群体（ZJ）、福建群体（FJ）和台湾群体（TW）的线粒体细胞色素c氧化酶亚基Ⅲ基因进行PCR扩增,得到577 bp的核苷酸分析序列,AT含量高于GC含量,发现51个变异位点,其中包括18个简约信息位点,共有31种单倍型。福建群体的核苷酸多样性最高。用MEGA软件中的NJ法构建日本囊对虾3群体与另外5种对虾的系统进化关系,日本囊对虾的3个群体首先聚在一起,再与亲缘关系较近的中国明对虾聚在一起。     

猪带绦虫45W基因家族cDNA克隆和序列分析

 根据猪带绦虫45W基因序列设计引物,用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)对六钩蚴总RNA进行cDNA扩增,扩增产物经琼脂糖凝胶电泳分离、纯化、回收,与载体pGEMT-easyVector连接,转化大肠杆菌JM109,筛选阳性克隆,测序。结果显示,已成功克隆到重要保护性抗原45W基因B型转录本cDNA,完整开放阅读框(ORF)的大小为459bp。序列同源性分析与比较表明,所获得的9个B型转录本cDNA除TSO45W-4B-1和TSO45W-4B-2与已报道的TSO45W-4B同源外,其余均属于首次报道的4     

固始鸡α干扰素基因克隆与序列分析

参照GenBank上登陆的鸡α干扰素基因序列设计一对引物,应用PCR技术直接从固始鸡肝组织基因组DNA中扩增鸡α干扰素基因.将特异性片段克隆入pGEM-T Easy载体中,转化JM109感受态细胞,经质粒PCR鉴定及酶切鉴定筛选阳性菌株送往大连宝生物公司测序.测序结果表明,固始鸡α干扰素基因为582 bp.用DNAStar软件对克隆的固始鸡α干扰素基因与GenBank发表的其它品种鸡α干扰素基因序列进行同源性分析,核苷酸同源性在97.9%以上,氨基酸同源性在96.9%以上.     

克隆植物苯丙氨酸解氨酶基因通用引物的发掘与应用

根据松树、咖啡、山茶、鳄梨和白杨PAL基因第2外显子的保守区段,设计了1对简并引物。以该引物对88种植物的基因组DNA进行了PCR扩增。结果发现,每种植物中都能扩增出介于750～1 000 bp的特异片段。随机选取银杏、夹竹桃、核桃、海桐和盘槐的PCR扩增产物进行测序分析,发现其大小分别为862 bp、866 bp、866 bp、866 bp和865 bp。使用生物信息学进行进化树分析,所克隆的5种植物的特异片段与其亲缘关系密切的物种PAL高度同源,初步证实了这些片段是银杏、夹竹桃、核桃、海桐和盘槐的PAL基因。因此,本研究开发的PAL基因简并引物,可以克隆任意植物的PAL基因。     

云纹石斑鱼和赤点石斑鱼杂交子一代线粒体相关基因的母性遗传特征分析

对云纹石斑鱼和赤点石斑鱼及其正反杂交子代的3种线粒体基因(COⅠ、16S rDNA、Cyt b)和核基因Tmo-4c4进行序列分析,其中16S rDNA序列中有明显的插入缺失位点,而其他3个基因序列无插入缺失变异。在12个分析样本中,COⅠ同源序列(387 bp)中共检测到41个核苷酸多态性位点,16S rDNA(529 bp)中有21个核苷酸多态位点,Cyt b(383bp)中有49个核苷酸多态位点。Tmo-4c4(467 bp)有8个核苷酸多态位点。序列差异分析和遗传距离比较结果显示,正反杂交子一代的3个线粒体基因序列与母本基因序列的同源性都为100%,与父本的基因序列同源性分别为COⅠ:90%和89.4%;16S rDNA:96%和96%;Cyt b:87%和87.2%。核基因Tmo-4c4正反交子一代与母本的序列同源性为98.9%~99.6%之间,与父本的同源性为98.7%~99.4%之间,没有明显的遗传差异。以上结果表明了云纹石斑鱼和赤点石斑鱼杂交子一代在3种线粒体基因上严格按照母性遗传的规律,而核基因Tmo-4c4没有明显的遗传偏向性。