一种简易有效的提取真菌DNA化学改良方法

[目的]探索适合真菌基因组DNA提取的有效方法。[方法]以酵母茵（Hansenula sp.HS07A）和青霉菌（Penicillium sp.HS07）为供试菌株,分别采用煮沸裂解法、石英砂研磨法、研磨和反复研磨冻融法和化学改良法提取其基因组DNA,比较这4种方法的提取效果。[结果]化学改良法提取基因组DNA,除去了机械破壁过程,减少了机械力对DNA造成的破坏,运用阴离子去污剂SIB提取DNA安全、价廉,能有效、完整地提取高质量的基因组DNA,凝胶电泳条带清晰、无弥散,以此基因组DNA作为目的片段的PCR扩增模板,扩增效果优于改良前的方法,并且这种方法也适合多种真菌和细菌基因组DNA的提取。[结论]化学改良法是提取真菌基因组DNA的有效方法。     

番荔枝科植物鹰爪内生真菌rDNA ITS-PCR扩增条件的优化

探索一种简单、快速的获得番荔枝科植物鹰爪内生真菌rDNA ITS目的片断的方法。采用改良的Rodrigues组织培养表面消毒技术和CTAB法提取植物样品总DNA,利用真核生物通用引物LH2/Sm73扩增rDNA ITS目的片段,正交法优选ITS-PCR扩增条件。PCR反应可同时获得两条600 bp和700 bp产物,分别为植物和内生真菌的rDNA ITS目的片断。改良的组织表面消毒技术可排除外源DNA污染。正交法可快速获得植物内生真菌目的片断。该法简单、快速,为番荔枝科植物内生真菌生物多样性研究提供分子生物学基础。     

禾本科植物内生真菌研究13:禾本科植物内生真菌的分离鉴定及基因组DNA的快速提取

调查我国7省12个不同地区的禾本科植物内生真菌,经分离、培养后鉴定得到2种Epichlo属和4种Neotyphodium属内生真菌。采用改良的QS(improved quick and safe,IQS)法进行禾本科植物内生真菌基因组DNA的提取,并通过PCR进行验证。以生长在平板上的菌丝为起始材料,仪器要求简单、操作简便,快速安全、省时省力,整个提取过程大约40 min。该方法和常规SDS法相比,时间缩短到2周,为原来的1/4。以IQS法提取的DNA为模板,检测禾本科植物内生真菌中的NRPS基因,并在NCBI上进行比对分析,发现与已有的NRPS基因高度相似。这种快速提取法所获得的基因组DNA质量高,可用于后续PCR、基因克隆及其他高通量测试,特别适合获取大量真菌菌株基因组DNA时使用。     

辣椒病原真菌总DNA提取方法比较

比较了2种方法对辣椒病原真菌总DNA的提取效果。PCR扩增和琼脂糖凝胶电泳检测表明,液氮研磨法提取的DNA中杂质较少,但需要时间较长,试剂消耗较多;冻融法则可有效提取极微量病原真菌DNA,对于无条件进行单克隆培养而无法得到足量真菌样本的植物病原真菌总DNA提取,冻融法是一种快速、简捷而适用的方法。     

禾谷丝核菌拮抗真菌的鉴定及抗菌活性研究

利用从小麦茎叶组织中分离的内生真菌,进行平板对峙试验,从中筛选出2株对禾谷丝核菌有明显抑制效果的菌株(RF5和RF6)。采用改良的真菌基因组DNA提取方法,提取内生真菌RF5和RF6的基因组DNA,运用ITS序列通用引物(ITS4、ITS5)进行扩增,分别得到约600 bp的特异条带。对PCR产物进行测序,根据序列比对分析结果,将拮抗真菌RF5和RF6分别鉴定为:肉座菌(Hypoc-reales sp.)和杂色曲霉(Aspergillus versicolor)。进一步研究这2株拮抗真菌的抗菌活性大小,结果显示,2株真菌对病原菌都能产生明显的抑菌圈,抑菌圈直径分别为23 mm和19 mm;其液体发酵产物对病原菌的生长也有显著抑制作用,抑制率分别为63.3%和60.8%。     

柑橘黄龙病病原DNA提取方法比较

【目的】筛选出一种快速高效获取柑橘黄龙病病原DNA的提取方法,为黄龙病亚洲种病原的检测奠定基础。【方法】选取5份疑似黄龙病症状柑橘叶片样品,分别采用4种试剂盒（快捷型基因组DNA提取系统、新型植物基因组DNA提取试剂盒、植物基因组DNA提取试剂盒、快速DNA提取扩增套装）及CTAB法提取柑橘叶脉基因组DNA,并用柑橘黄龙病亚洲种的16SrDNA特异引物fD1／fD2和01I／012c进行PCR扩增,DNA提取产物及PCR扩增产物在1％琼脂糖凝胶电泳上检测。【结果】快捷型基因组DNA提取系统获得的DNA质量最好,植物基因组DNA提取试剂盒和CTAB法提取DNA方法提取得到的DNA质量较好,新型植物基因组DNA提取试剂盒所获得的DNA质量较差,快速DNA提取扩增套装所获得的DNA质量最差。除陕速DNA提取扩增套装外,其余4种DNA提取方法均扩增出黄龙病亚洲种病原。【结论】快捷型植物基因组DNA提取系统试剂盒操作简单快捷,耗时短,提取的DNA效果较好,能够满足黄龙病病原PCR检测的要求。     

柑橘黄龙病病原DNA提取方法比较

【目的】筛选出一种快速高效获取柑橘黄龙病病原DNA的提取方法,为黄龙病亚洲种病原的检测奠定基础。【方法】选取5份疑似黄龙病症状柑橘叶片样品,分别采用4种试剂盒（快捷型基因组DNA提取系统、新型植物基因组DNA提取试剂盒、植物基因组DNA提取试剂盒、快速DNA提取扩增套装）及CTAB法提取柑橘叶脉基因组DNA,并用柑橘黄龙病亚洲种的16S rDNA特异引物fD1/fD2和OI1/OI2c进行PCR扩增,DNA提取产物及PCR扩增产物在1%琼脂糖凝胶电泳上检测。【结果】快捷型基因组DNA提取系统获得的DNA质量最好,植物基因组DNA提取试剂盒和CTAB法提取DNA方法提取得到的DNA质量较好,新型植物基因组DNA提取试剂盒所获得的DNA质量较差,快速DNA提取扩增套装所获得的DNA质量最差。除快速DNA提取扩增套装外,其余4种DNA提取方法均扩增出黄龙病亚洲种病原。【结论】快捷型植物基因组DNA提取系统试剂盒操作简单快捷,耗时短,提取的DNA效果较好,能够满足黄龙病病原PCR检测的要求。     

部分枣属植物硅胶干燥叶片DNA提取方法的比较

以硅胶干燥15 D和半年的3种野生枣属植物叶片为试材,分别采用简易CTAB法、高盐沉淀法和高盐低PH法3种方法提取基因组总DNA,通过A260/A280、琼脂糖凝胶电泳、PCR扩增分析对提取的基因组DNA进行了鉴定。半年内不同保存时期的材料对于DNA提取没有明显差异;高盐沉淀法所得DNA纯度最高。     

单增李斯特菌基因组DNA提取方法比较

为了选择一种简单、快速、有效的单增李斯特菌基因组DNA的提取方法,采用溶菌酶-蛋白酶K法、氯仿/异戊醇法、液氮冻融法提取单增李斯特菌基因组DNA,利用PCR扩增结果判断所得DNA样品的质量.结果为,3种不同方法均能扩增出234 bp条带,溶菌酶一蛋白酶K法提取的DNA模板检出限最低,为1.25 x 10,CFU/mL.结论为,溶菌酶-蛋白酶K法提取的DNA模板进行PCR扩增检出限最低,该方法提取的基因组DNA适用于PCR扩增和其他分子生物学研究.     

一株具有抑菌活性的平榛内生真菌的鉴定

[目的]本研究对平榛内生真菌zs-14进行形态学及分子鉴定,并筛选其对不同供试菌株的抑菌活性。[方法]活化斜面试管保藏的内生真菌菌株zs-14,液体发酵培养3～5d,采用液氮研磨法提取菌株zs-14的基因组DNA,应用PCR方法对内生真菌zs-14的ITS序列扩增,扩增产物经测序分析,同时结合菌落形态及乳酸-棉兰染色法的显微观察,最终鉴定内生真菌zs-14的种属;采用纸片扩散法筛选zs-14菌株的抑菌活性。[结果]zs-14菌株产生的分生孢子呈球形状,其菌落为毡毛状,菌落薄,皱缩,菌丝较致密,菌落中心呈浅绿色,最外层为白色。系统进化树结果显示其与Phoma sp聚为一类,因此鉴定内生真菌zs-14为茎点霉菌;纸片扩散法结果显示zs-14菌株发酵后只对金黄色葡萄球菌有抑制活性。[结论]平榛内生真菌zs-14具有产生抑菌活性物质的能力,研究结果可为下一步深入研究其抑菌代谢产物的种类提供科学依据。